# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.001 0.001 0.005 0.028 0.932 2 K 0.452 0.006 0.002 0.018 0.034 0.488 3 V 0.598 0.010 0.013 0.044 0.071 0.264 4 F 0.665 0.011 0.018 0.034 0.092 0.181 5 E 0.642 0.007 0.029 0.038 0.123 0.161 6 F 0.437 0.012 0.045 0.036 0.220 0.251 7 E 0.275 0.016 0.050 0.024 0.394 0.241 8 V 0.234 0.022 0.044 0.018 0.411 0.272 9 G 0.133 0.009 0.014 0.005 0.420 0.419 10 K 0.306 0.011 0.006 0.001 0.275 0.401 11 G 0.574 0.005 0.002 0.001 0.095 0.324 12 F 0.901 0.003 0.001 0.001 0.025 0.070 13 L 0.979 0.003 0.001 0.001 0.004 0.014 14 L 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 15 R 0.954 0.002 0.001 0.001 0.008 0.036 16 L 0.618 0.011 0.001 0.001 0.043 0.325 17 D 0.202 0.015 0.004 0.001 0.501 0.277 18 Y 0.034 0.005 0.017 0.022 0.724 0.197 19 G 0.011 0.004 0.020 0.089 0.655 0.222 20 K 0.024 0.025 0.025 0.421 0.385 0.120 21 D 0.016 0.015 0.027 0.747 0.086 0.108 22 L 0.001 0.001 0.021 0.950 0.017 0.010 23 V 0.002 0.001 0.008 0.972 0.011 0.008 24 R 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.004 25 Q 0.001 0.001 0.005 0.979 0.011 0.005 26 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 27 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 30 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 31 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 32 E 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.005 33 K 0.001 0.001 0.006 0.907 0.020 0.067 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.974 35 I 0.036 0.002 0.004 0.001 0.113 0.845 36 H 0.354 0.005 0.006 0.001 0.128 0.506 37 A 0.927 0.002 0.002 0.001 0.015 0.053 38 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 39 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 41 S 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 42 A 0.954 0.001 0.001 0.003 0.013 0.028 43 I 0.827 0.004 0.002 0.008 0.047 0.112 44 G 0.708 0.005 0.008 0.009 0.126 0.144 45 A 0.623 0.007 0.017 0.008 0.185 0.160 46 V 0.591 0.011 0.042 0.009 0.210 0.137 47 R 0.605 0.009 0.035 0.010 0.231 0.111 48 S 0.696 0.003 0.015 0.009 0.160 0.116 49 A 0.856 0.002 0.004 0.003 0.062 0.073 50 V 0.955 0.002 0.001 0.002 0.016 0.025 51 I 0.965 0.002 0.001 0.002 0.011 0.019 52 G 0.947 0.002 0.001 0.002 0.012 0.036 53 Y 0.838 0.004 0.001 0.002 0.037 0.119 54 Y 0.393 0.011 0.003 0.002 0.101 0.489 55 D 0.086 0.009 0.002 0.002 0.218 0.683 56 Q 0.049 0.008 0.114 0.111 0.517 0.201 57 E 0.032 0.002 0.148 0.186 0.544 0.088 58 K 0.041 0.005 0.246 0.167 0.481 0.060 59 K 0.130 0.009 0.150 0.189 0.317 0.205 60 E 0.252 0.019 0.118 0.194 0.173 0.243 61 Y 0.438 0.010 0.051 0.141 0.133 0.227 62 V 0.629 0.008 0.012 0.080 0.081 0.191 63 K 0.786 0.006 0.006 0.068 0.035 0.098 64 K 0.798 0.004 0.006 0.079 0.032 0.080 65 E 0.785 0.011 0.007 0.080 0.054 0.063 66 L 0.607 0.014 0.011 0.077 0.148 0.143 67 M 0.269 0.010 0.016 0.088 0.382 0.235 68 E 0.151 0.006 0.012 0.041 0.478 0.311 69 P 0.275 0.006 0.017 0.092 0.346 0.264 70 L 0.666 0.009 0.010 0.043 0.137 0.135 71 E 0.903 0.007 0.004 0.021 0.029 0.037 72 I 0.953 0.002 0.002 0.017 0.011 0.015 73 L 0.952 0.001 0.004 0.023 0.011 0.009 74 S 0.945 0.001 0.003 0.022 0.014 0.015 75 L 0.886 0.004 0.004 0.029 