# TARGET T0317 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0317.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 733 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.136 0.104 0.012 0.015 0.013 0.020 0.030 0.016 0.001 0.002 0.652 2 G 0.141 0.024 0.010 0.018 0.022 0.018 0.116 0.018 0.001 0.009 0.625 3 T 0.134 0.016 0.173 0.022 0.010 0.019 0.097 0.001 0.001 0.008 0.521 4 S 0.006 0.010 0.001 0.060 0.030 0.024 0.124 0.001 0.001 0.001 0.743 5 E 0.053 0.012 0.001 0.044 0.013 0.015 0.079 0.001 0.001 0.004 0.779 6 A 0.154 0.036 0.002 0.040 0.016 0.039 0.216 0.002 0.001 0.010 0.486 7 A 0.251 0.029 0.007 0.046 0.013 0.036 0.084 0.003 0.001 0.009 0.524 8 P 0.085 0.008 0.004 0.029 0.005 0.014 0.022 0.002 0.001 0.002 0.829 9 P 0.032 0.001 0.002 0.016 0.004 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.921 10 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 11 F 0.035 0.003 0.001 0.037 0.009 0.021 0.061 0.001 0.001 0.001 0.831 12 A 0.183 0.014 0.001 0.052 0.021 0.040 0.107 0.001 0.001 0.003 0.580 13 R 0.221 0.048 0.001 0.085 0.026 0.041 0.102 0.002 0.001 0.003 0.470 14 V 0.208 0.069 0.009 0.120 0.036 0.082 0.082 0.002 0.001 0.007 0.385 15 A 0.055 0.031 0.005 0.187 0.116 0.175 0.091 0.002 0.001 0.004 0.334 16 P 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966 17 A 0.020 0.003 0.001 0.112 0.077 0.151 0.135 0.001 0.001 0.005 0.496 18 L 0.298 0.012 0.003 0.134 0.063 0.086 0.073 0.002 0.001 0.015 0.313 19 F 0.077 0.065 0.003 0.262 0.114 0.161 0.104 0.002 0.001 0.004 0.207 20 I 0.034 0.032 0.004 0.222 0.086 0.166 0.080 0.002 0.001 0.004 0.371 21 G 0.054 0.031 0.003 0.242 0.070 0.154 0.158 0.003 0.001 0.007 0.276 22 N 0.061 0.014 0.011 0.028 0.015 0.025 0.190 0.002 0.001 0.007 0.646 23 A 0.018 0.010 0.009 0.025 0.009 0.018 0.107 0.001 0.001 0.005 0.799 24 R 0.016 0.011 0.001 0.019 0.014 0.030 0.354 0.001 0.001 0.009 0.545 25 A 0.167 0.070 0.002 0.009 0.008 0.012 0.184 0.002 0.001 0.009 0.538 26 A 0.169 0.430 0.002 0.012 0.008 0.012 0.051 0.005 0.001 0.006 0.306 27 G 0.217 0.331 0.007 0.004 0.004 0.008 0.131 0.006 0.001 0.011 0.281 28 A 0.165 0.436 0.017 0.005 0.005 0.011 0.077 0.013 0.001 0.005 0.266 29 T 0.053 0.598 0.008 0.004 0.002 0.003 0.021 0.008 0.001 0.002 0.302 30 E 0.012 0.535 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.003 0.001 0.002 0.348 31 L 0.024 0.733 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 0.003 0.001 0.001 0.180 32 L 0.029 0.926 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.003 0.001 0.001 0.018 33 V 0.016 0.959 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 34 R 0.045 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 35 A 0.087 0.555 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.303 0.001 0.001 0.052 36 G 0.635 0.045 0.009 0.001 0.002 0.001 0.003 0.254 0.001 0.002 0.048 37 I 0.004 0.001 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 38 T 0.002 0.001 0.019 0.404 0.062 0.082 0.068 0.001 0.001 0.001 0.362 39 L 0.008 0.001 0.003 0.783 0.047 0.060 0.019 0.001 0.001 0.001 0.079 40 C 0.001 0.001 0.001 0.840 0.041 0.070 0.017 0.001 0.001 0.001 0.031 41 V 0.001 0.001 0.001 0.886 0.040 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 42 N 0.001 0.001 0.001 0.792 0.046 0.079 0.021 0.001 0.001 0.001 0.060 43 V 0.004 0.002 0.001 0.503 0.130 0.181 0.041 0.001 0.001 0.004 0.134 44 S 0.010 0.007 0.001 0.216 0.148 0.271 0.186 0.001 0.001 0.009 0.151 45 R 0.041 0.011 0.001 0.082 0.065 0.118 0.135 0.003 0.001 0.013 0.532 46 Q 0.205 0.027 0.009 0.054 0.045 0.076 0.170 0.007 0.001 0.022 0.385 47 Q 0.187 0.014 0.018 0.018 0.031 0.052 0.117 0.003 0.001 0.008 0.552 48 P 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.974 49 G 0.025 0.001 0.001 0.018 0.018 0.047 0.106 0.001 0.001 0.002 0.782 50 P 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.962 51 R 0.039 0.005 0.001 0.028 0.014 0.030 0.083 0.001 0.001 0.001 0.798 52 A 0.331 0.004 0.001 0.018 0.008 0.020 0.072 0.001 0.001 0.006 0.539 53 P 