# TARGET T0312 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.368 0.077 0.005 0.361 0.004 0.005 0.019 0.011 0.018 0.023 2 K 0.200 0.227 0.044 0.002 0.443 0.002 0.008 0.019 0.008 0.014 0.032 3 V 0.309 0.108 0.019 0.006 0.333 0.011 0.024 0.042 0.040 0.036 0.072 4 F 0.084 0.297 0.119 0.028 0.316 0.020 0.021 0.047 0.032 0.019 0.018 5 E 0.304 0.096 0.022 0.010 0.295 0.010 0.025 0.061 0.035 0.058 0.085 6 F 0.138 0.232 0.067 0.041 0.236 0.028 0.027 0.061 0.053 0.065 0.052 7 E 0.136 0.159 0.093 0.042 0.186 0.036 0.051 0.076 0.066 0.094 0.060 8 V 0.077 0.153 0.071 0.067 0.113 0.045 0.089 0.129 0.117 0.102 0.039 9 G 0.084 0.107 0.091 0.089 0.103 0.054 0.033 0.057 0.078 0.233 0.072 10 K 0.088 0.210 0.123 0.056 0.211 0.031 0.079 0.058 0.048 0.073 0.022 11 G 0.319 0.151 0.038 0.009 0.385 0.009 0.006 0.004 0.004 0.017 0.058 12 F 0.165 0.132 0.024 0.007 0.641 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.015 13 L 0.382 0.047 0.006 0.001 0.533 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 14 L 0.131 0.230 0.017 0.002 0.592 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 15 R 0.437 0.040 0.005 0.001 0.413 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.092 16 L 0.084 0.401 0.132 0.024 0.224 0.019 0.012 0.027 0.018 0.025 0.034 17 D 0.037 0.385 0.312 0.028 0.178 0.011 0.011 0.017 0.006 0.006 0.007 18 Y 0.011 0.028 0.014 0.027 0.015 0.076 0.206 0.373 0.143 0.084 0.023 19 G 0.035 0.071 0.114 0.077 0.078 0.025 0.015 0.132 0.101 0.284 0.069 20 K 0.007 0.092 0.046 0.005 0.041 0.007 0.015 0.666 0.088 0.028 0.006 21 D 0.016 0.022 0.007 0.001 0.025 0.001 0.006 0.852 0.043 0.020 0.009 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.063 0.009 0.001 23 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.002 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.002 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.871 0.113 0.003 0.001 32 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.120 0.801 0.055 0.009 0.001 33 K 0.003 0.669 0.278 0.005 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 34 G 0.135 0.005 0.005 0.015 0.012 0.015 0.012 0.016 0.013 0.272 0.501 35 I 0.226 0.215 0.022 0.004 0.424 0.004 0.003 0.010 0.010 0.022 0.060 36 H 0.030 0.021 0.007 0.065 0.069 0.200 0.304 0.169 0.074 0.044 0.017 37 A 0.340 0.088 0.021 0.015 0.456 0.010 0.011 0.007 0.007 0.015 0.030 38 A 0.158 0.096 0.007 0.004 0.711 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.014 39 H 0.237 0.043 0.002 0.001 0.679 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.032 40 I 0.448 0.040 0.003 0.002 0.398 