0.032 0.046 76 S 0.741 0.004 0.005 0.032 0.067 0.150 77 G 0.560 0.004 0.026 0.026 0.144 0.240 78 N 0.534 0.011 0.069 0.035 0.172 0.180 79 V 0.647 0.026 0.075 0.032 0.101 0.119 80 S 0.489 0.039 0.026 0.024 0.217 0.204 81 M 0.271 0.025 0.017 0.012 0.502 0.173 82 K 0.079 0.018 0.024 0.014 0.720 0.145 83 D 0.029 0.008 0.025 0.019 0.784 0.136 84 S 0.039 0.018 0.020 0.011 0.729 0.182 85 K 0.071 0.014 0.011 0.009 0.403 0.492 86 P 0.164 0.020 0.008 0.005 0.258 0.545 87 F 0.577 0.011 0.005 0.003 0.117 0.287 88 C 0.899 0.006 0.002 0.001 0.023 0.070 89 H 0.963 0.002 0.001 0.001 0.008 0.027 90 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 91 H 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 92 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 93 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 L 0.983 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 95 G 0.889 0.005 0.001 0.004 0.074 0.026 96 K 0.403 0.005 0.008 0.007 0.525 0.053 97 D 0.060 0.005 0.012 0.004 0.864 0.055 98 G 0.060 0.004 0.008 0.002 0.877 0.050 99 E 0.443 0.014 0.005 0.001 0.327 0.211 100 V 0.823 0.030 0.001 0.001 0.042 0.103 101 Y 0.872 0.021 0.001 0.001 0.035 0.070 102 G 0.815 0.007 0.003 0.002 0.055 0.118 103 G 0.667 0.010 0.015 0.007 0.116 0.185 104 H 0.605 0.016 0.029 0.013 0.158 0.179 105 L 0.537 0.019 0.050 0.019 0.215 0.160 106 F 0.394 0.020 0.037 0.036 0.309 0.203 107 S 0.369 0.013 0.026 0.057 0.319 0.216 108 A 0.358 0.006 0.042 0.128 0.269 0.196 109 E 0.663 0.011 0.030 0.073 0.100 0.123 110 V 0.844 0.006 0.016 0.019 0.048 0.067 111 F 0.877 0.002 0.008 0.008 0.043 0.062 112 A 0.939 0.001 0.002 0.002 0.020 0.036 113 C 0.975 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 114 E 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 115 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 116 F 0.992 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 117 V 0.987 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 118 L 0.963 0.001 0.001 0.005 0.006 0.024 119 P 0.854 0.003 0.001 0.005 0.030 0.108 120 L 0.432 0.015 0.013 0.010 0.289 0.242 121 S 0.086 0.010 0.048 0.017 0.591 0.248 122 G 0.019 0.005 0.040 0.018 0.640 0.278 123 E 0.030 0.015 0.047 0.033 0.603 0.272 124 A 0.038 0.013 0.041 0.033 0.353 0.522 125 P 0.052 0.016 0.138 0.073 0.372 0.349 126 E 0.079 0.017 0.188 0.083 0.309 0.322 127 R 0.227 0.023 0.151 0.067 0.282 0.249 128 A 0.304 0.025 0.065 0.078 0.245 0.284 129 F 0.266 0.079 0.024 0.071 0.165 0.395 130 D 0.085 0.031 0.012 0.017 0.724 0.131 131 E 0.007 0.003 0.154 0.036 0.737 0.063 132 Q 0.005 0.002 0.209 0.056 0.688 0.041 133 T 0.012 0.008 0.200 0.065 0.670 0.046 134 G 0.017 0.005 0.009 0.012 0.210 0.747 135 L 0.304 0.037 0.016 0.031 0.120 0.491 136 F 0.539 0.017 0.030 0.041 0.095 0.277 137 L 0.787 0.016 0.027 0.038 0.038 0.093 138 W 0.765 0.015 0.023 0.051 0.042 0.104 139 L 0.664 0.007 0.021 0.047 0.095 0.167 140 E 0.467 0.013 0.028 0.062 0.152 0.277 141 H 0.225 0.029 0.038 0.060 0.254 0.394 142 H 0.073 0.015 0.054 0.068 0.354 0.436 143 H 0.018 0.007 0.028 0.028 0.281 0.638 144 H 0.017 0.007 0.034 0.031 0.242 0.668 145 H 0.012 0.010 0.013 0.029 0.141 0.797 146 H 0.003 0.001 0.001 0.005 0.043 0.947