# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.009 0.002 0.037 0.185 0.102 0.096 0.004 0.001 0.033 0.511 2 K 0.021 0.011 0.001 0.073 0.129 0.158 0.092 0.003 0.001 0.034 0.478 3 V 0.016 0.010 0.001 0.040 0.061 0.085 0.066 0.003 0.001 0.027 0.691 4 F 0.086 0.028 0.002 0.086 0.113 0.114 0.086 0.008 0.001 0.063 0.412 5 E 0.054 0.015 0.007 0.039 0.037 0.046 0.110 0.005 0.004 0.054 0.630 6 F 0.043 0.002 0.004 0.046 0.037 0.060 0.082 0.004 0.003 0.035 0.684 7 E 0.227 0.004 0.002 0.036 0.042 0.055 0.100 0.005 0.001 0.063 0.465 8 V 0.018 0.001 0.001 0.039 0.022 0.056 0.157 0.001 0.001 0.031 0.673 9 G 0.003 0.001 0.001 0.049 0.059 0.132 0.132 0.001 0.001 0.038 0.583 10 K 0.001 0.001 0.001 0.091 0.277 0.322 0.070 0.001 0.001 0.059 0.178 11 G 0.001 0.001 0.001 0.119 0.163 0.385 0.042 0.001 0.001 0.046 0.242 12 F 0.001 0.001 0.001 0.091 0.363 0.471 0.006 0.001 0.001 0.036 0.034 13 L 0.001 0.001 0.001 0.107 0.319 0.425 0.011 0.001 0.001 0.047 0.089 14 L 0.001 0.001 0.001 0.146 0.416 0.351 0.008 0.001 0.001 0.035 0.043 15 R 0.007 0.001 0.001 0.144 0.237 0.373 0.038 0.001 0.002 0.083 0.112 16 L 0.061 0.005 0.002 0.102 0.152 0.174 0.068 0.003 0.003 0.072 0.358 17 D 0.305 0.052 0.002 0.029 0.033 0.049 0.084 0.010 0.003 0.095 0.337 18 Y 0.037 0.167 0.003 0.010 0.005 0.008 0.078 0.004 0.001 0.060 0.628 19 G 0.025 0.632 0.002 0.003 0.005 0.008 0.029 0.005 0.001 0.024 0.266 20 K 0.019 0.697 0.001 0.005 0.014 0.009 0.025 0.003 0.001 0.075 0.152 21 D 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.021 0.023 22 L 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 23 V 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.008 24 R 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.049 0.006 25 Q 0.001 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.009 26 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 27 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 28 E 0.008 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.028 0.021 29 F 0.018 0.741 0.025 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.016 0.153 0.028 30 L 0.041 0.041 0.406 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.378 0.085 0.032 31 E 0.641 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.005 0.027 0.256 32 E 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.017 0.888 33 K 0.014 0.004 0.002 0.008 0.001 0.003 0.106 0.001 0.001 0.022 0.838 34 G 0.009 0.007 0.001 0.016 0.006 0.020 0.127 0.002 0.001 0.050 0.762 35 I 0.021 0.007 0.001 0.018 0.019 0.025 0.117 0.002 0.001 0.089 0.702 36 H 0.016 0.019 0.001 0.243 0.057 0.120 0.086 0.002 0.001 0.135 0.320 37 A 0.009 0.012 0.001 