0.008 0.002 0.001 0.006 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.969 54 G 0.053 0.002 0.001 0.017 0.012 0.017 0.140 0.001 0.001 0.004 0.754 55 V 0.477 0.006 0.008 0.030 0.014 0.028 0.059 0.001 0.001 0.014 0.362 56 A 0.029 0.019 0.001 0.223 0.145 0.116 0.125 0.001 0.001 0.002 0.339 57 E 0.036 0.007 0.002 0.104 0.072 0.142 0.072 0.001 0.001 0.004 0.561 58 L 0.022 0.008 0.001 0.422 0.152 0.298 0.036 0.001 0.001 0.002 0.058 59 R 0.026 0.009 0.005 0.123 0.061 0.117 0.067 0.003 0.001 0.005 0.584 60 V 0.019 0.003 0.006 0.227 0.245 0.236 0.043 0.001 0.001 0.003 0.217 61 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.965 62 V 0.007 0.001 0.001 0.098 0.055 0.117 0.113 0.001 0.001 0.004 0.604 63 F 0.077 0.001 0.001 0.063 0.028 0.081 0.105 0.001 0.001 0.014 0.629 64 D 0.120 0.006 0.001 0.056 0.019 0.036 0.180 0.002 0.001 0.010 0.569 65 D 0.146 0.002 0.003 0.023 0.006 0.009 0.174 0.001 0.001 0.009 0.627 66 P 0.011 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.932 67 A 0.024 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.538 0.001 0.001 0.011 0.409 68 E 0.164 0.019 0.002 0.009 0.003 0.006 0.202 0.001 0.001 0.015 0.580 69 D 0.045 0.094 0.001 0.004 0.003 0.003 0.192 0.001 0.001 0.003 0.655 70 L 0.071 0.217 0.002 0.004 0.007 0.013 0.252 0.001 0.001 0.009 0.423 71 L 0.082 0.667 0.001 0.007 0.009 0.014 0.064 0.003 0.001 0.004 0.149 72 T 0.052 0.795 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.004 0.001 0.001 0.104 73 H 0.121 0.780 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.076 74 L 0.233 0.709 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.033 75 E 0.042 0.673 0.037 0.005 0.002 0.007 0.015 0.015 0.001 0.001 0.205 76 P 0.005 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.884 77 T 0.092 0.559 0.002 0.005 0.002 0.004 0.044 0.010 0.001 0.001 0.282 78 C 0.068 0.836 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.070 79 A 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 80 A 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 81 M 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 82 E 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 83 A 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 84 A 0.029 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 85 V 0.041 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 86 R 0.030 0.902 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.034 87 D 0.137 0.526 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.174 0.001 0.001 0.151 88 G 0.552 0.071 0.010 0.003 0.002 0.001 0.014 0.147 0.001 0.004 0.195 89 G 0.089 0.002 0.479 0.010 0.003 0.002 0.031 0.007 0.001 0.005 0.373 90 S 0.012 0.001 0.319 0.122 0.024 0.022 0.089 0.001 0.001 0.003 0.409 91 C 0.004 0.001 0.010 0.624 0.095 0.096 0.036 0.001 0.001 0.001 0.134 92 L 0.001 0.001 0.001 0.723 0.090 0.145 0.015 0.001 0.001 0.001 0.027 93 V 0.001 0.001 0.001 0.825 0.076 0.086 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.868 0.032 0.074 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 95 C 0.001 0.001 0.001 0.717 0.085 0.151 0.010 0.001 0.001 0.001 0.035 96 K 0.002 0.002 0.001 0.272 0.125 0.350 0.068 0.001 0.001 0.004 0.177 97 N 0.014 0.005 0.001 0.050 0.068 0.186 0.235 0.002 0.001 0.011 0.430 98 G 0.311 0.008 0.002 0.026 0.053 0.025 0.085 0.013 0.001 0.034 0.443 99 R 0.278 0.025 0.222 0.008 0.011 0.013 0.155 0.001 0.001 0.021 0.265 100 S 0.005 0.009 0.006 0.019 0.049 0.050 0.139 0.001 0.001 0.002 0.719 101 R 0.022 0.011 0.003 0.044 0.027 0.063 0.083 0.001 0.001 0.004 0.744 102 S 0.035 0.022 0.003 0.048 0.031 0.070 0.176 0.001 0.001 0.007 0.606 103 A 0.072 0.047 0.004 0.128 0.053 0.085 0.185 0.001 0.001 0.012 0.413 104 A 0.025 0.146 0.003 0.096 0.019 0.051 0.166 0.001 0.001 0.004 0.489 105 V 0.009 0.554 0.001 0.085 0.032 0.035 0.046 0.001 0.001 0.001 0.236 106 C 0.004 0.839 0.001 0.016 0.007 0.013 0.025 0.001 0.001 0.001 0.094 107 T 0.002 0.948 0.001 0.002 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 108 