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.095 41 S 0.309 0.068 0.013 0.027 0.356 0.032 0.055 0.019 0.011 0.038 0.071 42 A 0.267 0.131 0.056 0.026 0.372 0.017 0.009 0.025 0.011 0.026 0.059 43 I 0.197 0.060 0.010 0.045 0.126 0.037 0.084 0.059 0.088 0.167 0.127 44 G 0.056 0.149 0.134 0.217 0.127 0.109 0.020 0.034 0.048 0.076 0.029 45 A 0.182 0.167 0.031 0.005 0.327 0.005 0.015 0.056 0.057 0.100 0.056 46 V 0.438 0.031 0.011 0.011 0.200 0.010 0.007 0.011 0.021 0.058 0.202 47 R 0.003 0.011 0.010 0.122 0.011 0.381 0.330 0.099 0.028 0.005 0.002 48 S 0.354 0.044 0.019 0.008 0.268 0.005 0.010 0.018 0.024 0.110 0.141 49 A 0.229 0.125 0.011 0.003 0.584 0.004 0.001 0.004 0.003 0.005 0.030 50 V 0.242 0.059 0.007 0.002 0.628 0.002 0.002 0.004 0.002 0.006 0.046 51 I 0.308 0.103 0.025 0.014 0.333 0.019 0.029 0.020 0.015 0.035 0.101 52 G 0.108 0.188 0.098 0.057 0.245 0.028 0.035 0.027 0.024 0.132 0.059 53 Y 0.203 0.202 0.091 0.012 0.305 0.008 0.013 0.035 0.021 0.045 0.065 54 Y 0.055 0.223 0.099 0.046 0.151 0.053 0.060 0.090 0.094 0.089 0.039 55 D 0.160 0.165 0.098 0.022 0.310 0.012 0.019 0.054 0.046 0.055 0.060 56 Q 0.024 0.055 0.029 0.007 0.045 0.009 0.030 0.362 0.320 0.105 0.014 57 E 0.033 0.104 0.071 0.022 0.065 0.030 0.131 0.235 0.138 0.147 0.023 58 K 0.061 0.209 0.123 0.043 0.114 0.025 0.051 0.134 0.082 0.113 0.046 59 K 0.047 0.119 0.084 0.029 0.085 0.030 0.042 0.218 0.147 0.147 0.051 60 E 0.060 0.216 0.087 0.021 0.175 0.021 0.056 0.190 0.089 0.060 0.023 61 Y 0.186 0.120 0.042 0.014 0.222 0.016 0.024 0.116 0.065 0.122 0.073 62 V 0.120 0.258 0.060 0.009 0.361 0.007 0.017 0.101 0.022 0.021 0.024 63 K 0.306 0.088 0.015 0.005 0.307 0.008 0.020 0.082 0.037 0.062 0.070 64 K 0.088 0.335 0.076 0.010 0.391 0.006 0.010 0.055 0.014 0.007 0.009 65 E 0.253 0.151 0.032 0.004 0.393 0.007 0.016 0.079 0.013 0.013 0.037 66 L 0.194 0.079 0.025 0.042 0.205 0.048 0.079 0.184 0.046 0.046 0.053 67 M 0.053 0.074 0.063 0.092 0.062 0.078 0.101 0.168 0.098 0.168 0.041 68 E 0.014 0.300 0.360 0.060 0.078 0.015 0.018 0.110 0.027 0.015 0.004 69 P 0.206 0.154 0.020 0.005 0.338 0.008 0.033 0.128 0.038 0.026 0.044 70 L 0.203 0.141 0.017 0.016 0.408 0.027 0.029 0.068 0.028 0.027 0.036 71 E 0.256 0.070 0.004 0.005 0.574 0.008 0.014 0.037 0.006 0.006 0.019 72 I 0.335 0.052 0.003 0.004 0.542 0.007 0.007 0.019 0.004 0.006 0.021 73 L 0.224 0.107 0.009 0.013 0.518 0.016 0.019 0.035 0.007 0.013 0.039 74 S 0.276 0.116 0.021 0.007 0.425 0.006 0.012 0.033 0.008 0.022 0.073 75 L 0.251 0.080 0.024 0.021 0.186 0.032 0.046 0.065 0.041 0.137 0.118 76 S 0.143 0.130 0.079 0.078 0.162 0.034 0.051 