# TARGET T0306 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5341 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.186 0.097 0.097 0.134 0.092 0.085 0.100 0.066 0.070 0.046 0.029 2 K 0.103 0.232 0.105 0.247 0.151 0.081 0.050 0.016 0.009 0.004 0.002 3 L 0.035 0.035 0.029 0.066 0.064 0.079 0.147 0.135 0.168 0.134 0.109 4 A 0.041 0.069 0.057 0.126 0.140 0.162 0.192 0.085 0.068 0.034 0.025 5 V 0.037 0.115 0.172 0.384 0.178 0.064 0.031 0.010 0.005 0.003 0.002 6 V 0.005 0.008 0.008 0.019 0.026 0.045 0.121 0.128 0.203 0.201 0.235 7 T 0.031 0.104 0.101 0.329 0.215 0.110 0.070 0.021 0.011 0.005 0.003 8 G 0.412 0.203 0.074 0.143 0.070 0.041 0.034 0.012 0.007 0.003 0.001 9 Q 0.049 0.143 0.128 0.356 0.211 0.077 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 10 I 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.017 0.064 0.106 0.217 0.284 0.297 11 V 0.009 0.047 0.032 0.160 0.169 0.173 0.203 0.095 0.063 0.030 0.020 12 C 0.013 0.018 0.015 0.028 0.032 0.045 0.115 0.153 0.217 0.199 0.166 13 T 0.022 0.049 0.029 0.133 0.132 0.124 0.150 0.102 0.105 0.085 0.069 14 V 0.048 0.073 0.030 0.152 0.163 0.143 0.138 0.091 0.079 0.050 0.032 15 R 0.060 0.074 0.038 0.164 0.164 0.141 0.146 0.086 0.064 0.038 0.023 16 H 0.078 0.105 0.058 0.171 0.154 0.131 0.129 0.073 0.054 0.031 0.016 17 H 0.343 0.147 0.060 0.156 0.102 0.075 0.059 0.024 0.018 0.010 0.005 18 G 0.349 0.182 0.059 0.148 0.091 0.061 0.050 0.023 0.018 0.011 0.008 19 L 0.051 0.027 0.015 0.037 0.035 0.049 0.100 0.122 0.192 0.200 0.171 20 A 0.152 0.265 0.096 0.202 0.114 0.075 0.051 0.020 0.013 0.007 0.005 21 H 0.111 0.108 0.074 0.154 0.118 0.096 0.106 0.069 0.068 0.050 0.044 22 D 0.151 0.106 0.060 0.152 0.131 0.118 0.130 0.070 0.047 0.023 0.011 23 K 0.030 0.067 0.059 0.273 0.240 0.152 0.107 0.037 0.022 0.009 0.004 24 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.028 0.070 0.191 0.295 0.403 25 L 0.002 0.009 0.015 0.089 0.141 0.183 0.267 0.148 0.093 0.039 0.015 26 M 0.001 0.003 0.004 0.011 0.013 0.022 0.093 0.164 0.265 0.243 0.181 27 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.027 0.081 0.125 0.214 0.275 0.258 28 E 0.006 0.031 0.038 0.170 0.174 0.138 0.192 0.116 0.077 0.038 0.019 29 M 0.004 0.012 0.010 0.059 0.091 0.121 0.202 0.187 0.161 0.105 0.048 30 I 0.005 0.024 0.031 0.130 0.151 0.143 0.177 0.115 0.107 0.072 0.044 31 D 0.058 0.099 0.035 0.221 0.219 0.167 0.127 0.042 0.021 0.008 0.002 32 P 0.269 0.141 0.082 0.169 0.110 0.078 0.068 0.036 0.023 0.016 0.009 33 Q 0.498 0.272 0.053 0.108 0.037 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 34 G 0.565 0.127 0.033 0.083 0.057 0.044 0.036 0.018 0.015 0.012 0.010 35 N 0.231 0.330 0.059 0.163 0.083 0.049 0.037 0.018 0.015 0.009 0.006 36 P 0.314 0.123 0.076 0.106 0.085 0.082 0.081 0.042 0.040 0.028 0.023 37 D 0.312 0.245 0.081 0.175 0.090 0.045 0.029 0.010 0.007 0.004 0.002 38 G 0.180 0.129 0.067 0.186 0.159 0.111 0.084 0.036 0.026 0.015 0.007 39 Q 0.044 0.082 0.068 0.225 0.246 0.150 0.096 0.040 0.028 0.013 0.007 40 C 0.002 0.005 0.008 0.040 0.090 0.162 0.275 0.197 0.131 0.066 0.026 41 A 0.001 0.003 0.005 0.033 0.077 0.142 0.276 0.192 0.138 0.088 0.044 42 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.011 0.056 0.122 0.217 0.277 0.301 43 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.017 0.067 0.119 0.211 0.265 0.301 44 I 0.001 0.003 0.006 0.020 0.025 0.035 0.086 0.124 0.216 0.248 0.235 45 D 0.002 0.004 0.006 0.023 0.032 0.054 0.149 0.186 0.222 0.190 0.132 46 N 0.027 0.037 0.035 0.106 0.110 0.131 0.180 0.130 0.109 0.076 0.060 47 I 0.009 0.011 