# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.008 0.577 0.010 0.040 0.064 0.001 0.001 0.008 0.172 0.085 0.016 0.015 2 K 0.011 0.026 0.509 0.008 0.034 0.092 0.003 0.002 0.016 0.082 0.101 0.068 0.048 3 V 0.015 0.019 0.526 0.007 0.040 0.074 0.005 0.004 0.027 0.048 0.066 0.025 0.144 4 F 0.031 0.027 0.330 0.031 0.024 0.069 0.009 0.006 0.039 0.077 0.030 0.286 0.042 5 E 0.027 0.013 0.181 0.006 0.030 0.046 0.007 0.009 0.046 0.030 0.052 0.083 0.470 6 F 0.026 0.016 0.350 0.089 0.045 0.052 0.006 0.006 0.019 0.079 0.092 0.121 0.100 7 E 0.015 0.015 0.344 0.016 0.036 0.020 0.003 0.005 0.024 0.099 0.096 0.114 0.213 8 V 0.015 0.031 0.203 0.031 0.045 0.023 0.003 0.006 0.013 0.173 0.199 0.060 0.197 9 G 0.008 0.005 0.215 0.169 0.015 0.008 0.001 0.002 0.007 0.246 0.218 0.067 0.038 10 K 0.023 0.005 0.317 0.037 0.009 0.008 0.006 0.013 0.056 0.299 0.099 0.047 0.083 11 G 0.249 0.005 0.126 0.015 0.001 0.002 0.059 0.043 0.085 0.023 0.008 0.097 0.288 12 F 0.426 0.002 0.023 0.013 0.001 0.001 0.155 0.101 0.068 0.005 0.001 0.156 0.048 13 L 0.569 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.186 0.073 0.033 0.001 0.001 0.019 0.106 14 L 0.527 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.253 0.064 0.027 0.001 0.001 0.092 0.031 15 R 0.441 0.003 0.018 0.008 0.001 0.001 0.222 0.037 0.074 0.005 0.001 0.043 0.148 16 L 0.096 0.008 0.288 0.011 0.005 0.003 0.058 0.020 0.254 0.051 0.014 0.072 0.117 17 D 0.011 0.007 0.561 0.005 0.010 0.011 0.008 0.003 0.057 0.123 0.151 0.015 0.037 18 Y 0.001 0.007 0.047 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 0.002 0.174 0.736 0.001 0.001 19 G 0.001 0.006 0.145 0.001 0.011 0.083 0.001 0.001 0.001 0.262 0.490 0.001 0.001 20 K 0.001 0.005 0.213 0.001 0.021 0.519 0.001 0.001 0.001 0.146 0.093 0.002 0.001 21 D 0.001 0.023 0.067 0.001 0.007 0.805 0.001 0.001 0.001 0.031 0.056 0.001 0.008 22 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 23 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.543 0.001 0.001 0.001 0.018 0.421 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.143 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.001 0.026 0.772 0.001 0.001 35 I 0.001 0.002 0.919 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.051 0.016 0.001 0.004 36 H 0.001 0.013 0.437 0.013 0.011 0.005 0.001 0.001 0.046 0.361 0.035 0.064 0.012 37 A 0.007 0.002 0.095 0.007 0.007 0.004 0.013 0.060 0.543 0.063 0.024 0.009 0.166 38 A 0.016 0.002 0.084 0.114 0.003 0.004 0.050 0.159 0.398 0.051 0.008 0.083 0.028 39 H 0.015 0.001 0.030 0.011 0.001 0.003 0.076 0.243 0.567 0.010 0.001 0.009 0.033 40 I 0.022 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.100 0.498 0.319 0.001 0.001 0.023 0.015 41 S 0.022 0.005 0.024 0.003 0.001 0.013 0.207 0.420 0.252 0.013 0.009 0.010 0.020 42 A 0.037 0.008 0.212 0.003 0.010 0.137 0.065 0.146 0.268 0.020 0.038 0.022 0.032 43 I 0.027 0.005 0.113 0.036 0.040 0.352 0.020 0.096 0.126 0.049 0.099 0.008 0.030 44 G 0.014 0.005 0.091 