# TARGET T0312 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.003 0.001 0.002 0.058 0.854 2 K 0.517 0.009 0.002 0.004 0.050 0.417 3 V 0.628 0.014 0.005 0.006 0.065 0.282 4 F 0.701 0.016 0.008 0.006 0.069 0.200 5 E 0.737 0.007 0.008 0.006 0.079 0.164 6 F 0.608 0.015 0.015 0.008 0.121 0.232 7 E 0.437 0.019 0.032 0.010 0.331 0.171 8 V 0.304 0.018 0.033 0.009 0.423 0.213 9 G 0.169 0.009 0.016 0.002 0.530 0.273 10 K 0.418 0.009 0.004 0.001 0.282 0.287 11 G 0.741 0.004 0.001 0.001 0.054 0.198 12 F 0.939 0.003 0.001 0.001 0.015 0.042 13 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 14 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 15 R 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 16 L 0.759 0.005 0.001 0.002 0.023 0.210 17 D 0.343 0.012 0.002 0.010 0.262 0.371 18 Y 0.047 0.006 0.022 0.192 0.480 0.253 19 G 0.015 0.003 0.049 0.273 0.488 0.171 20 K 0.025 0.009 0.049 0.529 0.306 0.083 21 D 0.023 0.007 0.041 0.745 0.082 0.102 22 L 0.006 0.002 0.015 0.936 0.022 0.019 23 V 0.004 0.001 0.006 0.966 0.011 0.011 24 R 0.002 0.001 0.004 0.982 0.007 0.004 25 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 26 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 27 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 31 E 0.001 0.001 0.008 0.985 0.006 0.002 32 E 0.001 0.001 0.008 0.977 0.010 0.005 33 K 0.001 0.001 0.012 0.849 0.035 0.103 34 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.956 35 I 0.041 0.005 0.006 0.001 0.115 0.833 36 H 0.406 0.004 0.006 0.001 0.108 0.475 37 A 0.917 0.003 0.002 0.001 0.016 0.061 38 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 39 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 40 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 41 S 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 42 A 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 43 I 0.908 0.002 0.001 0.002 0.025 0.061 44 G 0.809 0.002 0.003 0.003 0.076 0.107 45 A 0.689 0.007 0.009 0.005 0.131 0.159 46 V 0.582 0.020 0.043 0.006 0.208 0.142 47 R 0.587 0.011 0.052 0.006 0.246 0.098 48 S 0.635 0.003 0.035 0.008 0.209 0.109 49 A 0.848 0.003 0.009 0.004 0.077 0.059 50 V 0.949 0.003 0.001 0.002 0.020 0.025 51 I 0.961 0.003 0.001 0.003 0.011 0.020 52 G 0.904 0.004 0.001 0.005 0.027 0.058 53 Y 0.770 0.005 0.003 0.005 0.071 0.147 54 Y 0.392 0.016 0.004 0.006 0.162 0.421 55 D 0.096 0.012 0.005 0.005 0.278 0.604 56 Q 0.057 0.011 0.060 0.070 0.490 0.312 57 E 0.056 0.008 0.082 0.102 0.511 0.242 58 K 0.079 0.012 0.111 0.130 0.489 0.178 59 K 0.151 0.011 0.055 0.149 0.287 0.348 60 E 0.256 0.011 0.048 0.302 0.157 0.227 61 Y 0.327 0.007 0.029 0.375 0.117 0.144 62 V 0.471 0.009 0.012 0.301 0.071 0.136 63 K 0.595 0.007 0.010 0.264 0.038 0.086 64 K 0.701 0.004 0.012 0.176 0.033 0.074 65 E 0.723 0.009 0.013 0.124 0.056 0.075 66 L 0.494 0.013 0.016 0.101 0.143 0.233 67 M 0.236 0.019 0.011 0.064 0.275 0.394 68 E 0.135 0.008 0.007 0.019 0.346 0.485 69 P 0.217 0.006 0.008 0.029 0.284 0.456 70 L 0.673 0.014 0.006 0.010 0.118 0.178 71 E 0.931 0.003 0.002 0.003 0.025 0.035 72 I 0.982 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 73 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 