0.141 0.038 0.085 0.087 0.001 0.001 0.076 0.550 38 A 0.002 0.005 0.001 0.457 0.148 0.164 0.040 0.001 0.001 0.058 0.124 39 H 0.008 0.005 0.001 0.372 0.121 0.168 0.041 0.001 0.001 0.121 0.162 40 I 0.008 0.004 0.001 0.376 0.177 0.179 0.040 0.001 0.001 0.049 0.163 41 S 0.025 0.012 0.002 0.233 0.132 0.230 0.073 0.002 0.001 0.058 0.232 42 A 0.041 0.017 0.003 0.115 0.132 0.215 0.090 0.006 0.002 0.075 0.302 43 I 0.054 0.027 0.004 0.101 0.095 0.165 0.104 0.005 0.003 0.074 0.367 44 G 0.075 0.010 0.008 0.064 0.095 0.178 0.116 0.003 0.005 0.101 0.345 45 A 0.049 0.016 0.003 0.053 0.120 0.194 0.121 0.006 0.002 0.070 0.366 46 V 0.074 0.015 0.004 0.044 0.063 0.117 0.135 0.005 0.002 0.051 0.490 47 R 0.014 0.015 0.002 0.073 0.164 0.270 0.100 0.004 0.001 0.051 0.306 48 S 0.008 0.008 0.001 0.072 0.132 0.315 0.086 0.002 0.001 0.081 0.293 49 A 0.004 0.006 0.001 0.125 0.255 0.314 0.047 0.002 0.001 0.052 0.194 50 V 0.010 0.005 0.001 0.179 0.210 0.330 0.042 0.001 0.001 0.065 0.158 51 I 0.008 0.003 0.001 0.138 0.237 0.302 0.045 0.001 0.001 0.048 0.218 52 G 0.011 0.007 0.002 0.155 0.136 0.278 0.074 0.002 0.001 0.051 0.285 53 Y 0.157 0.031 0.004 0.051 0.091 0.136 0.093 0.005 0.004 0.070 0.357 54 Y 0.073 0.047 0.004 0.025 0.042 0.077 0.109 0.008 0.004 0.054 0.558 55 D 0.126 0.074 0.007 0.007 0.018 0.034 0.076 0.006 0.005 0.033 0.614 56 Q 0.160 0.061 0.010 0.007 0.026 0.031 0.070 0.009 0.004 0.042 0.582 57 E 0.156 0.051 0.003 0.003 0.017 0.021 0.063 0.010 0.001 0.032 0.644 58 K 0.175 0.066 0.003 0.004 0.013 0.018 0.055 0.006 0.001 0.030 0.629 59 K 0.057 0.041 0.003 0.008 0.031 0.044 0.097 0.004 0.001 0.026 0.690 60 E 0.032 0.040 0.002 0.013 0.063 0.095 0.093 0.005 0.001 0.026 0.630 61 Y 0.066 0.051 0.002 0.018 0.084 0.077 0.089 0.005 0.001 0.036 0.572 62 V 0.033 0.051 0.001 0.036 0.147 0.139 0.104 0.006 0.001 0.038 0.444 63 K 0.027 0.045 0.004 0.049 0.080 0.141 0.107 0.005 0.002 0.036 0.505 64 K 0.043 0.014 0.003 0.055 0.151 0.156 0.078 0.008 0.001 0.050 0.440 65 E 0.064 0.006 0.002 0.060 0.100 0.127 0.091 0.003 0.001 0.072 0.474 66 L 0.025 0.008 0.002 0.076 0.061 0.089 0.099 0.002 0.001 0.045 0.592 67 M 0.022 0.029 0.002 0.065 0.042 0.068 0.128 0.003 0.001 0.041 0.599 68 E 0.038 0.053 0.003 0.062 0.105 0.104 0.123 0.007 0.001 0.074 0.430 69 P 0.019 0.059 0.002 0.114 0.123 0.154 0.098 0.005 0.001 0.091 0.335 70 L 0.018 0.049 0.003 0.114 0.109 0.148 0.088 0.003 0.001 0.100 0.367 71 E 0.015 0.030 0.002 0.290 0.183 0.200 0.049 0.003 0.001 0.109 0.118 72 I 0.015 0.010 0.002 0.255 0.102 0.177 0.063 0.001 0.001 0.151 0.223 73 L 0.007 0.007 0.003 0.381 0.171 0.194 0.045 0.001 0.001 0.067 0.123 74 S 0.045 0.006 