# TARGET T0312 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.462 0.323 0.027 0.093 0.023 0.010 0.001 0.033 0.002 0.001 2 K 0.028 0.335 0.524 0.013 0.013 0.067 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 3 V 0.034 0.707 0.152 0.020 0.041 0.022 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 4 F 0.055 0.525 0.230 0.027 0.090 0.033 0.008 0.002 0.028 0.002 0.001 5 E 0.048 0.542 0.237 0.036 0.069 0.033 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 6 F 0.102 0.244 0.342 0.048 0.159 0.038 0.018 0.010 0.019 0.018 0.001 7 E 0.166 0.371 0.167 0.102 0.097 0.035 0.012 0.006 0.033 0.009 0.001 8 V 0.129 0.213 0.210 0.280 0.073 0.014 0.042 0.004 0.030 0.004 0.001 9 G 0.025 0.017 0.068 0.023 0.088 0.004 0.073 0.561 0.002 0.138 0.001 10 K 0.032 0.481 0.292 0.047 0.096 0.020 0.007 0.002 0.019 0.003 0.001 11 G 0.030 0.198 0.484 0.027 0.167 0.012 0.012 0.015 0.009 0.042 0.004 12 F 0.005 0.686 0.188 0.003 0.089 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 13 L 0.009 0.497 0.425 0.003 0.006 0.041 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 14 L 0.008 0.776 0.096 0.004 0.062 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 15 R 0.009 0.594 0.206 0.004 0.012 0.110 0.004 0.001 0.059 0.001 0.001 16 L 0.055 0.411 0.386 0.015 0.026 0.069 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 17 D 0.069 0.188 0.592 0.023 0.034 0.053 0.008 0.001 0.027 0.002 0.002 18 Y 0.266 0.025 0.642 0.042 0.004 0.009 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 19 G 0.132 0.002 0.028 0.089 0.008 0.002 0.036 0.630 0.002 0.070 0.001 20 K 0.222 0.042 0.636 0.017 0.006 0.056 0.007 0.003 0.008 0.002 0.001 21 D 0.536 0.035 0.262 0.018 0.005 0.106 0.006 0.002 0.024 0.002 0.004 22 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.130 0.002 0.004 0.858 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.537 0.445 0.001 0.008 0.001 35 I 0.006 0.238 0.666 0.002 0.022 0.060 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 H 0.486 0.016 0.009 0.482 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.002 0.477 0.011 0.005 0.500 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 A 0.002 0.837 0.031 0.001 0.112 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 39 H 0.002 0.891 0.038 0.001 0.046 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 40 I 0.006 0.706 0.172 0.003 0.024 0.064 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 41 S 0.017 0.724 0.119 0.010 0.057 0.036 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 42 A 0.050 0.520 0.132 0.010 0.185 0.044 0.030 0.002 0.019 0.007 0.002 43 I 0.126 0.509 0.154 0.066 0.040 0.047 0.007 0.001 0.047 0.001 0.002 44 G 0.114 0.094 0.097 0.024 0.420 0.007 0.055 0.081 0.008 0.099 0.001 45 A 0.229 0.175 0.157 0.175 0.110 0.067 0.034 0.014 0.025 0.012 0.003 46 V 0.200 0.297 0.306 0.071 0.032 0.066 0.005 0.002 0.018 0.002 0.001 47 R 0.640 0.085 0.040 0.185 0.030 0.006 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 48 S 0.100 0.291 0.102 0.183 0.242 0.018 0.040 0.006 0.017 0.001 0.001 49 A 0.020 0.633 0.125 0.014 0.184 0.007 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 50 V 0.020 0.832 0.068 0.007 0.036 0.015 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 51 I 0.020 0.743 0.137 0.016 0.035 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 52 G 0.056 0.410 0.130 0.026 0.273 0.025 0.021 0.011 0.030 0.018 0.001 53 Y 0.060 0.393 0.301 0.033 0.055 0.068 0.018 0.001 0.066 0.002 0.003 54 Y 0.306 0.155 0.312 0.108 0.041 0.037 0.010 0.003 0.015 0.007 0.005 55 D 0.195 0.101 0.265 