# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.036 0.006 0.012 0.009 0.008 0.017 0.004 0.001 0.001 0.840 2 A 0.083 0.034 0.015 0.033 0.023 0.046 0.134 0.006 0.001 0.008 0.619 3 S 0.188 0.016 0.007 0.030 0.021 0.035 0.163 0.008 0.001 0.007 0.526 4 K 0.088 0.010 0.007 0.026 0.004 0.006 0.023 0.002 0.001 0.002 0.831 5 K 0.099 0.006 0.006 0.050 0.018 0.031 0.236 0.001 0.001 0.005 0.547 6 P 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.979 7 D 0.071 0.003 0.001 0.037 0.003 0.011 0.153 0.001 0.001 0.005 0.716 8 K 0.612 0.003 0.007 0.029 0.002 0.004 0.043 0.001 0.001 0.012 0.287 9 T 0.120 0.012 0.001 0.022 0.003 0.003 0.345 0.001 0.001 0.002 0.493 10 Y 0.010 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.920 11 E 0.003 0.077 0.001 0.009 0.002 0.003 0.326 0.001 0.001 0.002 0.578 12 E 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.001 0.001 0.008 0.038 13 M 0.040 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 14 V 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 K 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 16 E 0.016 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.028 17 V 0.016 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 18 E 0.014 0.954 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 19 R 0.029 0.893 0.014 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 0.001 0.001 0.042 20 L 0.086 0.817 0.002 0.005 0.006 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 0.060 21 K 0.075 0.782 0.014 0.010 0.005 0.007 0.009 0.011 0.001 0.001 0.085 22 L 0.037 0.515 0.077 0.035 0.038 0.049 0.036 0.019 0.001 0.001 0.193 23 E 0.063 0.329 0.013 0.057 0.020 0.055 0.084 0.014 0.001 0.002 0.364 24 N 0.083 0.131 0.007 0.025 0.010 0.021 0.181 0.017 0.001 0.009 0.515 25 K 0.186 0.196 0.021 0.007 0.003 0.002 0.156 0.002 0.001 0.006 0.420 26 T 0.042 0.227 0.005 0.006 0.005 0.004 0.276 0.003 0.001 0.003 0.428 27 L 0.039 0.424 0.006 0.007 0.005 0.013 0.046 0.001 0.001 0.003 0.456 28 K 0.068 0.565 0.002 0.006 0.012 0.052 0.053 0.007 0.001 0.009 0.228 29 Q 0.102 0.717 0.003 0.001 0.002 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.149 30 K 0.063 0.664 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 0.228 31 V 0.089 0.821 0.002 0.004 0.005 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 0.060 32 K 0.039 0.633 0.008 0.015 0.026 0.069 0.024 0.039 0.001 0.001 0.146 33 S 0.186 0.508 0.014 0.011 0.008 0.019 0.030 0.028 0.001 0.001 0.193 34 S 0.298 0.252 0.019 0.023 0.011 0.017 0.037 0.032 0.001 0.004 0.308 35 G 0.193 0.046 0.032 0.019 0.020 0.015 0.146 0.022 0.001 0.010 0.498 36 A 0.132 0.010 0.062 0.021 0.020 0.020 0.133 0.008 0.001 0.009 0.584 37 V 0.064 0.008 0.023 0.064 0.028 0.051 0.127 0.004 0.001 0.008 0.624 38 S 0.087 0.004 0.003 0.058 0.052 0.051 0.298 0.002 0.001 0.009 0.435 39 S 0.014 0.001 0.002 0.008 0.003 0.003 0.024 0.001 0.001 0.002 0.942 40 D 0.017 0.001 0.001 0.017 0.006 0.013 0.536 0.001 0.001 0.013 0.397 41 D 0.431 0.001 0.003 0.026 0.004 0.006 0.162 0.001 0.001 0.090 0.276 42 S 0.165 0.012 0.003 0.045 0.009 0.012 0.525 0.001 0.001 0.027 0.201 43 I 0.164 0.011 0.008 0.061 0.015 0.027 0.364 0.002 0.001 0.021 0.326 44 L 0.145 0.027 0.009 0.295 0.050 0.091 0.159 0.002 0.001 0.012 0.210 45 T 0.037 0.014 0.002 0.027 0.029 0.040 0.468 0.001 0.001 0.004 0.377 46 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.980 47 A 0.002 0.005 0.001 0.003 0.003 0.008 0.516 0.001 0.001 0.005 0.458 48 K 0.086 0.019 0.001 0.005 0.006 0.020 0.668 0.003 0.001 0.094 0.100 49 R 0.125 0.748 0.001 0.008 0.004 0.009 0.020 0.004 0.001 0.004 0.077 50 E 0.029 0.910 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.048 51 S 0.035 0.902 