0.008 0.126 0.399 0.014 0.060 0.046 0.086 0.108 0.031 0.013 45 A 0.013 0.006 0.081 0.003 0.141 0.500 0.007 0.011 0.027 0.032 0.121 0.002 0.055 46 V 0.012 0.034 0.080 0.004 0.115 0.600 0.003 0.009 0.008 0.049 0.065 0.012 0.009 47 R 0.002 0.004 0.048 0.011 0.130 0.572 0.001 0.003 0.003 0.074 0.138 0.005 0.009 48 S 0.008 0.003 0.093 0.033 0.135 0.449 0.001 0.001 0.002 0.098 0.164 0.007 0.009 49 A 0.037 0.008 0.253 0.005 0.127 0.288 0.004 0.006 0.032 0.048 0.139 0.011 0.045 50 V 0.114 0.037 0.108 0.012 0.068 0.212 0.026 0.014 0.042 0.081 0.104 0.130 0.051 51 I 0.120 0.020 0.135 0.037 0.078 0.126 0.031 0.071 0.044 0.056 0.106 0.041 0.135 52 G 0.179 0.013 0.147 0.017 0.046 0.093 0.029 0.044 0.071 0.083 0.098 0.138 0.041 53 Y 0.115 0.020 0.230 0.005 0.028 0.057 0.021 0.013 0.063 0.079 0.119 0.069 0.183 54 Y 0.011 0.034 0.448 0.007 0.022 0.054 0.003 0.002 0.014 0.145 0.175 0.041 0.044 55 D 0.001 0.006 0.718 0.003 0.013 0.032 0.001 0.001 0.004 0.152 0.038 0.010 0.022 56 Q 0.001 0.002 0.126 0.005 0.067 0.398 0.001 0.001 0.001 0.112 0.281 0.003 0.004 57 E 0.001 0.005 0.119 0.005 0.101 0.362 0.001 0.001 0.002 0.086 0.308 0.004 0.007 58 K 0.002 0.003 0.231 0.001 0.091 0.449 0.001 0.001 0.005 0.052 0.117 0.029 0.017 59 K 0.006 0.016 0.126 0.054 0.120 0.360 0.002 0.001 0.001 0.078 0.207 0.008 0.020 60 E 0.012 0.011 0.137 0.014 0.063 0.309 0.001 0.002 0.008 0.073 0.142 0.176 0.051 61 Y 0.027 0.011 0.253 0.040 0.033 0.167 0.002 0.003 0.007 0.074 0.077 0.036 0.269 62 V 0.020 0.021 0.251 0.029 0.005 0.072 0.003 0.003 0.028 0.083 0.017 0.419 0.047 63 K 0.005 0.027 0.292 0.013 0.007 0.050 0.002 0.007 0.045 0.035 0.013 0.034 0.471 64 K 0.004 0.027 0.333 0.048 0.006 0.052 0.003 0.008 0.028 0.063 0.014 0.355 0.059 65 E 0.004 0.009 0.379 0.006 0.006 0.020 0.002 0.006 0.030 0.018 0.027 0.041 0.452 66 L 0.006 0.041 0.323 0.014 0.015 0.053 0.005 0.007 0.017 0.108 0.225 0.055 0.130 67 M 0.002 0.005 0.243 0.013 0.008 0.035 0.001 0.001 0.006 0.264 0.387 0.020 0.015 68 E 0.001 0.002 0.520 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.416 0.032 0.005 0.006 69 P 0.004 0.011 0.584 0.011 0.009 0.069 0.001 0.001 0.005 0.118 0.073 0.015 0.099 70 L 0.065 0.017 0.338 0.022 0.014 0.054 0.025 0.004 0.013 0.025 0.032 0.132 0.258 71 E 0.174 0.003 0.022 0.006 0.002 0.012 0.034 0.004 0.018 0.009 0.002 0.612 0.102 72 I 0.381 0.003 0.008 0.012 0.002 0.008 0.047 0.004 0.008 0.002 0.003 0.038 0.484 73 L 0.359 0.001 0.012 0.324 0.002 0.007 0.025 0.004 0.010 0.004 0.008 0.196 0.048 74 S 0.492 0.001 0.022 0.006 0.002 0.005 0.022 0.007 0.014 0.007 0.010 0.085 0.326 75 L 0.469 0.002 0.051 0.010 0.003 0.008 0.031 0.011 0.017 0.012 0.018 0.174 0.195 76 S 0.320 0.009 0.090 0.110 0.018 0.018 0.025 0.006 0.023 0.075 0.042 0.158 0.106 77 G 0.165 0.010 0.193 0.009 0.016 0.013 0.016 0.004 0.058 0.076 0.039 0.229 0.172 78 N 0.178 0.008 0.150 0.035 0.006 0.002 0.011 0.003 0.017 0.051 0.028 0.159 0.352 79 V 0.150 0.027 0.226 0.009 0.007 