# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.889 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.008 0.018 0.001 0.022 0.005 0.016 0.181 0.003 0.001 0.052 0.693 2 S 0.075 0.475 0.001 0.005 0.004 0.005 0.070 0.003 0.001 0.052 0.310 3 L 0.041 0.742 0.001 0.002 0.003 0.004 0.031 0.008 0.001 0.047 0.121 4 P 0.023 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.035 0.075 5 D 0.008 0.318 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.632 0.024 6 L 0.003 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.188 0.019 7 A 0.004 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.009 8 L 0.004 0.531 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.443 0.014 9 S 0.001 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 0.016 10 I 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 11 N 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.018 12 S 0.007 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.007 0.040 13 A 0.043 0.791 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.005 0.066 0.048 14 L 0.018 0.042 0.395 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.374 0.114 0.030 15 K 0.612 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.058 0.012 0.003 0.033 0.237 16 D 0.071 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.062 0.003 0.002 0.041 0.806 17 V 0.020 0.003 0.001 0.010 0.001 0.003 0.176 0.001 0.001 0.022 0.763 18 N 0.008 0.006 0.001 0.019 0.002 0.006 0.103 0.002 0.001 0.025 0.827 19 L 0.122 0.005 0.001 0.005 0.008 0.008 0.158 0.014 0.001 0.070 0.609 20 P 0.080 0.010 0.001 0.024 0.003 0.007 0.131 0.003 0.001 0.051 0.690 21 Q 0.078 0.017 0.001 0.023 0.003 0.010 0.117 0.001 0.001 0.044 0.705 22 A 0.035 0.128 0.003 0.038 0.007 0.012 0.127 0.006 0.001 0.068 0.575 23 S 0.121 0.637 0.002 0.006 0.003 0.005 0.035 0.008 0.001 0.019 0.162 24 E 0.110 0.526 0.004 0.015 0.009 0.012 0.041 0.012 0.001 0.036 0.235 25 N 0.058 0.258 0.003 0.020 0.029 0.049 0.091 0.005 0.001 0.153 0.335 26 L 0.073 0.345 0.007 0.035 0.042 0.077 0.078 0.015 0.002 0.125 0.200 27 V 0.100 0.198 0.009 0.047 0.056 0.089 0.081 0.019 0.002 0.093 0.305 28 M 0.053 0.080 0.003 0.072 0.117 0.202 0.077 0.004 0.001 0.093 0.295 29 T 0.019 0.022 0.004 0.101 0.100 0.219 0.093 0.002 0.002 0.089 0.350 30 W 0.021 0.009 0.032 0.103 0.069 0.127 0.113 0.004 0.012 0.115 0.396 31 I 0.315 0.018 0.005 0.034 0.042 0.058 0.085 0.011 0.005 0.085 0.342 32 G 0.240 0.054 0.001 0.010 0.003 0.007 0.064 0.003 0.001 0.049 0.570 33 N 0.017 0.082 0.001 0.008 0.003 0.006 0.079 0.002 0.001 0.023 0.779 34 G 0.018 0.264 0.001 0.014 0.009 0.016 0.106 0.008 0.001 0.042 0.521 35 A 0.007 0.285 0.001 0.018 0.025 0.011 0.045 0.001 0.001 0.427 0.180 36 D 0.002 0.858 0.001 0.006 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.086 0.027 37 V 0.007 0.753 0.001 0.008 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.190 0.028 38 L 0.001 0.923 0.002 0.008 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.043 0.014 39 S 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 40 Q 0.005 0.896 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.060 0.020 41 R 0.017 0.890 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.038 0.036 42 A 0.045 0.715 0.019 0.002 0.001 0.001 0.019 0.013 0.009 0.086 0.089 43 V 0.113 0.320 0.140 0.005 0.001 0.001 0.046 0.028 0.069 0.126 0.151 44 D 0.321 0.087 0.008 0.005 0.001 0.002 0.072 0.009 0.006 0.137 0.351 45 W 0.056 0.114 0.003 0.005 0.001 0.004 0.083 0.006 0.002 0.050 0.675 46 A 0.082 0.133 0.007 0.007 0.002 0.007 0.110 0.008 0.002 0.039 0.603 47 C 0.106 0.142 0.019 0.014 0.007 0.019 0.097 0.009 0.009 0.055 0.522 48 T 0.135 0.066 0.004 0.005 0.009 0.018 0.077 0.008 0.002 0.030 0.647 49 Q 0.321 0.077 0.004 0.009 0.005 0.011 0.062 0.010 0.003 0.047 0.450 50 A 0.171 0.063 0.003 0.016 0.005 0.009 0.093 0.010 0.001 0.040 0.588 51 E 0.065 0.036 0.001 0.017 0.005 0.014 0.100 0.004 0.001 0.023 0.735 52 K 0.023 0.009 0.001 0.022 0.020 0.022 0.111 0.001 0.001 0.031 0.760 53 E 0.009 0.014 0.001 0.031 0.016 0.017 0.139 0.001 0.001 0.059 0.714 54 L 0.005 0.101 0.001 0.017 0.013 0.010 0.120 0.006 0.001 0.054 0.671 55 T 0.030 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.008 0.026 56 E 0.019 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.025 57 D 0.013 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.053 0.043 58 E 0.010 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.037 0.019 59 F 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.012 60 K 0.008 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.064 0.027 61 Y 0.003 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.046 0.025 62 F 0.010 0.933 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.027 0.015 63 K 0.022 0.676 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.250 0.035 64 R 0.014 0.735 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.146 0.084 65 Q 0.015 0.869 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.029 0.060 66 F 0.021 0.908 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.010 0.035 67 G 0.055 0.780 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.029 0.107 68 F 0.042 0.622 0.009 0.004 0.001 0.002 0.034 0.007 0.005 0.069 0.205 69 Y 0.132 0.261 0.057 0.010 0.002 0.004 0.071 0.022 0.022 0.214 0.205 70 Y 0.246 0.214 0.019 0.017 0.004 0.009 0.084 0.021 0.010 0.107 0.269 71 G 0.128 0.105 0.007 0.021 0.007 0.018 0.100 0.007 0.004 0.046 0.557 72 E 0.051 0.028 0.008 0.034 0.011 0.029 0.137 0.004 0.003 0.053 0.641 73 N 0.062 0.027 0.003 0.056 0.035 0.084 0.132 0.013 0.001 0.112 0.473 74 L 0.114 0.013 0.004 0.042 0.017 0.042 0.120 0.004 0.002 0.075 0.566 75 C 0.032 0.005 0.002 0.076 0.050 0.106 0.117 0.005 0.001 0.049 0.558 76 N 0.060 0.007 0.001 0.038 0.022 0.050 0.103 0.002 0.001 0.045 0.671 77 I 0.029 0.003 0.001 0.041 0.057 0.071 0.132 0.007 0.001 0.051 0.606 78 S 0.065 0.012 0.001 0.027 0.025 0.038 0.136 0.004 0.001 0.040 0.652 79 R 0.045 0.007 0.002 0.028 0.036 0.057 0.137 0.010 0.001 0.042 0.636