# TARGET T0306 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0306.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5393 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.023 0.034 0.058 0.064 0.090 0.161 0.136 0.153 0.137 0.110 2 K 0.051 0.096 0.076 0.210 0.185 0.139 0.125 0.062 0.032 0.015 0.007 3 L 0.004 0.005 0.019 0.028 0.029 0.041 0.111 0.120 0.206 0.234 0.204 4 A 0.024 0.016 0.050 0.057 0.079 0.105 0.199 0.139 0.139 0.116 0.076 5 V 0.036 0.086 0.160 0.264 0.168 0.107 0.087 0.045 0.027 0.015 0.006 6 V 0.003 0.006 0.008 0.010 0.017 0.041 0.131 0.186 0.201 0.215 0.183 7 T 0.094 0.143 0.051 0.168 0.150 0.121 0.112 0.075 0.044 0.025 0.017 8 G 0.219 0.142 0.113 0.168 0.122 0.090 0.063 0.032 0.030 0.016 0.007 9 Q 0.125 0.098 0.052 0.178 0.200 0.147 0.100 0.049 0.030 0.014 0.007 10 I 0.003 0.003 0.002 0.009 0.014 0.032 0.122 0.149 0.238 0.223 0.206 11 V 0.008 0.018 0.038 0.086 0.087 0.084 0.146 0.157 0.142 0.125 0.109 12 C 0.001 0.003 0.019 0.017 0.025 0.040 0.110 0.150 0.198 0.227 0.211 13 T 0.014 0.021 0.048 0.078 0.092 0.102 0.161 0.145 0.145 0.109 0.086 14 V 0.034 0.036 0.045 0.089 0.089 0.100 0.173 0.118 0.136 0.106 0.075 15 R 0.074 0.119 0.045 0.169 0.128 0.110 0.151 0.082 0.061 0.039 0.023 16 H 0.124 0.094 0.038 0.107 0.108 0.115 0.158 0.100 0.078 0.050 0.029 17 H 0.341 0.151 0.084 0.151 0.095 0.065 0.054 0.024 0.018 0.010 0.006 18 G 0.390 0.193 0.093 0.147 0.091 0.045 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 19 L 0.030 0.018 0.012 0.020 0.032 0.061 0.149 0.174 0.186 0.164 0.154 20 A 0.145 0.281 0.080 0.190 0.123 0.079 0.053 0.027 0.014 0.006 0.004 21 H 0.126 0.115 0.137 0.196 0.122 0.094 0.085 0.046 0.038 0.027 0.015 22 D 0.137 0.126 0.081 0.156 0.155 0.122 0.102 0.052 0.036 0.022 0.012 23 K 0.048 0.091 0.036 0.170 0.169 0.178 0.139 0.083 0.057 0.021 0.007 24 L 0.002 0.002 0.005 0.011 0.018 0.041 0.111 0.152 0.224 0.231 0.203 25 L 0.003 0.011 0.024 0.092 0.136 0.149 0.246 0.180 0.080 0.049 0.031 26 M 0.001 0.001 0.008 0.009 0.009 0.011 0.044 0.095 0.213 0.314 0.296 27 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.019 0.067 0.115 0.231 0.285 0.263 28 E 0.007 0.017 0.082 0.145 0.153 0.140 0.202 0.098 0.081 0.052 0.024 29 M 0.005 0.014 0.037 0.071 0.080 0.117 0.236 0.167 0.120 0.098 0.056 30 I 0.012 0.014 0.009 0.019 0.028 0.056 0.172 0.216 0.196 0.160 0.117 31 D 0.270 0.243 0.069 0.165 0.098 0.059 0.044 0.026 0.014 0.008 0.004 32 P 0.422 0.163 0.049 0.096 0.091 0.063 0.050 0.028 0.020 0.011 0.006 33 Q 0.656 0.165 0.023 0.063 0.044 0.021 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 34 G 0.467 0.158 0.028 0.089 0.067 0.056 0.058 0.031 0.026 0.013 0.008 35 N 0.288 0.233 0.071 0.150 0.097 0.057 0.044 0.026 0.016 0.010 0.007 36 P 0.154 0.149 0.053 0.110 0.102 0.107 0.123 0.090 0.058 0.033 0.022 37 D 0.326 0.245 0.089 0.154 0.089 0.048 0.022 0.014 0.008 0.003 0.002 38 G 0.239 0.142 0.059 0.126 0.118 0.107 0.083 0.052 0.041 0.022 0.011 39 Q 0.135 0.134 0.056 0.168 0.153 0.122 0.093 0.055 0.046 0.024 0.013 40 C 0.014 0.017 0.021 0.059 0.068 0.110 0.199 0.139 0.156 0.124 0.092 41 A 0.012 0.025 0.056 0.126 0.130 0.138 0.184 0.126 0.091 0.069 0.044 42 V 0.001 0.003 0.014 0.022 0.027 0.043 0.121 0.148 0.191 0.226 0.205 43 A 0.002 0.004 0.014 0.021 0.030 0.043 0.103 0.156 0.209 0.226 0.192 44 I 0.003 0.005 0.013 0.029 0.045 0.067 0.138 0.151 0.193 0.188 0.169 45 D 0.008 0.016 0.023 0.055 0.074 0.096 0.172 0.137 0.167 0.144 0.109 46 N 0.018 0.023 0.018 0.085 0.103 0.117 0.178 0.145 0.134 0.106 0.072 47 I 0.007 0.005 0.005 0.012 0.019 0.034 0.098 0.131 0.223 0.241 0.224 48 