# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.169 0.067 0.027 0.134 0.034 0.052 0.219 0.096 0.094 0.034 2 N 0.111 0.182 0.127 0.025 0.146 0.016 0.027 0.155 0.075 0.076 0.060 3 K 0.024 0.071 0.026 0.022 0.040 0.030 0.055 0.393 0.231 0.086 0.021 4 D 0.028 0.131 0.047 0.025 0.071 0.029 0.072 0.285 0.156 0.130 0.027 5 K 0.068 0.061 0.021 0.006 0.094 0.008 0.030 0.264 0.158 0.229 0.061 6 L 0.129 0.161 0.036 0.003 0.205 0.003 0.010 0.303 0.073 0.042 0.033 7 R 0.057 0.063 0.014 0.005 0.102 0.008 0.018 0.612 0.079 0.024 0.020 8 Y 0.061 0.054 0.008 0.003 0.106 0.003 0.007 0.694 0.043 0.008 0.013 9 A 0.011 0.019 0.004 0.002 0.037 0.003 0.012 0.873 0.030 0.004 0.005 10 I 0.009 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.939 0.026 0.005 0.002 11 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.883 0.090 0.011 0.002 12 K 0.003 0.013 0.002 0.001 0.009 0.003 0.016 0.832 0.116 0.003 0.001 13 E 0.003 0.006 0.004 0.002 0.006 0.006 0.075 0.817 0.077 0.005 0.001 14 I 0.003 0.008 0.011 0.009 0.004 0.033 0.253 0.564 0.092 0.021 0.002 15 F 0.032 0.027 0.014 0.016 0.017 0.028 0.157 0.376 0.118 0.176 0.041 16 E 0.014 0.362 0.132 0.072 0.064 0.098 0.077 0.071 0.037 0.058 0.016 17 G 0.040 0.135 0.125 0.123 0.090 0.036 0.032 0.035 0.035 0.230 0.119 18 N 0.099 0.046 0.060 0.048 0.085 0.027 0.049 0.045 0.077 0.313 0.151 19 T 0.024 0.449 0.239 0.016 0.173 0.006 0.026 0.035 0.015 0.008 0.008 20 P 0.096 0.284 0.108 0.012 0.211 0.011 0.023 0.071 0.066 0.064 0.053 21 L 0.102 0.274 0.089 0.015 0.207 0.022 0.045 0.079 0.069 0.056 0.043 22 S 0.045 0.384 0.314 0.014 0.125 0.005 0.006 0.033 0.023 0.031 0.021 23 E 0.032 0.032 0.009 0.011 0.034 0.016 0.030 0.400 0.362 0.057 0.017 24 N 0.035 0.054 0.021 0.011 0.044 0.020 0.055 0.241 0.323 0.152 0.044 25 D 0.054 0.028 0.007 0.004 0.059 0.005 0.042 0.265 0.243 0.267 0.028 26 I 0.122 0.272 0.086 0.008 0.194 0.006 0.018 0.068 0.073 0.088 0.065 27 G 0.030 0.122 0.223 0.097 0.040 0.060 0.016 0.036 0.035 0.277 0.066 28 V 0.190 0.327 0.049 0.004 0.340 0.002 0.004 0.010 0.005 0.021 0.048 29 T 0.011 0.503 0.411 0.007 0.048 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.003 30 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.735 0.240 0.009 0.001 31 D 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.824 0.132 0.020 0.004 32 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.846 0.078 0.065 0.001 33 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.067 0.014 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.041 0.002 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.030 0.007 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.028 0.006 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.024 0.004 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.045 0.007 0.001 41 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.836 0.124 0.014 0.001 42 R 0.001 0.005 0.006 0.004 0.002 0.016 0.109 0.739 0.095 0.021 0.001 43 E 0.002 0.728 0.171 0.035 0.025 0.005 0.014 0.012 0.003 0.004 0.002 44 G 0.029 0.006 0.007 0.019 0.006 0.003 0.001 0.004 0.012 0.631 0.282 45 Y 0.051 0.493 0.063 0.005 0.310 0.006 0.008 0.022 0.016 0.019 0.006 46 I 0.518 0.029 0.010 0.004 0.300 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.122 47 I 0.010 0.019 0.024 0.222 0.024 0.310 0.356 0.018 0.008 0.005 0.004 48 G 0.266 0.083 0.085 0.026 0.301 0.010 0.004 0.006 0.011 0.082 0.126 49 V 0.215 0.188 0.024 0.002 0.523 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.033 50 H 0.225 0.107 0.016 0.001 0.581 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.057 51 Y 0.250 0.188 0.026 0.014 0.320 0.012 0.015 0.015 0.015 0.046 0.098 52 S 0.066 0.166 0.244 0.153 0.181 0.034 