0.009 0.024 0.023 0.031 0.092 0.115 0.191 0.239 0.256 48 G 0.040 0.065 0.036 0.127 0.118 0.116 0.139 0.091 0.101 0.083 0.085 49 A 0.026 0.017 0.009 0.022 0.020 0.032 0.081 0.097 0.170 0.196 0.330 50 G 0.195 0.114 0.051 0.127 0.107 0.100 0.115 0.059 0.052 0.038 0.041 51 T 0.167 0.244 0.089 0.230 0.116 0.068 0.048 0.016 0.012 0.007 0.004 52 G 0.143 0.091 0.050 0.130 0.115 0.082 0.084 0.057 0.081 0.073 0.095 53 E 0.026 0.089 0.074 0.247 0.214 0.146 0.112 0.045 0.027 0.012 0.008 54 W 0.001 0.004 0.005 0.038 0.107 0.187 0.310 0.180 0.101 0.048 0.019 55 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.038 0.090 0.176 0.254 0.428 56 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.087 0.138 0.217 0.248 0.276 57 L 0.001 0.002 0.002 0.007 0.008 0.012 0.052 0.105 0.217 0.274 0.320 58 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.017 0.061 0.110 0.220 0.286 0.289 59 S 0.012 0.068 0.041 0.185 0.175 0.152 0.158 0.089 0.063 0.036 0.020 60 G 0.064 0.090 0.041 0.182 0.184 0.150 0.133 0.067 0.046 0.027 0.015 61 S 0.239 0.142 0.069 0.185 0.132 0.086 0.073 0.030 0.022 0.013 0.009 62 S 0.053 0.063 0.032 0.131 0.131 0.134 0.161 0.099 0.089 0.062 0.043 63 A 0.024 0.015 0.015 0.023 0.026 0.043 0.098 0.118 0.196 0.208 0.234 64 R 0.028 0.034 0.071 0.147 0.161 0.166 0.168 0.083 0.071 0.045 0.026 65 Q 0.030 0.078 0.246 0.194 0.152 0.109 0.086 0.038 0.032 0.021 0.015 66 A 0.016 0.018 0.034 0.051 0.051 0.070 0.134 0.112 0.159 0.163 0.191 67 H 0.051 0.040 0.036 0.061 0.067 0.093 0.170 0.131 0.137 0.114 0.099 68 K 0.268 0.217 0.145 0.152 0.081 0.052 0.041 0.016 0.013 0.008 0.006 69 S 0.309 0.154 0.082 0.139 0.093 0.071 0.067 0.031 0.025 0.017 0.013 70 E 0.498 0.195 0.065 0.120 0.058 0.029 0.017 0.006 0.005 0.003 0.003 71 T 0.137 0.156 0.060 0.166 0.140 0.115 0.105 0.048 0.037 0.021 0.015 72 S 0.051 0.080 0.041 0.132 0.151 0.163 0.171 0.089 0.065 0.037 0.020 73 P 0.055 0.053 0.036 0.121 0.152 0.168 0.202 0.089 0.066 0.037 0.021 74 V 0.013 0.011 0.010 0.030 0.044 0.062 0.142 0.144 0.200 0.184 0.160 75 D 0.008 0.018 0.022 0.087 0.100 0.127 0.209 0.143 0.137 0.093 0.056 76 L 0.005 0.008 0.014 0.027 0.029 0.045 0.136 0.168 0.225 0.202 0.142 77 C 0.004 0.006 0.016 0.028 0.035 0.055 0.152 0.182 0.223 0.183 0.117 78 V 0.001 0.003 0.012 0.013 0.009 0.014 0.073 0.127 0.246 0.273 0.228 79 I 0.001 0.002 0.007 0.010 0.011 0.020 0.079 0.125 0.224 0.269 0.252 80 G 0.001 0.002 0.006 0.010 0.014 0.029 0.114 0.160 0.237 0.241 0.185 81 I 0.001 0.004 0.009 0.016 0.020 0.035 0.129 0.165 0.234 0.217 0.171 82 V 0.001 0.003 0.005 0.012 0.016 0.033 0.097 0.128 0.209 0.243 0.254 83 D 0.004 0.013 0.015 0.060 0.094 0.138 0.239 0.170 0.135 0.083 0.048 84 E 0.042 0.100 0.076 0.236 0.201 0.138 0.110 0.048 0.029 0.014 0.007 85 V 0.015 0.024 0.019 0.070 0.085 0.101 0.157 0.129 0.161 0.138 0.100 86 V 0.096 0.134 0.073 0.218 0.167 0.121 0.096 0.039 0.030 0.017 0.011 87 S 0.187 0.159 0.064 0.162 0.121 0.100 0.097 0.048 0.033 0.019 0.009 88 G 0.562 0.213 0.052 0.090 0.039 0.020 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 89 G 0.517 0.182 0.045 0.095 0.058 0.040 0.029 0.013 0.010 0.006 0.004 90 Q 0.241 0.231 0.081 0.168 0.106 0.068 0.049 0.023 0.018 0.010 0.006 91 V 0.128 0.133 0.088 0.146 0.121 0.112 0.108 0.061 0.053 0.031 0.017 92 I 0.116 0.097 0.096 0.169 0.141 0.119 0.112 0.059 0.047 0.028 0.016 93 F 0.097 0.075 0.078 0.127 0.116 0.109 0.132 0.089 0.085 0.058 0.034 94 H 0.181 0.185 0.120 0.195 0.125 0.077 0.056 0.025 0.019 0.010 0.005 95 K 0.335 0.138 0.064 0.112 0.084 0.074 0.075 0.045 0.038 0.024 0.012