G 0.048 0.064 0.035 0.141 0.134 0.114 0.144 0.118 0.090 0.062 0.051 49 A 0.007 0.007 0.007 0.012 0.017 0.027 0.074 0.106 0.197 0.247 0.300 50 G 0.138 0.174 0.052 0.169 0.144 0.105 0.091 0.055 0.036 0.020 0.015 51 T 0.068 0.098 0.029 0.124 0.108 0.102 0.138 0.097 0.097 0.079 0.060 52 G 0.135 0.106 0.025 0.113 0.128 0.130 0.125 0.080 0.077 0.049 0.033 53 E 0.070 0.076 0.030 0.171 0.154 0.139 0.145 0.075 0.072 0.042 0.025 54 W 0.004 0.008 0.009 0.046 0.070 0.098 0.210 0.154 0.151 0.139 0.111 55 V 0.001 0.001 0.005 0.012 0.017 0.024 0.084 0.120 0.210 0.252 0.274 56 L 0.001 0.001 0.010 0.012 0.022 0.031 0.105 0.159 0.219 0.236 0.205 57 L 0.001 0.002 0.017 0.018 0.027 0.036 0.097 0.154 0.210 0.221 0.218 58 V 0.002 0.004 0.012 0.014 0.023 0.044 0.122 0.163 0.227 0.196 0.192 59 S 0.026 0.078 0.045 0.118 0.136 0.135 0.166 0.125 0.090 0.051 0.031 60 G 0.074 0.068 0.030 0.095 0.106 0.135 0.172 0.118 0.103 0.061 0.040 61 S 0.337 0.136 0.044 0.128 0.111 0.087 0.070 0.040 0.028 0.013 0.006 62 S 0.075 0.088 0.037 0.153 0.147 0.131 0.158 0.091 0.065 0.035 0.020 63 A 0.007 0.008 0.015 0.022 0.025 0.036 0.102 0.113 0.201 0.228 0.244 64 R 0.018 0.027 0.080 0.131 0.156 0.152 0.201 0.091 0.068 0.048 0.027 65 Q 0.022 0.040 0.200 0.202 0.133 0.114 0.137 0.063 0.044 0.031 0.014 66 A 0.015 0.018 0.043 0.064 0.071 0.103 0.223 0.159 0.134 0.106 0.064 67 H 0.056 0.048 0.050 0.066 0.067 0.088 0.171 0.151 0.138 0.103 0.063 68 K 0.162 0.190 0.125 0.197 0.130 0.081 0.060 0.029 0.015 0.008 0.004 69 S 0.283 0.161 0.085 0.108 0.098 0.081 0.075 0.046 0.032 0.019 0.011 70 E 0.468 0.221 0.044 0.103 0.072 0.041 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 71 T 0.353 0.162 0.052 0.110 0.096 0.081 0.058 0.037 0.029 0.015 0.008 72 S 0.100 0.093 0.041 0.117 0.124 0.132 0.143 0.096 0.072 0.047 0.034 73 P 0.044 0.076 0.053 0.160 0.138 0.134 0.138 0.100 0.074 0.049 0.034 74 V 0.003 0.006 0.009 0.021 0.031 0.054 0.115 0.138 0.194 0.218 0.212 75 D 0.006 0.017 0.020 0.091 0.112 0.133 0.183 0.144 0.123 0.093 0.077 76 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.020 0.033 0.099 0.122 0.207 0.253 0.247 77 C 0.001 0.002 0.004 0.016 0.031 0.044 0.116 0.160 0.207 0.217 0.204 78 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.054 0.106 0.229 0.280 0.305 79 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.030 0.095 0.158 0.241 0.227 0.223 80 G 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.028 0.099 0.164 0.237 0.220 0.223 81 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.013 0.055 0.120 0.228 0.263 0.307 82 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.017 0.068 0.128 0.231 0.248 0.293 83 D 0.005 0.007 0.021 0.037 0.055 0.078 0.191 0.160 0.182 0.141 0.124 84 E 0.030 0.040 0.060 0.146 0.150 0.150 0.200 0.091 0.070 0.040 0.026 85 V 0.035 0.029 0.026 0.055 0.054 0.076 0.192 0.135 0.162 0.134 0.104 86 V 0.120 0.119 0.045 0.145 0.118 0.106 0.160 0.082 0.050 0.033 0.023 87 S 0.212 0.173 0.072 0.129 0.101 0.085 0.096 0.057 0.038 0.023 0.014 88 G 0.437 0.227 0.075 0.111 0.077 0.038 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 89 G 0.466 0.145 0.050 0.095 0.080 0.059 0.047 0.026 0.020 0.009 0.004 90 Q 0.360 0.141 0.077 0.137 0.108 0.071 0.051 0.024 0.018 0.008 0.004 91 V 0.086 0.076 0.094 0.134 0.112 0.117 0.163 0.085 0.067 0.041 0.024 92 I 0.044 0.070 0.126 0.153 0.123 0.117 0.148 0.093 0.058 0.042 0.026 93 F 0.038 0.046 0.078 0.090 0.090 0.122 0.180 0.137 0.101 0.072 0.046 94 H 0.185 0.169 0.159 0.188 0.119 0.077 0.049 0.026 0.016 0.008 0.003 95 K 0.158 0.097 0.067 0.120 0.109 0.112 0.130 0.078 0.066 0.041 0.022