# TARGET T0312 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.162 0.204 0.066 0.023 0.351 0.016 0.014 0.033 0.031 0.053 0.045 2 K 0.233 0.155 0.054 0.013 0.363 0.009 0.012 0.025 0.019 0.049 0.067 3 V 0.296 0.136 0.047 0.019 0.293 0.013 0.009 0.037 0.038 0.041 0.070 4 F 0.115 0.210 0.076 0.028 0.251 0.033 0.033 0.104 0.066 0.044 0.040 5 E 0.206 0.093 0.026 0.018 0.253 0.026 0.042 0.113 0.072 0.087 0.065 6 F 0.165 0.120 0.051 0.053 0.189 0.041 0.035 0.081 0.059 0.122 0.085 7 E 0.089 0.087 0.176 0.214 0.114 0.069 0.044 0.058 0.031 0.068 0.050 8 V 0.021 0.139 0.088 0.218 0.047 0.141 0.184 0.079 0.041 0.030 0.011 9 G 0.027 0.044 0.039 0.179 0.035 0.064 0.067 0.050 0.069 0.327 0.098 10 K 0.133 0.215 0.041 0.015 0.438 0.015 0.043 0.017 0.016 0.043 0.023 11 G 0.309 0.041 0.003 0.001 0.617 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 12 F 0.189 0.055 0.003 0.001 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 13 L 0.410 0.030 0.002 0.001 0.497 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.049 14 L 0.149 0.190 0.018 0.005 0.591 0.007 0.006 0.002 0.001 0.005 0.027 15 R 0.383 0.073 0.006 0.001 0.341 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.160 16 L 0.041 0.411 0.319 0.018 0.181 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.017 17 D 0.008 0.206 0.535 0.188 0.021 0.024 0.005 0.004 0.002 0.003 0.004 18 Y 0.001 0.005 0.003 0.021 0.002 0.169 0.570 0.157 0.069 0.003 0.001 19 G 0.003 0.003 0.009 0.009 0.001 0.006 0.003 0.017 0.041 0.837 0.070 20 K 0.033 0.455 0.084 0.005 0.278 0.004 0.006 0.054 0.044 0.030 0.009 21 D 0.044 0.076 0.029 0.003 0.069 0.002 0.010 0.541 0.155 0.040 0.031 22 L 0.002 0.018 0.007 0.001 0.004 0.001 0.005 0.797 0.132 0.033 0.002 23 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.078 0.003 0.001 24 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.936 0.048 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.038 0.006 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.061 0.005 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.028 0.002 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.029 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.917 0.064 0.008 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.835 0.128 0.008 0.001 32 E 0.003 0.037 0.006 0.003 0.009 0.006 0.102 0.698 0.111 0.023 0.001 33 K 0.003 0.612 0.283 0.008 0.038 0.006 0.009 0.012 0.011 0.017 0.002 34 G 0.127 0.009 0.003 0.001 0.018 0.001 0.004 0.009 0.017 0.343 0.467 35 I 0.232 0.194 0.019 0.002 0.373 0.004 0.003 0.020 0.025 0.047 0.080 36 H 0.018 0.040 0.022 0.083 0.055 0.240 0.253 0.183 0.061 0.037 0.008 37 A 0.405 0.043 0.013 0.006 0.238 0.002 0.005 