# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.020 0.038 0.050 0.059 0.107 0.119 0.538 2 K 0.180 0.014 0.019 0.039 0.053 0.117 0.099 0.479 3 M 0.063 0.004 0.012 0.012 0.021 0.095 0.034 0.759 4 A 0.016 0.002 0.025 0.021 0.046 0.151 0.015 0.723 5 N 0.037 0.004 0.032 0.018 0.035 0.145 0.045 0.684 6 H 0.019 0.010 0.047 0.028 0.037 0.182 0.030 0.647 7 P 0.046 0.011 0.040 0.011 0.017 0.102 0.018 0.754 8 R 0.360 0.156 0.037 0.028 0.018 0.089 0.070 0.242 9 P 0.065 0.432 0.014 0.004 0.010 0.055 0.016 0.403 10 G 0.080 0.424 0.046 0.008 0.015 0.043 0.079 0.304 11 D 0.044 0.587 0.043 0.043 0.020 0.047 0.089 0.127 12 I 0.081 0.381 0.059 0.010 0.013 0.052 0.189 0.215 13 I 0.148 0.661 0.014 0.005 0.006 0.013 0.101 0.051 14 Q 0.200 0.489 0.012 0.004 0.006 0.022 0.098 0.170 15 E 0.033 0.404 0.015 0.008 0.007 0.033 0.051 0.448 16 S 0.067 0.475 0.025 0.008 0.010 0.055 0.060 0.300 17 L 0.183 0.075 0.113 0.011 0.007 0.060 0.310 0.241 18 D 0.663 0.066 0.008 0.002 0.002 0.029 0.019 0.211 19 E 0.153 0.017 0.012 0.001 0.001 0.044 0.062 0.710 20 L 0.009 0.065 0.023 0.003 0.005 0.171 0.028 0.696 21 N 0.020 0.197 0.018 0.003 0.006 0.064 0.042 0.650 22 V 0.012 0.387 0.023 0.011 0.003 0.067 0.055 0.442 23 S 0.007 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.028 0.008 24 L 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 25 R 0.004 0.935 0.010 0.002 0.001 0.002 0.039 0.007 26 E 0.003 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 27 F 0.057 0.861 0.027 0.002 0.004 0.006 0.028 0.016 28 A 0.176 0.132 0.287 0.020 0.009 0.020 0.296 0.060 29 R 0.450 0.054 0.016 0.005 0.004 0.030 0.031 0.410 30 A 0.143 0.008 0.013 0.002 0.002 0.042 0.015 0.775 31 M 0.016 0.006 0.011 0.005 0.007 0.141 0.015 0.800 32 E 0.007 0.004 0.005 0.003 0.006 0.077 0.012 0.887 33 I 0.008 0.007 0.009 0.007 0.004 0.105 0.065 0.794 34 A 0.211 0.388 0.012 0.008 0.006 0.054 0.166 0.155 35 P 0.172 0.292 0.009 0.002 0.004 0.062 0.100 0.358 36 S 0.024 0.327 0.030 0.010 0.011 0.086 0.127 0.385 37 T 0.024 0.825 0.009 0.003 0.006 0.019 0.036 0.078 38 A 0.046 0.758 0.007 0.006 0.010 0.024 0.064 0.084 39 S 0.027 0.148 0.035 0.018 0.024 0.033 0.604 0.110 40 R 0.014 0.212 0.047 0.041 0.050 0.058 0.411 0.167 41 L 0.165 0.144 0.126 0.026 0.050 0.105 0.086 0.297 42 L 0.298 0.058 0.067 0.043 0.044 0.084 0.071 0.334 43 T 0.021 0.019 0.028 0.009 0.028 0.077 0.039 0.779 44 G 0.062 0.028 0.026 0.015 0.042 0.113 0.042 0.673 45 K 0.060 0.016 0.031 0.077 0.058 0.143 0.108 0.507 46 A 0.017 0.037 0.030 0.024 0.032 0.105 0.056 0.698 47 A 0.006 0.079 0.058 0.028 0.059 0.114 0.034 0.622 48 L 0.010 0.123 0.070 0.043 0.025 0.083 0.087 0.559 49 T 0.028 