# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.164 0.020 0.092 0.128 0.079 0.075 0.404 2 K 0.052 0.184 0.014 0.100 0.144 0.066 0.091 0.350 3 V 0.053 0.109 0.018 0.100 0.126 0.073 0.078 0.443 4 F 0.041 0.069 0.014 0.248 0.260 0.045 0.085 0.238 5 E 0.016 0.013 0.023 0.128 0.222 0.062 0.120 0.417 6 F 0.141 0.008 0.023 0.113 0.148 0.086 0.098 0.382 7 E 0.417 0.006 0.009 0.061 0.074 0.043 0.054 0.338 8 V 0.020 0.002 0.011 0.013 0.057 0.124 0.015 0.759 9 G 0.007 0.001 0.041 0.046 0.289 0.110 0.022 0.483 10 K 0.002 0.001 0.041 0.281 0.464 0.050 0.026 0.136 11 G 0.001 0.001 0.074 0.268 0.509 0.015 0.020 0.114 12 F 0.001 0.001 0.085 0.443 0.456 0.002 0.006 0.007 13 L 0.001 0.001 0.154 0.392 0.417 0.003 0.007 0.028 14 L 0.001 0.001 0.239 0.443 0.295 0.003 0.005 0.014 15 R 0.002 0.001 0.196 0.296 0.441 0.010 0.019 0.036 16 L 0.072 0.010 0.117 0.138 0.159 0.082 0.037 0.386 17 D 0.444 0.046 0.039 0.071 0.044 0.060 0.069 0.226 18 Y 0.030 0.224 0.005 0.003 0.009 0.070 0.009 0.649 19 G 0.032 0.626 0.005 0.002 0.005 0.022 0.037 0.270 20 K 0.024 0.798 0.006 0.014 0.004 0.014 0.091 0.049 21 D 0.012 0.907 0.003 0.002 0.002 0.007 0.042 0.026 22 L 0.025 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 23 V 0.022 0.880 0.003 0.001 0.001 0.003 0.081 0.010 24 R 0.004 0.806 0.001 0.001 0.001 0.003 0.141 0.044 25 Q 0.006 0.905 0.003 0.001 0.001 0.003 0.070 0.012 26 I 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 27 E 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.014 28 E 0.008 0.951 0.004 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 29 F 0.060 0.765 0.032 0.002 0.001 0.013 0.086 0.041 30 L 0.153 0.064 0.242 0.004 0.002 0.025 0.421 0.090 31 E 0.657 0.059 0.011 0.001 0.001 0.019 0.035 0.217 32 E 0.111 0.014 0.009 0.001 0.001 0.025 0.024 0.816 33 K 0.003 0.015 0.040 0.003 0.004 0.155 0.017 0.764 34 G 0.019 0.025 0.022 0.004 0.009 0.078 0.050 0.793 35 I 0.054 0.076 0.055 0.030 0.009 0.116 0.119 0.541 36 H 0.035 0.203 0.157 0.021 0.040 0.095 0.140 0.310 37 A 0.017 0.073 0.092 0.023 0.049 0.076 0.264 0.406 38 A 0.006 0.078 0.468 0.097 0.099 0.040 0.121 0.091 39 H 0.024 0.156 0.394 0.047 0.116 0.034 0.115 0.113 40 I 0.016 0.097 0.398 0.126 0.108 0.039 0.075 0.142 41 S 0.025 0.092 0.364 0.109 0.127 0.055 0.058 0.170 42 A 0.074 0.155 0.119 0.050 0.085 0.100 0.122 0.296 43 I 0.080 0.162 0.097 0.058 0.089 0.103 0.098 0.314 44 G 0.045 0.061 0.098 0.086 0.117 0.085 0.169 0.338 45 A 0.022 0.076 0.057 0.058 0.119 0.098 0.237 0.334 46 V 0.089 0.062 0.106 0.069 0.091 0.085 0.199 0.299 47 R 0.160 0.063 0.035 0.069 0.103 0.105 0.073 0.392 48 S 0.019 0.023 0.033 0.017 0.059 0.095 0.047 