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.045 52 I 0.036 0.911 0.004 0.003 0.004 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 0.025 53 I 0.010 0.935 0.010 0.005 0.005 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.013 54 V 0.012 0.889 0.002 0.020 0.010 0.025 0.005 0.009 0.001 0.001 0.027 55 S 0.024 0.787 0.006 0.007 0.003 0.006 0.015 0.006 0.001 0.001 0.144 56 S 0.032 0.769 0.012 0.007 0.006 0.008 0.030 0.008 0.001 0.001 0.126 57 S 0.035 0.786 0.008 0.010 0.007 0.016 0.048 0.009 0.001 0.003 0.079 58 R 0.017 0.840 0.004 0.005 0.003 0.005 0.024 0.007 0.001 0.002 0.093 59 A 0.043 0.830 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.105 60 L 0.045 0.880 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 0.001 0.001 0.046 61 G 0.061 0.844 0.009 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.001 0.002 0.057 62 A 0.017 0.853 0.011 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.100 63 V 0.020 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.142 64 A 0.034 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.051 65 M 0.008 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.019 66 R 0.019 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.040 67 K 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 68 I 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 69 E 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 70 A 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.021 71 K 0.036 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 72 V 0.024 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 73 R 0.016 0.921 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.040 74 S 0.034 0.864 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.074 75 R 0.083 0.813 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.077 76 A 0.096 0.755 0.017 0.003 0.004 0.006 0.011 0.019 0.001 0.002 0.087 77 A 0.051 0.681 0.032 0.014 0.016 0.026 0.019 0.017 0.001 0.002 0.142 78 K 0.084 0.579 0.012 0.013 0.009 0.021 0.027 0.025 0.001 0.002 0.227 79 A 0.225 0.521 0.012 0.018 0.008 0.010 0.014 0.030 0.001 0.002 0.161 80 V 0.167 0.494 0.039 0.051 0.021 0.032 0.059 0.020 0.001 0.005 0.111 81 T 0.058 0.289 0.039 0.026 0.020 0.030 0.164 0.011 0.001 0.002 0.361 82 E 0.009 0.103 0.004 0.016 0.003 0.006 0.036 0.002 0.001 0.001 0.820 83 Q 0.008 0.062 0.001 0.002 0.001 0.002 0.416 0.001 0.001 0.005 0.504 84 E 0.069 0.152 0.002 0.002 0.002 0.003 0.599 0.005 0.001 0.011 0.155 85 L 0.035 0.920 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.030 86 T 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 87 S 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.042 88 L 0.030 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.019 89 L 0.026 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 90 Q 0.020 0.912 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 0.025 91 S 0.187 0.589 0.002 0.004 0.002 0.004 0.001 0.150 0.001 0.001 0.061 92 L 0.512 0.201 0.021 0.019 0.018 0.005 0.004 0.144 0.001 0.001 0.075 93 T 0.086 0.020 0.271 0.085 0.035 0.045 0.041 0.023 0.001 0.003 0.390 94 L 0.004 0.001 0.160 0.364 0.131 0.155 0.057 0.001 0.001 0.001 0.126 95 R 0.004 0.001 0.002 0.475 0.074 0.121 0.078 0.001 0.001 0.001 0.244 96 V 0.004 0.001 0.002 0.572 0.106 0.116 0.026 0.001 0.001 0.002 0.172 97 D 0.001 0.001 0.001 0.570 0.076 0.117 0.056 0.001 0.001 0.001 0.178 98 V 0.005 0.001 0.001 0.436 0.085 0.150 0.040 0.001 0.001 0.005 0.277 99 S 0.005 0.001 0.001 0.342 0.126 0.203 0.127 0.001 0.001 0.005 0.190 100 M 0.009 0.001 0.001 0.066 0.049 0.086 0.104 0.001 0.001 0.006 0.679 101 E 0.015 0.006 0.001 0.068 0.054 0.103 0.228 0.001 0.001 0.010 0.516 102 E 0.049 0.013 0.001 0.013 0.021 0.044 0.296 0.001 0.001 0.023 0.539