# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.008 0.070 0.075 0.097 0.085 0.010 0.588 2 K 0.047 0.007 0.074 0.120 0.142 0.089 0.008 0.513 3 V 0.015 0.004 0.058 0.059 0.124 0.038 0.002 0.700 4 F 0.014 0.009 0.083 0.221 0.271 0.065 0.003 0.335 5 E 0.011 0.004 0.018 0.037 0.064 0.036 0.002 0.829 6 F 0.039 0.017 0.101 0.148 0.253 0.064 0.007 0.371 7 E 0.034 0.016 0.031 0.082 0.102 0.158 0.008 0.569 8 V 0.059 0.017 0.033 0.055 0.097 0.080 0.016 0.644 9 G 0.119 0.024 0.057 0.129 0.126 0.104 0.036 0.405 10 K 0.197 0.006 0.101 0.121 0.138 0.133 0.033 0.272 11 G 0.012 0.003 0.081 0.108 0.097 0.045 0.005 0.651 12 F 0.015 0.001 0.194 0.278 0.443 0.031 0.003 0.035 13 L 0.009 0.001 0.167 0.218 0.329 0.028 0.001 0.246 14 L 0.001 0.001 0.325 0.316 0.342 0.004 0.001 0.012 15 R 0.003 0.001 0.201 0.276 0.319 0.019 0.001 0.180 16 L 0.003 0.001 0.336 0.180 0.387 0.011 0.002 0.081 17 D 0.003 0.001 0.067 0.056 0.159 0.222 0.001 0.490 18 Y 0.010 0.002 0.017 0.009 0.027 0.110 0.003 0.824 19 G 0.079 0.013 0.023 0.010 0.016 0.166 0.016 0.678 20 K 0.319 0.012 0.018 0.005 0.008 0.230 0.014 0.393 21 D 0.032 0.078 0.017 0.011 0.012 0.200 0.004 0.647 22 L 0.043 0.377 0.010 0.010 0.037 0.123 0.005 0.395 23 V 0.017 0.713 0.010 0.003 0.011 0.054 0.002 0.189 24 R 0.010 0.844 0.002 0.001 0.003 0.051 0.002 0.087 25 Q 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 26 I 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 27 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 28 E 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 29 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 30 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 31 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 32 E 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 33 K 0.054 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.008 34 G 0.704 0.072 0.009 0.002 0.001 0.003 0.163 0.046 35 I 0.058 0.071 0.741 0.020 0.013 0.019 0.015 0.063 36 H 0.018 0.065 0.149 0.057 0.079 0.118 0.018 0.496 37 A 0.022 0.032 0.246 0.029 0.046 0.093 0.007 0.525 38 A 0.015 0.035 0.647 0.144 0.064 0.037 0.005 0.054 39 H 0.009 0.016 0.578 0.101 0.088 0.027 0.003 0.176 40 I 0.004 0.011 0.556 0.173 0.198 0.011 0.003 0.045 41 S 0.006 0.021 0.363 0.230 0.246 0.031 0.002 0.102 42 A 0.006 0.025 0.246 0.210 0.337 0.029 0.005 0.141 43 I 0.009 0.025 0.240 0.109 0.242 0.051 0.006 0.318 44 G 0.040 0.024 0.115 0.164 0.182 0.120 0.026 0.328 45 A 0.079 0.023 0.053 0.055 0.082 0.087 0.012 0.608 46 V 0.061 0.067 0.080 0.129 0.249 0.113 0.018 0.284 47 R 0.092 0.054 0.059 0.096 0.151 0.147 0.019 0.382 48 S 0.075 0.064 0.069 0.110 0.108 0.083 0.028 