0.004 0.228 0.080 0.184 0.103 0.003 0.002 0.103 0.241 75 L 0.034 0.009 0.003 0.171 0.120 0.208 0.095 0.005 0.002 0.098 0.254 76 S 0.039 0.011 0.001 0.075 0.042 0.124 0.137 0.003 0.001 0.074 0.490 77 G 0.018 0.007 0.001 0.088 0.111 0.234 0.119 0.005 0.001 0.076 0.341 78 N 0.021 0.007 0.001 0.050 0.116 0.219 0.108 0.001 0.001 0.070 0.406 79 V 0.006 0.005 0.002 0.051 0.153 0.225 0.094 0.001 0.001 0.044 0.417 80 S 0.077 0.020 0.010 0.034 0.068 0.115 0.121 0.005 0.008 0.076 0.465 81 M 0.327 0.010 0.005 0.008 0.018 0.028 0.068 0.022 0.004 0.100 0.411 82 K 0.333 0.004 0.001 0.003 0.004 0.007 0.061 0.003 0.001 0.047 0.537 83 D 0.015 0.001 0.001 0.009 0.006 0.015 0.101 0.001 0.001 0.022 0.829 84 S 0.018 0.003 0.001 0.011 0.018 0.021 0.128 0.001 0.001 0.033 0.766 85 K 0.016 0.001 0.001 0.017 0.097 0.049 0.168 0.005 0.001 0.060 0.585 86 P 0.007 0.002 0.001 0.057 0.056 0.086 0.150 0.001 0.001 0.042 0.599 87 F 0.002 0.001 0.001 0.140 0.141 0.292 0.081 0.001 0.001 0.074 0.267 88 C 0.001 0.001 0.001 0.319 0.129 0.253 0.050 0.001 0.001 0.088 0.159 89 H 0.001 0.001 0.001 0.392 0.170 0.283 0.020 0.001 0.001 0.073 0.061 90 I 0.001 0.001 0.001 0.294 0.237 0.342 0.011 0.001 0.001 0.063 0.054 91 H 0.001 0.001 0.001 0.208 0.253 0.405 0.012 0.001 0.001 0.045 0.076 92 V 0.001 0.001 0.001 0.207 0.251 0.428 0.013 0.001 0.001 0.043 0.058 93 L 0.002 0.001 0.001 0.128 0.266 0.432 0.020 0.001 0.001 0.096 0.055 94 L 0.006 0.001 0.002 0.134 0.246 0.329 0.045 0.001 0.002 0.072 0.162 95 G 0.203 0.001 0.002 0.040 0.070 0.163 0.095 0.005 0.005 0.088 0.328 96 K 0.309 0.001 0.001 0.013 0.008 0.011 0.081 0.003 0.001 0.054 0.518 97 D 0.005 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.134 0.002 0.001 0.019 0.815 98 G 0.004 0.001 0.001 0.025 0.055 0.111 0.190 0.003 0.001 0.062 0.549 99 E 0.006 0.001 0.001 0.075 0.218 0.274 0.079 0.001 0.001 0.120 0.225 100 V 0.003 0.002 0.001 0.097 0.172 0.239 0.050 0.001 0.001 0.053 0.382 101 Y 0.005 0.005 0.001 0.074 0.226 0.406 0.042 0.001 0.001 0.055 0.185 102 G 0.014 0.009 0.001 0.086 0.165 0.339 0.054 0.003 0.001 0.118 0.210 103 G 0.029 0.005 0.002 0.083 0.178 0.304 0.065 0.002 0.001 0.117 0.215 104 H 0.022 0.003 0.003 0.062 0.183 0.300 0.091 0.002 0.002 0.064 0.269 105 L 0.064 0.002 0.004 0.046 0.096 0.170 0.106 0.003 0.003 0.061 0.445 106 F 0.227 0.005 0.002 0.021 0.052 0.061 0.091 0.011 0.002 0.072 0.457 107 S 0.045 0.001 0.001 0.009 0.013 0.024 0.108 0.002 0.001 0.030 0.767 108 A 0.009 0.001 0.001 0.012 0.039 0.065 0.111 0.002 0.001 0.032 0.727 109 E 0.014 0.001 0.001 0.030 0.058 0.061 0.121 0.002 0.001 0.050 0.663 110 V 0.011 0.001 0.001 0.039 0.043 0.040 0.090 