# TARGET T0325 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.445 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.003 0.007 0.031 0.113 0.822 2 S 0.034 0.004 0.004 0.007 0.129 0.821 3 N 0.062 0.002 0.006 0.003 0.176 0.751 4 K 0.379 0.006 0.005 0.001 0.157 0.451 5 K 0.821 0.003 0.002 0.001 0.036 0.138 6 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 7 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 8 I 0.964 0.005 0.001 0.001 0.004 0.026 9 N 0.740 0.010 0.001 0.002 0.108 0.138 10 A 0.115 0.008 0.035 0.014 0.487 0.340 11 D 0.027 0.014 0.064 0.013 0.681 0.201 12 D 0.008 0.011 0.176 0.013 0.737 0.054 13 F 0.006 0.007 0.211 0.022 0.643 0.110 14 G 0.010 0.028 0.154 0.038 0.633 0.137 15 Y 0.012 0.043 0.035 0.045 0.549 0.316 16 T 0.010 0.022 0.006 0.043 0.461 0.459 17 P 0.001 0.001 0.040 0.831 0.110 0.017 18 A 0.001 0.001 0.067 0.820 0.100 0.012 19 V 0.001 0.001 0.031 0.933 0.028 0.005 20 T 0.002 0.001 0.007 0.952 0.016 0.021 21 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.005 22 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 27 H 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 28 K 0.001 0.001 0.004 0.986 0.008 0.002 29 R 0.001 0.001 0.007 0.931 0.028 0.033 30 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.936 31 V 0.129 0.021 0.006 0.013 0.135 0.697 32 V 0.624 0.024 0.007 0.006 0.124 0.215 33 T 0.832 0.017 0.009 0.006 0.062 0.074 34 S 0.750 0.006 0.039 0.017 0.095 0.094 35 T 0.617 0.007 0.084 0.019 0.130 0.142 36 T 0.635 0.015 0.082 0.026 0.115 0.127 37 A 0.496 0.037 0.098 0.021 0.153 0.195 38 L 0.316 0.038 0.048 0.037 0.329 0.232 39 P 0.223 0.035 0.035 0.062 0.292 0.353 40 T 0.055 0.028 0.014 0.112 0.262 0.530 41 S 0.013 0.010 0.014 0.265 0.206 0.492 42 P 0.002 0.001 0.043 0.865 0.056 0.033 43 Y 0.001 0.001 0.052 0.906 0.033 0.007 44 F 0.001 0.001 0.034 0.942 0.018 0.005 45 L 0.001 0.001 0.022 0.955 0.015 0.007 46 E 0.001 0.001 0.020 0.950 0.021 0.008 47 A 0.001 0.001 0.012 0.976 0.007 0.004 48 M 0.001 0.001 0.016 0.969 0.010 0.004 49 E 0.001 0.001 0.015 0.970 0.010 0.004 50 S 0.001 0.001 0.016 0.949 0.018 0.015 51 A 0.001 0.002 0.025 0.915 0.029 0.028 52 R 0.002 0.002 0.071 0.759 0.112 0.054 53 I 0.002 0.003 0.086 0.632 0.173 0.104 54 S 0.004 0.009 0.074 0.466 0.217 0.230 55 A 0.004 0.006 0.043 0.065 0.679 0.204 56 P 0.003 0.002 0.100 0.064 0.658 0.173 57 T 0.013 0.004 0.094 0.030 0.672 0.187 58 L 0.138 0.036 0.042 0.025 0.545 0.215 59 A 0.303 0.014 0.011 0.017 0.186 0.468 60 I 0.781 0.007 0.005 0.011 0.059 0.137 61 G 0.914 0.003 0.002 0.004 0.022 0.055 62 V 0.954 0.002 0.001 0.004 0.013 0.026 63 H 0.960 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 64 L 0.962 0.001 0.005 0.008 0.009 0.015 65 T 0.921 0.003 0.010 0.018 0.020 0.028 66 L 0.795 0.012 0.021 0.029 0.050 0.093 67 T 0.459 