0.708 49 A 0.012 0.016 0.107 0.095 0.250 0.137 0.073 0.310 50 V 0.021 0.010 0.104 0.213 0.307 0.059 0.090 0.196 51 I 0.011 0.009 0.100 0.217 0.245 0.054 0.037 0.327 52 G 0.009 0.015 0.195 0.188 0.318 0.051 0.031 0.193 53 Y 0.014 0.019 0.112 0.226 0.241 0.066 0.047 0.275 54 Y 0.051 0.052 0.106 0.096 0.094 0.082 0.061 0.460 55 D 0.294 0.163 0.028 0.049 0.052 0.056 0.096 0.262 56 Q 0.160 0.107 0.016 0.016 0.022 0.083 0.063 0.533 57 E 0.110 0.100 0.013 0.022 0.032 0.073 0.069 0.582 58 K 0.059 0.066 0.008 0.021 0.035 0.091 0.064 0.656 59 K 0.038 0.074 0.013 0.040 0.063 0.098 0.067 0.608 60 E 0.054 0.071 0.014 0.053 0.090 0.089 0.059 0.569 61 Y 0.058 0.051 0.023 0.066 0.075 0.089 0.084 0.554 62 V 0.059 0.065 0.023 0.093 0.119 0.082 0.079 0.481 63 K 0.055 0.025 0.030 0.059 0.108 0.073 0.076 0.574 64 K 0.058 0.017 0.023 0.112 0.123 0.090 0.050 0.528 65 E 0.054 0.012 0.025 0.060 0.080 0.098 0.066 0.606 66 L 0.019 0.015 0.012 0.038 0.066 0.110 0.028 0.711 67 M 0.038 0.026 0.016 0.026 0.044 0.092 0.030 0.730 68 E 0.095 0.183 0.016 0.077 0.073 0.081 0.055 0.420 69 P 0.044 0.184 0.029 0.042 0.119 0.088 0.064 0.431 70 L 0.018 0.082 0.068 0.134 0.206 0.061 0.200 0.231 71 E 0.017 0.092 0.068 0.251 0.289 0.042 0.105 0.136 72 I 0.024 0.033 0.125 0.145 0.262 0.058 0.130 0.224 73 L 0.016 0.019 0.107 0.227 0.361 0.049 0.086 0.136 74 S 0.042 0.014 0.108 0.149 0.286 0.053 0.100 0.248 75 L 0.028 0.011 0.066 0.137 0.211 0.107 0.054 0.385 76 S 0.017 0.009 0.062 0.109 0.234 0.092 0.044 0.433 77 G 0.029 0.012 0.054 0.096 0.154 0.124 0.048 0.484 78 N 0.043 0.019 0.073 0.106 0.134 0.116 0.065 0.444 79 V 0.050 0.010 0.045 0.104 0.100 0.099 0.066 0.527 80 S 0.065 0.008 0.048 0.053 0.067 0.098 0.149 0.513 81 M 0.338 0.006 0.016 0.022 0.027 0.072 0.064 0.454 82 K 0.196 0.003 0.007 0.013 0.017 0.086 0.039 0.639 83 D 0.010 0.002 0.005 0.005 0.017 0.094 0.010 0.857 84 S 0.023 0.005 0.012 0.014 0.053 0.123 0.028 0.743 85 K 0.039 0.011 0.033 0.109 0.088 0.145 0.094 0.480 86 P 0.014 0.023 0.085 0.099 0.207 0.089 0.064 0.419 87 F 0.007 0.015 0.165 0.113 0.245 0.082 0.066 0.307 88 C 0.006 0.017 0.269 0.235 0.271 0.038 0.049 0.116 89 H 0.007 0.018 0.359 0.139 0.273 0.027 0.086 0.091 90 I 0.007 0.014 0.242 0.218 0.314 0.031 0.081 0.094 91 H 0.008 0.006 0.339 0.217 0.292 0.020 0.064 0.054 92 V 0.027 0.007 0.168 0.243 0.291 0.058 0.036 0.170 93 L 0.012 0.003 0.171 0.188 0.319 0.062 0.061 0.184 94 L 0.009 0.002 0.068 0.084 0.204 0.121 0.075 0.436 95 G 0.281 0.004 0.032 0.028 0.050 0.137 0.104 0.364 96 K 0.254 0.006 0.007 0.019 0.021 0.119 0.036 0.538 97 D 0.013 0.004 0.012 0.005 0.027 0.150 0.015 0.774 98 G 0.009 0.005 