# TARGET T0307 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.020 0.113 0.118 0.374 0.306 2 G 0.056 0.018 0.062 0.059 0.408 0.398 3 L 0.061 0.021 0.056 0.061 0.434 0.366 4 G 0.067 0.014 0.034 0.039 0.412 0.434 5 R 0.107 0.019 0.079 0.077 0.423 0.295 6 Q 0.182 0.017 0.057 0.057 0.361 0.326 7 S 0.367 0.022 0.043 0.057 0.239 0.271 8 L 0.484 0.013 0.028 0.045 0.159 0.271 9 N 0.581 0.009 0.020 0.038 0.122 0.229 10 I 0.785 0.008 0.019 0.038 0.056 0.094 11 M 0.872 0.006 0.009 0.024 0.031 0.058 12 T 0.847 0.009 0.006 0.025 0.041 0.071 13 F 0.565 0.017 0.010 0.045 0.258 0.104 14 S 0.195 0.010 0.006 0.051 0.487 0.251 15 G 0.033 0.003 0.014 0.352 0.392 0.205 16 Q 0.032 0.006 0.011 0.867 0.059 0.026 17 E 0.025 0.003 0.008 0.931 0.010 0.022 18 L 0.015 0.001 0.005 0.964 0.006 0.010 19 T 0.010 0.001 0.003 0.976 0.005 0.005 20 A 0.010 0.001 0.005 0.979 0.004 0.002 21 I 0.010 0.001 0.004 0.977 0.006 0.002 22 I 0.009 0.001 0.005 0.977 0.007 0.002 23 K 0.009 0.001 0.006 0.973 0.008 0.003 24 M 0.013 0.001 0.012 0.922 0.024 0.029 25 A 0.013 0.002 0.016 0.885 0.031 0.054 26 K 0.020 0.002 0.024 0.868 0.044 0.042 27 S 0.045 0.002 0.024 0.831 0.045 0.053 28 M 0.135 0.004 0.031 0.675 0.052 0.103 29 V 0.248 0.014 0.026 0.537 0.063 0.112 30 M 0.265 0.018 0.033 0.385 0.238 0.061 31 A 0.176 0.012 0.030 0.258 0.417 0.107 32 D 0.041 0.006 0.024 0.098 0.668 0.163 33 G 0.058 0.011 0.013 0.016 0.637 0.265 34 K 0.135 0.018 0.007 0.009 0.205 0.626 35 I 0.234 0.091 0.005 0.008 0.120 0.542 36 K 0.159 0.016 0.003 0.006 0.127 0.689 37 P 0.187 0.005 0.035 0.125 0.168 0.480 38 A 0.271 0.004 0.064 0.348 0.142 0.171 39 E 0.347 0.004 0.040 0.460 0.079 0.070 40 I 0.467 0.005 0.018 0.430 0.033 0.047 41 A 0.505 0.002 0.013 0.405 0.036 0.038 42 V 0.500 0.005 0.017 0.410 0.029 0.038 43 M 0.524 0.011 0.016 0.264 0.059 0.127 44 T 0.249 0.011 0.017 0.325 0.076 0.322 45 R 0.057 0.002 0.050 0.742 0.068 0.082 46 E 0.066 0.003 0.059 0.763 0.069 0.039 47 F 0.022 0.002 0.034 0.873 0.052 0.018 48 M 0.019 0.002 0.019 0.902 0.034 0.023 49 R 0.008 0.001 0.011 0.932 0.026 0.022 50 F 0.007 0.001 0.014 0.886 0.038 0.054 51 G 0.018 0.003 0.025 0.457 0.123 0.374 52 I 0.069 0.023 0.041 0.366 0.142 0.358 53 L 0.112 0.017 0.053 0.409 0.139 0.270 54 Q 0.044 0.004 0.066 0.602 0.124 0.160 55 D 0.030 0.003 0.076 0.679 0.109 0.103 56 Q 0.011 0.002 0.058 0.875 0.036 0.018 57 V 0.017 0.002 0.026 0.912 0.026 0.017 58 D 0.019 0.001 0.033 0.897 0.033 0.017 59 L 0.029 0.001 0.024 0.917 0.018 0.011 60 L 0.027 0.002 0.014 0.929 0.015 0.013 61 L 0.023 0.002 0.017 0.904 0.029 0.025 62 K 0.020 0.002 0.017 0.839 0.058 0.063 63 A 0.019 0.004 0.039 0.646 0.128 0.165 64 S 0.013 0.004 0.064 0.514 0.223 0.182 65 D 0.017 0.004 0.070 0.396 0.324 0.190 66 S 0.022 0.004 0.063 0.539 0.217 0.155 67 I 0.047 