0.026 0.022 0.032 0.252 0.208 68 L 0.081 0.008 0.144 0.061 0.589 0.117 69 N 0.023 0.004 0.206 0.039 0.662 0.066 70 Q 0.028 0.007 0.249 0.055 0.612 0.049 71 A 0.075 0.031 0.068 0.028 0.596 0.202 72 K 0.151 0.034 0.035 0.015 0.341 0.423 73 P 0.270 0.042 0.031 0.008 0.252 0.397 74 I 0.253 0.115 0.030 0.012 0.180 0.410 75 L 0.108 0.080 0.017 0.012 0.237 0.546 76 P 0.047 0.018 0.048 0.019 0.500 0.368 77 R 0.004 0.001 0.693 0.036 0.231 0.036 78 E 0.007 0.003 0.646 0.039 0.264 0.042 79 M 0.014 0.015 0.615 0.035 0.265 0.057 80 V 0.017 0.044 0.062 0.025 0.523 0.328 81 P 0.017 0.012 0.184 0.047 0.502 0.237 82 S 0.038 0.021 0.226 0.039 0.540 0.137 83 L 0.177 0.050 0.214 0.034 0.416 0.110 84 V 0.280 0.199 0.044 0.042 0.195 0.240 85 D 0.070 0.024 0.014 0.011 0.872 0.009 86 E 0.006 0.002 0.022 0.009 0.955 0.007 87 A 0.002 0.001 0.023 0.015 0.950 0.009 88 G 0.055 0.027 0.018 0.007 0.878 0.016 89 Y 0.186 0.068 0.009 0.035 0.141 0.560 90 F 0.451 0.166 0.017 0.040 0.112 0.214 91 W 0.340 0.017 0.042 0.076 0.223 0.302 92 H 0.195 0.012 0.064 0.149 0.267 0.313 93 Q 0.114 0.008 0.129 0.258 0.269 0.222 94 S 0.090 0.011 0.133 0.418 0.198 0.150 95 I 0.111 0.014 0.171 0.317 0.245 0.143 96 F 0.088 0.020 0.084 0.381 0.239 0.187 97 E 0.083 0.011 0.097 0.316 0.289 0.204 98 E 0.070 0.006 0.089 0.216 0.319 0.299 99 K 0.072 0.012 0.058 0.152 0.292 0.414 100 V 0.059 0.023 0.012 0.073 0.214 0.619 101 N 0.018 0.012 0.002 0.032 0.062 0.875 102 L 0.001 0.001 0.024 0.964 0.006 0.007 103 E 0.001 0.001 0.031 0.961 0.006 0.002 104 E 0.001 0.001 0.038 0.953 0.008 0.001 105 V 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 106 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 107 N 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 108 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 109 W 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 110 D 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 111 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 M 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 118 K 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 119 S 0.001 0.001 0.013 0.921 0.011 0.055 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 121 R 0.006 0.008 0.002 0.001 0.047 0.937 122 R 0.048 0.030 0.005 0.002 0.158 0.756 123 P 0.043 0.020 0.372 0.026 0.286 0.253 124 D 0.065 0.002 0.326 0.033 0.353 0.221 125 H 0.095 0.007 0.495 0.040 0.266 0.097 126 I 0.172 0.052 0.051 0.058 0.295 0.373 127 D 0.148 0.033 0.031 0.058 0.432 0.297 128 S 0.075 0.014 0.052 0.172 0.472 0.214 129 H 0.112 0.019 0.076 0.147 0.482 0.164 130 H 0.154 0.017 0.102 0.149 0.435 0.143 131 N 0.161 0.043 0.071 0.168 0.354 0.202 132 V 0.215 0.069 0.068 0.171 0.353 0.123 133 H 0.107 0.014 0.083 0.261 0.405 0.130 134 G 0.025 0.008 0.065 0.407 0.352 0.144 135 K 0.026 0.016 0.052 