# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.030 0.004 0.030 0.022 0.039 0.137 0.005 0.001 0.032 0.663 2 G 0.089 0.050 0.002 0.018 0.028 0.047 0.111 0.007 0.001 0.048 0.599 3 L 0.041 0.021 0.002 0.031 0.044 0.056 0.128 0.005 0.001 0.098 0.573 4 G 0.042 0.099 0.003 0.050 0.030 0.079 0.111 0.005 0.001 0.100 0.479 5 R 0.051 0.066 0.005 0.064 0.060 0.076 0.113 0.004 0.002 0.120 0.438 6 Q 0.019 0.085 0.004 0.097 0.102 0.168 0.093 0.005 0.001 0.085 0.340 7 S 0.046 0.146 0.003 0.072 0.095 0.158 0.072 0.008 0.001 0.088 0.311 8 L 0.022 0.041 0.005 0.137 0.106 0.131 0.087 0.005 0.001 0.160 0.306 9 N 0.018 0.076 0.004 0.142 0.120 0.249 0.064 0.006 0.001 0.148 0.170 10 I 0.041 0.026 0.005 0.102 0.104 0.156 0.079 0.004 0.002 0.147 0.333 11 M 0.026 0.032 0.005 0.163 0.132 0.142 0.093 0.003 0.002 0.066 0.335 12 T 0.024 0.059 0.002 0.047 0.052 0.077 0.110 0.002 0.001 0.104 0.522 13 F 0.028 0.286 0.004 0.017 0.027 0.036 0.085 0.021 0.002 0.067 0.427 14 S 0.056 0.735 0.001 0.005 0.002 0.004 0.021 0.006 0.001 0.050 0.119 15 G 0.014 0.092 0.009 0.004 0.002 0.003 0.019 0.001 0.003 0.789 0.065 16 Q 0.011 0.796 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.116 0.054 17 E 0.007 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.028 18 L 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.007 19 T 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 20 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 21 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 22 I 0.006 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.012 23 K 0.014 0.104 0.019 0.004 0.002 0.002 0.014 0.002 0.006 0.807 0.027 24 M 0.128 0.185 0.039 0.016 0.004 0.006 0.049 0.021 0.015 0.461 0.075 25 A 0.151 0.088 0.027 0.038 0.013 0.021 0.114 0.015 0.015 0.121 0.395 26 K 0.025 0.041 0.002 0.031 0.016 0.041 0.149 0.002 0.001 0.070 0.623 27 S 0.008 0.016 0.001 0.062 0.038 0.158 0.100 0.003 0.001 0.130 0.483 28 M 0.012 0.007 0.005 0.093 0.050 0.114 0.107 0.001 0.001 0.115 0.495 29 V 0.012 0.003 0.009 0.217 0.113 0.250 0.064 0.001 0.003 0.107 0.219 30 M 0.113 0.005 0.006 0.094 0.042 0.104 0.062 0.003 0.005 0.107 0.459 31 A 0.363 0.005 0.001 0.042 0.024 0.038 0.069 0.012 0.001 0.065 0.379 32 D 0.058 0.005 0.001 0.019 0.007 0.025 0.115 0.007 0.001 0.028 0.737 33 G 0.011 0.001 0.001 0.026 0.021 0.042 0.120 0.001 0.001 0.017 0.761 34 K 0.007 0.002 0.001 0.033 0.091 0.078 0.129 0.001 0.001 0.026 0.633 35 I 0.003 0.010 0.001 0.018 0.033 0.022 0.101 0.001 0.001 0.024 0.786 36 K 0.121 0.633 0.001 0.007 0.008 0.008 0.040 0.012 0.001 0.041 0.129 37 P 0.043 0.824 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.033 0.076 38 A 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.032 39 E 0.013 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 0.019 40 I 0.007 0.201 0.001 0.005 0.007 0.004 0.006 0.001 0.001 0.751 0.017 41 A 0.008 0.850 0.003 0.004 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.088 0.032 42 V 0.026 0.803 0.013 0.005 0.004 0.003 0.010 0.009 0.002 0.058 0.066 43 M 0.013 0.886 0.009 0.004 0.002 0.002 0.010 0.007 0.003 0.015 0.049 44 T 0.022 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.007 0.081 45 R 0.033 0.720 0.018 0.002 0.001 0.003 