# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.340 0.072 0.006 0.337 0.005 0.008 0.032 0.024 0.028 0.034 2 S 0.138 0.260 0.055 0.003 0.392 0.004 0.013 0.048 0.021 0.034 0.032 3 I 0.289 0.137 0.027 0.007 0.279 0.009 0.014 0.046 0.028 0.056 0.109 4 T 0.047 0.315 0.273 0.050 0.136 0.017 0.014 0.053 0.023 0.048 0.024 5 S 0.078 0.074 0.039 0.010 0.128 0.005 0.008 0.381 0.156 0.083 0.038 6 T 0.004 0.013 0.005 0.003 0.010 0.005 0.016 0.741 0.185 0.015 0.003 7 D 0.015 0.008 0.003 0.001 0.014 0.002 0.014 0.797 0.092 0.043 0.010 8 I 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.862 0.090 0.020 0.001 9 C 0.003 0.008 0.002 0.001 0.007 0.002 0.007 0.864 0.083 0.020 0.003 10 Q 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.012 0.853 0.090 0.021 0.002 11 A 0.002 0.005 0.005 0.002 0.003 0.002 0.011 0.845 0.094 0.028 0.002 12 A 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.794 0.168 0.012 0.001 13 D 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.025 0.764 0.183 0.010 0.001 14 A 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.058 0.686 0.160 0.075 0.003 15 L 0.078 0.154 0.060 0.015 0.147 0.012 0.024 0.200 0.096 0.154 0.059 16 K 0.017 0.057 0.040 0.089 0.026 0.107 0.178 0.268 0.126 0.073 0.018 17 G 0.045 0.055 0.067 0.088 0.043 0.034 0.045 0.127 0.096 0.320 0.080 18 F 0.144 0.071 0.027 0.020 0.188 0.029 0.061 0.130 0.108 0.140 0.081 19 V 0.131 0.102 0.032 0.030 0.168 0.045 0.085 0.141 0.094 0.088 0.083 20 G 0.112 0.131 0.120 0.085 0.168 0.037 0.029 0.064 0.042 0.142 0.069 21 F 0.109 0.164 0.065 0.042 0.199 0.043 0.046 0.101 0.070 0.103 0.058 22 N 0.148 0.116 0.063 0.040 0.241 0.025 0.029 0.076 0.058 0.111 0.094 23 R 0.063 0.107 0.088 0.037 0.081 0.024 0.047 0.219 0.191 0.106 0.037 24 K 0.053 0.052 0.068 0.046 0.061 0.079 0.236 0.218 0.086 0.074 0.027 25 T 0.028 0.351 0.179 0.130 0.099 0.042 0.059 0.025 0.015 0.050 0.023 26 G 0.078 0.092 0.096 0.198 0.081 0.055 0.009 0.013 0.016 0.219 0.143 27 R 0.221 0.129 0.017 0.014 0.492 0.017 0.026 0.026 0.013 0.016 0.029 28 Y 0.177 0.106 0.011 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 29 I 0.283 0.051 0.002 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 30 V 0.258 0.070 0.009 0.002 0.620 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.033 31 R 0.353 0.076 0.008 0.001 0.399 0.001 0.004 0.006 0.003 0.026 0.122 32 F 0.227 0.206 0.059 0.017 0.322 0.009 0.010 0.014 0.013 0.044 0.078 33 S 0.092 0.322 0.144 0.032 0.264 0.011 0.012 0.034 0.028 0.029 0.030 34 E 0.037 0.100 0.038 0.040 0.072 0.064 0.078 0.224 0.240 0.086 0.021 35 D 0.077 0.078 0.074 