0.054 0.040 0.169 0.157 0.058 0.507 99 E 0.014 0.006 0.101 0.240 0.201 0.090 0.057 0.291 100 V 0.028 0.009 0.109 0.148 0.116 0.074 0.049 0.467 101 Y 0.036 0.022 0.124 0.149 0.190 0.075 0.055 0.350 102 G 0.046 0.027 0.098 0.079 0.167 0.078 0.060 0.445 103 G 0.031 0.019 0.125 0.170 0.196 0.064 0.097 0.298 104 H 0.025 0.024 0.077 0.192 0.262 0.073 0.089 0.259 105 L 0.050 0.016 0.083 0.103 0.170 0.082 0.127 0.369 106 F 0.137 0.020 0.035 0.116 0.157 0.078 0.092 0.364 107 S 0.084 0.018 0.013 0.030 0.084 0.076 0.054 0.640 108 A 0.014 0.014 0.029 0.069 0.172 0.109 0.042 0.551 109 E 0.007 0.013 0.045 0.157 0.464 0.060 0.049 0.207 110 V 0.006 0.010 0.081 0.194 0.280 0.064 0.085 0.279 111 F 0.014 0.016 0.111 0.366 0.321 0.029 0.044 0.099 112 A 0.025 0.021 0.090 0.172 0.373 0.037 0.083 0.199 113 C 0.005 0.005 0.104 0.201 0.445 0.036 0.041 0.162 114 E 0.004 0.001 0.061 0.271 0.597 0.010 0.020 0.035 115 V 0.004 0.001 0.034 0.328 0.420 0.019 0.015 0.179 116 F 0.001 0.001 0.068 0.368 0.512 0.012 0.005 0.034 117 V 0.002 0.001 0.046 0.228 0.489 0.031 0.024 0.179 118 L 0.011 0.002 0.066 0.467 0.267 0.033 0.041 0.113 119 P 0.157 0.008 0.038 0.104 0.127 0.077 0.045 0.444 120 L 0.363 0.013 0.015 0.024 0.030 0.076 0.048 0.431 121 S 0.048 0.010 0.010 0.011 0.017 0.096 0.014 0.793 122 G 0.027 0.021 0.007 0.006 0.014 0.087 0.021 0.817 123 E 0.083 0.099 0.010 0.021 0.022 0.104 0.040 0.620 124 A 0.201 0.135 0.022 0.044 0.048 0.088 0.109 0.353 125 P 0.150 0.089 0.016 0.037 0.054 0.065 0.047 0.542 126 E 0.069 0.059 0.028 0.066 0.132 0.083 0.045 0.519 127 R 0.048 0.122 0.016 0.036 0.059 0.122 0.020 0.578 128 A 0.013 0.059 0.024 0.060 0.111 0.125 0.031 0.577 129 F 0.015 0.017 0.015 0.018 0.019 0.102 0.221 0.593 130 D 0.249 0.240 0.007 0.010 0.005 0.017 0.443 0.028 131 E 0.388 0.288 0.005 0.003 0.006 0.043 0.030 0.237 132 Q 0.079 0.101 0.012 0.007 0.015 0.069 0.038 0.678 133 T 0.026 0.128 0.030 0.018 0.046 0.141 0.054 0.556 134 G 0.052 0.190 0.026 0.029 0.067 0.121 0.125 0.390 135 L 0.115 0.238 0.042 0.065 0.050 0.093 0.056 0.341 136 F 0.067 0.266 0.053 0.051 0.070 0.085 0.055 0.354 137 L 0.016 0.153 0.089 0.037 0.082 0.085 0.108 0.430 138 W 0.054 0.197 0.146 0.077 0.092 0.068 0.184 0.182 139 L 0.225 0.225 0.053 0.052 0.051 0.050 0.143 0.201 140 E 0.067 0.102 0.054 0.035 0.059 0.085 0.112 0.487 141 H 0.059 0.046 0.056 0.045 0.073 0.111 0.107 0.502 142 H 0.106 0.022 0.040 0.039 0.057 0.123 0.088 0.525 143 H 0.082 0.009 0.026 0.025 0.036 0.109 0.042 0.672 144 H 0.064 0.009 0.020 0.024 0.042 0.123 0.048 0.669 145 H 0.026 0.007 0.015 0.016 0.032 0.117 0.035 0.752 146 H 0.048 0.012 0.029 0.040 0.061 0.123 0.053 0.634