# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.027 0.070 0.053 0.065 0.125 0.019 0.544 2 K 0.145 0.029 0.164 0.115 0.116 0.108 0.016 0.308 3 F 0.012 0.017 0.147 0.061 0.089 0.049 0.003 0.623 4 L 0.017 0.044 0.174 0.157 0.272 0.106 0.005 0.226 5 T 0.032 0.084 0.287 0.117 0.159 0.090 0.011 0.219 6 T 0.024 0.145 0.239 0.109 0.152 0.059 0.009 0.263 7 N 0.037 0.171 0.141 0.078 0.134 0.139 0.014 0.286 8 F 0.089 0.228 0.087 0.057 0.152 0.141 0.020 0.226 9 L 0.113 0.413 0.045 0.065 0.113 0.102 0.021 0.128 10 K 0.239 0.325 0.038 0.057 0.069 0.082 0.049 0.140 11 C 0.385 0.216 0.049 0.063 0.056 0.033 0.047 0.151 12 S 0.164 0.144 0.058 0.078 0.088 0.070 0.043 0.356 13 V 0.029 0.043 0.050 0.030 0.073 0.054 0.011 0.710 14 K 0.037 0.136 0.069 0.118 0.143 0.164 0.015 0.319 15 A 0.073 0.059 0.040 0.030 0.056 0.159 0.020 0.564 16 C 0.152 0.118 0.125 0.086 0.110 0.079 0.013 0.317 17 D 0.034 0.087 0.141 0.117 0.099 0.096 0.011 0.415 18 T 0.045 0.036 0.050 0.048 0.090 0.075 0.013 0.643 19 S 0.116 0.054 0.108 0.068 0.107 0.143 0.021 0.383 20 N 0.062 0.031 0.041 0.042 0.052 0.305 0.021 0.446 21 D 0.096 0.028 0.041 0.026 0.043 0.184 0.030 0.553 22 N 0.117 0.030 0.038 0.022 0.033 0.250 0.061 0.448 23 F 0.381 0.008 0.054 0.047 0.052 0.187 0.021 0.249 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 25 L 0.008 0.002 0.042 0.144 0.445 0.092 0.003 0.265 26 Q 0.141 0.006 0.050 0.129 0.251 0.074 0.005 0.343 27 Y 0.052 0.008 0.047 0.292 0.387 0.041 0.004 0.168 28 D 0.034 0.008 0.042 0.235 0.275 0.049 0.003 0.353 29 G 0.019 0.007 0.043 0.130 0.242 0.041 0.005 0.513 30 S 0.035 0.009 0.030 0.240 0.317 0.119 0.008 0.243 31 K 0.067 0.009 0.022 0.124 0.225 0.124 0.012 0.416 32 C 0.062 0.024 0.041 0.194 0.360 0.093 0.006 0.220 33 Q 0.043 0.012 0.043 0.393 0.389 0.054 0.004 0.062 34 L 0.010 0.012 0.017 0.137 0.189 0.021 0.002 0.612 35 V 0.013 0.015 0.080 0.278 0.489 0.022 0.004 0.099 36 Q 0.018 0.030 0.043 0.226 0.252 0.052 0.005 0.372 37 D 0.017 0.037 0.039 0.079 0.255 0.042 0.010 0.522 38 E 0.068 0.033 0.041 0.038 0.077 0.150 0.017 0.576 39 S 0.101 0.018 0.011 0.016 0.017 0.118 0.019 0.699 40 I 0.215 0.027 0.042 0.030 0.038 0.117 0.022 0.509 41 E 0.053 0.022 0.029 0.025 0.035 0.138 0.008 0.690 42 F 0.072 0.034 0.039 0.024 0.050 0.110 0.008 0.662 43 N 0.066 0.064 0.017 0.031 0.052 0.201 0.005 0.564 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 45 E 0.004 0.014 0.002 0.003 0.009 0.593 0.001 0.374 46 F 0.228 0.115 0.001 0.001 0.003 0.395 0.007 0.249 47 L 0.015 0.942 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.034 48 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 49 N 0.029 0.918 0.002 0.002 0.002 0.003 0.010 0.035 50 I 0.154 0.785 0.005 0.002 0.003 0.003 0.025 0.023 51 V 0.050 0.856 0.020 0.007 0.010 0.004 0.011 0.041 52 D 0.028 0.663 0.027 0.010 0.011 0.022 0.024 0.215 53 R 0.158 0.329 0.020 0.007 0.008 0.042 0.048 0.387 54 V 0.175 0.444 0.068 0.014 0.009 0.047 0.025 0.219 55 D 0.040 0.163 0.045 0.010 0.010 0.176 0.023 0.532 56 W 0.050 0.148 0.031 0.007 0.013 0.046 0.005 0.700 57 P 0.002 0.039 0.002 0.001 0.002 0.023 0.001 0.930 58 A 0.020 0.181 0.005 0.003 0.005 0.206 0.004 0.578 59 V 0.017 0.899 0.003 0.002 0.003 0.017 0.002 0.057 60 L 0.002 0.979 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 61 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 62 V 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 63 A 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 64 A 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 65 E 0.062 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 66 L 0.188 0.729 0.006 0.001 0.001 0.001 0.058 0.016 67 G 0.443 0.251 0.035 0.007 0.006 0.010 0.138 0.111 68 N 0.078 0.173 