# TARGET T0319 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.573 0.096 0.108 0.083 0.043 0.017 0.040 0.019 0.014 0.006 0.001 2 K 0.739 0.103 0.075 0.016 0.010 0.031 0.009 0.001 0.014 0.002 0.001 3 F 0.796 0.071 0.067 0.019 0.004 0.031 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 4 L 0.770 0.082 0.036 0.072 0.009 0.019 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 5 T 0.721 0.114 0.057 0.045 0.017 0.023 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 6 T 0.818 0.062 0.028 0.050 0.017 0.009 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 7 N 0.712 0.023 0.036 0.129 0.011 0.028 0.047 0.005 0.008 0.001 0.001 8 F 0.642 0.063 0.048 0.193 0.010 0.020 0.009 0.003 0.010 0.001 0.001 9 L 0.338 0.274 0.227 0.074 0.030 0.029 0.012 0.003 0.010 0.002 0.001 10 K 0.425 0.181 0.108 0.166 0.038 0.026 0.026 0.010 0.016 0.005 0.001 11 C 0.270 0.256 0.172 0.109 0.112 0.011 0.023 0.006 0.030 0.010 0.001 12 S 0.473 0.038 0.139 0.172 0.024 0.044 0.066 0.023 0.008 0.011 0.002 13 V 0.194 0.390 0.230 0.081 0.029 0.040 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 14 K 0.350 0.192 0.230 0.145 0.028 0.019 0.014 0.002 0.015 0.004 0.001 15 A 0.134 0.095 0.159 0.112 0.067 0.052 0.288 0.042 0.039 0.009 0.002 16 C 0.236 0.308 0.295 0.078 0.035 0.028 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 17 D 0.353 0.152 0.139 0.168 0.055 0.068 0.022 0.007 0.030 0.005 0.001 18 T 0.246 0.262 0.125 0.268 0.054 0.017 0.006 0.002 0.017 0.002 0.001 19 S 0.200 0.265 0.249 0.128 0.070 0.028 0.010 0.006 0.033 0.010 0.001 20 N 0.288 0.120 0.157 0.200 0.064 0.044 0.059 0.011 0.041 0.015 0.001 21 D 0.291 0.057 0.096 0.402 0.032 0.018 0.073 0.016 0.005 0.008 0.001 22 N 0.109 0.124 0.149 0.385 0.040 0.020 0.089 0.054 0.025 0.006 0.001 23 F 0.006 0.416 0.431 0.001 0.037 0.011 0.009 0.001 0.087 0.001 0.001 24 P 0.021 0.020 0.861 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 25 L 0.024 0.527 0.319 0.016 0.054 0.038 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 26 Q 0.012 0.656 0.229 0.008 0.025 0.040 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 27 Y 0.020 0.635 0.239 0.015 0.036 0.036 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 28 D 0.011 0.359 0.388 0.012 0.048 0.093 0.011 0.001 0.076 0.002 0.001 29 G 0.461 0.050 0.187 0.053 0.095 0.018 0.022 0.060 0.005 0.046 0.002 30 S 0.717 0.057 0.053 0.137 0.020 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 31 K 0.423 0.187 0.146 0.152 0.042 0.017 0.013 0.003 0.015 0.002 0.001 32 C 0.246 0.321 0.272 0.059 0.037 0.030 0.010 0.002 0.019 0.002 0.002 33 Q 0.164 0.497 0.177 0.024 0.045 0.033 0.010 0.001 0.047 0.001 0.001 34 L 0.173 0.249 0.493 0.014 0.009 0.044 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 35 V 0.282 0.378 0.142 0.097 0.023 0.039 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 36 Q 0.210 0.306 0.276 0.045 0.058 0.041 0.024 0.003 0.031 0.007 0.001 37 D 0.464 0.118 0.158 0.139 0.037 0.030 0.026 0.009 0.014 0.005 0.001 38 E 0.320 0.217 0.167 0.143 0.062 0.020 0.033 0.006 0.028 0.004 0.001 39 S 0.373 0.098 0.285 0.106 0.034 0.038 0.030 0.011 0.016 0.005 0.004 40 I 0.231 0.365 0.212 0.047 0.061 0.027 0.013 0.002 0.038 0.003 0.001 41 E 0.478 0.123 0.288 0.053 0.013 0.027 0.004 0.002 0.005 0.004 0.003 42 F 0.296 0.253 0.228 0.113 0.060 0.031 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 43 N 0.045 0.101 0.314 0.003 0.034 0.135 0.002 0.001 0.362 0.004 0.001 44 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.975 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.973 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 I 0.899 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.814 0.017 0.064 0.063 0.001 0.009 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 52 D 0.909 0.002 0.040 0.043 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.483 0.019 0.015 0.439 0.008 0.006 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 54 V 0.234 0.237 0.337 0.078 0.028 0.045 0.008 0.001 0.031 0.001 0.001 55 D 0.207 0.040 0.298 0.063 0.010 0.311 0.020 0.002 0.043 0.005 0.001 56 W 0.977 0.003 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 P 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.217 0.001 0.004 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.043 0.001 0.007 0.014 0.004 0.002 0.439 0.423 0.002 0.066 0.001 68 N 0.215 0.113 0.230 0.248 0.022 0.086 0.055 0.006 0.018 0.005 0.001 69 N 0.245 0.117 0.145 0.319 0.050 0.036 0.062 0.011 0.012 0.003 0.001 70 A 0.143 0.154 0.226 0.250 0.049 0.067 0.065 0.007 0.034 0.003 0.001 71 L 0.017 0.405 0.448 0.003 