# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.7971 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.008 0.028 0.002 0.039 0.010 0.026 0.178 0.003 0.001 0.056 0.651 2 S 0.084 0.526 0.002 0.006 0.005 0.006 0.061 0.004 0.001 0.055 0.251 3 L 0.039 0.762 0.001 0.002 0.003 0.003 0.027 0.007 0.001 0.044 0.111 4 P 0.022 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.033 0.070 5 D 0.008 0.309 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.641 0.024 6 L 0.003 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.185 0.019 7 A 0.004 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.066 0.010 8 L 0.004 0.476 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.498 0.014 9 S 0.001 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.048 0.017 10 I 0.003 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 11 N 0.006 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.035 0.021 12 S 0.006 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.007 0.039 13 A 0.042 0.808 0.011 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.004 0.056 0.043 14 L 0.012 0.035 0.406 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.413 0.089 0.024 15 K 0.663 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.011 0.003 0.025 0.207 16 D 0.070 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.059 0.004 0.003 0.044 0.804 17 V 0.023 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 0.188 0.001 0.001 0.022 0.750 18 N 0.007 0.006 0.001 0.019 0.001 0.005 0.101 0.002 0.001 0.023 0.833 19 L 0.113 0.005 0.001 0.005 0.008 0.007 0.168 0.014 0.001 0.070 0.607 20 P 0.080 0.011 0.001 0.026 0.003 0.007 0.136 0.003 0.001 0.055 0.679 21 Q 0.074 0.019 0.001 0.025 0.003 0.010 0.122 0.002 0.001 0.045 0.698 22 A 0.043 0.151 0.003 0.039 0.006 0.012 0.124 0.006 0.001 0.068 0.547 23 S 0.142 0.588 0.003 0.008 0.004 0.006 0.040 0.009 0.001 0.024 0.176 24 E 0.119 0.493 0.004 0.017 0.009 0.014 0.045 0.011 0.001 0.037 0.249 25 N 0.064 0.221 0.003 0.022 0.032 0.058 0.097 0.005 0.001 0.150 0.347 26 L 0.067 0.288 0.007 0.040 0.051 0.093 0.086 0.014 0.002 0.126 0.225 27 V 0.091 0.163 0.007 0.049 0.068 0.115 0.084 0.017 0.002 0.096 0.309 28 M 0.045 0.061 0.003 0.078 0.129 0.217 0.074 0.004 0.001 0.086 0.302 29 T 0.017 0.017 0.004 0.093 0.115 0.243 0.093 0.002 0.002 0.086 0.328 30 W 0.020 0.007 0.026 0.098 0.075 0.140 0.107 0.004 0.011 0.103 0.408 31 I 0.359 0.020 0.004 0.027 0.038 0.053 0.078 0.011 0.004 0.081 0.325 32 G 0.213 0.061 0.001 0.009 0.002 0.006 0.063 0.003 0.001 0.050 0.592 33 N 0.015 0.101 0.001 0.008 0.002 0.006 0.072 0.002 0.001 0.021 0.771 34 G 0.021 0.312 0.001 0.013 0.010 0.016 0.101 0.009 0.001 0.045 0.470 35 A 0.006 0.270 0.001 0.017 0.024 0.010 0.041 0.001 0.001 0.464 0.167 36 D 0.002 0.853 0.001 0.005 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.093 0.026 37 V 0.007 0.688 0.001 0.009 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.246 0.033 38 L 0.001 0.942 0.003 0.006 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.026 0.014 39 S 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 40 Q 0.008 0.867 0.008 0.004 0.001 0.002 0.003 0.009 0.002 0.066 0.029 41 R 0.032 0.845 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.041 0.058 42 A 0.058 0.529 0.057 0.003 0.001 0.001 0.030 0.019 0.030 0.115 0.156 43 V 0.168 0.361 0.056 0.005 0.001 0.002 0.059 0.031 0.031 0.100 0.187 44 D 0.201 0.074 0.017 0.007 0.001 0.003 0.079 0.010 0.016 0.095 0.496 45 W 0.111 0.072 0.003 0.007 0.001 0.004 0.101 0.007 0.001 0.046 0.646 46 A 0.078 0.047 0.002 0.010 0.002 0.007 0.105 0.004 0.001 0.038 0.705 47 C 0.042 0.050 0.003 0.016 0.005 0.012 0.122 0.003 0.001 0.028 0.717 48 T 0.037 0.099 0.002 0.010 0.008 0.014 0.102 0.004 0.001 0.021 0.702 49 Q 0.130 0.351 0.003 0.008 0.004 0.006 0.058 0.012 0.001 0.027 0.401 50 A 0.162 0.501 0.003 0.006 0.001 0.002 0.041 0.012 0.001 0.047 0.224 51 E 0.067 0.180 0.005 0.009 0.001 0.003 0.044 0.004 0.001 0.420 0.265 52 K 0.039 0.440 0.006 0.006 0.003 0.004 0.047 0.007 0.001 0.191 0.256 53 E 0.099 0.453 0.006 0.005 0.003 0.005 0.037 0.011 0.002 0.093 0.286 54 L 0.021 0.607 0.004 0.005 0.002 0.003 0.032 0.008 0.001 0.054 0.262 55 T 0.023 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.009 0.069 56 E 0.010 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.018 0.036 57 D 0.012 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.023 0.030 58 E 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.021 0.027 59 F 0.009 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.022 0.020 60 K 0.010 0.861 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.087 0.029 61 Y 0.008 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.061 0.032 62 F 0.017 0.856 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.067 0.038 63 K 0.029 0.813 0.013 0.003 0.001 0.001 0.012 0.008 0.004 0.059 0.059 64 R 0.052 0.778 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.006 0.002 0.035 0.102 65 Q 0.063 0.619 0.018 0.004 0.001 0.003 0.032 0.012 0.009 0.058 0.181 66 F 0.141 0.440 0.017 0.007 0.002 0.004 0.058 0.020 0.008 0.072 0.230 67 G 0.201 0.146 0.022 0.013 0.004 0.009 0.080 0.016 0.014 0.107 0.389 68 F 0.184 0.049 0.009 0.014 0.006 0.014 0.114 0.006 0.004 0.062 0.539 69 Y 0.054 0.020 0.007 0.028 0.006 0.018 0.114 0.002 0.004 0.041 0.706 70 Y 0.116 0.019 0.005 0.022 0.012 0.022 0.126 0.007 0.002 0.058 0.611 71 G 0.128 0.015 0.002 0.021 0.013 0.025 0.123 0.008 0.001 0.051 0.612 72 E 0.039 0.006 0.001 0.026 0.020 0.045 0.129 0.004 0.001 0.034 0.694 73 N 0.021 0.009 0.001 0.099 0.050 0.125 0.125 0.003 0.001 0.069 0.496 74 L 0.020 0.008 0.001 0.097 0.072 0.146 0.111 0.004 0.001 0.072 0.468 75 C 0.016 0.002 0.001 0.108 0.129 0.150 0.093 0.002 0.001 0.044 0.456 76 N 0.006 0.001 0.001 0.083 0.124 0.186 0.084 0.001 0.001 0.038 0.476 77 I 0.006 0.002 0.001 0.067 0.050 0.081 0.105 0.001 0.001 0.033 0.653 78 S 0.126 0.010 0.002 0.037 0.075 0.068 0.128 0.013 0.002 0.087 0.451 79 R 0.132 0.014 0.003 0.018 0.013 0.016 0.112 0.006 0.002 0.061 0.623