74 S 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 75 L 0.893 0.003 0.002 0.002 0.028 0.073 76 S 0.702 0.005 0.005 0.002 0.086 0.201 77 G 0.650 0.005 0.010 0.002 0.125 0.208 78 N 0.661 0.016 0.015 0.004 0.127 0.177 79 V 0.700 0.028 0.016 0.004 0.097 0.155 80 S 0.521 0.052 0.007 0.004 0.200 0.217 81 M 0.238 0.040 0.012 0.004 0.591 0.114 82 K 0.069 0.014 0.012 0.004 0.807 0.095 83 D 0.024 0.008 0.015 0.008 0.835 0.111 84 S 0.040 0.023 0.011 0.007 0.719 0.201 85 K 0.102 0.029 0.008 0.008 0.288 0.565 86 P 0.334 0.045 0.011 0.007 0.191 0.411 87 F 0.580 0.029 0.012 0.010 0.139 0.230 88 C 0.835 0.014 0.006 0.003 0.051 0.091 89 H 0.895 0.008 0.003 0.002 0.036 0.056 90 I 0.875 0.002 0.004 0.002 0.042 0.074 91 H 0.915 0.003 0.005 0.003 0.027 0.048 92 V 0.916 0.002 0.006 0.005 0.026 0.045 93 L 0.910 0.005 0.007 0.007 0.023 0.047 94 L 0.829 0.017 0.007 0.013 0.053 0.081 95 G 0.538 0.032 0.013 0.014 0.305 0.099 96 K 0.168 0.013 0.014 0.013 0.676 0.117 97 D 0.038 0.005 0.018 0.007 0.815 0.118 98 G 0.082 0.007 0.010 0.002 0.738 0.161 99 E 0.426 0.020 0.004 0.002 0.226 0.321 100 V 0.759 0.044 0.002 0.002 0.068 0.125 101 Y 0.793 0.029 0.002 0.002 0.065 0.110 102 G 0.730 0.013 0.005 0.002 0.094 0.156 103 G 0.619 0.015 0.020 0.007 0.150 0.188 104 H 0.528 0.020 0.035 0.019 0.185 0.214 105 L 0.379 0.032 0.053 0.024 0.255 0.257 106 F 0.232 0.028 0.039 0.035 0.388 0.278 107 S 0.172 0.013 0.051 0.048 0.442 0.275 108 A 0.216 0.008 0.050 0.040 0.354 0.331 109 E 0.599 0.017 0.044 0.029 0.129 0.182 110 V 0.736 0.017 0.036 0.017 0.081 0.113 111 F 0.775 0.007 0.013 0.007 0.084 0.114 112 A 0.882 0.002 0.005 0.003 0.045 0.063 113 C 0.952 0.001 0.001 0.001 0.017 0.027 114 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 115 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 116 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 117 V 0.985 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 118 L 0.959 0.001 0.001 0.003 0.009 0.027 119 P 0.833 0.005 0.001 0.004 0.034 0.123 120 L 0.381 0.017 0.010 0.007 0.296 0.289 121 S 0.094 0.010 0.019 0.011 0.560 0.304 122 G 0.016 0.006 0.030 0.017 0.619 0.312 123 E 0.031 0.019 0.031 0.029 0.550 0.339 124 A 0.049 0.020 0.066 0.025 0.392 0.448 125 P 0.047 0.016 0.264 0.060 0.354 0.259 126 E 0.065 0.017 0.330 0.062 0.291 0.236 127 R 0.186 0.031 0.241 0.050 0.245 0.248 128 A 0.243 0.034 0.049 0.046 0.278 0.350 129 F 0.187 0.122 0.026 0.046 0.219 0.400 130 D 0.074 0.039 0.009 0.011 0.598 0.268 131 E 0.017 0.005 0.240 0.041 0.638 0.059 132 Q 0.015 0.003 0.296 0.052 0.572 0.061 133 T 0.014 0.007 0.256 0.071 0.578 0.073 134 G 0.033 0.008 0.014 0.007 0.229 0.710 135 L 0.264 0.065 0.014 0.026 0.078 0.553 136 F 0.547 0.034 0.034 0.032 0.092 0.260 137 L 0.696 0.020 0.065 0.031 0.064 0.123 138 W 0.661 0.017 0.067 0.037 0.080 0.138 139 L 0.535 0.010 0.084 0.040 0.145 0.186 140 E 0.359 0.013 0.077 0.058 0.240 0.253 141 H 0.192 0.027 0.090 0.094 0.318 0.278 142 H 0.074 0.026 0.060 0.064 0.452 0.324 143 H 0.047 0.015 0.044 0.046 0.464 0.385 144 H 0.029 0.013 0.031 0.049 0.388 0.489 145 H 0.027 0.025 0.011 0.041 0.222 0.674 146 H 0.013 0.007 0.002 0.009 0.070 0.900