0.013 0.052 0.586 0.150 0.153 68 E 0.079 0.012 0.054 0.555 0.120 0.180 69 A 0.030 0.002 0.046 0.823 0.042 0.056 70 S 0.029 0.002 0.024 0.871 0.030 0.044 71 Q 0.016 0.001 0.015 0.937 0.017 0.014 72 A 0.025 0.001 0.008 0.931 0.016 0.018 73 V 0.037 0.001 0.007 0.930 0.014 0.010 74 A 0.042 0.001 0.006 0.935 0.010 0.005 75 L 0.025 0.001 0.005 0.960 0.006 0.004 76 I 0.041 0.001 0.010 0.927 0.012 0.009 77 A 0.060 0.001 0.014 0.873 0.026 0.024 78 R 0.089 0.005 0.019 0.627 0.078 0.182 79 M 0.043 0.014 0.008 0.284 0.114 0.537 80 D 0.016 0.005 0.005 0.133 0.127 0.715 81 E 0.001 0.001 0.043 0.915 0.030 0.011 82 E 0.004 0.001 0.057 0.872 0.052 0.014 83 R 0.004 0.001 0.037 0.916 0.031 0.011 84 K 0.007 0.001 0.011 0.940 0.016 0.024 85 K 0.007 0.001 0.007 0.962 0.012 0.011 86 Y 0.024 0.001 0.010 0.924 0.021 0.019 87 V 0.034 0.002 0.010 0.905 0.025 0.024 88 A 0.061 0.002 0.030 0.839 0.037 0.031 89 S 0.076 0.002 0.050 0.771 0.055 0.047 90 Y 0.143 0.006 0.041 0.620 0.090 0.099 91 L 0.151 0.003 0.024 0.591 0.098 0.132 92 G 0.355 0.003 0.020 0.321 0.104 0.197 93 V 0.606 0.004 0.014 0.238 0.048 0.089 94 I 0.782 0.009 0.008 0.115 0.024 0.061 95 M 0.779 0.010 0.006 0.070 0.050 0.084 96 A 0.624 0.015 0.009 0.046 0.167 0.139 97 S 0.328 0.015 0.016 0.027 0.394 0.221 98 D 0.109 0.010 0.021 0.023 0.641 0.195 99 G 0.102 0.023 0.020 0.011 0.600 0.245 100 D 0.119 0.040 0.029 0.015 0.460 0.337 101 I 0.093 0.062 0.051 0.034 0.478 0.283 102 D 0.048 0.017 0.027 0.037 0.573 0.298 103 D 0.015 0.006 0.121 0.255 0.452 0.151 104 N 0.026 0.005 0.088 0.492 0.271 0.117 105 E 0.035 0.005 0.064 0.750 0.092 0.053 106 L 0.044 0.005 0.023 0.856 0.035 0.038 107 A 0.070 0.005 0.017 0.860 0.020 0.028 108 L 0.051 0.002 0.014 0.911 0.010 0.013 109 W 0.056 0.001 0.013 0.905 0.012 0.013 110 T 0.050 0.001 0.015 0.911 0.013 0.010 111 L 0.040 0.002 0.017 0.910 0.018 0.014 112 I 0.024 0.002 0.020 0.918 0.022 0.014 113 S 0.016 0.002 0.026 0.905 0.030 0.020 114 T 0.011 0.002 0.032 0.881 0.039 0.035 115 L 0.012 0.007 0.057 0.728 0.120 0.076 116 C 0.012 0.009 0.053 0.546 0.206 0.175 117 G 0.007 0.005 0.022 0.204 0.286 0.477 118 L 0.011 0.010 0.015 0.108 0.380 0.476 119 P 0.020 0.012 0.020 0.193 0.258 0.497 120 T 0.033 0.017 0.033 0.530 0.133 0.254 121 M 0.049 0.008 0.027 0.757 0.068 0.091 122 T 0.071 0.007 0.017 0.821 0.027 0.057 123 V 0.048 0.002 0.010 0.889 0.019 0.032 124 M 0.022 0.001 0.007 0.949 0.011 0.009 125 E 0.010 0.001 0.010 0.964 0.011 0.005 126 A 0.004 0.001 0.011 0.969 0.010 0.005 127 I 0.002 0.001 0.009 0.972 0.011 0.005 128 N 0.001 0.001 0.008 0.955 0.018 0.016 129 N 0.002 0.001 0.023 0.730 0.089 0.155 130 M 0.008 0.010 0.057 0.299 0.316 0.310 131 K 0.013 0.010 0.046 0.233 0.256 0.441 132 N 0.012 0.010 0.022 0.097 0.198 0.662 133 L 0.005 0.003 0.002 0.009 0.068 0.913