# TARGET T0312 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.457 0.260 0.151 0.088 0.035 0.009 0.001 2 K 0.559 0.267 0.103 0.047 0.017 0.006 0.001 3 V 0.210 0.180 0.204 0.239 0.130 0.035 0.002 4 F 0.386 0.303 0.168 0.091 0.037 0.013 0.002 5 E 0.328 0.272 0.184 0.128 0.060 0.024 0.004 6 F 0.162 0.164 0.200 0.227 0.171 0.068 0.009 7 E 0.324 0.286 0.183 0.120 0.057 0.024 0.005 8 V 0.194 0.197 0.189 0.189 0.138 0.077 0.016 9 G 0.095 0.135 0.176 0.234 0.219 0.119 0.022 10 K 0.071 0.180 0.242 0.242 0.156 0.084 0.025 11 G 0.023 0.060 0.125 0.224 0.276 0.227 0.065 12 F 0.009 0.020 0.050 0.122 0.273 0.417 0.109 13 L 0.006 0.022 0.054 0.114 0.242 0.409 0.155 14 L 0.002 0.005 0.011 0.048 0.196 0.530 0.207 15 R 0.009 0.059 0.137 0.267 0.299 0.197 0.032 16 L 0.012 0.046 0.116 0.266 0.350 0.194 0.015 17 D 0.186 0.332 0.253 0.143 0.060 0.022 0.003 18 Y 0.188 0.358 0.248 0.141 0.052 0.012 0.001 19 G 0.115 0.210 0.260 0.253 0.130 0.031 0.002 20 K 0.411 0.368 0.147 0.053 0.017 0.004 0.001 21 D 0.062 0.253 0.374 0.224 0.071 0.015 0.001 22 L 0.005 0.012 0.033 0.164 0.475 0.297 0.013 23 V 0.008 0.093 0.274 0.385 0.192 0.045 0.003 24 R 0.118 0.551 0.244 0.069 0.014 0.003 0.001 25 Q 0.009 0.062 0.274 0.415 0.209 0.030 0.001 26 I 0.001 0.002 0.005 0.054 0.366 0.536 0.037 27 E 0.012 0.142 0.396 0.339 0.097 0.014 0.001 28 E 0.069 0.608 0.250 0.063 0.009 0.001 0.001 29 F 0.002 0.014 0.080 0.381 0.411 0.109 0.003 30 L 0.002 0.014 0.064 0.281 0.457 0.174 0.008 31 E 0.326 0.511 0.136 0.023 0.003 0.001 0.001 32 E 0.449 0.412 0.116 0.021 0.002 0.001 0.001 33 K 0.160 0.308 0.297 0.172 0.053 0.008 0.001 34 G 0.174 0.474 0.239 0.087 0.021 0.004 0.001 35 I 0.009 0.030 0.095 0.295 0.440 0.124 0.006 36 H 0.041 0.157 0.260 0.291 0.182 0.062 0.007 37 A 0.011 0.027 0.059 0.153 0.276 0.395 0.079 38 A 0.006 0.011 0.014 0.032 0.118 0.405 0.414 39 H 0.002 0.006 0.015 0.062 0.165 0.298 0.451 40 I 0.001 0.002 0.005 0.014 0.042 0.223 0.714 41 S 0.001 0.004 0.007 0.025 0.077 0.291 0.594 42 A 0.002 0.004 0.009 0.022 0.063 0.261 0.641 43 I 0.003 0.009 0.017 0.051 0.120 0.309 0.492 44 G 0.011 0.023 0.045 0.083 0.142 0.296 0.401 45 A 0.007 0.019 0.030 0.075 0.165 0.378 0.326 46 V 0.009 0.017 0.029 0.076 0.197 0.382 0.291 47 R 0.016 0.112 0.187 0.267 0.209 0.155 0.054 48 S 0.011 0.088 0.224 0.329 0.209 0.100 0.039 49 A 0.001 0.007 0.020 0.063 0.220 0.524 0.164 50 V 0.001 0.011 0.062 0.223 0.392 0.263 0.048 51 I 0.001 0.002 0.006 0.021 0.120 0.568 0.283 52 G 0.002 0.019 0.069 0.206 0.340 0.310 0.055 53 Y 0.002 0.015 0.061 0.185 0.355 0.330 0.052 54 Y 0.025 0.118 0.221 0.302 0.231 0.093 0.009 55 D 0.211 0.309 0.253 0.160 0.055 0.012 0.001 56 Q 0.415 0.304 0.177 0.079 0.021 0.003 0.001 57 E 0.712 0.203 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001 58 K 0.626 0.229 0.098 0.037 0.009 0.001 0.001 59 K 0.607 0.253 0.097 0.034 0.008 0.001 0.001 60 E 0.616 0.256 0.087 0.031 0.008 0.001 0.001 61 Y 0.163 0.202 0.248 0.247 0.115 0.024 0.001 62 V 0.146 0.174 0.212 0.256 0.160 0.049 0.003 63 K 0.276 0.317 0.228 0.127 0.042 0.009 0.001 64 K 0.254 0.255 0.216 0.168 0.081 0.024 0.003 65 E 0.180 0.246 0.207 0.177 0.121 0.060 0.009 66 L 0.027 0.059 0.141 0.290 0.314 0.153 0.016 67 M 0.122 0.251 0.248 0.192 0.117 0.058 0.012 68 E 0.068 0.175 0.234 0.242 0.168 0.092 0.022 69 P 0.031 0.067 0.113 0.205 0.268 0.248 0.068 70 L 0.004 0.012 0.033 0.099 0.241 0.428 0.183 71 E 0.005 0.009 0.023 0.071 0.167 0.383 0.342 72 I 0.002 0.004 0.006 0.015 0.051 0.283 0.640 73 L 0.002 0.004 0.007 0.023 0.069 0.254 0.641 74 S 0.001 0.005 0.010 