0.542 0.226 0.139 136 N 0.019 0.007 0.028 0.649 0.130 0.167 137 K 0.005 0.003 0.044 0.816 0.075 0.056 138 K 0.011 0.006 0.060 0.823 0.054 0.046 139 L 0.002 0.001 0.016 0.964 0.011 0.007 140 L 0.002 0.001 0.005 0.980 0.008 0.006 141 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 142 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 146 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 147 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 148 R 0.001 0.001 0.010 0.980 0.007 0.003 149 K 0.001 0.001 0.007 0.979 0.009 0.005 150 Y 0.001 0.001 0.007 0.934 0.014 0.044 151 Q 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.955 152 L 0.016 0.007 0.004 0.006 0.092 0.875 153 P 0.103 0.014 0.014 0.012 0.192 0.665 154 L 0.239 0.023 0.076 0.042 0.214 0.406 155 R 0.333 0.018 0.078 0.080 0.164 0.327 156 N 0.323 0.015 0.068 0.092 0.196 0.305 157 A 0.200 0.014 0.042 0.136 0.224 0.384 158 S 0.153 0.014 0.055 0.134 0.277 0.365 159 R 0.140 0.018 0.091 0.159 0.277 0.315 160 S 0.128 0.019 0.092 0.177 0.262 0.321 161 I 0.087 0.018 0.109 0.189 0.240 0.356 162 E 0.054 0.017 0.059 0.201 0.215 0.453 163 T 0.029 0.009 0.069 0.275 0.224 0.394 164 K 0.010 0.002 0.112 0.520 0.174 0.182 165 D 0.014 0.002 0.090 0.681 0.129 0.085 166 Y 0.019 0.005 0.113 0.720 0.092 0.051 167 L 0.034 0.009 0.101 0.714 0.081 0.061 168 E 0.036 0.007 0.104 0.716 0.076 0.061 169 L 0.034 0.007 0.100 0.708 0.071 0.080 170 Y 0.030 0.009 0.064 0.662 0.123 0.111 171 Q 0.017 0.004 0.048 0.501 0.207 0.223 172 D 0.023 0.005 0.033 0.162 0.332 0.444 173 V 0.086 0.022 0.008 0.034 0.265 0.584 174 R 0.113 0.041 0.007 0.027 0.155 0.658 175 T 0.075 0.029 0.007 0.026 0.195 0.667 176 P 0.043 0.010 0.033 0.077 0.336 0.501 177 D 0.033 0.003 0.183 0.231 0.351 0.199 178 E 0.055 0.004 0.265 0.317 0.277 0.083 179 M 0.136 0.013 0.165 0.391 0.205 0.091 180 L 0.209 0.011 0.071 0.499 0.113 0.097 181 Y 0.258 0.009 0.065 0.498 0.085 0.085 182 Q 0.319 0.011 0.060 0.417 0.100 0.093 183 F 0.360 0.019 0.045 0.300 0.145 0.131 184 Y 0.210 0.030 0.041 0.278 0.219 0.221 185 D 0.075 0.009 0.090 0.110 0.599 0.117 186 K 0.024 0.002 0.153 0.076 0.660 0.085 187 A 0.042 0.011 0.149 0.052 0.616 0.131 188 I 0.114 0.067 0.020 0.024 0.488 0.287 189 S 0.036 0.017 0.001 0.016 0.074 0.856 190 T 0.001 0.001 0.009 0.970 0.010 0.010 191 E 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.002 192 T 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.001 193 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 194 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 195 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 196 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 197 L 0.001 0.001 0.005 0.981 0.008 0.003 198 D 0.001 0.001 0.010 0.960 0.019 0.009 199 M 0.002 0.001 0.016 0.917 0.031 0.033 200 V 0.003 0.002 