# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.596 0.205 0.109 0.059 0.023 0.006 0.001 2 K 0.640 0.226 0.086 0.034 0.011 0.003 0.001 3 V 0.472 0.217 0.146 0.104 0.046 0.013 0.001 4 F 0.522 0.256 0.122 0.064 0.025 0.009 0.001 5 E 0.373 0.252 0.163 0.118 0.063 0.028 0.004 6 F 0.297 0.204 0.185 0.165 0.098 0.044 0.007 7 E 0.480 0.265 0.135 0.071 0.032 0.013 0.003 8 V 0.334 0.212 0.161 0.141 0.095 0.049 0.008 9 G 0.200 0.229 0.207 0.195 0.114 0.048 0.008 10 K 0.180 0.248 0.222 0.190 0.107 0.044 0.010 11 G 0.048 0.104 0.158 0.238 0.239 0.177 0.036 12 F 0.017 0.039 0.086 0.189 0.289 0.318 0.061 13 L 0.009 0.041 0.105 0.184 0.246 0.315 0.099 14 L 0.002 0.005 0.010 0.040 0.167 0.488 0.287 15 R 0.012 0.088 0.202 0.308 0.249 0.125 0.017 16 L 0.012 0.039 0.096 0.253 0.370 0.212 0.019 17 D 0.134 0.364 0.297 0.149 0.043 0.012 0.002 18 Y 0.183 0.353 0.250 0.150 0.050 0.012 0.001 19 G 0.142 0.240 0.257 0.221 0.108 0.029 0.002 20 K 0.363 0.382 0.174 0.064 0.014 0.002 0.001 21 D 0.127 0.295 0.298 0.188 0.074 0.017 0.001 22 L 0.018 0.049 0.082 0.221 0.376 0.247 0.008 23 V 0.008 0.057 0.221 0.373 0.269 0.069 0.003 24 R 0.136 0.514 0.263 0.069 0.015 0.003 0.001 25 Q 0.012 0.081 0.288 0.420 0.171 0.027 0.001 26 I 0.002 0.003 0.007 0.047 0.315 0.577 0.049 27 E 0.013 0.118 0.341 0.367 0.135 0.024 0.001 28 E 0.079 0.503 0.292 0.101 0.020 0.005 0.001 29 F 0.005 0.027 0.115 0.366 0.343 0.139 0.005 30 L 0.005 0.018 0.074 0.301 0.452 0.145 0.004 31 E 0.253 0.500 0.191 0.047 0.007 0.001 0.001 32 E 0.584 0.326 0.073 0.015 0.001 0.001 0.001 33 K 0.215 0.391 0.270 0.103 0.019 0.003 0.001 34 G 0.278 0.371 0.199 0.109 0.037 0.006 0.001 35 I 0.024 0.098 0.195 0.337 0.281 0.063 0.002 36 H 0.091 0.293 0.268 0.213 0.103 0.028 0.004 37 A 0.009 0.059 0.175 0.260 0.280 0.194 0.023 38 A 0.003 0.013 0.028 0.083 0.242 0.494 0.137 39 H 0.001 0.010 0.056 0.171 0.310 0.296 0.156 40 I 0.001 0.005 0.009 0.026 0.086 0.400 0.473 41 S 0.002 0.009 0.038 0.107 0.193 0.331 0.320 42 A 0.001 0.005 0.010 0.033 0.101 0.381 0.469 43 I 0.003 0.014 0.042 0.107 0.214 0.365 0.256 44 G 0.005 0.029 0.068 0.144 0.203 0.363 0.188 45 A 0.008 0.024 0.055 0.134 0.278 0.360 0.141 46 V 0.011 0.029 0.051 0.124 0.275 0.406 0.104 47 R 0.046 0.173 0.268 0.275 0.166 0.057 0.013 48 S 0.022 0.157 0.309 0.285 0.143 0.065 0.018 49 A 0.002 0.006 0.015 0.064 0.223 0.498 0.193 50 V 0.002 0.008 0.041 0.175 0.361 0.346 0.066 51 I 0.002 0.004 0.007 0.014 0.062 0.454 0.458 52 G 0.002 0.007 0.023 0.078 0.214 0.476 0.199 53 Y 0.001 0.008 0.035 0.123 0.300 0.417 0.115 54 Y 0.011 0.035 0.090 0.217 0.363 0.253 0.031 55 D 0.082 0.284 0.306 0.217 0.086 0.022 0.001 56 Q 0.314 0.345 0.211 0.097 0.028 0.005 0.001 57 E 0.747 0.184 0.045 0.017 0.005 0.001 0.001 58 K 0.600 0.229 0.107 0.048 0.013 0.002 0.001 59 K 0.598 0.237 0.112 0.042 0.010 0.001 0.001 60 E 0.573 0.287 0.099 0.033 0.007 0.001 0.001 61 Y 0.191 0.231 0.258 0.212 0.088 0.020 0.001 62 V 0.148 0.151 0.194 0.251 0.186 0.066 0.003 63 K 0.282 0.303 0.205 0.135 0.055 0.018 0.002 64 K 0.173 0.210 0.221 0.225 0.123 0.042 0.005 65 E 0.249 0.359 0.213 0.119 0.045 0.014 0.002 66 L 0.035 0.076 0.148 0.288 0.291 0.149 0.013 67 M 0.177 0.261 0.230 0.188 0.101 0.037 0.006 68 E 0.144 0.268 0.246 0.194 0.099 0.041 0.009 69 P 0.052 0.123 0.172 0.251 0.230 0.146 0.026 70 L 0.007 0.022 0.053 0.149 0.298 0.375 0.095 71 E 0.004 0.012 0.031 0.070 0.155 0.429 0.299 72 I 0.002 0.004 0.009 0.026 0.086 0.330 0.543 73 L 0.001 0.003 0.008 0.027 0.085 0.284 0.592 74 S 0.002 0.006 0.016 0.034 0.081 0.271 0.590 75 L 