0.028 0.028 0.089 0.144 38 A 0.096 0.251 0.030 0.043 0.513 0.013 0.009 0.021 0.006 0.009 0.011 39 H 0.154 0.067 0.005 0.001 0.759 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 40 I 0.439 0.019 0.001 0.001 0.489 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.040 41 S 0.296 0.033 0.006 0.034 0.254 0.104 0.107 0.056 0.013 0.023 0.075 42 A 0.246 0.092 0.034 0.010 0.439 0.008 0.014 0.045 0.016 0.031 0.067 43 I 0.203 0.078 0.042 0.071 0.152 0.051 0.048 0.068 0.066 0.094 0.125 44 G 0.049 0.150 0.195 0.189 0.100 0.040 0.034 0.057 0.050 0.095 0.040 45 A 0.101 0.171 0.083 0.031 0.163 0.029 0.074 0.156 0.100 0.062 0.028 46 V 0.272 0.096 0.029 0.012 0.225 0.016 0.031 0.087 0.069 0.081 0.080 47 R 0.019 0.071 0.051 0.135 0.049 0.232 0.190 0.134 0.062 0.047 0.010 48 S 0.271 0.080 0.030 0.014 0.249 0.006 0.010 0.036 0.037 0.145 0.123 49 A 0.234 0.178 0.018 0.011 0.445 0.013 0.009 0.015 0.009 0.019 0.049 50 V 0.200 0.098 0.014 0.004 0.599 0.007 0.015 0.014 0.006 0.014 0.031 51 I 0.425 0.063 0.007 0.004 0.425 0.006 0.006 0.008 0.004 0.007 0.044 52 G 0.216 0.120 0.025 0.023 0.470 0.018 0.012 0.011 0.006 0.026 0.073 53 Y 0.272 0.115 0.036 0.009 0.362 0.005 0.007 0.016 0.011 0.051 0.114 54 Y 0.073 0.284 0.138 0.060 0.237 0.026 0.028 0.032 0.022 0.059 0.040 55 D 0.129 0.250 0.179 0.038 0.292 0.012 0.009 0.022 0.015 0.020 0.034 56 Q 0.034 0.048 0.031 0.022 0.048 0.021 0.043 0.305 0.340 0.086 0.022 57 E 0.038 0.141 0.089 0.030 0.090 0.023 0.065 0.202 0.144 0.152 0.027 58 K 0.082 0.143 0.046 0.020 0.161 0.023 0.052 0.153 0.119 0.154 0.047 59 K 0.068 0.168 0.136 0.039 0.135 0.023 0.045 0.114 0.078 0.147 0.047 60 E 0.066 0.278 0.197 0.030 0.173 0.015 0.038 0.082 0.046 0.049 0.025 61 Y 0.124 0.324 0.125 0.012 0.278 0.006 0.010 0.034 0.022 0.032 0.035 62 V 0.096 0.334 0.123 0.013 0.301 0.010 0.020 0.042 0.023 0.018 0.021 63 K 0.207 0.212 0.082 0.008 0.347 0.007 0.010 0.025 0.020 0.029 0.052 64 K 0.105 0.361 0.109 0.012 0.303 0.010 0.014 0.033 0.017 0.012 0.023 65 E 0.158 0.299 0.090 0.006 0.314 0.007 0.010 0.027 0.019 0.033 0.038 66 L 0.203 0.180 0.072 0.018 0.344 0.011 0.016 0.050 0.027 0.029 0.051 67 M 0.049 0.083 0.053 0.075 0.091 0.158 0.164 0.136 0.073 0.093 0.026 68 E 0.035 0.212 0.320 0.131 0.110 0.023 0.021 0.046 0.021 0.066 0.016 69 P 0.200 0.153 0.030 0.008 0.278 0.007 0.027 0.111 0.067 0.061 0.056 70 L 0.172 0.215 0.045 0.013 0.421 0.006 0.008 0.025 0.015 0.026 0.053 71 E 0.098 0.310 0.032 0.003 0.508 0.004 0.011 0.018 0.003 0.004 0.008 72 I 0.620 0.014 0.001 0.001 0.313 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.045 73 L 0.085 0.159 0.022 0.104 0.302 0.198 0.068 0.029 0.010 0.007 0.016 74 S 