0.037 0.844 0.065 0.048 201 V 0.006 0.005 0.038 0.706 0.133 0.112 202 C 0.011 0.011 0.032 0.385 0.207 0.354 203 S 0.009 0.005 0.023 0.057 0.568 0.338 204 E 0.008 0.008 0.049 0.033 0.701 0.201 205 G 0.008 0.001 0.042 0.016 0.782 0.151 206 E 0.079 0.008 0.023 0.007 0.663 0.220 207 V 0.606 0.018 0.003 0.004 0.112 0.257 208 F 0.884 0.005 0.002 0.001 0.027 0.082 209 E 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 210 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 211 N 0.940 0.003 0.002 0.001 0.012 0.042 212 C 0.668 0.015 0.005 0.008 0.063 0.241 213 H 0.201 0.017 0.009 0.010 0.251 0.512 214 P 0.108 0.007 0.042 0.040 0.363 0.440 215 A 0.116 0.034 0.159 0.080 0.319 0.292 216 F 0.140 0.037 0.132 0.146 0.338 0.206 217 I 0.121 0.041 0.059 0.288 0.226 0.265 218 D 0.058 0.026 0.022 0.365 0.202 0.327 219 T 0.007 0.002 0.048 0.858 0.061 0.024 220 I 0.005 0.002 0.060 0.853 0.065 0.016 221 L 0.004 0.003 0.077 0.845 0.060 0.011 222 Q 0.004 0.002 0.055 0.857 0.057 0.025 223 N 0.006 0.005 0.060 0.694 0.139 0.096 224 Q 0.008 0.010 0.047 0.416 0.265 0.253 225 S 0.010 0.005 0.030 0.120 0.402 0.432 226 G 0.013 0.009 0.098 0.122 0.471 0.287 227 Y 0.023 0.028 0.098 0.195 0.362 0.294 228 C 0.022 0.017 0.063 0.403 0.236 0.259 229 M 0.016 0.006 0.033 0.610 0.146 0.188 230 P 0.017 0.006 0.023 0.743 0.082 0.129 231 R 0.021 0.005 0.021 0.859 0.041 0.051 232 I 0.030 0.003 0.013 0.893 0.031 0.030 233 R 0.029 0.002 0.017 0.906 0.026 0.019 234 E 0.014 0.001 0.012 0.953 0.013 0.007 235 V 0.006 0.001 0.018 0.960 0.013 0.003 236 E 0.006 0.001 0.043 0.924 0.021 0.005 237 I 0.004 0.001 0.061 0.898 0.026 0.010 238 L 0.009 0.006 0.049 0.722 0.092 0.122 239 T 0.006 0.007 0.014 0.462 0.103 0.409 240 S 0.001 0.001 0.005 0.327 0.096 0.569 241 Q 0.001 0.001 0.008 0.978 0.010 0.004 242 E 0.001 0.001 0.018 0.966 0.014 0.002 243 V 0.001 0.001 0.007 0.984 0.007 0.002 244 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 245 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 246 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 247 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 248 E 0.001 0.001 0.007 0.990 0.003 0.001 249 E 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.002 250 R 0.001 0.001 0.013 0.913 0.016 0.057 251 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.984 252 I 0.073 0.005 0.002 0.001 0.071 0.850 253 L 0.612 0.012 0.002 0.001 0.062 0.311 254 L 0.855 0.022 0.004 0.001 0.024 0.094 255 A 0.696 0.011 0.007 0.004 0.049 0.233 256 N 0.390 0.008 0.018 0.009 0.146 0.429 257 Y 0.028 0.002 0.562 0.171 0.133 0.104 258 E 0.011 0.001 0.723 0.127 0.104 0.035 259 S 0.008 0.001 0.722 0.172 0.076 0.020 260 L 0.020 0.012 0.210 0.437 0.127 0.194 261 A 0.017 0.012 0.023 0.349 0.083 0.516 262 M 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.969