# TARGET T0299 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 77 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.110 0.092 0.027 0.078 0.010 0.016 0.311 0.165 0.113 0.028 2 T 0.012 0.044 0.016 0.004 0.029 0.005 0.024 0.675 0.160 0.024 0.006 3 R 0.019 0.019 0.008 0.003 0.030 0.002 0.018 0.744 0.130 0.021 0.006 4 Y 0.010 0.014 0.005 0.003 0.023 0.003 0.018 0.793 0.115 0.014 0.002 5 A 0.045 0.012 0.002 0.002 0.063 0.002 0.015 0.733 0.106 0.011 0.010 6 L 0.021 0.038 0.007 0.004 0.061 0.008 0.052 0.709 0.091 0.006 0.003 7 L 0.065 0.023 0.005 0.002 0.102 0.011 0.072 0.580 0.104 0.023 0.013 8 V 0.138 0.024 0.011 0.018 0.108 0.035 0.075 0.317 0.147 0.075 0.052 9 R 0.029 0.088 0.068 0.087 0.068 0.076 0.133 0.229 0.117 0.085 0.020 10 G 0.058 0.142 0.077 0.031 0.140 0.022 0.045 0.174 0.136 0.136 0.040 11 I 0.112 0.189 0.062 0.031 0.249 0.040 0.083 0.089 0.065 0.051 0.029 12 N 0.142 0.122 0.045 0.052 0.224 0.042 0.079 0.105 0.052 0.079 0.058 13 V 0.070 0.067 0.072 0.173 0.069 0.101 0.067 0.087 0.060 0.182 0.052 14 G 0.011 0.067 0.083 0.336 0.031 0.116 0.122 0.108 0.040 0.073 0.013 15 G 0.028 0.032 0.063 0.158 0.032 0.082 0.032 0.079 0.062 0.345 0.087 16 K 0.065 0.125 0.033 0.043 0.097 0.070 0.102 0.180 0.141 0.116 0.027 17 N 0.101 0.051 0.053 0.042 0.099 0.021 0.046 0.140 0.081 0.268 0.098 18 K 0.043 0.434 0.234 0.017 0.104 0.005 0.010 0.053 0.032 0.049 0.019 19 V 0.102 0.390 0.083 0.004 0.269 0.006 0.009 0.095 0.013 0.008 0.020 20 V 0.044 0.376 0.203 0.013 0.061 0.008 0.012 0.165 0.031 0.057 0.030 21 M 0.009 0.008 0.005 0.003 0.014 0.002 0.002 0.758 0.177 0.018 0.004 22 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.926 0.056 0.001 0.001 23 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.935 0.041 0.011 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.070 0.016 0.001 25 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.067 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.952 0.038 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.920 0.066 0.005 0.001 28 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.863 0.111 0.017 0.003 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.802 0.175 0.003 0.001 30 N 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.045 0.749 0.160 0.032 0.001 31 L 0.004 0.485 0.400 0.009 0.053 0.002 0.003 0.012 0.014 0.017 0.002 32 G 0.145 0.067 0.033 0.022 0.059 0.006 0.008 0.027 0.026 0.335 0.272 33 L 0.201 0.099 0.010 0.003 0.375 0.007 0.006 0.080 0.101 0.062 0.056 34 E 0.009 0.029 0.026 0.084 0.029 0.164 0.211 0.306 0.103 0.034 0.006 35 K 0.205 0.061 0.021 0.004 0.166 0.002 0.010 0.093 0.068 0.290 0.078 36 V 0.346 0.086 0.008 0.005 0.306 0.004 0.005 0.083 0.035 0.036 0.086 37 E 0.109 0.115 0.044 0.025 0.332 0.040 0.081 0.179 0.021 0.026 0.028 38 S 0.340 0.080 0.009 0.002 0.457 0.002 0.007 0.054 0.007 0.012 0.030 39 Y 0.181 0.104 0.006 0.015 0.515 0.027 0.016 0.091 0.013 0.009 0.021 40 I 0.273 0.107 0.023 0.007 0.309 0.011 0.021 0.111 0.026 0.020 0.092 41 N 0.154 0.055 0.036 0.013 0.158 0.029 0.107 0.253 0.079 0.052 0.064 42 S 0.034 0.291 0.178 0.138 0.084 0.031 0.055 0.065 0.036 0.064 0.024 43 G 0.048 0.227 0.211 0.116 0.099 0.028 0.013 0.024 0.031 0.134 0.068 44 N 0.174 0.153 0.038 0.018 0.271 0.018 0.029 0.053 0.045 0.097 0.104 45 I 0.218 0.138 0.008 0.001 0.567 0.003 0.007 0.021 0.012 0.009 0.017 46 F 0.272 0.074 0.008 0.007 0.528 0.010 0.015 0.025 0.011 0.012 0.039 47 F 0.208 0.151 0.024 0.011 0.480 0.012 0.012 0.029 0.012 0.014 0.047 48 T 0.163 0.086 0.025 0.015 0.212 0.017 0.022 0.028 0.045 0.223 0.163 49 S 0.061 0.250 0.284 0.054 0.223 0.012 0.016 0.026 0.019 0.032 0.023 50 I 0.056 0.145 0.068 0.027 0.078 0.023 0.052 0.140 0.139 0.209 0.061 51 D 0.018 0.225 0.136 0.039 0.084 0.065 0.132 0.141 0.068 