0.016 0.020 0.007 0.059 0.121 46 E 0.084 0.647 0.014 0.002 0.002 0.003 0.031 0.011 0.009 0.069 0.129 47 F 0.103 0.160 0.156 0.005 0.002 0.004 0.052 0.010 0.093 0.098 0.319 48 M 0.444 0.099 0.008 0.004 0.003 0.004 0.063 0.017 0.004 0.044 0.311 49 R 0.137 0.065 0.002 0.008 0.002 0.006 0.075 0.009 0.002 0.035 0.659 50 F 0.040 0.020 0.001 0.010 0.003 0.007 0.098 0.003 0.001 0.017 0.800 51 G 0.025 0.021 0.001 0.015 0.013 0.028 0.108 0.002 0.001 0.034 0.753 52 I 0.011 0.039 0.002 0.012 0.012 0.015 0.100 0.002 0.001 0.028 0.778 53 L 0.088 0.633 0.002 0.007 0.005 0.005 0.033 0.008 0.001 0.032 0.187 54 Q 0.054 0.855 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.013 0.062 55 D 0.007 0.898 0.001 0.004 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.009 0.064 56 Q 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 57 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 58 D 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 59 L 0.008 0.914 0.003 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.036 0.025 60 L 0.044 0.558 0.076 0.009 0.004 0.004 0.021 0.017 0.022 0.186 0.059 61 L 0.178 0.299 0.043 0.011 0.005 0.008 0.045 0.018 0.022 0.202 0.168 62 K 0.145 0.077 0.016 0.011 0.004 0.008 0.077 0.006 0.014 0.096 0.546 63 A 0.104 0.057 0.004 0.011 0.003 0.008 0.091 0.005 0.003 0.041 0.673 64 S 0.071 0.041 0.002 0.010 0.004 0.011 0.089 0.005 0.001 0.035 0.731 65 D 0.046 0.026 0.001 0.012 0.005 0.011 0.107 0.004 0.001 0.037 0.750 66 S 0.040 0.028 0.002 0.018 0.004 0.009 0.103 0.001 0.001 0.120 0.675 67 I 0.021 0.129 0.003 0.023 0.005 0.008 0.098 0.004 0.001 0.148 0.561 68 E 0.059 0.748 0.001 0.004 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.050 0.110 69 A 0.024 0.837 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.053 0.066 70 S 0.013 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.032 0.049 71 Q 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 0.021 72 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.008 73 V 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.019 74 A 0.013 0.823 0.017 0.003 0.001 0.001 0.012 0.004 0.006 0.071 0.048 75 L 0.130 0.610 0.025 0.004 0.001 0.001 0.031 0.032 0.009 0.084 0.072 76 I 0.246 0.316 0.015 0.011 0.002 0.004 0.052 0.031 0.011 0.115 0.196 77 A 0.091 0.083 0.003 0.011 0.002 0.004 0.125 0.002 0.002 0.042 0.635 78 R 0.010 0.080 0.004 0.020 0.003 0.007 0.121 0.001 0.001 0.051 0.701 79 M 0.016 0.526 0.002 0.003 0.002 0.003 0.056 0.012 0.001 0.031 0.348 80 D 0.033 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.016 0.032 81 E 0.010 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.023 82 E 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 0.016 83 R 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 84 K 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 85 K 0.001 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.859 0.008 86 Y 0.006 0.388 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.565 0.023 87 V 0.020 0.823 0.021 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.003 0.071 0.036 88 A 0.074 0.571 0.012 0.003 0.001 0.001 0.018 0.005 0.004 0.160 0.151 89 S 0.030 0.588 0.003 0.002 0.001 0.001 0.030 0.002 0.002 0.058 0.285 90 Y 