0.030 0.042 0.167 0.084 77 G 0.052 0.243 0.208 0.153 0.118 0.064 0.018 0.025 0.027 0.059 0.034 78 N 0.308 0.103 0.030 0.004 0.389 0.004 0.016 0.015 0.016 0.040 0.075 79 V 0.248 0.164 0.024 0.004 0.363 0.012 0.013 0.027 0.034 0.039 0.071 80 S 0.124 0.252 0.101 0.006 0.451 0.004 0.006 0.009 0.007 0.017 0.022 81 M 0.162 0.133 0.079 0.032 0.155 0.021 0.043 0.164 0.098 0.063 0.050 82 K 0.027 0.093 0.102 0.116 0.052 0.099 0.095 0.157 0.146 0.093 0.020 83 D 0.027 0.338 0.167 0.077 0.135 0.024 0.047 0.077 0.047 0.042 0.018 84 S 0.042 0.025 0.031 0.023 0.027 0.015 0.023 0.054 0.122 0.495 0.143 85 K 0.022 0.452 0.301 0.019 0.133 0.008 0.017 0.023 0.013 0.008 0.005 86 P 0.232 0.196 0.035 0.004 0.341 0.005 0.021 0.040 0.030 0.028 0.068 87 F 0.182 0.136 0.053 0.018 0.280 0.034 0.066 0.055 0.062 0.062 0.053 88 C 0.230 0.160 0.035 0.012 0.459 0.010 0.015 0.016 0.012 0.020 0.031 89 H 0.239 0.136 0.019 0.010 0.545 0.006 0.005 0.006 0.003 0.009 0.023 90 I 0.391 0.043 0.003 0.004 0.501 0.005 0.004 0.004 0.002 0.006 0.036 91 H 0.296 0.034 0.002 0.003 0.625 0.004 0.006 0.003 0.001 0.003 0.023 92 V 0.374 0.035 0.002 0.001 0.545 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.032 93 L 0.287 0.068 0.005 0.001 0.589 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.038 94 L 0.259 0.125 0.030 0.011 0.282 0.007 0.007 0.012 0.010 0.118 0.138 95 G 0.062 0.221 0.246 0.209 0.112 0.053 0.018 0.021 0.015 0.024 0.019 96 K 0.014 0.043 0.098 0.276 0.025 0.204 0.095 0.133 0.070 0.032 0.010 97 D 0.011 0.101 0.095 0.233 0.029 0.090 0.213 0.095 0.063 0.051 0.020 98 G 0.021 0.040 0.048 0.096 0.024 0.025 0.006 0.022 0.080 0.540 0.098 99 E 0.092 0.284 0.057 0.004 0.408 0.005 0.019 0.036 0.042 0.037 0.016 100 V 0.378 0.098 0.017 0.001 0.408 0.003 0.005 0.007 0.007 0.013 0.064 101 Y 0.158 0.092 0.060 0.102 0.195 0.078 0.105 0.041 0.032 0.066 0.071 102 G 0.102 0.104 0.154 0.181 0.123 0.055 0.022 0.033 0.036 0.128 0.061 103 G 0.082 0.193 0.104 0.092 0.164 0.061 0.023 0.049 0.057 0.112 0.060 104 H 0.209 0.166 0.064 0.012 0.368 0.006 0.015 0.032 0.021 0.041 0.067 105 L 0.185 0.118 0.054 0.024 0.178 0.028 0.036 0.091 0.098 0.112 0.076 106 F 0.056 0.230 0.173 0.119 0.132 0.063 0.067 0.065 0.039 0.036 0.020 107 S 0.112 0.058 0.047 0.058 0.072 0.040 0.048 0.075 0.129 0.244 0.117 108 A 0.040 0.357 0.201 0.044 0.153 0.029 0.018 0.042 0.048 0.049 0.018 109 E 0.277 0.128 0.021 0.004 0.392 0.004 0.017 0.030 0.030 0.040 0.058 110 V 0.300 0.129 0.028 0.009 0.351 0.018 0.021 0.023 0.022 0.028 0.071 111 F 0.120 0.251 0.108 0.024 0.381 0.015 0.021 0.020 0.014 0.022 0.024 112 A 0.479 