0.003 0.012 0.003 0.013 0.062 0.023 0.121 0.344 80 S 0.046 0.031 0.226 0.010 0.015 0.005 0.006 0.002 0.016 0.093 0.046 0.271 0.233 81 M 0.007 0.017 0.310 0.012 0.086 0.024 0.001 0.001 0.006 0.140 0.261 0.014 0.121 82 K 0.002 0.008 0.245 0.007 0.092 0.030 0.001 0.001 0.002 0.136 0.441 0.029 0.007 83 D 0.001 0.002 0.042 0.002 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.081 0.826 0.002 0.004 84 S 0.001 0.008 0.109 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.205 0.656 0.006 0.003 85 K 0.002 0.011 0.766 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.121 0.011 0.060 0.021 86 P 0.016 0.031 0.384 0.024 0.002 0.001 0.010 0.001 0.032 0.122 0.020 0.018 0.338 87 F 0.087 0.008 0.157 0.190 0.002 0.002 0.056 0.015 0.067 0.054 0.006 0.259 0.097 88 C 0.323 0.002 0.041 0.018 0.001 0.001 0.167 0.027 0.058 0.006 0.002 0.116 0.240 89 H 0.404 0.003 0.022 0.039 0.001 0.002 0.151 0.078 0.070 0.004 0.001 0.092 0.134 90 I 0.457 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.140 0.085 0.071 0.001 0.001 0.130 0.086 91 H 0.565 0.001 0.014 0.014 0.002 0.001 0.100 0.029 0.053 0.005 0.002 0.099 0.114 92 V 0.508 0.002 0.025 0.026 0.005 0.002 0.097 0.027 0.028 0.008 0.007 0.061 0.206 93 L 0.451 0.004 0.041 0.024 0.005 0.003 0.067 0.023 0.070 0.029 0.020 0.176 0.086 94 L 0.162 0.061 0.175 0.008 0.010 0.007 0.050 0.024 0.054 0.069 0.031 0.028 0.320 95 G 0.012 0.014 0.524 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.012 0.126 0.125 0.105 0.062 96 K 0.001 0.003 0.048 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.189 0.733 0.005 0.005 97 D 0.001 0.001 0.053 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.140 0.784 0.003 0.002 98 G 0.001 0.003 0.223 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.664 0.086 0.008 0.008 99 E 0.014 0.030 0.606 0.006 0.003 0.004 0.011 0.003 0.026 0.177 0.021 0.028 0.072 100 V 0.073 0.108 0.256 0.006 0.004 0.008 0.072 0.014 0.052 0.044 0.020 0.103 0.239 101 Y 0.108 0.032 0.225 0.094 0.007 0.015 0.057 0.010 0.032 0.061 0.023 0.205 0.131 102 G 0.101 0.013 0.241 0.027 0.015 0.028 0.039 0.007 0.039 0.054 0.039 0.138 0.258 103 G 0.119 0.013 0.197 0.027 0.040 0.060 0.020 0.013 0.025 0.069 0.112 0.165 0.139 104 H 0.115 0.019 0.179 0.008 0.052 0.058 0.016 0.019 0.021 0.052 0.144 0.178 0.138 105 L 0.061 0.022 0.189 0.006 0.098 0.066 0.008 0.014 0.035 0.043 0.172 0.027 0.258 106 F 0.007 0.013 0.110 0.072 0.188 0.115 0.001 0.003 0.006 0.143 0.305 0.021 0.015 107 S 0.004 0.002 0.098 0.032 0.137 0.058 0.001 0.001 0.002 0.224 0.417 0.015 0.011 108 A 0.012 0.007 0.493 0.013 0.057 0.026 0.001 0.001 0.003 0.138 0.117 0.034 0.097 109 E 0.040 0.042 0.398 0.007 0.010 0.010 0.007 0.001 0.010 0.058 0.034 0.198 0.186 110 V 0.076 0.031 0.283 0.030 0.004 0.005 0.011 0.002 0.016 0.060 0.019 0.133 0.331 111 F 0.117 0.008 0.177 0.139 0.002 0.002 0.009 0.001 0.011 0.045 0.011 0.307 0.171 112 A 0.204 0.003 0.079 0.050 0.002 0.003 0.019 0.002 0.019 0.021 0.022 0.114 