# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8416 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.029 0.120 0.614 2 K 0.042 0.026 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.153 0.009 0.202 0.540 3 L 0.026 0.011 0.003 0.001 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.110 0.004 0.086 0.736 4 A 0.027 0.025 0.001 0.001 0.016 0.031 0.039 0.011 0.001 0.001 0.024 0.005 0.070 0.041 0.003 0.001 0.384 0.004 0.048 0.268 5 V 0.037 0.029 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.016 0.001 0.005 0.003 0.002 0.166 0.010 0.002 0.001 0.194 0.006 0.076 0.436 6 V 0.027 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.453 0.008 0.057 0.340 7 T 0.012 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.008 0.044 0.340 8 G 0.020 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.014 0.049 0.521 9 Q 0.099 0.009 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.011 0.196 0.494 10 I 0.073 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.458 0.010 0.057 0.379 11 V 0.003 0.016 0.003 0.003 0.050 0.009 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.720 0.002 0.025 0.122 12 C 0.001 0.009 0.001 0.001 0.096 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.645 0.001 0.022 0.197 13 T 0.004 0.010 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.656 0.006 0.041 0.258 14 V 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.013 0.044 0.045 0.542 0.004 0.034 0.274 15 R 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.304 0.003 0.113 0.538 16 H 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.026 0.015 0.006 0.018 0.009 0.008 0.344 0.004 0.106 0.412 17 H 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.024 0.002 0.049 0.907 18 G 0.056 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.053 0.010 0.110 0.748 19 L 0.672 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.025 0.235 20 A 0.183 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.015 0.085 0.542 21 H 0.047 0.039 0.025 0.002 0.008 0.003 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.008 0.076 0.697 22 D 0.278 0.029 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.011 0.082 0.477 23 K 0.055 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.009 0.201 0.486 24 L 0.076 0.029 0.015 0.003 0.020 0.004 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.014 0.068 0.361 25 L 0.006 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.002 0.017 0.035 26 M 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.808 0.002 0.037 0.128 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 0.005 0.028 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.933 0.001 0.009 0.051 29 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.155 0.021 0.029 0.363 0.006 0.042 0.348 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.015 0.831 0.002 0.030 0.104 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.642 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.046 0.003 0.036 0.177 32 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.007 0.043 0.878 33 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.792 0.186 34 G 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.183 0.043 0.095 35 N 0.246 0.034 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.011 0.285 0.350 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.654 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.077 0.241 38 G 0.107 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.017 0.060 0.640 39 Q 0.157 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.012 0.120 0.521 40 C 0.039 0.003 0.003 0.001 0.005 0.004 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.004 0.161 0.372 41 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.760 0.001 0.054 0.164 42 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.001 0.025 0.090 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.006 0.921 0.001 0.010 0.046 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.918 0.001 0.012 0.060 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.009 0.003 0.003 0.004 0.003 0.005 0.827 0.004 0.018 0.107 46 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.473 0.013 0.208 0.285 47 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.023 0.030 0.011 0.145 0.020 0.521 0.221 48 G 0.153 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.006 0.009 0.017 0.003 0.001 0.129 0.091 0.181 0.395 49 A 0.079 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.050 0.020 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.212 0.011 0.158 0.404 50 G 0.017 0.006 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.062 0.004 0.534 0.336 51 T 0.078 0.007 0.012 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.004 0.115 0.680 52 G 0.128 0.010 0.002 0.002 0.006 0.005 0.017 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.013 0.060 0.434 53 E 0.664 0.005 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.016 0.046 0.197 54 W 0.033 0.008 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.006 0.128 0.482 55 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.002 0.014 0.061 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.001 0.012 0.040 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.945 0.001 0.006 0.038 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.906 0.001 0.011 0.073 59 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.521 0.009 0.108 0.357 60 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.267 0.018 0.146 0.560 61 S 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.006 0.235 0.653 62 S 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.006 0.149 0.745 63 A 0.119 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.004 0.265 0.475 64 R 0.125 0.427 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.095 0.308 65 Q 0.151 0.592 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.019 0.204 66 A 0.089 0.687 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.012 0.172 67 H 0.107 0.618 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.037 0.030 0.169 68 K 0.142 0.397 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.061 0.047 0.307 69 S 0.114 0.244 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.041 0.044 0.516 70 E 0.069 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.045 0.794 71 T 0.067 0.022 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.205 0.632 72 S 0.103 0.015 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.012 0.192 0.616 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 74 V 0.013 0.007 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.004 0.163 0.712 75 D 0.145 0.056 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.007 0.128 0.506 76 L 0.077 0.176 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.006 0.073 0.373 77 C 0.048 0.182 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.371 0.008 0.146 0.234 78 V 0.021 0.147 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.656 0.006 0.034 0.128 79 I 0.009 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.744 0.003 0.013 0.075 80 G 0.005 0.216 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.682 0.003 0.015 0.070 81 I 0.006 0.178 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.023 0.652 0.008 0.014 0.094 82 V 0.008 0.157 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.016 0.597 0.012 0.014 0.159 83 D 0.018 0.152 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.006 0.029 0.032 0.018 0.434 0.029 0.027 0.233 84 E 0.126 0.072 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.014 0.086 0.014 0.004 0.226 0.057 0.068 0.309 85 V 0.166 0.074 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.008 0.139 0.028 0.002 0.001 0.081 0.027 0.123 0.309 86 V 0.041 0.076 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.178 0.024 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.195 0.016 0.101 0.308 87 S 0.014 0.041 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.336 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.005 0.067 0.464 88 G 0.019 0.030 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.014 0.168 0.652 89 G 0.169 0.013 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.049 0.139 0.576 90 Q 0.267 0.012 0.023 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.023 0.178 0.410 91 V 0.023 0.011 0.014 0.010 0.014 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.339 0.005 0.148 0.414 92 I 0.004 0.006 0.001 0.002 0.437 0.070 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.262 0.001 0.025 0.162 93 F 0.010 0.015 0.001 0.001 0.025 0.078 0.035 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 0.009 0.007 0.481 0.002 0.041 0.257 94 H 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.005 0.005 0.003 0.007 0.007 0.005 0.005 0.475 0.006 0.063 0.373 95 K 0.014 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.256 0.005 0.070 0.616