0.001 0.001 0.029 0.745 111 F 0.012 0.001 0.001 0.134 0.093 0.059 0.109 0.002 0.001 0.031 0.558 112 A 0.003 0.001 0.001 0.175 0.038 0.040 0.111 0.001 0.001 0.021 0.610 113 C 0.001 0.001 0.001 0.681 0.049 0.045 0.038 0.001 0.001 0.025 0.160 114 E 0.001 0.001 0.001 0.840 0.043 0.056 0.009 0.001 0.001 0.021 0.031 115 V 0.001 0.001 0.001 0.771 0.060 0.039 0.009 0.001 0.001 0.012 0.109 116 F 0.001 0.001 0.001 0.849 0.060 0.055 0.005 0.001 0.001 0.009 0.022 117 V 0.003 0.001 0.001 0.731 0.032 0.053 0.024 0.001 0.001 0.047 0.110 118 L 0.005 0.001 0.001 0.685 0.052 0.072 0.042 0.001 0.001 0.053 0.088 119 P 0.037 0.002 0.002 0.209 0.022 0.070 0.158 0.002 0.003 0.068 0.428 120 L 0.253 0.005 0.002 0.059 0.019 0.024 0.136 0.006 0.002 0.071 0.424 121 S 0.073 0.005 0.001 0.014 0.008 0.012 0.118 0.004 0.001 0.048 0.716 122 G 0.027 0.008 0.001 0.008 0.008 0.017 0.149 0.003 0.001 0.027 0.751 123 E 0.041 0.027 0.002 0.013 0.038 0.053 0.159 0.011 0.001 0.048 0.607 124 A 0.192 0.079 0.005 0.017 0.027 0.037 0.124 0.016 0.002 0.086 0.414 125 P 0.202 0.067 0.003 0.022 0.032 0.063 0.116 0.014 0.001 0.063 0.417 126 E 0.073 0.025 0.001 0.027 0.029 0.076 0.135 0.004 0.001 0.040 0.591 127 R 0.018 0.012 0.001 0.034 0.040 0.058 0.139 0.001 0.001 0.028 0.670 128 A 0.009 0.012 0.001 0.028 0.037 0.057 0.170 0.002 0.001 0.027 0.656 129 F 0.050 0.030 0.002 0.021 0.026 0.028 0.123 0.009 0.002 0.073 0.637 130 D 0.285 0.125 0.010 0.014 0.006 0.008 0.081 0.011 0.005 0.178 0.278 131 E 0.225 0.109 0.007 0.011 0.005 0.008 0.080 0.009 0.002 0.088 0.456 132 Q 0.153 0.089 0.003 0.012 0.011 0.022 0.093 0.006 0.001 0.037 0.572 133 T 0.059 0.116 0.001 0.021 0.042 0.060 0.114 0.006 0.001 0.039 0.540 134 G 0.062 0.164 0.005 0.033 0.037 0.071 0.120 0.017 0.002 0.060 0.430 135 L 0.130 0.178 0.004 0.029 0.081 0.084 0.096 0.016 0.002 0.033 0.347 136 F 0.116 0.087 0.003 0.034 0.072 0.142 0.086 0.005 0.002 0.034 0.420 137 L 0.026 0.085 0.004 0.043 0.079 0.154 0.092 0.003 0.001 0.039 0.473 138 W 0.049 0.188 0.017 0.043 0.057 0.109 0.101 0.010 0.010 0.045 0.369 139 L 0.361 0.096 0.013 0.012 0.054 0.054 0.051 0.018 0.007 0.049 0.285 140 E 0.140 0.032 0.002 0.009 0.032 0.060 0.068 0.006 0.001 0.042 0.607 141 H 0.022 0.017 0.003 0.011 0.015 0.040 0.076 0.002 0.001 0.024 0.790 142 H 0.078 0.020 0.008 0.015 0.020 0.029 0.077 0.005 0.002 0.046 0.701 143 H 0.094 0.006 0.001 0.006 0.030 0.026 0.084 0.006 0.001 0.061 0.686 144 H 0.032 0.003 0.001 0.007 0.011 0.014 0.074 0.001 0.001 0.027 0.831 145 H 0.022 0.006 0.001 0.013 0.013 0.016 0.120 0.002 0.001 0.027 0.781 146 H 0.038 0.008 0.001 0.011 0.023 0.025 0.164 0.008 0.001 0.041 0.681