0.048 0.020 0.007 0.259 0.006 0.013 0.009 0.009 0.031 0.119 113 C 0.039 0.503 0.097 0.015 0.315 0.010 0.005 0.005 0.003 0.005 0.005 114 E 0.459 0.034 0.003 0.001 0.452 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.043 115 V 0.196 0.116 0.010 0.006 0.638 0.011 0.005 0.002 0.001 0.002 0.012 116 F 0.191 0.075 0.004 0.001 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 117 V 0.413 0.050 0.010 0.006 0.386 0.004 0.005 0.005 0.004 0.016 0.101 118 L 0.053 0.377 0.124 0.030 0.283 0.027 0.034 0.030 0.012 0.015 0.016 119 P 0.257 0.210 0.053 0.004 0.321 0.005 0.013 0.021 0.010 0.021 0.085 120 L 0.134 0.084 0.049 0.085 0.141 0.084 0.040 0.078 0.084 0.114 0.108 121 S 0.011 0.080 0.100 0.300 0.032 0.182 0.152 0.071 0.040 0.025 0.007 122 G 0.012 0.035 0.089 0.198 0.015 0.042 0.016 0.061 0.085 0.408 0.038 123 E 0.057 0.258 0.165 0.032 0.151 0.017 0.045 0.081 0.057 0.098 0.039 124 A 0.053 0.423 0.191 0.013 0.195 0.007 0.014 0.047 0.018 0.015 0.022 125 P 0.107 0.240 0.072 0.009 0.228 0.010 0.021 0.114 0.114 0.042 0.043 126 E 0.067 0.107 0.044 0.008 0.128 0.020 0.070 0.214 0.205 0.107 0.030 127 R 0.150 0.176 0.044 0.005 0.295 0.005 0.021 0.120 0.077 0.064 0.043 128 A 0.144 0.250 0.056 0.005 0.325 0.006 0.019 0.078 0.021 0.061 0.033 129 F 0.054 0.419 0.135 0.011 0.227 0.009 0.016 0.043 0.017 0.046 0.024 130 D 0.138 0.152 0.100 0.005 0.526 0.002 0.003 0.032 0.008 0.007 0.028 131 E 0.004 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.010 0.623 0.336 0.010 0.003 132 Q 0.003 0.016 0.008 0.004 0.006 0.018 0.218 0.625 0.065 0.034 0.003 133 T 0.003 0.788 0.144 0.007 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 134 G 0.043 0.006 0.024 0.034 0.007 0.015 0.003 0.023 0.016 0.346 0.484 135 L 0.086 0.306 0.058 0.012 0.266 0.006 0.009 0.128 0.063 0.039 0.027 136 F 0.152 0.106 0.027 0.011 0.333 0.012 0.027 0.196 0.076 0.024 0.036 137 L 0.162 0.162 0.047 0.011 0.214 0.014 0.036 0.202 0.077 0.040 0.034 138 W 0.158 0.115 0.056 0.011 0.226 0.009 0.025 0.232 0.066 0.057 0.045 139 L 0.105 0.157 0.040 0.013 0.142 0.020 0.032 0.230 0.132 0.082 0.048 140 E 0.058 0.169 0.081 0.026 0.127 0.028 0.068 0.266 0.098 0.054 0.025 141 H 0.077 0.096 0.044 0.021 0.114 0.031 0.089 0.190 0.124 0.162 0.053 142 H 0.115 0.139 0.084 0.047 0.161 0.030 0.049 0.101 0.083 0.126 0.065 143 H 0.055 0.092 0.059 0.042 0.084 0.043 0.063 0.187 0.168 0.159 0.047 144 H 0.077 0.127 0.073 0.027 0.136 0.021 0.051 0.173 0.118 0.141 0.056 145 H 0.076 0.124 0.049 0.021 0.129 0.027 0.058 0.204 0.149 0.116 0.045 146 H 0.092 0.144 0.080 0.027 0.163 0.023 0.043 0.163 0.094 0.117 0.053