A 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 109 Y 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 110 L 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 111 M 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 112 R 0.008 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 113 H 0.086 0.810 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.062 114 R 0.075 0.693 0.017 0.005 0.004 0.004 0.006 0.102 0.001 0.001 0.095 115 G 0.361 0.078 0.021 0.004 0.001 0.001 0.012 0.224 0.001 0.004 0.295 116 H 0.054 0.006 0.878 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.049 117 S 0.024 0.006 0.006 0.015 0.002 0.002 0.232 0.004 0.001 0.001 0.709 118 L 0.008 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.970 119 D 0.002 0.009 0.001 0.008 0.001 0.002 0.351 0.001 0.001 0.002 0.626 120 R 0.023 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.751 0.001 0.001 0.012 0.190 121 A 0.062 0.811 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.096 122 F 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 123 Q 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 124 M 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 125 V 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 126 K 0.023 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 127 S 0.064 0.804 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.056 0.001 0.001 0.059 128 A 0.342 0.477 0.016 0.003 0.002 0.002 0.002 0.075 0.001 0.001 0.081 129 R 0.243 0.250 0.140 0.018 0.011 0.011 0.018 0.028 0.001 0.002 0.278 130 P 0.003 0.004 0.027 0.007 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.946 131 V 0.047 0.008 0.003 0.109 0.042 0.070 0.071 0.005 0.001 0.002 0.642 132 A 0.341 0.019 0.007 0.077 0.012 0.025 0.042 0.004 0.001 0.006 0.465 133 E 0.107 0.030 0.006 0.157 0.058 0.077 0.120 0.004 0.001 0.003 0.441 134 P 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.971 135 N 0.031 0.001 0.001 0.053 0.007 0.026 0.366 0.001 0.001 0.005 0.508 136 L 0.111 0.002 0.003 0.008 0.001 0.002 0.068 0.001 0.001 0.007 0.797 137 G 0.017 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.322 0.001 0.001 0.001 0.641 138 F 0.089 0.070 0.001 0.005 0.001 0.003 0.304 0.001 0.001 0.008 0.518 139 W 0.030 0.596 0.001 0.006 0.002 0.005 0.124 0.001 0.001 0.002 0.234 140 A 0.023 0.744 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.001 0.001 0.002 0.150 141 Q 0.023 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 142 L 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 143 Q 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 144 K 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 145 Y 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 146 E 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 147 Q 0.006 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.033 148 T 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 149 L 0.023 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 150 Q 0.023 0.926 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.034 151 A 0.041 0.859 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.067 152 Q 0.167 0.635 0.005 0.005 0.004 0.004 0.005 0.064 0.001 0.001 0.112 153 A 0.295 0.316 0.048 0.008 0.009 0.009 0.029 0.065 0.001 0.004 0.216 154 I 0.134 0.205 0.136 0.050 0.024 0.034 0.034 0.044 0.001 0.003 0.336 155 L 0.124 0.058 0.035 0.116 0.056 0.091 0.064 0.016 0.001 0.003 0.437 156 P 0.003 0.001 0.003 0.007 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.976 157 R 0.020 0.002 0.003 0.109 0.031 0.067 0.060 0.002 0.001 0.002 0.705 158 E 0.186 0.002 0.002 0.034 0.011 0.020 0.077 0.001 0.001 0.005 0.661 159 P 0.012 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.962 160 I 0.022 0.001 0.001 0.066 0.015 0.041 0.166 0.001 0.001 0.004 0.684 161 D 0.203 0.001 0.001 0.020 0.008 0.011 0.152 0.001 0.001 0.006 0.598 162 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 163 E 0.008 0.001 0.001 0.011 0.007 0.016 0.452 0.001 0.001 0.005 0.500