# TARGET T0321 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.005 0.471 0.037 0.481 2 W 0.003 0.001 0.010 0.885 0.020 0.081 3 E 0.004 0.003 0.012 0.919 0.021 0.041 4 I 0.002 0.001 0.022 0.950 0.012 0.013 5 Y 0.002 0.001 0.015 0.960 0.012 0.010 6 D 0.001 0.001 0.024 0.955 0.014 0.006 7 A 0.001 0.001 0.013 0.963 0.015 0.007 8 M 0.001 0.001 0.018 0.951 0.019 0.010 9 I 0.001 0.002 0.053 0.868 0.059 0.018 10 N 0.001 0.001 0.050 0.777 0.102 0.069 11 G 0.003 0.005 0.049 0.210 0.232 0.501 12 I 0.003 0.007 0.011 0.023 0.295 0.661 13 P 0.007 0.008 0.055 0.030 0.647 0.252 14 E 0.009 0.003 0.137 0.054 0.669 0.128 15 D 0.016 0.003 0.141 0.062 0.638 0.140 16 F 0.161 0.022 0.064 0.051 0.429 0.273 17 L 0.381 0.056 0.020 0.037 0.121 0.385 18 V 0.538 0.015 0.059 0.052 0.157 0.179 19 D 0.585 0.004 0.057 0.053 0.148 0.152 20 E 0.799 0.005 0.029 0.049 0.063 0.055 21 L 0.857 0.004 0.007 0.032 0.049 0.052 22 V 0.891 0.005 0.004 0.026 0.035 0.039 23 C 0.866 0.012 0.002 0.024 0.038 0.058 24 G 0.525 0.008 0.005 0.016 0.210 0.237 25 T 0.317 0.006 0.011 0.008 0.340 0.318 26 T 0.368 0.010 0.014 0.010 0.280 0.317 27 H 0.560 0.011 0.021 0.023 0.212 0.173 28 S 0.753 0.004 0.011 0.024 0.083 0.125 29 V 0.924 0.002 0.006 0.020 0.020 0.028 30 I 0.953 0.005 0.001 0.017 0.007 0.016 31 R 0.932 0.007 0.001 0.013 0.041 0.007 32 S 0.534 0.006 0.004 0.017 0.411 0.029 33 G 0.076 0.002 0.005 0.005 0.864 0.048 34 N 0.127 0.005 0.005 0.001 0.821 0.042 35 G 0.642 0.015 0.002 0.001 0.152 0.189 36 V 0.933 0.007 0.001 0.001 0.012 0.048 37 G 0.959 0.003 0.001 0.001 0.010 0.027 38 L 0.943 0.006 0.002 0.001 0.012 0.037 39 G 0.803 0.007 0.004 0.001 0.046 0.141 40 P 0.495 0.010 0.008 0.001 0.109 0.376 41 N 0.175 0.030 0.011 0.002 0.176 0.605 42 R 0.083 0.027 0.013 0.003 0.275 0.598 43 P 0.068 0.030 0.043 0.021 0.398 0.439 44 F 0.046 0.022 0.119 0.052 0.483 0.280 45 E 0.045 0.011 0.189 0.076 0.490 0.188 46 T 0.053 0.015 0.150 0.112 0.439 0.231 47 R 0.068 0.038 0.069 0.092 0.377 0.356 48 M 0.086 0.037 0.043 0.058 0.330 0.447 49 P 0.081 0.037 0.061 0.068 0.341 0.411 50 M 0.057 0.036 0.105 0.103 0.362 0.336 51 L 0.042 0.037 0.152 0.118 0.398 0.254 52 T 0.019 0.014 0.221 0.186 0.415 0.147 53 Q 0.022 0.005 0.382 0.151 0.327 0.114 54 N 0.031 0.016 0.327 0.213 0.268 0.145 55 L 0.020 0.030 0.274 0.144 0.501 0.030 56 L 0.013 0.006 0.086 0.123 0.703 0.068 57 G 0.010 0.004 0.014 0.030 0.703 0.238 58 L 0.112 0.086 0.002 0.029 0.409 0.362 59 P 0.044 0.021 0.001 0.031 0.031 0.872 60 L 0.008 0.001 0.012 0.944 0.014 0.021 61 R 0.015 0.001 0.027 0.925 0.022 0.010 62 V 0.016 0.001 0.040 0.905 0.029 0.008 63 A 0.038 0.003 0.024 0.875 0.033 0.027 64 A 0.018 0.002 0.024 0.893 0.033 0.031 