0.335 0.090 0.022 0.002 0.459 0.002 0.003 0.007 0.004 0.011 0.064 75 L 0.282 0.101 0.015 0.010 0.371 0.019 0.029 0.039 0.023 0.028 0.082 76 S 0.193 0.066 0.033 0.053 0.229 0.088 0.069 0.032 0.036 0.090 0.110 77 G 0.120 0.199 0.113 0.118 0.265 0.049 0.021 0.018 0.018 0.036 0.042 78 N 0.293 0.093 0.023 0.005 0.339 0.003 0.005 0.012 0.020 0.100 0.105 79 V 0.085 0.385 0.154 0.021 0.233 0.007 0.005 0.006 0.008 0.051 0.046 80 S 0.029 0.465 0.099 0.008 0.377 0.002 0.001 0.007 0.003 0.004 0.005 81 M 0.032 0.047 0.062 0.021 0.019 0.035 0.096 0.460 0.198 0.019 0.012 82 K 0.001 0.003 0.025 0.062 0.001 0.163 0.260 0.304 0.130 0.048 0.004 83 D 0.003 0.703 0.145 0.061 0.034 0.011 0.013 0.016 0.008 0.005 0.001 84 S 0.008 0.003 0.004 0.009 0.005 0.006 0.008 0.013 0.037 0.675 0.233 85 K 0.024 0.573 0.155 0.007 0.192 0.007 0.011 0.008 0.009 0.010 0.005 86 P 0.401 0.066 0.011 0.004 0.361 0.001 0.004 0.003 0.005 0.014 0.130 87 F 0.107 0.298 0.097 0.041 0.311 0.036 0.059 0.013 0.011 0.011 0.017 88 C 0.346 0.086 0.008 0.002 0.481 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.058 89 H 0.276 0.074 0.019 0.013 0.495 0.019 0.018 0.006 0.006 0.017 0.057 90 I 0.309 0.098 0.012 0.006 0.509 0.010 0.006 0.004 0.004 0.009 0.033 91 H 0.356 0.058 0.010 0.004 0.450 0.003 0.004 0.004 0.004 0.013 0.093 92 V 0.260 0.138 0.024 0.009 0.451 0.008 0.007 0.008 0.007 0.019 0.068 93 L 0.224 0.144 0.028 0.003 0.481 0.003 0.007 0.007 0.005 0.028 0.069 94 L 0.112 0.264 0.052 0.046 0.395 0.021 0.012 0.015 0.008 0.038 0.038 95 G 0.040 0.172 0.441 0.186 0.044 0.032 0.017 0.022 0.013 0.015 0.018 96 K 0.009 0.013 0.058 0.081 0.009 0.068 0.097 0.390 0.245 0.023 0.008 97 D 0.006 0.400 0.237 0.176 0.026 0.033 0.040 0.032 0.022 0.023 0.006 98 G 0.015 0.030 0.019 0.031 0.019 0.015 0.009 0.023 0.045 0.585 0.208 99 E 0.147 0.231 0.044 0.007 0.302 0.015 0.027 0.038 0.044 0.095 0.050 100 V 0.382 0.100 0.028 0.011 0.336 0.010 0.010 0.013 0.013 0.021 0.076 101 Y 0.129 0.108 0.072 0.119 0.206 0.084 0.083 0.057 0.039 0.048 0.056 102 G 0.141 0.118 0.096 0.185 0.158 0.034 0.023 0.039 0.053 0.088 0.067 103 G 0.079 0.189 0.153 0.099 0.196 0.034 0.033 0.038 0.043 0.075 0.059 104 H 0.169 0.230 0.071 0.009 0.378 0.006 0.016 0.032 0.022 0.029 0.038 105 L 0.265 0.083 0.027 0.010 0.181 0.009 0.013 0.047 0.063 0.171 0.131 106 F 0.043 0.224 0.264 0.126 0.145 0.056 0.037 0.041 0.020 0.028 0.015 107 S 0.035 0.115 0.085 0.106 0.056 0.074 0.115 0.169 0.116 0.096 0.033 108 A 0.051 0.101 0.103 0.054 0.083 0.026 0.029 0.075 0.096 0.290 0.093 109 E 0.153 0.217 0.025 0.002 0.476 0.003 0.012 0.042 0.028 0.021 0.021 110 V 0.233 0.117 0.025 0.005 0.436 0.010 0.027 0.055 0.026 0.030 