0.347 0.013 0.012 0.031 0.032 0.312 69 N 0.112 0.103 0.083 0.016 0.020 0.076 0.041 0.549 70 A 0.140 0.037 0.092 0.007 0.009 0.063 0.049 0.603 71 L 0.219 0.022 0.290 0.024 0.024 0.096 0.030 0.294 72 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 T 0.032 0.002 0.030 0.020 0.056 0.112 0.005 0.743 75 K 0.538 0.002 0.016 0.010 0.011 0.048 0.006 0.370 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 77 S 0.038 0.004 0.033 0.017 0.042 0.150 0.005 0.711 78 F 0.237 0.005 0.025 0.013 0.019 0.109 0.005 0.586 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 S 0.009 0.003 0.008 0.008 0.024 0.190 0.002 0.756 81 S 0.219 0.016 0.007 0.004 0.007 0.161 0.009 0.578 82 I 0.353 0.085 0.012 0.009 0.031 0.065 0.005 0.440 83 Q 0.118 0.159 0.029 0.022 0.036 0.269 0.010 0.356 84 E 0.143 0.192 0.018 0.012 0.019 0.168 0.019 0.429 85 L 0.363 0.296 0.023 0.010 0.022 0.034 0.014 0.238 86 T 0.149 0.206 0.033 0.014 0.031 0.184 0.022 0.362 87 D 0.105 0.095 0.029 0.012 0.017 0.078 0.021 0.643 88 D 0.101 0.094 0.020 0.005 0.011 0.151 0.013 0.605 89 D 0.172 0.044 0.014 0.003 0.008 0.353 0.018 0.388 90 M 0.064 0.097 0.019 0.003 0.009 0.323 0.007 0.480 91 A 0.025 0.112 0.004 0.001 0.004 0.384 0.003 0.467 92 I 0.031 0.300 0.002 0.001 0.003 0.415 0.003 0.246 93 L 0.016 0.929 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.048 94 N 0.006 0.933 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.050 95 D 0.033 0.864 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 0.086 96 L 0.037 0.909 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 97 H 0.014 0.923 0.004 0.002 0.003 0.005 0.005 0.044 98 T 0.006 0.944 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.035 99 L 0.014 0.938 0.006 0.002 0.002 0.004 0.006 0.028 100 L 0.012 0.951 0.006 0.003 0.003 0.003 0.006 0.016 101 L 0.036 0.848 0.021 0.011 0.010 0.013 0.019 0.042 102 Q 0.091 0.708 0.038 0.020 0.013 0.016 0.032 0.083 103 T 0.158 0.421 0.112 0.054 0.045 0.031 0.045 0.136 104 S 0.057 0.261 0.123 0.122 0.081 0.035 0.026 0.295 105 I 0.024 0.084 0.233 0.109 0.147 0.047 0.018 0.338 106 A 0.033 0.094 0.231 0.230 0.225 0.061 0.014 0.111 107 E 0.044 0.084 0.169 0.157 0.225 0.059 0.016 0.246 108 G 0.032 0.055 0.151 0.233 0.220 0.039 0.027 0.242 109 E 0.108 0.008 0.105 0.100 0.176 0.104 0.013 0.384 110 M 0.018 0.012 0.070 0.293 0.238 0.044 0.005 0.320 111 K 0.037 0.006 0.037 0.179 0.395 0.080 0.007 0.258 112 C 0.028 0.014 0.060 0.244 0.299 0.043 0.005 0.308 113 R 0.011 0.015 0.030 0.110 0.213 0.063 0.005 0.554 114 N 0.029 0.011 0.014 0.048 0.079 0.158 0.014 0.646 115 C 0.251 0.014 0.016 0.040 0.039 0.109 0.048 0.483 116 G 0.275 0.016 0.094 0.108 0.078 0.136 0.058 0.236 117 H 0.043 0.007 0.164 0.111 0.118 0.145 0.014 0.397 118 I 0.014 0.005 0.115 0.145 0.234 0.056 0.003 0.430 119 Y 0.011 0.003 0.116 0.259 0.414 0.031 0.001 0.164 120 Y 0.003 0.003 0.114 0.179 0.229 0.026 0.002 0.445 121 I 0.006 0.009 0.176 0.230 0.401 0.035 0.002 0.141 122 K 0.010 0.035 0.093 0.231 0.348 0.065 0.003 0.216 123 N 0.029 0.023 0.051 0.099 0.229 0.091 0.019 0.460 124 G 0.358 0.009 0.036 0.022 0.032 0.061 0.074 0.408 125 I 0.283 0.009 0.217 0.044 0.035 0.121 0.024 0.267 126 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.987 127 N 0.016 0.010 0.064 0.047 0.137 0.108 0.006 0.612 128 L 0.240 0.013 0.193 0.040 0.054 0.076 0.021 0.364 129 L 0.173 0.013 0.092 0.037 0.052 0.152 0.019 0.462 130 L 0.168 0.014 0.153 0.061 0.139 0.119 0.017 0.331 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.991 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 H 0.058 0.006 0.009 0.024 0.043 0.226 0.008 0.626 134 L 0.701 0.014 0.011 0.009 0.014 0.056 0.010 0.185 135 V 0.225 0.147 0.051 0.070 0.082 0.048 0.006 0.371