# TARGET T0307 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.006 0.977 2 G 0.066 0.036 0.026 0.070 0.024 0.152 0.626 3 L 0.074 0.017 0.044 0.111 0.228 0.215 0.311 4 G 0.123 0.015 0.048 0.123 0.170 0.172 0.349 5 R 0.151 0.011 0.087 0.202 0.189 0.120 0.239 6 Q 0.290 0.020 0.066 0.190 0.128 0.092 0.215 7 S 0.327 0.028 0.070 0.174 0.075 0.067 0.258 8 L 0.280 0.012 0.103 0.250 0.099 0.099 0.157 9 N 0.247 0.009 0.110 0.258 0.088 0.142 0.146 10 I 0.356 0.017 0.105 0.223 0.066 0.123 0.110 11 M 0.455 0.022 0.042 0.186 0.054 0.091 0.149 12 T 0.470 0.024 0.028 0.090 0.087 0.086 0.215 13 F 0.280 0.024 0.009 0.055 0.193 0.032 0.406 14 S 0.123 0.008 0.003 0.069 0.088 0.013 0.696 15 G 0.002 0.001 0.034 0.922 0.012 0.022 0.009 16 Q 0.001 0.001 0.026 0.929 0.010 0.025 0.008 17 E 0.001 0.001 0.011 0.970 0.004 0.010 0.005 18 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.003 0.003 19 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.003 20 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 21 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 24 M 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.014 0.005 25 A 0.005 0.001 0.005 0.954 0.003 0.025 0.007 26 K 0.009 0.001 0.015 0.890 0.011 0.071 0.005 27 S 0.010 0.001 0.014 0.846 0.011 0.111 0.008 28 M 0.051 0.005 0.021 0.727 0.052 0.074 0.071 29 V 0.311 0.025 0.016 0.494 0.035 0.052 0.067 30 M 0.386 0.009 0.013 0.342 0.030 0.150 0.071 31 A 0.213 0.013 0.012 0.209 0.092 0.276 0.185 32 D 0.036 0.006 0.010 0.040 0.280 0.492 0.137 33 G 0.016 0.002 0.007 0.012 0.598 0.274 0.092 34 K 0.084 0.025 0.009 0.014 0.261 0.096 0.511 35 I 0.110 0.098 0.002 0.015 0.100 0.013 0.662 36 K 0.029 0.008 0.001 0.022 0.067 0.003 0.870 37 P 0.001 0.001 0.013 0.968 0.005 0.012 0.002 38 A 0.001 0.001 0.010 0.977 0.002 0.010 0.002 39 E 0.001 0.001 0.012 0.980 0.001 0.004 0.004 40 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 41 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.010 0.002 42 V 0.001 0.001 0.002 0.972 0.001 0.022 0.002 43 M 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.011 0.004 44 T 0.001 0.001 0.006 0.975 0.004 0.012 0.003 45 R 0.001 0.001 0.004 0.962 0.005 0.024 0.004 46 E 0.001 0.001 0.005 0.951 0.006 0.030 0.008 47 F 0.001 0.001 0.008 0.896 0.015 0.063 0.016 48 M 0.002 0.002 0.026 0.791 0.020 0.116 0.042 49 R 0.002 0.004 0.037 0.666 0.052 0.179 0.059 50 F 0.003 0.005 0.033 0.410 0.080 0.374 0.094 51 G 0.003 0.005 0.045 0.177 0.125 0.437 0.208 52 I 0.009 0.017 0.078 0.175 0.159 0.110 0.452 53 L 0.010 0.009 0.069 0.261 0.068 0.070 0.513 54 Q 0.001 0.001 0.080 0.754 0.029 0.056 0.079 55 D 0.002 0.001 0.044 0.865 0.012 0.054 0.022 56 Q 0.002 0.002 0.027 0.893 0.011 0.044 0.021 57 V 0.003 0.002 0.008 0.941 0.005 0.023 0.018 58 D 0.004 0.001 0.008 0.954 0.006 0.020 0.008 59 L 0.008 0.001 0.011 0.955 0.005 0.014 0.006 60 L 0.006 0.001 0.013 0.962 0.004 0.010 0.005 61 L 0.008 0.001 0.017 0.950 0.005 0.014 0.006 62 K 0.007 0.001 0.026 0.911 0.007 0.042 0.007 63 A 0.004 0.001 0.033 0.804 0.013 0.136 0.010 64 S 0.010 0.009 0.060 0.521 0.063 0.264 0.074 65 D 0.013 0.007 