0.133 0.065 0.117 0.060 0.009 0.043 0.011 0.002 56 Q 0.499 0.096 0.127 0.201 0.022 0.018 0.012 0.005 0.017 0.003 0.002 57 E 0.428 0.104 0.217 0.167 0.025 0.020 0.015 0.005 0.014 0.005 0.001 58 K 0.261 0.101 0.285 0.200 0.036 0.036 0.034 0.013 0.025 0.009 0.002 59 K 0.353 0.121 0.273 0.095 0.049 0.016 0.037 0.026 0.011 0.017 0.001 60 E 0.305 0.142 0.277 0.146 0.034 0.030 0.034 0.009 0.019 0.005 0.001 61 Y 0.189 0.239 0.389 0.069 0.046 0.026 0.014 0.005 0.018 0.003 0.001 62 V 0.135 0.471 0.244 0.032 0.039 0.037 0.009 0.001 0.030 0.002 0.001 63 K 0.150 0.244 0.485 0.023 0.010 0.064 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 64 K 0.113 0.513 0.197 0.014 0.076 0.017 0.009 0.001 0.059 0.001 0.001 65 E 0.175 0.141 0.602 0.013 0.008 0.044 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 66 L 0.223 0.319 0.246 0.080 0.043 0.055 0.008 0.002 0.021 0.002 0.001 67 M 0.289 0.176 0.157 0.236 0.056 0.026 0.023 0.004 0.025 0.006 0.001 68 E 0.092 0.257 0.372 0.003 0.174 0.005 0.011 0.003 0.060 0.022 0.001 69 P 0.187 0.010 0.562 0.016 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 70 L 0.118 0.446 0.211 0.054 0.084 0.022 0.027 0.005 0.030 0.002 0.001 71 E 0.068 0.591 0.204 0.008 0.080 0.028 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 72 I 0.063 0.696 0.154 0.007 0.010 0.048 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 73 L 0.060 0.641 0.124 0.029 0.074 0.040 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 74 S 0.015 0.659 0.063 0.008 0.233 0.010 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 75 L 0.048 0.590 0.156 0.024 0.099 0.049 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 76 S 0.056 0.606 0.091 0.094 0.123 0.010 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 77 G 0.019 0.193 0.051 0.010 0.666 0.003 0.013 0.013 0.006 0.025 0.001 78 N 0.030 0.611 0.223 0.011 0.078 0.024 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 79 V 0.026 0.753 0.106 0.015 0.043 0.024 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 80 S 0.032 0.455 0.290 0.016 0.094 0.046 0.007 0.001 0.055 0.004 0.001 81 M 0.187 0.186 0.473 0.067 0.020 0.042 0.002 0.001 0.015 0.001 0.005 82 K 0.322 0.207 0.139 0.122 0.057 0.043 0.032 0.008 0.048 0.021 0.001 83 D 0.106 0.033 0.074 0.421 0.018 0.035 0.266 0.008 0.032 0.004 0.002 84 S 0.068 0.022 0.105 0.122 0.051 0.009 0.143 0.397 0.005 0.076 0.003 85 K 0.023 0.279 0.507 0.005 0.034 0.022 0.018 0.001 0.106 0.002 0.001 86 P 0.111 0.013 0.756 0.014 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 87 F 0.044 0.539 0.160 0.043 0.145 0.020 0.015 0.005 0.027 0.002 0.001 88 C 0.030 0.459 0.356 0.031 0.079 0.022 0.005 0.002 0.012 0.003 0.001 89 H 0.010 0.627 0.104 0.012 0.208 0.014 0.005 0.002 0.017 0.001 0.001 90 I 0.005 0.715 0.149 0.005 0.096 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 91 H 0.006 0.773 0.135 0.005 0.054 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 92 V 0.004 0.848 0.055 0.001 0.069 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 93 L 0.012 0.789 0.125 0.002 0.015 0.032 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 94 L 0.024 0.647 0.126 0.042 0.035 0.060 0.005 0.001 0.061 0.001 0.001 95 G 0.047 0.221 0.379 0.018 0.212 0.027 0.010 0.009 0.018 0.059 0.001 96 K 0.531 0.137 0.062 0.166 0.037 0.019 0.012 0.004 0.017 0.015 0.001 97 D 0.070 0.036 0.089 0.403 0.023 0.018 0.329 0.005 0.021 0.006 0.002 98 G 0.003 0.005 0.023 0.008 0.063 0.001 0.080 0.751 0.001 0.065 0.001 99 E 0.036 0.435 0.336 0.046 0.063 0.046 0.014 0.002 0.019 0.002 0.001 100 V 0.009 0.470 0.411 0.005 