# TARGET T0300 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.85162 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.882 0.095 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 2 A 0.844 0.109 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 3 S 0.889 0.085 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 4 K 0.878 0.097 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 5 K 0.809 0.141 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 6 P 0.900 0.079 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 7 D 0.858 0.101 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 8 K 0.823 0.123 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 9 T 0.688 0.223 0.069 0.018 0.002 0.001 0.001 10 Y 0.539 0.283 0.126 0.042 0.008 0.001 0.001 11 E 0.871 0.102 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 12 E 0.555 0.316 0.101 0.025 0.003 0.001 0.001 13 M 0.127 0.098 0.179 0.361 0.205 0.029 0.001 14 V 0.241 0.333 0.279 0.123 0.021 0.002 0.001 15 K 0.566 0.349 0.072 0.012 0.001 0.001 0.001 16 E 0.192 0.198 0.236 0.236 0.114 0.024 0.001 17 V 0.145 0.118 0.202 0.312 0.183 0.039 0.001 18 E 0.646 0.284 0.058 0.011 0.001 0.001 0.001 19 R 0.576 0.256 0.111 0.047 0.009 0.001 0.001 20 L 0.348 0.130 0.137 0.176 0.144 0.063 0.002 21 K 0.621 0.247 0.094 0.030 0.007 0.001 0.001 22 L 0.772 0.160 0.046 0.016 0.005 0.001 0.001 23 E 0.566 0.220 0.117 0.069 0.024 0.005 0.001 24 N 0.359 0.154 0.184 0.173 0.094 0.034 0.001 25 K 0.652 0.247 0.078 0.018 0.004 0.001 0.001 26 T 0.525 0.331 0.108 0.029 0.005 0.001 0.001 27 L 0.132 0.129 0.180 0.292 0.214 0.052 0.001 28 K 0.171 0.245 0.295 0.211 0.069 0.009 0.001 29 Q 0.574 0.349 0.064 0.012 0.002 0.001 0.001 30 K 0.210 0.329 0.321 0.125 0.014 0.001 0.001 31 V 0.109 0.101 0.145 0.328 0.278 0.038 0.001 32 K 0.287 0.405 0.231 0.067 0.009 0.001 0.001 33 S 0.835 0.135 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 34 S 0.685 0.205 0.077 0.027 0.005 0.001 0.001 35 G 0.701 0.191 0.076 0.027 0.005 0.001 0.001 36 A 0.708 0.211 0.060 0.017 0.003 0.001 0.001 37 V 0.437 0.232 0.178 0.115 0.034 0.005 0.001 38 S 0.677 0.223 0.076 0.020 0.003 0.001 0.001 39 S 0.743 0.160 0.060 0.027 0.008 0.001 0.001 40 D 0.730 0.194 0.055 0.018 0.003 0.001 0.001 41 D 0.490 0.272 0.153 0.068 0.015 0.002 0.001 42 S 0.488 0.268 0.140 0.072 0.025 0.006 0.001 43 I 0.235 0.266 0.239 0.165 0.071 0.022 0.002 44 L 0.108 0.100 0.161 0.262 0.234 0.123 0.013 45 T 0.254 0.291 0.211 0.142 0.066 0.032 0.005 46 A 0.440 0.249 0.136 0.093 0.051 0.025 0.006 47 A 0.517 0.241 0.123 0.078 0.030 0.009 0.002 48 K 0.359 0.288 0.177 0.112 0.046 0.016 0.003 49 R 0.166 0.219 0.220 0.206 0.119 0.060 0.009 50 E 0.117 0.195 0.227 0.222 0.150 0.078 0.011 51 S 0.174 0.161 0.155 0.176 0.163 0.137 0.034 52 I 0.103 0.137 0.179 0.221 0.182 0.134 0.045 53 I 0.084 0.074 0.071 0.123 0.205 0.306 0.138 54 V 0.336 0.264 0.179 0.132 0.061 0.025 0.004 55 S 0.336 0.299 0.182 0.108 0.047 0.023 0.005 56 S 0.271 0.175 0.163 0.174 0.134 0.076 0.008 57 S 0.191 0.162 0.175 0.187 0.160 0.113 0.012 58 R 0.523 0.301 0.118 0.045 0.011 0.003 0.001 59 A 0.411 0.328 0.163 0.071 0.021 0.005 0.001 60 L 0.374 0.132 0.110 0.166 0.143 0.071 0.004 61 G 0.280 0.273 0.229 0.136 0.060 0.021 0.001 62 A 0.648 0.252 0.069 0.024 0.005 0.001 0.001 63 V 0.400 0.273 0.186 0.107 0.028 0.005 0.001 64 A 0.260 0.162 0.144 0.189 0.167 0.076 0.002 65 M 0.367 0.244 0.182 0.111 0.062 0.031 0.003 66 R 0.564 0.316 0.090 0.024 0.005 0.001 0.001 67 K 0.372 0.294 0.205 0.094 0.027 0.007 0.001 68 I 0.164 0.149 0.156 0.236 0.214 0.078 0.002 69 E 0.232 0.265 0.267 0.153 0.063 0.020 0.002 70 A 0.609 0.298 0.068 0.020 0.004 0.001 0.001 71 K 0.262 0.270 0.265 0.156 0.040 0.006 0.001 72 V 0.223 0.130 0.140 0.235 0.213 0.058 0.002 73 R 0.320 0.351 0.215 0.088 0.022 0.004 0.001 74 S 0.674 0.249 0.056 0.016 0.004 0.001 0.001 75 R 0.458 0.266 0.172 0.084 0.017 0.002 0.001 76 A 0.491 0.191 0.134 0.118 0.055 0.011 0.001 77 A 0.550 0.258 0.117 0.055 0.017 0.003 0.001 78 K 0.563 0.296 0.099 0.033 0.008 0.001 0.001 79 A 0.268 0.180 0.192 0.200 0.120 0.038 0.002 80 V 0.245 0.241 0.238 0.170 0.078 0.026 0.002 81 T 0.304 0.275 0.203 0.141 0.058 0.017 0.001 82 E 0.300 0.339 0.224 0.099 0.028 0.008 0.001 83 Q 0.816 0.152 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 84 E 0.196 0.360 0.273 0.137 0.030 0.004 0.001 85 L 0.019 0.027 0.080 0.331 0.421 0.118 0.004 86 T 0.102 0.379 0.374 0.126 0.018 0.001 0.001 87 S 0.324 0.535 0.120 0.018 0.002 0.001 0.001 88 L 0.031 0.068 0.181 0.386 0.280 0.054 0.001 89 L 0.019 0.034 0.098 0.311 0.415 0.122 0.002 90 Q 0.376 0.454 0.141 0.025 0.002 0.001 0.001 91 S 0.396 0.381 0.158 0.054 0.009 0.001 0.001 92 L 0.032 0.089 0.183 0.320 0.278 0.095 0.003 93 T 0.200 0.296 0.263 0.169 0.061 0.011 0.001 94 L 0.069 0.102 0.135 0.221 0.251 0.205 0.018 95 R 0.030 0.084 0.190 0.292 0.225 0.155 0.023 96 V 0.043 0.044 0.052 0.114 0.260 0.384 0.102 97 D 0.099 0.180 0.236 0.256 0.140 0.073 0.016 98 V 0.073 0.079 0.111 0.211 0.281 0.214 0.032 99 S 0.224 0.282 0.249 0.161 0.059 0.024 0.003 100 M 0.359 0.261 0.185 0.132 0.052 0.011 0.001 101 E 0.697 0.205 0.067 0.023 0.006 0.001 0.001 102 E 0.821 0.130 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001