# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.027 0.074 0.049 0.064 0.125 0.020 0.541 2 K 0.152 0.029 0.192 0.114 0.105 0.101 0.017 0.290 3 F 0.010 0.014 0.159 0.050 0.070 0.044 0.003 0.651 4 L 0.017 0.037 0.206 0.137 0.249 0.106 0.005 0.242 5 T 0.030 0.068 0.310 0.108 0.141 0.102 0.010 0.231 6 T 0.023 0.118 0.240 0.095 0.138 0.072 0.009 0.304 7 N 0.035 0.142 0.141 0.067 0.115 0.188 0.013 0.299 8 F 0.091 0.203 0.079 0.056 0.130 0.183 0.021 0.239 9 L 0.111 0.393 0.045 0.067 0.110 0.110 0.020 0.143 10 K 0.172 0.349 0.041 0.069 0.090 0.087 0.040 0.153 11 C 0.269 0.281 0.048 0.085 0.083 0.036 0.040 0.159 12 S 0.130 0.207 0.053 0.121 0.132 0.058 0.037 0.262 13 V 0.035 0.067 0.046 0.051 0.117 0.056 0.013 0.614 14 K 0.043 0.146 0.069 0.155 0.198 0.120 0.014 0.255 15 A 0.075 0.101 0.050 0.087 0.110 0.118 0.023 0.435 16 C 0.113 0.096 0.099 0.090 0.124 0.071 0.016 0.391 17 D 0.048 0.081 0.112 0.130 0.131 0.093 0.013 0.392 18 T 0.041 0.033 0.045 0.055 0.084 0.095 0.014 0.632 19 S 0.073 0.034 0.043 0.038 0.072 0.197 0.018 0.525 20 N 0.103 0.024 0.023 0.024 0.031 0.257 0.027 0.511 21 D 0.177 0.019 0.038 0.022 0.032 0.280 0.028 0.404 22 N 0.038 0.013 0.021 0.012 0.017 0.109 0.016 0.775 23 F 0.176 0.012 0.095 0.084 0.112 0.211 0.013 0.297 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 25 L 0.011 0.005 0.092 0.111 0.330 0.092 0.003 0.355 26 Q 0.095 0.023 0.073 0.125 0.147 0.113 0.007 0.419 27 Y 0.050 0.023 0.060 0.071 0.159 0.047 0.005 0.585 28 D 0.037 0.032 0.047 0.078 0.137 0.136 0.004 0.529 29 G 0.045 0.034 0.020 0.022 0.046 0.087 0.007 0.738 30 S 0.113 0.110 0.023 0.038 0.061 0.207 0.017 0.430 31 K 0.163 0.170 0.018 0.032 0.053 0.174 0.023 0.367 32 C 0.074 0.344 0.025 0.036 0.055 0.075 0.014 0.377 33 Q 0.083 0.365 0.030 0.063 0.073 0.095 0.023 0.269 34 L 0.143 0.288 0.033 0.044 0.063 0.066 0.023 0.339 35 V 0.135 0.304 0.057 0.100 0.143 0.049 0.020 0.193 36 Q 0.065 0.206 0.078 0.133 0.163 0.055 0.016 0.284 37 D 0.026 0.120 0.045 0.072 0.110 0.029 0.012 0.586 38 E 0.069 0.092 0.098 0.084 0.131 0.083 0.023 0.422 39 S 0.062 0.046 0.026 0.038 0.047 0.105 0.016 0.660 40 I 0.133 0.042 0.052 0.033 0.061 0.109 0.016 0.554 41 E 0.061 0.031 0.024 0.028 0.038 0.214 0.009 0.597 42 F 0.102 0.049 0.031 0.022 0.040 0.129 0.013 0.614 43 N 0.094 0.073 0.014 0.026 0.040 0.173 0.007 0.574 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 45 E 0.005 0.018 0.002 0.004 0.012 0.498 0.001 0.461 46 F 0.196 0.185 0.002 0.002 0.004 0.315 0.007 0.287 47 L 0.016 0.937 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.037 48 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 49 N 0.036 0.900 0.002 0.003 0.002 0.003 0.012 0.043 50 I 0.134 0.797 0.007 0.003 0.004 0.003 0.026 0.026 51 V 0.054 0.821 0.026 0.010 0.014 0.006 0.014 0.054 52 D 0.030 0.546 0.037 0.014 0.016 0.030 0.024 0.303 53 R 0.128 0.316 0.025 0.009 0.012 0.055 0.036 0.419 54 V 0.136 0.460 0.069 0.016 0.011 0.061 0.021 0.227 55 D 0.047 0.206 0.039 0.012 0.012 0.171 0.022 0.491 56 W 0.054 0.187 0.030 0.007 0.014 0.048 0.006 0.655 57 P 0.004 0.077 0.003 0.002 0.003 0.036 0.001 0.874 58 A 0.022 0.247 0.004 0.003 0.005 0.180 0.004 0.534 59 V 0.013 0.907 0.003 0.002 0.003 0.017 0.002 0.054 60 L 0.001 0.982 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 61 T 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 62 V 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 63 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 64 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 65 E 0.052 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 66 L 0.183 0.734 0.006 0.001 0.001 0.001 0.059 0.015 67 G 0.430 0.268 0.038 0.007 0.005 