0.034 111 F 0.119 0.235 0.097 0.026 0.370 0.015 0.027 0.047 0.014 0.024 0.027 112 A 0.267 0.077 0.024 0.009 0.284 0.012 0.025 0.058 0.029 0.072 0.143 113 C 0.132 0.253 0.088 0.038 0.336 0.013 0.012 0.036 0.014 0.041 0.036 114 E 0.131 0.190 0.016 0.005 0.576 0.009 0.023 0.027 0.005 0.008 0.011 115 V 0.392 0.033 0.002 0.001 0.544 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 116 F 0.181 0.103 0.008 0.006 0.644 0.017 0.007 0.014 0.002 0.002 0.017 117 V 0.489 0.022 0.002 0.001 0.366 0.001 0.002 0.007 0.002 0.006 0.101 118 L 0.143 0.253 0.051 0.030 0.332 0.029 0.034 0.048 0.021 0.018 0.041 119 P 0.156 0.237 0.068 0.012 0.338 0.008 0.027 0.054 0.020 0.030 0.051 120 L 0.172 0.111 0.118 0.065 0.141 0.061 0.065 0.094 0.048 0.062 0.063 121 S 0.013 0.177 0.134 0.146 0.050 0.105 0.125 0.149 0.078 0.019 0.005 122 G 0.061 0.046 0.047 0.055 0.040 0.028 0.031 0.106 0.132 0.334 0.121 123 E 0.071 0.288 0.090 0.014 0.190 0.011 0.014 0.097 0.101 0.089 0.035 124 A 0.100 0.122 0.039 0.015 0.189 0.024 0.039 0.216 0.134 0.071 0.052 125 P 0.188 0.096 0.021 0.010 0.229 0.013 0.026 0.172 0.117 0.078 0.050 126 E 0.150 0.138 0.065 0.022 0.256 0.049 0.041 0.119 0.068 0.053 0.038 127 R 0.256 0.100 0.024 0.008 0.282 0.009 0.010 0.051 0.047 0.098 0.114 128 A 0.078 0.309 0.106 0.007 0.314 0.003 0.018 0.077 0.027 0.036 0.025 129 F 0.070 0.409 0.104 0.006 0.297 0.006 0.008 0.022 0.007 0.042 0.029 130 D 0.098 0.075 0.011 0.001 0.773 0.001 0.001 0.024 0.008 0.002 0.007 131 E 0.002 0.004 0.007 0.005 0.002 0.007 0.036 0.656 0.273 0.007 0.001 132 Q 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.031 0.448 0.402 0.073 0.032 0.001 133 T 0.002 0.857 0.094 0.003 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 134 G 0.019 0.006 0.009 0.019 0.011 0.005 0.004 0.007 0.010 0.367 0.542 135 L 0.135 0.273 0.038 0.003 0.396 0.006 0.010 0.041 0.036 0.035 0.029 136 F 0.079 0.254 0.158 0.028 0.251 0.008 0.025 0.086 0.054 0.029 0.028 137 L 0.139 0.077 0.032 0.009 0.159 0.014 0.119 0.271 0.101 0.055 0.024 138 W 0.173 0.186 0.033 0.019 0.233 0.024 0.043 0.092 0.050 0.087 0.059 139 L 0.070 0.329 0.150 0.031 0.286 0.010 0.012 0.039 0.016 0.028 0.029 140 E 0.295 0.049 0.009 0.003 0.302 0.005 0.014 0.150 0.087 0.037 0.049 141 H 0.069 0.105 0.031 0.045 0.125 0.062 0.116 0.293 0.101 0.031 0.022 142 H 0.206 0.078 0.020 0.006 0.271 0.010 0.036 0.155 0.052 0.069 0.095 143 H 0.108 0.108 0.036 0.036 0.181 0.056 0.094 0.183 0.083 0.065 0.050 144 H 0.125 0.088 0.053 0.063 0.161 0.049 0.068 0.124 0.077 0.121 0.071 145 H 0.092 0.118 0.070 0.045 0.165 0.038 0.051 0.129 0.087 0.145 0.061 146 H 0.121 0.148 0.078 0.041 0.178 0.018 0.030 0.106 0.080 0.135 0.066