0.008 0.020 0.002 0.001 0.096 0.001 0.001 72 P 0.013 0.007 0.957 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 73 P 0.262 0.007 0.640 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 74 T 0.210 0.286 0.256 0.129 0.043 0.040 0.007 0.005 0.021 0.001 0.001 75 K 0.032 0.186 0.481 0.007 0.032 0.017 0.014 0.001 0.226 0.004 0.001 76 P 0.277 0.004 0.605 0.016 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 77 S 0.194 0.084 0.213 0.350 0.022 0.083 0.018 0.014 0.021 0.002 0.001 78 F 0.020 0.321 0.480 0.008 0.037 0.023 0.006 0.001 0.103 0.002 0.001 79 P 0.204 0.017 0.703 0.021 0.001 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 80 S 0.522 0.068 0.190 0.095 0.053 0.010 0.019 0.028 0.006 0.009 0.001 81 S 0.461 0.077 0.222 0.090 0.060 0.039 0.015 0.009 0.017 0.008 0.001 82 I 0.649 0.063 0.079 0.174 0.009 0.015 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 83 Q 0.718 0.068 0.127 0.053 0.010 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 84 E 0.613 0.029 0.113 0.159 0.016 0.025 0.017 0.007 0.018 0.001 0.002 85 L 0.403 0.086 0.268 0.147 0.007 0.059 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 86 T 0.341 0.242 0.153 0.179 0.035 0.019 0.008 0.003 0.013 0.007 0.001 87 D 0.398 0.075 0.124 0.168 0.053 0.049 0.067 0.012 0.035 0.020 0.001 88 D 0.271 0.041 0.176 0.208 0.032 0.122 0.081 0.011 0.051 0.006 0.001 89 D 0.686 0.008 0.021 0.217 0.003 0.032 0.019 0.003 0.009 0.002 0.001 90 M 0.951 0.003 0.009 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.957 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 92 I 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.948 0.002 0.003 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 L 0.889 0.009 0.021 0.070 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 102 Q 0.777 0.028 0.040 0.102 0.009 0.012 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 103 T 0.510 0.230 0.113 0.088 0.031 0.010 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 104 S 0.350 0.254 0.249 0.036 0.022 0.061 0.011 0.002 0.015 0.001 0.001 105 I 0.189 0.622 0.102 0.023 0.029 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 106 A 0.452 0.287 0.091 0.090 0.039 0.022 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 107 E 0.062 0.456 0.170 0.149 0.109 0.013 0.011 0.001 0.026 0.001 0.001 108 G 0.015 0.038 0.055 0.011 0.338 0.001 0.052 0.222 0.004 0.263 0.001 109 E 0.041 0.458 0.371 0.024 0.071 0.020 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 110 M 0.014 0.508 0.337 0.010 0.045 0.052 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 111 K 0.032 0.556 0.288 0.027 0.032 0.043 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 112 C 0.034 0.301 0.381 0.006 0.066 0.049 0.008 0.001 0.152 0.003 0.001 113 R 0.842 0.007 0.095 0.031 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 114 N 0.408 0.083 0.063 0.302 0.030 0.022 0.054 0.009 0.028 0.002 0.001 115 C 0.179 0.105 0.274 0.390 0.030 0.004 0.006 0.002 0.006 0.003 0.001 116 G 0.042 0.006 0.038 0.032 0.039 0.002 0.149 0.592 0.003 0.096 0.001 117 H 0.032 0.285 0.567 0.030 0.037 0.036 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 118 I 0.033 0.589 0.301 0.017 0.016 0.026 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 119 Y 0.016 0.709 0.150 0.006 0.067 0.016 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 120 Y 0.018 0.342 0.557 0.002 0.008 0.059 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 121 I 0.123 0.476 0.263 0.032 0.023 0.053 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 122 K 0.268 0.370 0.206 0.054 0.027 0.032 0.010 0.001 0.028 0.003 0.001 123 N 0.061 0.043 0.089 0.193 0.058 0.015 0.491 0.023 0.019 0.007 0.001 124 G 0.026 0.010 0.094 0.021 0.050 0.003 0.069 0.548 0.001 0.176 0.001 125 I 0.046 0.382 0.381 0.005 0.023 0.019 0.007 0.001 0.134 0.002 0.001 126 P 0.178 0.006 0.762 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 127 N 0.226 0.070 0.114 0.311 0.021 0.097 0.119 0.013 0.028 0.001 0.001 128 L 0.198 0.216 0.162 0.247 0.082 0.025 0.043 0.009 0.015 0.004 0.001 129 L 0.076 0.260 0.524 0.055 0.029 0.030 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 130 L 0.016 0.228 0.647 0.001 0.009 0.017 0.002 0.001 0.078 0.001 0.001 131 P 0.020 0.002 0.945 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 132 P 0.752 0.003 0.196 0.022 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 133 H 0.493 0.044 0.083 0.268 0.031 0.013 0.034 0.024 0.008 0.003 0.001 134 L 0.292 0.093 0.178 0.352 0.014 0.038 0.013 0.002 0.017 0.001 0.001 135 V 0.186 0.257 0.285 0.097 0.072 0.041 0.017 0.008 0.026 0.011 0.001