0.023 0.085 0.022 0.068 0.207 0.174 0.129 0.061 36 S 0.060 0.055 0.024 0.022 0.073 0.045 0.145 0.304 0.139 0.104 0.029 37 F 0.029 0.392 0.187 0.083 0.109 0.022 0.028 0.035 0.024 0.065 0.026 38 G 0.132 0.051 0.072 0.085 0.078 0.035 0.013 0.030 0.030 0.240 0.233 39 M 0.051 0.378 0.161 0.020 0.209 0.012 0.016 0.068 0.044 0.027 0.015 40 D 0.301 0.103 0.030 0.006 0.334 0.006 0.026 0.050 0.025 0.033 0.087 41 V 0.105 0.129 0.071 0.018 0.136 0.015 0.035 0.133 0.159 0.151 0.049 42 A 0.047 0.218 0.153 0.050 0.110 0.041 0.049 0.124 0.090 0.089 0.027 43 D 0.141 0.147 0.061 0.025 0.220 0.020 0.038 0.099 0.089 0.088 0.072 44 D 0.052 0.090 0.033 0.012 0.091 0.015 0.029 0.160 0.309 0.165 0.044 45 S 0.070 0.162 0.029 0.005 0.229 0.006 0.035 0.133 0.129 0.170 0.031 46 I 0.339 0.108 0.025 0.004 0.298 0.004 0.010 0.026 0.026 0.060 0.099 47 T 0.018 0.388 0.361 0.031 0.122 0.009 0.023 0.029 0.010 0.004 0.004 48 P 0.134 0.317 0.126 0.013 0.224 0.008 0.024 0.050 0.026 0.032 0.048 49 T 0.117 0.192 0.054 0.018 0.185 0.017 0.027 0.096 0.140 0.095 0.059 50 S 0.036 0.099 0.048 0.036 0.098 0.040 0.051 0.253 0.218 0.099 0.022 51 E 0.122 0.092 0.032 0.013 0.210 0.018 0.069 0.245 0.119 0.050 0.030 52 F 0.160 0.106 0.029 0.011 0.236 0.011 0.028 0.160 0.084 0.106 0.068 53 V 0.162 0.115 0.026 0.009 0.264 0.012 0.035 0.183 0.068 0.061 0.066 54 W 0.138 0.172 0.069 0.023 0.210 0.014 0.021 0.088 0.064 0.127 0.073 55 S 0.026 0.350 0.278 0.038 0.120 0.016 0.021 0.082 0.045 0.016 0.009 56 S 0.102 0.199 0.086 0.009 0.176 0.012 0.066 0.215 0.069 0.036 0.030 57 V 0.065 0.082 0.047 0.041 0.069 0.053 0.084 0.228 0.126 0.144 0.062 58 R 0.049 0.166 0.094 0.079 0.112 0.069 0.077 0.189 0.075 0.063 0.027 59 D 0.039 0.092 0.056 0.044 0.067 0.033 0.037 0.316 0.157 0.121 0.039 60 D 0.054 0.049 0.024 0.008 0.070 0.009 0.027 0.310 0.180 0.223 0.046 61 V 0.070 0.114 0.021 0.009 0.128 0.012 0.041 0.378 0.125 0.075 0.027 62 M 0.158 0.160 0.030 0.007 0.281 0.007 0.012 0.181 0.053 0.052 0.058 63 R 0.087 0.172 0.062 0.009 0.207 0.016 0.042 0.254 0.063 0.061 0.028 64 L 0.130 0.124 0.055 0.022 0.131 0.015 0.036 0.310 0.058 0.054 0.065 65 G 0.028 0.147 0.158 0.058 0.055 0.021 0.020 0.239 0.082 0.167 0.024 66 R 0.015 0.037 0.012 0.004 0.027 0.003 0.007 0.746 0.123 0.021 0.007 67 E 0.004 0.009 0.004 0.001 0.009 0.004 0.015 0.885 0.062 0.006 0.002 68 Q 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.924 0.045 0.011 0.002 69 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.892 0.080 0.014 0.001 70 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.944 0.046 0.001 0.001 71 