0.463 113 C 0.420 0.001 0.048 0.028 0.001 0.001 0.033 0.003 0.010 0.003 0.004 0.259 0.189 114 E 0.651 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.047 0.003 0.009 0.001 0.001 0.152 0.127 115 V 0.822 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.048 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 0.101 116 F 0.706 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 0.190 0.042 117 V 0.551 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.383 118 L 0.174 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.737 0.056 119 P 0.063 0.001 0.046 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.012 0.008 0.016 0.820 120 L 0.067 0.010 0.202 0.052 0.011 0.007 0.019 0.003 0.029 0.107 0.056 0.328 0.109 121 S 0.011 0.004 0.138 0.034 0.014 0.011 0.006 0.002 0.010 0.140 0.533 0.043 0.055 122 G 0.003 0.008 0.237 0.005 0.015 0.003 0.001 0.001 0.002 0.304 0.387 0.011 0.024 123 E 0.004 0.022 0.498 0.002 0.006 0.006 0.002 0.001 0.005 0.271 0.034 0.107 0.043 124 A 0.003 0.027 0.618 0.004 0.010 0.010 0.001 0.001 0.005 0.117 0.025 0.050 0.130 125 P 0.004 0.010 0.330 0.135 0.166 0.082 0.001 0.001 0.006 0.091 0.079 0.011 0.085 126 E 0.028 0.020 0.114 0.083 0.268 0.139 0.005 0.004 0.011 0.055 0.112 0.123 0.038 127 R 0.042 0.015 0.123 0.030 0.214 0.089 0.017 0.007 0.013 0.044 0.052 0.057 0.296 128 A 0.044 0.033 0.151 0.005 0.052 0.095 0.008 0.009 0.036 0.039 0.028 0.312 0.188 129 F 0.050 0.088 0.218 0.003 0.014 0.046 0.009 0.002 0.024 0.156 0.048 0.065 0.276 130 D 0.001 0.012 0.763 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.003 0.114 0.039 0.015 0.028 131 E 0.001 0.001 0.022 0.002 0.036 0.039 0.001 0.001 0.001 0.046 0.852 0.001 0.002 132 Q 0.001 0.001 0.030 0.001 0.055 0.038 0.001 0.001 0.001 0.078 0.790 0.005 0.001 133 T 0.005 0.006 0.193 0.001 0.105 0.074 0.002 0.001 0.007 0.271 0.290 0.008 0.038 134 G 0.013 0.062 0.341 0.012 0.042 0.060 0.004 0.001 0.008 0.215 0.219 0.011 0.012 135 L 0.027 0.063 0.340 0.004 0.091 0.148 0.005 0.004 0.017 0.064 0.107 0.055 0.075 136 F 0.067 0.025 0.183 0.011 0.080 0.151 0.016 0.015 0.021 0.053 0.155 0.118 0.104 137 L 0.062 0.031 0.200 0.035 0.081 0.107 0.035 0.019 0.041 0.061 0.100 0.066 0.161 138 W 0.044 0.033 0.351 0.075 0.045 0.095 0.014 0.013 0.067 0.056 0.039 0.069 0.100 139 L 0.026 0.018 0.421 0.035 0.030 0.055 0.004 0.004 0.032 0.137 0.030 0.135 0.072 140 E 0.012 0.012 0.292 0.025 0.087 0.095 0.002 0.007 0.022 0.116 0.147 0.028 0.155 141 H 0.012 0.019 0.222 0.019 0.125 0.148 0.003 0.007 0.015 0.128 0.246 0.026 0.031 142 H 0.009 0.030 0.340 0.009 0.115 0.120 0.007 0.010 0.033 0.133 0.129 0.030 0.034 143 H 0.013 0.054 0.314 0.010 0.087 0.084 0.007 0.012 0.044 0.137 0.110 0.032 0.096 144 H 0.008 0.031 0.319 0.006 0.066 0.083 0.003 0.006 0.023 0.161 0.196 0.068 0.032 145 H 0.004 0.035 0.406 0.003 0.048 0.070 0.003 0.003 0.012 0.142 0.227 0.006 0.042 146 H 0.001 0.017 0.649 0.001 0.024 0.033 0.001 0.001 0.007 0.194 0.054 0.011 0.009