0.464 49 A 0.209 0.057 0.140 0.106 0.146 0.085 0.026 0.230 50 V 0.055 0.050 0.325 0.185 0.218 0.052 0.015 0.099 51 I 0.016 0.031 0.232 0.208 0.271 0.033 0.009 0.200 52 G 0.020 0.027 0.259 0.162 0.244 0.042 0.010 0.237 53 Y 0.021 0.022 0.240 0.105 0.155 0.064 0.008 0.386 54 Y 0.016 0.009 0.073 0.042 0.096 0.132 0.006 0.626 55 D 0.028 0.010 0.023 0.027 0.066 0.131 0.006 0.710 56 Q 0.050 0.015 0.014 0.012 0.033 0.099 0.007 0.769 57 E 0.055 0.021 0.006 0.007 0.014 0.488 0.012 0.396 58 K 0.239 0.067 0.008 0.010 0.015 0.193 0.028 0.440 59 K 0.106 0.151 0.017 0.017 0.017 0.075 0.021 0.595 60 E 0.127 0.063 0.026 0.021 0.029 0.124 0.028 0.583 61 Y 0.164 0.064 0.045 0.039 0.062 0.096 0.017 0.512 62 V 0.115 0.052 0.055 0.149 0.247 0.086 0.012 0.285 63 K 0.014 0.015 0.033 0.065 0.111 0.035 0.002 0.724 64 K 0.020 0.039 0.081 0.243 0.276 0.054 0.006 0.281 65 E 0.032 0.032 0.039 0.122 0.139 0.070 0.008 0.557 66 L 0.065 0.038 0.053 0.151 0.282 0.058 0.011 0.342 67 M 0.058 0.034 0.060 0.109 0.220 0.118 0.020 0.381 68 E 0.049 0.014 0.026 0.087 0.092 0.094 0.013 0.625 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 70 L 0.079 0.007 0.048 0.117 0.229 0.175 0.010 0.334 71 E 0.093 0.010 0.221 0.285 0.181 0.050 0.010 0.150 72 I 0.011 0.009 0.120 0.177 0.285 0.026 0.002 0.370 73 L 0.011 0.005 0.313 0.225 0.381 0.017 0.002 0.046 74 S 0.008 0.016 0.171 0.332 0.290 0.031 0.004 0.148 75 L 0.010 0.012 0.294 0.142 0.348 0.039 0.009 0.146 76 S 0.027 0.013 0.084 0.131 0.274 0.157 0.008 0.305 77 G 0.065 0.015 0.057 0.201 0.207 0.098 0.040 0.318 78 N 0.176 0.005 0.037 0.063 0.130 0.216 0.013 0.360 79 V 0.036 0.012 0.070 0.284 0.216 0.077 0.007 0.298 80 S 0.036 0.009 0.016 0.138 0.292 0.210 0.005 0.294 81 M 0.042 0.015 0.032 0.180 0.305 0.063 0.007 0.357 82 K 0.033 0.017 0.019 0.055 0.084 0.371 0.008 0.413 83 D 0.108 0.016 0.010 0.033 0.043 0.349 0.044 0.396 84 S 0.261 0.058 0.029 0.037 0.027 0.059 0.116 0.412 85 K 0.128 0.004 0.060 0.028 0.046 0.521 0.017 0.197 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 87 F 0.023 0.002 0.060 0.137 0.501 0.119 0.004 0.154 88 C 0.037 0.002 0.146 0.164 0.178 0.072 0.005 0.396 89 H 0.009 0.002 0.156 0.272 0.354 0.038 0.002 0.168 90 I 0.011 0.001 0.116 0.223 0.492 0.031 0.001 0.125 91 H 0.004 0.001 0.174 0.273 0.493 0.021 0.001 0.032 92 V 0.007 0.001 0.124 0.299 0.486 0.026 0.001 0.056 93 L 0.004 0.002 0.147 0.361 0.437 0.014 0.002 0.032 94 L 0.014 0.002 0.087 0.340 0.427 0.026 0.003 0.101 95 G 0.011 0.002 0.115 0.222 0.475 0.032 0.006 0.136 96 K 0.012 0.002 0.048 0.057 0.162 0.135 0.008 0.576 97 D 0.015 0.002 0.013 0.016 0.024 0.097 0.009 0.824 98 G 0.116 0.009 