65 G 0.020 0.002 0.033 0.811 0.062 0.071 66 C 0.015 0.005 0.028 0.734 0.094 0.125 67 V 0.014 0.010 0.054 0.723 0.123 0.077 68 K 0.006 0.003 0.062 0.581 0.200 0.148 69 S 0.007 0.004 0.052 0.344 0.262 0.331 70 W 0.005 0.005 0.020 0.362 0.226 0.381 71 N 0.006 0.007 0.006 0.361 0.152 0.468 72 Y 0.001 0.001 0.004 0.970 0.013 0.011 73 V 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 74 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 75 A 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 76 S 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 78 G 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 81 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 82 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 83 N 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 84 A 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.005 85 Y 0.002 0.001 0.010 0.940 0.020 0.026 86 Y 0.002 0.004 0.015 0.817 0.065 0.097 87 N 0.004 0.007 0.012 0.546 0.142 0.289 88 N 0.004 0.004 0.006 0.111 0.218 0.658 89 P 0.002 0.001 0.077 0.547 0.222 0.150 90 Q 0.011 0.003 0.155 0.487 0.276 0.069 91 V 0.018 0.009 0.136 0.661 0.145 0.031 92 A 0.033 0.008 0.085 0.742 0.090 0.043 93 R 0.042 0.004 0.101 0.662 0.116 0.075 94 E 0.060 0.005 0.065 0.521 0.167 0.181 95 H 0.086 0.006 0.044 0.314 0.171 0.379 96 G 0.150 0.008 0.018 0.029 0.170 0.626 97 V 0.318 0.035 0.022 0.028 0.117 0.480 98 I 0.312 0.051 0.022 0.024 0.118 0.473 99 F 0.113 0.024 0.024 0.032 0.271 0.536 100 S 0.029 0.005 0.060 0.060 0.384 0.462 101 D 0.019 0.004 0.098 0.155 0.442 0.282 102 A 0.020 0.007 0.206 0.289 0.347 0.131 103 K 0.031 0.013 0.155 0.336 0.262 0.203 104 R 0.031 0.019 0.146 0.427 0.183 0.194 105 V 0.031 0.019 0.148 0.412 0.164 0.226 106 E 0.037 0.009 0.180 0.427 0.168 0.178 107 D 0.025 0.013 0.205 0.429 0.187 0.140 108 R 0.016 0.010 0.178 0.442 0.233 0.121 109 M 0.017 0.008 0.062 0.307 0.359 0.246 110 N 0.016 0.012 0.025 0.207 0.333 0.407 111 D 0.014 0.009 0.009 0.109 0.309 0.549 112 P 0.003 0.001 0.042 0.772 0.112 0.071 113 F 0.013 0.003 0.069 0.783 0.092 0.039 114 I 0.025 0.002 0.108 0.762 0.079 0.024 115 M 0.065 0.005 0.068 0.720 0.080 0.062 116 S 0.112 0.017 0.056 0.633 0.103 0.079 117 Q 0.096 0.005 0.077 0.570 0.150 0.102 118 N 0.083 0.003 0.134 0.396 0.217 0.167 119 E 0.169 0.033 0.148 0.256 0.267 0.126 120 V 0.119 0.017 0.123 0.182 0.492 0.067 121 K 0.066 0.005 0.086 0.087 0.629 0.127 122 G 0.051 0.002 0.034 0.011 0.705 0.197 123 K 0.355 0.006 0.006 0.001 0.397 0.234 124 K 0.830 0.003 0.001 0.001 0.032 0.134 125 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 126 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 127 