0.021 0.058 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 101 Y 0.073 0.627 0.064 0.122 0.062 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 102 G 0.011 0.291 0.092 0.023 0.520 0.007 0.021 0.007 0.017 0.011 0.001 103 G 0.020 0.182 0.138 0.013 0.515 0.005 0.008 0.043 0.004 0.070 0.003 104 H 0.027 0.509 0.239 0.020 0.100 0.044 0.009 0.002 0.045 0.004 0.001 105 L 0.081 0.355 0.398 0.053 0.031 0.050 0.004 0.002 0.022 0.004 0.002 106 F 0.065 0.365 0.299 0.027 0.114 0.039 0.026 0.003 0.053 0.009 0.001 107 S 0.130 0.077 0.547 0.081 0.043 0.038 0.027 0.015 0.010 0.011 0.020 108 A 0.066 0.157 0.250 0.057 0.321 0.010 0.046 0.052 0.011 0.028 0.002 109 E 0.101 0.346 0.328 0.062 0.067 0.054 0.010 0.004 0.021 0.004 0.003 110 V 0.044 0.587 0.196 0.042 0.034 0.041 0.005 0.001 0.048 0.001 0.001 111 F 0.046 0.402 0.219 0.040 0.162 0.040 0.031 0.006 0.042 0.012 0.001 112 A 0.064 0.282 0.393 0.062 0.115 0.034 0.016 0.009 0.012 0.005 0.009 113 C 0.013 0.550 0.172 0.007 0.208 0.012 0.008 0.002 0.026 0.002 0.001 114 E 0.010 0.294 0.638 0.003 0.008 0.035 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 115 V 0.003 0.865 0.083 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 116 F 0.003 0.754 0.190 0.001 0.009 0.030 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 117 V 0.006 0.657 0.210 0.003 0.005 0.061 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 118 L 0.005 0.472 0.177 0.001 0.032 0.055 0.010 0.001 0.248 0.001 0.001 119 P 0.056 0.014 0.797 0.004 0.001 0.089 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 120 L 0.180 0.189 0.333 0.140 0.026 0.071 0.013 0.002 0.042 0.001 0.003 121 S 0.117 0.086 0.577 0.093 0.036 0.021 0.040 0.007 0.010 0.011 0.002 122 G 0.052 0.009 0.057 0.036 0.050 0.002 0.048 0.585 0.002 0.158 0.001 123 E 0.113 0.139 0.550 0.099 0.031 0.037 0.009 0.004 0.013 0.004 0.002 124 A 0.061 0.216 0.487 0.011 0.036 0.023 0.033 0.003 0.125 0.005 0.001 125 P 0.208 0.010 0.719 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 126 E 0.326 0.188 0.193 0.164 0.060 0.030 0.009 0.007 0.017 0.002 0.003 127 R 0.247 0.297 0.334 0.036 0.044 0.015 0.007 0.003 0.015 0.002 0.001 128 A 0.293 0.241 0.349 0.030 0.021 0.027 0.009 0.005 0.020 0.003 0.001 129 F 0.369 0.218 0.294 0.054 0.022 0.033 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 130 D 0.087 0.106 0.412 0.005 0.043 0.168 0.003 0.001 0.172 0.002 0.001 131 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.957 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.191 0.004 0.007 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.028 0.001 0.010 0.007 0.004 0.001 0.409 0.478 0.002 0.061 0.001 135 L 0.168 0.188 0.500 0.072 0.026 0.035 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 136 F 0.302 0.243 0.290 0.067 0.031 0.036 0.010 0.002 0.016 0.002 0.001 137 L 0.254 0.257 0.352 0.034 0.022 0.046 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 138 W 0.312 0.220 0.241 0.083 0.022 0.062 0.012 0.002 0.043 0.001 0.002 139 L 0.226 0.225 0.336 0.104 0.039 0.040 0.006 0.002 0.019 0.003 0.001 140 E 0.171 0.267 0.344 0.042 0.095 0.025 0.012 0.008 0.022 0.012 0.001 141 H 0.293 0.175 0.289 0.151 0.021 0.035 0.008 0.003 0.020 0.003 0.002 142 H 0.235 0.182 0.198 0.163 0.073 0.040 0.044 0.015 0.037 0.012 0.001 143 H 0.257 0.108 0.199 0.220 0.042 0.065 0.057 0.010 0.032 0.008 0.002 144 H 0.254 0.140 0.220 0.205 0.049 0.038 0.042 0.014 0.027 0.008 0.002 145 H 0.243 0.148 0.244 0.238 0.024 0.039 0.027 0.008 0.026 0.003 0.002 146 H 0.180 0.151 0.265 0.135 0.065 0.037 0.083 0.033 0.025 0.026 0.001