0.039 0.058 0.035 0.118 0.054 0.571 99 E 0.344 0.003 0.101 0.032 0.047 0.211 0.023 0.240 100 V 0.008 0.003 0.109 0.061 0.055 0.057 0.002 0.705 101 Y 0.010 0.007 0.103 0.174 0.386 0.092 0.003 0.227 102 G 0.013 0.006 0.085 0.095 0.212 0.058 0.004 0.528 103 G 0.036 0.011 0.107 0.148 0.229 0.092 0.007 0.370 104 H 0.071 0.011 0.067 0.129 0.197 0.130 0.008 0.386 105 L 0.073 0.022 0.071 0.143 0.328 0.101 0.008 0.254 106 F 0.054 0.023 0.057 0.167 0.317 0.125 0.010 0.247 107 S 0.052 0.023 0.036 0.079 0.125 0.080 0.022 0.582 108 A 0.147 0.020 0.046 0.062 0.085 0.118 0.033 0.489 109 E 0.176 0.013 0.054 0.103 0.114 0.170 0.030 0.340 110 V 0.018 0.007 0.101 0.135 0.146 0.068 0.014 0.512 111 F 0.013 0.003 0.155 0.300 0.296 0.048 0.004 0.181 112 A 0.003 0.001 0.090 0.106 0.128 0.033 0.002 0.636 113 C 0.005 0.001 0.240 0.267 0.348 0.028 0.002 0.109 114 E 0.005 0.001 0.395 0.239 0.247 0.022 0.001 0.090 115 V 0.003 0.001 0.252 0.207 0.290 0.022 0.001 0.226 116 F 0.001 0.001 0.602 0.189 0.195 0.003 0.001 0.010 117 V 0.002 0.001 0.290 0.182 0.368 0.012 0.001 0.145 118 L 0.001 0.001 0.561 0.153 0.247 0.005 0.001 0.033 119 P 0.001 0.001 0.011 0.011 0.022 0.010 0.001 0.946 120 L 0.013 0.002 0.201 0.078 0.330 0.102 0.004 0.270 121 S 0.033 0.003 0.023 0.026 0.041 0.152 0.006 0.717 122 G 0.112 0.006 0.017 0.015 0.033 0.059 0.023 0.736 123 E 0.265 0.010 0.024 0.011 0.017 0.187 0.024 0.463 124 A 0.077 0.013 0.017 0.023 0.021 0.115 0.010 0.724 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 126 E 0.011 0.011 0.019 0.048 0.131 0.180 0.003 0.596 127 R 0.231 0.047 0.030 0.035 0.050 0.173 0.011 0.424 128 A 0.140 0.173 0.054 0.082 0.091 0.059 0.007 0.394 129 F 0.104 0.092 0.060 0.061 0.083 0.095 0.008 0.497 130 D 0.090 0.146 0.052 0.070 0.107 0.075 0.011 0.450 131 E 0.030 0.052 0.015 0.014 0.044 0.050 0.009 0.787 132 Q 0.052 0.028 0.006 0.005 0.011 0.702 0.017 0.178 133 T 0.458 0.080 0.007 0.007 0.006 0.269 0.045 0.129 134 G 0.313 0.298 0.035 0.023 0.016 0.052 0.038 0.225 135 L 0.070 0.080 0.223 0.045 0.091 0.158 0.014 0.318 136 F 0.059 0.054 0.057 0.103 0.213 0.132 0.011 0.372 137 L 0.086 0.101 0.051 0.088 0.219 0.068 0.010 0.378 138 W 0.064 0.105 0.109 0.122 0.216 0.076 0.012 0.296 139 L 0.040 0.082 0.058 0.084 0.111 0.053 0.009 0.562 140 E 0.046 0.081 0.045 0.079 0.163 0.110 0.014 0.463 141 H 0.096 0.083 0.034 0.037 0.069 0.097 0.019 0.565 142 H 0.159 0.092 0.026 0.027 0.042 0.104 0.024 0.524 143 H 0.092 0.051 0.025 0.017 0.022 0.091 0.023 0.680 144 H 0.117 0.053 0.026 0.016 0.022 0.108 0.023 0.635 145 H 0.111 0.037 0.027 0.012 0.021 0.083 0.016 0.694 146 H 0.079 0.035 0.025 0.019 0.031 0.130 0.012 0.670