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 128 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 129 G 0.678 0.004 0.002 0.005 0.068 0.244 130 H 0.236 0.006 0.007 0.013 0.145 0.592 131 F 0.100 0.015 0.028 0.059 0.239 0.558 132 P 0.049 0.014 0.082 0.251 0.297 0.307 133 H 0.025 0.014 0.153 0.500 0.186 0.123 134 L 0.007 0.003 0.188 0.682 0.081 0.038 135 E 0.004 0.001 0.220 0.707 0.053 0.017 136 S 0.006 0.001 0.225 0.654 0.092 0.021 137 L 0.011 0.005 0.147 0.665 0.124 0.048 138 L 0.024 0.010 0.075 0.569 0.211 0.111 139 E 0.032 0.005 0.119 0.320 0.349 0.175 140 P 0.042 0.006 0.101 0.215 0.371 0.266 141 I 0.093 0.016 0.107 0.088 0.408 0.289 142 C 0.170 0.008 0.031 0.026 0.406 0.360 143 D 0.339 0.003 0.008 0.009 0.212 0.429 144 L 0.830 0.005 0.001 0.003 0.036 0.126 145 S 0.942 0.003 0.001 0.002 0.008 0.045 146 I 0.968 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 147 L 0.951 0.001 0.001 0.003 0.008 0.036 148 E 0.920 0.002 0.002 0.003 0.016 0.057 149 W 0.622 0.017 0.004 0.005 0.062 0.292 150 S 0.151 0.021 0.002 0.002 0.319 0.505 151 P 0.026 0.005 0.066 0.012 0.599 0.291 152 E 0.013 0.004 0.078 0.011 0.692 0.201 153 E 0.015 0.012 0.215 0.013 0.646 0.099 154 G 0.027 0.016 0.057 0.020 0.470 0.412 155 D 0.056 0.083 0.041 0.026 0.379 0.415 156 Y 0.032 0.051 0.018 0.027 0.304 0.567 157 P 0.028 0.027 0.019 0.045 0.303 0.578 158 L 0.013 0.011 0.126 0.122 0.362 0.366 159 P 0.010 0.011 0.217 0.248 0.343 0.171 160 A 0.003 0.004 0.488 0.332 0.141 0.032 161 S 0.008 0.011 0.352 0.356 0.205 0.067 162 E 0.004 0.001 0.473 0.340 0.153 0.030 163 F 0.004 0.004 0.307 0.469 0.150 0.064 164 I 0.013 0.027 0.111 0.453 0.184 0.211 165 L 0.010 0.017 0.087 0.263 0.482 0.141 166 P 0.003 0.001 0.287 0.321 0.318 0.070 167 E 0.006 0.007 0.380 0.279 0.284 0.044 168 C 0.047 0.011 0.111 0.193 0.584 0.053 169 D 0.068 0.004 0.046 0.228 0.396 0.258 170 Y 0.560 0.008 0.017 0.320 0.060 0.035 171 V 0.617 0.002 0.012 0.332 0.026 0.011 172 Y 0.586 0.003 0.014 0.372 0.018 0.008 173 I 0.393 0.003 0.010 0.542 0.030 0.022 174 T 0.143 0.002 0.023 0.606 0.099 0.127 175 C 0.027 0.002 0.054 0.864 0.036 0.018 176 A 0.021 0.001 0.146 0.749 0.066 0.017 177 S 0.011 0.001 0.086 0.860 0.033 0.009 178 V 0.015 0.004 0.055 0.835 0.055 0.036 179 V 0.013 0.020 0.041 0.740 0.089 0.098 180 D 0.009 0.007 0.047 0.572 0.230 0.135 181 K 0.001 0.002 0.055 0.673 0.189 0.079 182 T 0.001 0.001 0.032 0.835 0.075 0.058 183 L 0.001 0.001 0.044 0.854 0.072 0.030 184 P 0.001 0.001 0.051 0.921 0.022 0.006 185 R 0.001 0.001 0.038 0.939 0.019 0.003 186 L 0.001 0.001 0.036 0.951 0.011 0.002 187 L 0.001 0.001 0.035 0.947 0.015 0.003 188 E 0.001 0.001 0.051 0.904 0.032 0.011 189 L 0.003 0.003 0.058 0.766 