0.021 0.048 0.212 0.703 75 L 0.001 0.003 0.005 0.019 0.059 0.225 0.689 76 S 0.001 0.006 0.016 0.045 0.111 0.331 0.491 77 G 0.001 0.005 0.016 0.051 0.169 0.405 0.352 78 N 0.002 0.010 0.032 0.088 0.230 0.449 0.189 79 V 0.002 0.003 0.006 0.023 0.132 0.530 0.304 80 S 0.004 0.028 0.081 0.233 0.327 0.284 0.043 81 M 0.021 0.101 0.217 0.319 0.254 0.081 0.009 82 K 0.278 0.380 0.223 0.094 0.022 0.004 0.001 83 D 0.711 0.205 0.056 0.021 0.006 0.001 0.001 84 S 0.485 0.285 0.145 0.062 0.019 0.003 0.001 85 K 0.130 0.301 0.286 0.191 0.074 0.017 0.001 86 P 0.006 0.035 0.102 0.252 0.370 0.207 0.027 87 F 0.002 0.009 0.036 0.146 0.354 0.366 0.087 88 C 0.001 0.002 0.005 0.022 0.100 0.476 0.394 89 H 0.001 0.001 0.002 0.009 0.044 0.251 0.693 90 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.141 0.841 91 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.165 0.810 92 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.152 0.833 93 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.058 0.333 0.596 94 L 0.001 0.001 0.005 0.027 0.134 0.445 0.388 95 G 0.002 0.013 0.052 0.194 0.385 0.293 0.061 96 K 0.059 0.287 0.327 0.214 0.084 0.024 0.004 97 D 0.218 0.349 0.230 0.134 0.049 0.015 0.004 98 G 0.159 0.226 0.224 0.205 0.130 0.050 0.006 99 E 0.072 0.171 0.247 0.247 0.168 0.078 0.016 100 V 0.008 0.023 0.057 0.149 0.284 0.345 0.134 101 Y 0.007 0.023 0.063 0.142 0.235 0.340 0.190 102 G 0.010 0.020 0.034 0.073 0.150 0.395 0.319 103 G 0.017 0.032 0.043 0.081 0.154 0.351 0.321 104 H 0.012 0.025 0.046 0.101 0.204 0.340 0.272 105 L 0.011 0.018 0.031 0.079 0.204 0.374 0.282 106 F 0.032 0.064 0.115 0.220 0.270 0.223 0.075 107 S 0.093 0.221 0.219 0.193 0.146 0.097 0.030 108 A 0.036 0.114 0.194 0.260 0.234 0.134 0.029 109 E 0.035 0.090 0.166 0.250 0.257 0.161 0.041 110 V 0.007 0.013 0.024 0.066 0.204 0.463 0.224 111 F 0.004 0.010 0.032 0.109 0.215 0.381 0.248 112 A 0.002 0.005 0.011 0.025 0.071 0.309 0.577 113 C 0.001 0.002 0.004 0.015 0.056 0.256 0.667 114 E 0.001 0.005 0.018 0.052 0.110 0.305 0.510 115 V 0.001 0.004 0.011 0.030 0.106 0.384 0.463 116 F 0.001 0.003 0.014 0.069 0.229 0.509 0.176 117 V 0.002 0.004 0.009 0.032 0.156 0.576 0.221 118 L 0.007 0.029 0.067 0.197 0.345 0.310 0.045 119 P 0.032 0.162 0.264 0.279 0.181 0.074 0.007 120 L 0.037 0.099 0.196 0.311 0.255 0.095 0.007 121 S 0.358 0.322 0.182 0.096 0.035 0.008 0.001 122 G 0.533 0.269 0.125 0.052 0.017 0.003 0.001 123 E 0.440 0.254 0.169 0.094 0.035 0.008 0.001 124 A 0.338 0.344 0.185 0.093 0.032 0.008 0.001 125 P 0.103 0.117 0.182 0.289 0.224 0.079 0.005 126 E 0.171 0.323 0.268 0.150 0.065 0.020 0.002 127 R 0.121 0.170 0.226 0.262 0.168 0.048 0.004 128 A 0.194 0.331 0.246 0.154 0.060 0.014 0.001 129 F 0.096 0.186 0.272 0.266 0.143 0.035 0.002 130 D 0.371 0.314 0.181 0.094 0.032 0.008 0.001 131 E 0.616 0.257 0.085 0.032 0.008 0.002 0.001 132 Q 0.569 0.214 0.109 0.069 0.029 0.008 0.001 133 T 0.330 0.252 0.192 0.133 0.067 0.024 0.002 134 G 0.164 0.235 0.262 0.201 0.101 0.034 0.004 135 L 0.074 0.074 0.118 0.222 0.289 0.195 0.027 136 F 0.123 0.247 0.261 0.201 0.118 0.043 0.006 137 L 0.073 0.113 0.180 0.273 0.236 0.114 0.012 138 W 0.077 0.106 0.156 0.253 0.262 0.134 0.012 139 L 0.107 0.149 0.206 0.259 0.198 0.075 0.007 140 E 0.460 0.289 0.137 0.074 0.030 0.009 0.001 141 H 0.382 0.295 0.181 0.102 0.032 0.007 0.001 142 H 0.549 0.260 0.114 0.056 0.017 0.004 0.001 143 H 0.685 0.199 0.071 0.033 0.011 0.002 0.001 144 H 0.731 0.169 0.064 0.026 0.008 0.002 0.001 145 H 0.691 0.189 0.077 0.033 0.009 0.001 0.001 146 H 0.705 0.188 0.070 0.027 0.008 0.002 0.001