0.079 0.250 0.139 0.376 0.136 66 S 0.019 0.012 0.060 0.142 0.258 0.209 0.298 67 I 0.012 0.014 0.035 0.108 0.291 0.068 0.473 68 E 0.013 0.009 0.014 0.131 0.149 0.051 0.633 69 A 0.001 0.001 0.053 0.856 0.020 0.039 0.030 70 S 0.001 0.001 0.035 0.918 0.011 0.023 0.011 71 Q 0.002 0.001 0.037 0.921 0.006 0.021 0.013 72 A 0.002 0.001 0.006 0.970 0.005 0.008 0.007 73 V 0.004 0.001 0.004 0.975 0.003 0.008 0.005 74 A 0.002 0.001 0.007 0.970 0.003 0.015 0.004 75 L 0.001 0.001 0.009 0.963 0.004 0.018 0.004 76 I 0.001 0.001 0.039 0.915 0.005 0.033 0.007 77 A 0.001 0.001 0.045 0.740 0.013 0.195 0.006 78 R 0.001 0.001 0.055 0.612 0.024 0.287 0.021 79 M 0.001 0.006 0.030 0.306 0.320 0.083 0.254 80 D 0.001 0.004 0.027 0.289 0.125 0.099 0.455 81 E 0.001 0.002 0.041 0.704 0.060 0.113 0.080 82 E 0.001 0.001 0.033 0.781 0.036 0.102 0.046 83 R 0.001 0.001 0.021 0.845 0.019 0.061 0.052 84 K 0.001 0.001 0.005 0.931 0.022 0.018 0.023 85 K 0.004 0.001 0.004 0.951 0.010 0.014 0.017 86 Y 0.001 0.001 0.004 0.969 0.004 0.014 0.008 87 V 0.001 0.001 0.004 0.970 0.004 0.012 0.008 88 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.003 0.012 0.003 89 S 0.001 0.001 0.003 0.958 0.003 0.033 0.003 90 Y 0.001 0.001 0.003 0.945 0.003 0.040 0.008 91 L 0.001 0.001 0.008 0.916 0.010 0.047 0.017 92 G 0.003 0.001 0.031 0.856 0.017 0.081 0.012 93 V 0.004 0.001 0.040 0.863 0.017 0.060 0.014 94 I 0.010 0.006 0.047 0.821 0.024 0.056 0.036 95 M 0.045 0.006 0.042 0.691 0.033 0.142 0.042 96 A 0.064 0.007 0.037 0.539 0.059 0.237 0.056 97 S 0.065 0.016 0.020 0.288 0.211 0.176 0.223 98 D 0.032 0.011 0.019 0.069 0.212 0.353 0.304 99 G 0.028 0.012 0.037 0.053 0.348 0.273 0.249 100 D 0.065 0.046 0.049 0.044 0.242 0.106 0.449 101 I 0.034 0.038 0.035 0.085 0.179 0.060 0.569 102 D 0.011 0.011 0.008 0.096 0.148 0.030 0.696 103 D 0.001 0.001 0.032 0.861 0.027 0.069 0.009 104 N 0.001 0.001 0.017 0.911 0.009 0.052 0.010 105 E 0.001 0.001 0.006 0.977 0.002 0.007 0.008 106 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 107 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 108 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 114 T 0.001 0.001 0.002 0.967 0.002 0.028 0.001 115 L 0.001 0.001 0.004 0.883 0.005 0.103 0.004 116 C 0.001 0.002 0.004 0.413 0.066 0.490 0.025 117 G 0.001 0.003 0.003 0.023 0.148 0.574 0.247 118 L 0.005 0.023 0.002 0.005 0.266 0.015 0.685 119 P 0.022 0.015 0.005 0.004 0.109 0.012 0.833 120 T 0.042 0.015 0.098 0.062 0.173 0.131 0.479 121 M 0.114 0.026 0.104 0.140 0.126 0.093 0.396 122 T 0.264 0.024 0.094 0.165 0.088 0.045 0.321 123 V 0.312 0.021 0.080 0.281 0.055 0.049 0.203 124 M 0.335 0.021 0.054 0.258 0.053 0.041 0.238 125 E 0.272 0.021 0.090 0.274 0.069 0.050 0.224 126 A 0.183 0.025 0.088 0.295 0.072 0.070 0.266 127 I 0.078 0.015 0.156 0.326 0.094 0.097 0.234 128 N 0.051 0.007 0.135 0.289 0.153 0.210 0.156 129 N 0.030 0.005 0.102 0.254 0.121 0.214 0.274 130 M 0.021 0.013 0.100 0.210 0.170 0.150 0.335 131 K 0.031 0.010 0.061 0.184 0.178 0.263 0.273 132 N 0.016 0.011 0.030 0.123 0.012 0.211 0.598 133 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996