0.080 0.091 190 S 0.007 0.010 0.094 0.514 0.259 0.115 191 R 0.006 0.002 0.160 0.320 0.404 0.107 192 N 0.011 0.002 0.174 0.126 0.471 0.216 193 A 0.037 0.004 0.092 0.036 0.528 0.302 194 R 0.174 0.005 0.012 0.008 0.291 0.511 195 R 0.640 0.003 0.002 0.002 0.082 0.272 196 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 197 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 198 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 199 V 0.929 0.002 0.001 0.001 0.011 0.057 200 G 0.523 0.006 0.002 0.002 0.123 0.345 201 P 0.142 0.011 0.005 0.005 0.249 0.588 202 G 0.048 0.033 0.015 0.020 0.378 0.506 203 T 0.025 0.026 0.056 0.080 0.510 0.301 204 P 0.009 0.012 0.142 0.359 0.329 0.149 205 L 0.007 0.011 0.115 0.658 0.147 0.062 206 A 0.004 0.006 0.091 0.747 0.091 0.061 207 P 0.003 0.001 0.138 0.773 0.066 0.019 208 V 0.003 0.002 0.147 0.778 0.056 0.013 209 L 0.006 0.006 0.101 0.828 0.055 0.005 210 F 0.005 0.001 0.079 0.840 0.068 0.006 211 E 0.001 0.001 0.052 0.894 0.047 0.005 212 H 0.001 0.001 0.026 0.915 0.032 0.025 213 G 0.005 0.001 0.003 0.024 0.064 0.903 214 L 0.108 0.013 0.029 0.221 0.116 0.512 215 Q 0.498 0.009 0.046 0.144 0.115 0.188 216 E 0.809 0.007 0.032 0.077 0.029 0.046 217 L 0.864 0.005 0.016 0.067 0.021 0.027 218 S 0.770 0.001 0.018 0.091 0.054 0.066 219 G 0.696 0.001 0.007 0.059 0.071 0.166 220 F 0.866 0.003 0.003 0.024 0.028 0.075 221 M 0.885 0.004 0.003 0.022 0.028 0.059 222 V 0.788 0.007 0.004 0.019 0.051 0.131 223 K 0.538 0.016 0.003 0.024 0.088 0.331 224 D 0.136 0.008 0.003 0.027 0.145 0.682 225 N 0.001 0.001 0.080 0.872 0.032 0.014 226 A 0.001 0.001 0.094 0.873 0.027 0.005 227 R 0.001 0.001 0.089 0.890 0.017 0.002 228 A 0.006 0.001 0.015 0.952 0.020 0.007 229 F 0.013 0.001 0.009 0.941 0.027 0.009 230 R 0.026 0.001 0.009 0.938 0.022 0.004 231 I 0.041 0.001 0.005 0.940 0.011 0.003 232 V 0.035 0.001 0.005 0.941 0.016 0.001 233 A 0.043 0.001 0.006 0.888 0.054 0.007 234 G 0.041 0.002 0.011 0.681 0.153 0.113 235 A 0.043 0.011 0.023 0.170 0.398 0.355 236 E 0.128 0.015 0.030 0.070 0.371 0.387 237 K 0.376 0.011 0.029 0.054 0.256 0.274 238 V 0.630 0.012 0.030 0.042 0.139 0.147 239 K 0.755 0.014 0.017 0.030 0.058 0.126 240 I 0.760 0.016 0.025 0.027 0.066 0.105 241 Y 0.609 0.014 0.029 0.030 0.162 0.155 242 S 0.421 0.008 0.027 0.026 0.269 0.249 243 A 0.270 0.008 0.056 0.052 0.404 0.211 244 G 0.398 0.005 0.020 0.014 0.334 0.229 245 Q 0.712 0.004 0.011 0.009 0.137 0.127 246 K 0.884 0.005 0.004 0.012 0.032 0.064 247 V 0.935 0.002 0.003 0.011 0.016 0.033 248 T 0.943 0.002 0.001 0.011 0.009 0.034 249 I 0.857 0.004 0.002 0.011 0.013 0.114 250 K 0.524 0.008 0.001 0.011 0.046 0.410 251 K 0.033 0.001 0.001 0.002 0.023 0.941