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 50 P 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 51 E 0.002 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.011 52 M 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 53 A 0.006 0.526 0.007 0.003 0.005 0.008 0.434 0.011 54 I 0.003 0.652 0.006 0.006 0.005 0.005 0.311 0.011 55 K 0.015 0.878 0.006 0.003 0.006 0.007 0.055 0.031 56 L 0.031 0.599 0.032 0.020 0.030 0.027 0.188 0.073 57 S 0.068 0.210 0.054 0.050 0.064 0.055 0.313 0.185 58 V 0.373 0.042 0.025 0.026 0.026 0.079 0.075 0.354 59 V 0.079 0.015 0.028 0.024 0.027 0.126 0.089 0.611 60 I 0.020 0.014 0.014 0.006 0.015 0.162 0.033 0.735 61 G 0.008 0.023 0.019 0.009 0.017 0.166 0.020 0.738 62 S 0.026 0.166 0.012 0.011 0.007 0.094 0.031 0.654 63 S 0.072 0.889 0.002 0.001 0.001 0.005 0.014 0.016 64 P 0.031 0.914 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 0.031 65 Q 0.018 0.601 0.022 0.004 0.005 0.016 0.256 0.078 66 M 0.008 0.903 0.003 0.003 0.003 0.007 0.056 0.017 67 W 0.022 0.900 0.007 0.001 0.003 0.009 0.031 0.027 68 L 0.014 0.609 0.014 0.009 0.009 0.017 0.265 0.063 69 N 0.011 0.771 0.008 0.003 0.004 0.009 0.154 0.040 70 L 0.040 0.822 0.006 0.003 0.004 0.012 0.069 0.044 71 Q 0.073 0.545 0.025 0.015 0.012 0.031 0.198 0.100 72 N 0.042 0.705 0.006 0.003 0.004 0.024 0.056 0.160 73 A 0.022 0.757 0.009 0.002 0.003 0.025 0.023 0.160 74 W 0.023 0.702 0.031 0.009 0.006 0.032 0.049 0.149 75 S 0.035 0.889 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 0.043 76 L 0.045 0.874 0.010 0.001 0.001 0.007 0.026 0.037 77 A 0.024 0.852 0.009 0.004 0.004 0.013 0.025 0.069 78 E 0.048 0.197 0.032 0.007 0.008 0.031 0.502 0.176 79 A 0.067 0.427 0.017 0.009 0.008 0.052 0.262 0.158 80 E 0.152 0.345 0.024 0.010 0.016 0.041 0.102 0.310 81 K 0.071 0.150 0.006 0.006 0.009 0.076 0.031 0.651 82 T 0.040 0.089 0.017 0.011 0.013 0.097 0.150 0.584 83 V 0.051 0.186 0.009 0.008 0.007 0.108 0.086 0.544 84 D 0.176 0.411 0.011 0.005 0.005 0.053 0.076 0.263 85 V 0.086 0.332 0.013 0.007 0.006 0.071 0.047 0.439 86 S 0.083 0.442 0.017 0.006 0.010 0.050 0.066 0.326 87 R 0.133 0.421 0.022 0.008 0.011 0.052 0.075 0.279 88 L 0.115 0.271 0.021 0.016 0.022 0.077 0.084 0.394 89 R 0.038 0.097 0.032 0.021 0.034 0.085 0.214 0.479 90 R 0.034 0.092 0.038 0.034 0.061 0.118 0.159 0.465 91 L 0.083 0.031 0.067 0.069 0.091 0.098 0.145 0.416 92 V 0.059 0.011 0.034 0.056 0.071 0.115 0.114 0.539 93 T 0.079 0.009 0.024 0.024 0.043 0.101 0.066 0.653 94 Q 0.032 0.003 0.015 0.026 0.043 0.143 0.028 0.710 95 S 0.024 0.003 0.010 0.010 0.017 0.104 0.027 0.806 96 T 0.093 0.011 0.016 0.026 0.030 0.155 0.059 0.610 97 P 0.045 0.009 0.017 0.014 0.024 0.112 0.035 0.744