0.051 0.755 0.009 0.001 0.001 0.001 0.023 0.019 0.003 0.022 0.116 91 L 0.075 0.737 0.013 0.004 0.001 0.002 0.024 0.021 0.005 0.021 0.096 92 G 0.081 0.438 0.006 0.007 0.002 0.004 0.076 0.010 0.003 0.059 0.316 93 V 0.109 0.172 0.005 0.023 0.006 0.010 0.123 0.011 0.002 0.209 0.331 94 I 0.045 0.042 0.035 0.104 0.009 0.023 0.164 0.007 0.012 0.260 0.299 95 M 0.067 0.017 0.028 0.139 0.018 0.039 0.138 0.005 0.014 0.121 0.414 96 A 0.146 0.009 0.004 0.053 0.013 0.023 0.107 0.007 0.003 0.079 0.556 97 S 0.233 0.009 0.001 0.021 0.005 0.009 0.104 0.007 0.001 0.067 0.543 98 D 0.033 0.004 0.001 0.019 0.003 0.013 0.144 0.004 0.001 0.034 0.745 99 G 0.013 0.003 0.001 0.029 0.011 0.034 0.170 0.003 0.001 0.034 0.701 100 D 0.061 0.018 0.001 0.044 0.030 0.036 0.145 0.001 0.001 0.075 0.588 101 I 0.011 0.039 0.001 0.023 0.019 0.023 0.140 0.003 0.001 0.048 0.694 102 D 0.051 0.687 0.001 0.005 0.003 0.005 0.042 0.004 0.001 0.027 0.174 103 D 0.028 0.844 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.052 0.051 104 N 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.018 105 E 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.010 106 L 0.006 0.615 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.355 0.011 107 A 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.006 108 L 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 109 W 0.010 0.360 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.606 0.012 110 T 0.003 0.236 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.701 0.041 111 L 0.032 0.783 0.017 0.001 0.001 0.002 0.011 0.027 0.002 0.061 0.063 112 I 0.046 0.649 0.057 0.004 0.001 0.002 0.014 0.020 0.029 0.057 0.121 113 S 0.143 0.118 0.048 0.003 0.002 0.003 0.086 0.008 0.055 0.068 0.468 114 T 0.341 0.062 0.006 0.003 0.001 0.003 0.055 0.032 0.006 0.053 0.439 115 L 0.233 0.007 0.007 0.005 0.001 0.002 0.098 0.012 0.007 0.054 0.574 116 C 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.144 0.001 0.001 0.012 0.800 117 G 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.124 0.001 0.001 0.015 0.839 118 L 0.034 0.002 0.001 0.013 0.012 0.006 0.263 0.013 0.001 0.070 0.585 119 P 0.055 0.062 0.001 0.053 0.006 0.008 0.162 0.006 0.001 0.060 0.586 120 T 0.037 0.220 0.001 0.040 0.013 0.023 0.085 0.005 0.001 0.028 0.548 121 M 0.016 0.323 0.001 0.076 0.029 0.041 0.077 0.008 0.001 0.024 0.405 122 T 0.008 0.815 0.001 0.040 0.019 0.017 0.016 0.002 0.001 0.011 0.070 123 V 0.017 0.874 0.002 0.018 0.010 0.011 0.008 0.007 0.001 0.006 0.048 124 M 0.047 0.517 0.002 0.044 0.017 0.014 0.019 0.005 0.001 0.239 0.096 125 E 0.023 0.241 0.047 0.034 0.010 0.010 0.040 0.006 0.018 0.460 0.111 126 A 0.175 0.262 0.043 0.023 0.012 0.018 0.069 0.035 0.015 0.146 0.200 127 I 0.242 0.096 0.039 0.020 0.014 0.024 0.053 0.017 0.026 0.082 0.386 128 N 0.078 0.031 0.002 0.012 0.008 0.017 0.109 0.003 0.002 0.033 0.705 129 N 0.065 0.026 0.003 0.019 0.006 0.023 0.093 0.007 0.002 0.060 0.695 130 M 0.131 0.011 0.005 0.014 0.006 0.011 0.131 0.006 0.002 0.058 0.624 131 K 0.045 0.006 0.001 0.026 0.011 0.021 0.114 0.003 0.001 0.029 0.743 132 N 0.049 0.014 0.001 0.025 0.007 0.014 0.118 0.002 0.001 0.033 0.736 133 L 0.041 0.008 0.002 0.034 0.024 0.029 0.166 0.014 0.001 0.057 0.624