0.009 0.133 0.109 68 N 0.085 0.179 0.293 0.014 0.011 0.034 0.037 0.346 69 N 0.113 0.087 0.080 0.014 0.019 0.067 0.039 0.582 70 A 0.153 0.043 0.100 0.008 0.012 0.100 0.047 0.537 71 L 0.197 0.030 0.243 0.030 0.030 0.130 0.028 0.313 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 T 0.046 0.002 0.020 0.020 0.055 0.119 0.006 0.732 75 K 0.458 0.003 0.012 0.012 0.015 0.056 0.005 0.438 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 S 0.031 0.004 0.014 0.011 0.026 0.163 0.005 0.747 78 F 0.452 0.005 0.013 0.007 0.009 0.076 0.007 0.431 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 S 0.008 0.004 0.007 0.007 0.021 0.117 0.001 0.835 81 S 0.176 0.022 0.008 0.005 0.007 0.159 0.008 0.615 82 I 0.365 0.087 0.010 0.008 0.021 0.064 0.006 0.440 83 Q 0.113 0.173 0.033 0.019 0.037 0.176 0.008 0.442 84 E 0.073 0.269 0.024 0.016 0.024 0.142 0.012 0.439 85 L 0.172 0.403 0.015 0.010 0.018 0.057 0.017 0.310 86 T 0.312 0.263 0.020 0.011 0.021 0.060 0.026 0.288 87 D 0.088 0.114 0.034 0.009 0.012 0.100 0.019 0.624 88 D 0.087 0.106 0.016 0.005 0.010 0.178 0.014 0.582 89 D 0.259 0.120 0.014 0.004 0.008 0.135 0.021 0.439 90 M 0.065 0.157 0.025 0.003 0.012 0.273 0.008 0.457 91 A 0.032 0.139 0.005 0.002 0.005 0.339 0.004 0.473 92 I 0.041 0.421 0.003 0.002 0.004 0.278 0.004 0.247 93 L 0.019 0.912 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.059 94 N 0.007 0.910 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.069 95 D 0.039 0.834 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.106 96 L 0.042 0.889 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.052 97 H 0.016 0.907 0.004 0.002 0.004 0.006 0.006 0.054 98 T 0.009 0.924 0.006 0.002 0.002 0.006 0.004 0.048 99 L 0.018 0.921 0.009 0.003 0.002 0.006 0.008 0.033 100 L 0.012 0.946 0.009 0.004 0.003 0.004 0.006 0.018 101 L 0.032 0.836 0.029 0.014 0.014 0.014 0.018 0.044 102 Q 0.085 0.699 0.043 0.027 0.017 0.017 0.028 0.084 103 T 0.113 0.450 0.119 0.066 0.058 0.029 0.035 0.129 104 S 0.044 0.283 0.113 0.140 0.099 0.033 0.022 0.264 105 I 0.026 0.099 0.194 0.125 0.167 0.048 0.020 0.320 106 A 0.039 0.124 0.178 0.233 0.235 0.064 0.016 0.111 107 E 0.057 0.102 0.147 0.161 0.237 0.062 0.019 0.216 108 G 0.039 0.067 0.118 0.267 0.213 0.036 0.033 0.228 109 E 0.134 0.008 0.095 0.100 0.183 0.102 0.015 0.363 110 M 0.016 0.011 0.063 0.307 0.240 0.041 0.004 0.317 111 K 0.033 0.006 0.033 0.188 0.417 0.078 0.007 0.238 112 C 0.026 0.012 0.056 0.241 0.300 0.042 0.004 0.319 113 R 0.011 0.015 0.029 0.113 0.226 0.063 0.004 0.539 114 N 0.031 0.012 0.015 0.050 0.083 0.168 0.014 0.628 115 C 0.235 0.015 0.016 0.040 0.041 0.117 0.046 0.490 116 G 0.286 0.017 0.090 0.113 0.080 0.124 0.060 0.230 117 H 0.043 0.008 0.180 0.111 0.113 0.138 0.014 0.394 118 I 0.012 0.005 0.119 0.138 0.216 0.053 0.003 0.454 119 Y 0.012 0.004 0.127 0.242 0.403 0.033 0.001 0.179 120 Y 0.003 0.003 0.128 0.166 0.211 0.028 0.002 0.460 121 I 0.006 0.010 0.202 0.211 0.368 0.040 0.002 0.161 122 K 0.009 0.038 0.111 0.230 0.332 0.066 0.003 0.212 123 N 0.029 0.024 0.060 0.102 0.228 0.095 0.019 0.443 124 G 0.318 0.010 0.052 0.026 0.040 0.067 0.067 0.419 125 I 0.200 0.012 0.294 0.065 0.042 0.097 0.023 0.266 126 P 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.006 0.001 0.978 127 N 0.017 0.011 0.085 0.053 0.158 0.117 0.006 0.553 128 L 0.190 0.018 0.273 0.058 0.071 0.074 0.020 0.296 129 L 0.154 0.016 0.116 0.045 0.064 0.149 0.024 0.433 130 L 0.196 0.012 0.201 0.078 0.151 0.108 0.020 0.234 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 H 0.053 0.005 0.011 0.029 0.046 0.218 0.009 0.630 134 L 0.625 0.010 0.012 0.011 0.020 0.065 0.010 0.246 135 V 0.189 0.109 0.071 0.101 0.115 0.057 0.005 0.353