0.012 0.029 0.040 0.051 0.024 53 D 0.006 0.019 0.020 0.027 0.013 0.054 0.149 0.467 0.213 0.029 0.003 54 D 0.026 0.061 0.067 0.030 0.044 0.015 0.067 0.081 0.103 0.439 0.068 55 R 0.063 0.344 0.243 0.034 0.192 0.007 0.011 0.029 0.015 0.028 0.034 56 P 0.121 0.264 0.059 0.003 0.318 0.005 0.019 0.092 0.056 0.028 0.036 57 H 0.126 0.198 0.070 0.009 0.235 0.011 0.022 0.140 0.105 0.049 0.035 58 L 0.290 0.045 0.011 0.009 0.189 0.015 0.032 0.145 0.104 0.068 0.090 59 Y 0.048 0.134 0.028 0.026 0.137 0.070 0.126 0.241 0.118 0.048 0.023 60 K 0.218 0.101 0.026 0.003 0.214 0.003 0.023 0.089 0.053 0.186 0.084 61 L 0.116 0.231 0.100 0.042 0.178 0.030 0.032 0.052 0.047 0.099 0.072 62 G 0.046 0.199 0.253 0.173 0.108 0.027 0.011 0.055 0.055 0.047 0.026 63 P 0.023 0.141 0.069 0.009 0.076 0.013 0.043 0.394 0.193 0.028 0.010 64 E 0.061 0.125 0.035 0.005 0.114 0.008 0.046 0.236 0.101 0.205 0.064 65 L 0.124 0.158 0.029 0.006 0.220 0.011 0.039 0.167 0.070 0.112 0.064 66 T 0.030 0.314 0.344 0.019 0.094 0.007 0.008 0.098 0.038 0.034 0.014 67 E 0.003 0.014 0.012 0.006 0.010 0.016 0.055 0.661 0.194 0.027 0.003 68 K 0.011 0.174 0.140 0.022 0.026 0.009 0.043 0.402 0.086 0.072 0.014 69 G 0.010 0.017 0.024 0.055 0.009 0.022 0.016 0.407 0.087 0.306 0.047 70 E 0.014 0.060 0.007 0.004 0.063 0.006 0.014 0.629 0.169 0.026 0.009 71 N 0.019 0.015 0.012 0.005 0.016 0.013 0.030 0.701 0.137 0.039 0.014 72 Y 0.003 0.015 0.015 0.008 0.007 0.004 0.016 0.773 0.101 0.055 0.002 73 L 0.028 0.022 0.004 0.002 0.032 0.005 0.024 0.658 0.167 0.044 0.015 74 K 0.004 0.015 0.010 0.007 0.005 0.010 0.051 0.659 0.217 0.017 0.005 75 E 0.006 0.028 0.021 0.010 0.016 0.041 0.221 0.506 0.101 0.042 0.006 76 N 0.033 0.485 0.144 0.019 0.129 0.005 0.010 0.037 0.024 0.086 0.029 77 G 0.052 0.025 0.018 0.014 0.028 0.026 0.049 0.261 0.169 0.231 0.128 78 T 0.015 0.134 0.044 0.011 0.028 0.008 0.017 0.333 0.142 0.252 0.016 79 W 0.030 0.027 0.011 0.007 0.045 0.005 0.007 0.598 0.191 0.059 0.019 80 S 0.002 0.015 0.008 0.003 0.005 0.017 0.030 0.844 0.070 0.005 0.001 81 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.882 0.089 0.015 0.001 82 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.915 0.066 0.007 0.001 83 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.908 0.067 0.009 0.001 84 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.947 0.031 0.003 0.001 85 T 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.875 0.074 0.023 0.001 86 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.850 0.117 0.007 0.001 87 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.910 0.066 0.001 0.001 88 E 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.017 0.911 0.044 0.013 0.001 89 I 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.009 0.768 0.162 0.035 0.003 90 K 0.002 0.009 0.002 0.001 0.004 0.005 0.014 0.791 0.164 0.006 0.001 91 D 0.005 0.010 0.004 0.002 0.009 0.003 0.039 0.830 0.075 0.021 0.003 92 W 0.011 0.012 0.005 0.003 0.014 0.009 0.048 0.658 0.127 0.105 0.008 93 I 0.033 0.184 0.045 0.008 0.100 0.007 0.019 0.494 0.077 0.021 0.013 94 K 0.054 0.096 0.036 0.007 0.090 0.011 0.039 0.516 0.083 0.044 0.024 95 L 0.025 0.052 0.028 0.009 0.050 0.013 0.048 0.550 0.148 0.063 0.014 96 E 0.034 0.080 0.032 0.015 0.064 0.028 0.090 0.455 0.137 0.049 0.017 97 H 0.052 0.089 0.038 0.024 0.078 0.026 0.087 0.319 0.126 0.125 0.035 98 H 0.058 0.110 0.061 0.033 0.106 0.034 0.067 0.208 0.109 0.163 0.052 99 H 0.078 0.116 0.049 0.028 0.112 0.030 0.057 0.183 0.132 0.154 0.061 100 H 0.087 0.113 0.048 0.027 0.131 0.025 0.052 0.185 0.131 0.148 0.053 101 H 0.085 0.122 0.063 0.031 0.134 0.027 0.052 0.154 0.116 0.159 0.057 102 H 0.103 0.164 0.086 0.028 0.169 0.020 0.038 0.142 0.087 0.106 0.055