0.001 0.002 0.005 0.020 0.069 0.283 0.620 76 S 0.002 0.015 0.036 0.081 0.170 0.358 0.337 77 G 0.006 0.015 0.031 0.083 0.191 0.385 0.289 78 N 0.006 0.022 0.068 0.152 0.253 0.367 0.132 79 V 0.004 0.008 0.017 0.057 0.193 0.496 0.226 80 S 0.025 0.073 0.130 0.242 0.301 0.204 0.024 81 M 0.061 0.174 0.291 0.308 0.139 0.025 0.001 82 K 0.450 0.354 0.139 0.047 0.009 0.001 0.001 83 D 0.790 0.162 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 84 S 0.669 0.222 0.074 0.028 0.006 0.001 0.001 85 K 0.346 0.370 0.187 0.075 0.020 0.003 0.001 86 P 0.047 0.129 0.212 0.290 0.234 0.082 0.006 87 F 0.014 0.092 0.206 0.275 0.251 0.144 0.018 88 C 0.002 0.012 0.039 0.120 0.292 0.419 0.116 89 H 0.001 0.013 0.064 0.164 0.261 0.332 0.166 90 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.062 0.418 0.508 91 H 0.001 0.002 0.013 0.056 0.150 0.346 0.434 92 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.051 0.356 0.576 93 L 0.001 0.009 0.040 0.118 0.212 0.362 0.257 94 L 0.001 0.005 0.015 0.062 0.200 0.476 0.242 95 G 0.011 0.048 0.104 0.217 0.312 0.246 0.063 96 K 0.058 0.243 0.294 0.253 0.109 0.036 0.006 97 D 0.176 0.283 0.214 0.171 0.099 0.042 0.015 98 G 0.206 0.295 0.215 0.166 0.077 0.033 0.007 99 E 0.141 0.226 0.247 0.207 0.117 0.053 0.009 100 V 0.040 0.064 0.093 0.166 0.266 0.283 0.088 101 Y 0.020 0.053 0.110 0.178 0.222 0.279 0.138 102 G 0.022 0.047 0.069 0.109 0.186 0.322 0.244 103 G 0.030 0.053 0.067 0.107 0.167 0.295 0.281 104 H 0.021 0.047 0.098 0.168 0.210 0.260 0.196 105 L 0.035 0.032 0.037 0.075 0.167 0.349 0.306 106 F 0.064 0.105 0.135 0.218 0.237 0.182 0.059 107 S 0.139 0.263 0.221 0.176 0.111 0.068 0.022 108 A 0.046 0.128 0.165 0.234 0.234 0.145 0.047 109 E 0.032 0.086 0.151 0.243 0.257 0.174 0.057 110 V 0.017 0.047 0.075 0.134 0.236 0.344 0.146 111 F 0.003 0.010 0.036 0.114 0.211 0.377 0.249 112 A 0.002 0.008 0.021 0.039 0.092 0.312 0.527 113 C 0.001 0.002 0.005 0.022 0.085 0.318 0.567 114 E 0.001 0.007 0.031 0.078 0.153 0.312 0.418 115 V 0.001 0.003 0.007 0.021 0.076 0.386 0.506 116 F 0.001 0.005 0.024 0.100 0.248 0.435 0.186 117 V 0.004 0.010 0.019 0.050 0.164 0.526 0.227 118 L 0.019 0.060 0.112 0.221 0.295 0.245 0.048 119 P 0.044 0.163 0.232 0.279 0.189 0.082 0.010 120 L 0.050 0.080 0.155 0.275 0.297 0.131 0.012 121 S 0.271 0.343 0.231 0.116 0.032 0.007 0.001 122 G 0.452 0.295 0.151 0.071 0.025 0.005 0.001 123 E 0.539 0.264 0.116 0.055 0.020 0.005 0.001 124 A 0.324 0.306 0.206 0.115 0.039 0.009 0.001 125 P 0.104 0.116 0.173 0.270 0.236 0.094 0.007 126 E 0.257 0.347 0.228 0.117 0.040 0.010 0.001 127 R 0.169 0.197 0.220 0.228 0.140 0.043 0.003 128 A 0.176 0.284 0.248 0.185 0.081 0.024 0.002 129 F 0.094 0.157 0.246 0.301 0.158 0.042 0.003 130 D 0.383 0.318 0.181 0.089 0.024 0.005 0.001 131 E 0.793 0.156 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 132 Q 0.771 0.159 0.046 0.017 0.006 0.001 0.001 133 T 0.443 0.292 0.164 0.075 0.022 0.004 0.001 134 G 0.304 0.292 0.214 0.130 0.050 0.009 0.001 135 L 0.117 0.144 0.201 0.263 0.208 0.063 0.004 136 F 0.208 0.267 0.248 0.175 0.078 0.023 0.002 137 L 0.190 0.200 0.221 0.207 0.127 0.051 0.004 138 W 0.147 0.108 0.143 0.226 0.233 0.133 0.011 139 L 0.249 0.261 0.241 0.164 0.068 0.017 0.001 140 E 0.481 0.275 0.140 0.073 0.025 0.006 0.001 141 H 0.570 0.245 0.107 0.056 0.018 0.004 0.001 142 H 0.606 0.224 0.104 0.049 0.014 0.004 0.001 143 H 0.700 0.184 0.073 0.032 0.009 0.002 0.001 144 H 0.763 0.153 0.053 0.023 0.007 0.001 0.001 145 H 0.778 0.149 0.048 0.019 0.005 0.001 0.001 146 H 0.786 0.150 0.044 0.015 0.004 0.001 0.001