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.961 0.019 0.001 0.001 72 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.015 0.921 0.042 0.007 0.001 73 L 0.007 0.012 0.003 0.002 0.007 0.004 0.013 0.828 0.100 0.019 0.004 74 E 0.016 0.016 0.007 0.003 0.015 0.011 0.063 0.566 0.173 0.117 0.014 75 Q 0.010 0.569 0.178 0.012 0.109 0.008 0.029 0.058 0.011 0.013 0.004 76 N 0.269 0.058 0.032 0.005 0.098 0.005 0.017 0.142 0.035 0.115 0.224 77 I 0.050 0.085 0.026 0.022 0.080 0.042 0.045 0.395 0.178 0.049 0.028 78 N 0.029 0.060 0.022 0.039 0.062 0.040 0.059 0.481 0.138 0.050 0.019 79 E 0.033 0.062 0.038 0.012 0.049 0.011 0.042 0.407 0.217 0.108 0.022 80 R 0.052 0.096 0.029 0.011 0.135 0.015 0.078 0.338 0.118 0.106 0.021 81 L 0.117 0.308 0.054 0.014 0.275 0.015 0.024 0.074 0.031 0.036 0.050 82 N 0.265 0.100 0.049 0.008 0.251 0.010 0.016 0.038 0.017 0.082 0.163 83 I 0.075 0.072 0.022 0.018 0.095 0.016 0.044 0.216 0.207 0.179 0.056 84 G 0.013 0.033 0.102 0.126 0.014 0.052 0.040 0.089 0.118 0.391 0.023 85 E 0.015 0.289 0.341 0.035 0.077 0.008 0.023 0.157 0.039 0.010 0.005 86 P 0.111 0.224 0.071 0.008 0.219 0.008 0.029 0.230 0.058 0.017 0.025 87 L 0.106 0.100 0.018 0.011 0.227 0.022 0.034 0.333 0.086 0.034 0.030 88 L 0.207 0.072 0.007 0.004 0.327 0.006 0.017 0.276 0.044 0.016 0.025 89 V 0.197 0.089 0.014 0.007 0.398 0.012 0.024 0.201 0.023 0.012 0.022 90 Y 0.163 0.111 0.013 0.005 0.341 0.007 0.027 0.225 0.035 0.046 0.026 91 L 0.201 0.158 0.033 0.011 0.267 0.012 0.023 0.162 0.035 0.036 0.062 92 R 0.039 0.224 0.107 0.033 0.117 0.021 0.064 0.181 0.083 0.103 0.027 93 R 0.087 0.073 0.038 0.014 0.090 0.024 0.066 0.176 0.241 0.128 0.063 94 Q 0.021 0.201 0.096 0.020 0.082 0.014 0.047 0.239 0.208 0.058 0.014 95 D 0.069 0.049 0.028 0.006 0.058 0.010 0.048 0.105 0.130 0.435 0.062 96 L 0.072 0.386 0.125 0.010 0.156 0.004 0.014 0.137 0.057 0.015 0.023 97 P 0.025 0.219 0.085 0.019 0.116 0.032 0.033 0.292 0.124 0.039 0.015 98 E 0.090 0.136 0.024 0.002 0.221 0.004 0.019 0.350 0.089 0.050 0.014 99 I 0.326 0.051 0.008 0.003 0.250 0.004 0.009 0.199 0.035 0.037 0.079 100 T 0.098 0.126 0.051 0.036 0.198 0.032 0.047 0.256 0.057 0.062 0.038 101 A 0.173 0.141 0.037 0.008 0.260 0.006 0.018 0.223 0.039 0.055 0.039 102 Q 0.147 0.094 0.025 0.016 0.192 0.038 0.078 0.270 0.055 0.042 0.041 103 R 0.131 0.214 0.053 0.013 0.282 0.012 0.023 0.141 0.041 0.046 0.046 104 Q 0.165 0.205 0.058 0.006 0.296 0.006 0.020 0.140 0.037 0.035 0.033 105 L 0.132 0.136 0.036 0.018 0.165 0.018 0.026 0.254 0.098 0.064 0.053 106 R 0.047 0.170 0.093 0.049 0.108 0.043 0.059 0.264 0.096 0.050 0.021