0.076 0.016 52 S 0.067 0.494 0.190 0.004 0.143 0.001 0.002 0.034 0.014 0.029 0.023 53 K 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.003 0.752 0.214 0.011 0.002 54 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.912 0.072 0.003 0.001 55 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.898 0.072 0.021 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.061 0.007 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.044 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.951 0.032 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.032 0.006 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.002 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.024 0.002 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.033 0.002 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.055 0.002 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.889 0.093 0.005 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.779 0.101 0.007 0.001 67 H 0.002 0.014 0.004 0.003 0.003 0.014 0.336 0.480 0.111 0.031 0.001 68 Y 0.011 0.703 0.176 0.004 0.070 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.008 69 P 0.094 0.029 0.022 0.046 0.038 0.031 0.021 0.024 0.056 0.415 0.223 70 F 0.093 0.356 0.117 0.012 0.266 0.005 0.008 0.020 0.030 0.053 0.038 71 I 0.104 0.293 0.083 0.025 0.252 0.026 0.051 0.031 0.042 0.048 0.046 72 Q 0.196 0.244 0.067 0.009 0.403 0.003 0.002 0.008 0.010 0.017 0.041 73 S 0.156 0.088 0.024 0.022 0.411 0.037 0.107 0.056 0.028 0.033 0.040 74 F 0.137 0.199 0.014 0.002 0.619 0.002 0.002 0.006 0.005 0.005 0.009 75 S 0.162 0.073 0.008 0.001 0.727 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 76 L 0.462 0.050 0.003 0.001 0.302 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.160 77 L 0.027 0.360 0.171 0.047 0.237 0.052 0.042 0.016 0.008 0.021 0.018 78 S 0.031 0.555 0.329 0.004 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.535 0.443 0.013 0.001 80 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.081 0.002 0.001 81 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.078 0.025 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.062 0.005 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.059 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.036 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.889 0.086 0.013 0.001 86 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.731 0.238 0.013 0.001 87 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.159 0.720 0.098 0.010 0.001 88 N 0.003 0.024 0.015 0.002 0.012 0.035 0.277 0.154 0.079 0.384 0.016 89 L 0.548 0.022 0.002 0.001 0.172 0.001 0.001 0.010 0.012 0.033 0.200 90 P 0.010 0.043 0.010 0.006 0.042 0.013 0.049 0.369 0.396 0.053 0.008 91 A 0.088 0.106 0.042 0.013 0.196 0.007 0.007 0.160 0.104 0.236 0.040 92 W 0.117 0.129 0.040 0.009 0.166 0.008 0.025 0.190 0.148 0.107 0.063 93 W 0.032 0.089 0.046 0.019 0.081 0.032 0.081 0.359 0.189 0.057 0.014 94 S 0.064 0.069 0.034 0.021 0.103 0.020 0.054 0.222 0.158 0.208 0.046 95 R 0.075 0.140 0.064 0.026 0.169 0.032 0.054 0.174 0.086 0.145 0.036 96 D 0.077 0.111 0.059 0.036 0.131 0.027 0.042 0.217 0.127 0.133 0.041 97 L 0.050 0.128 0.145 0.059 0.117 0.032 0.045 0.196 0.113 0.087 0.027 98 A 0.054 0.116 0.047 0.028 0.115 0.033 0.092 0.229 0.169 0.087 0.029 99 R 0.098 0.090 0.040 0.017 0.144 0.017 0.046 0.117 0.135 0.226 0.070 100 K 0.147 0.194 0.037 0.012 0.341 0.017 0.048 0.061 0.038 0.068 0.037 101 D 0.363 0.057 0.006 0.005 0.435 0.006 0.010 0.017 0.008 0.025 0.069 102 F 0.248 0.093 0.009 0.014 0.554 0.012 0.010 0.011 0.003 0.012 0.033 103 L 0.279 0.054 0.003 0.001 0.633 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.020 104 F 0.334 0.056 0.004 0.001 0.557 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.039 105 Y 0.252 0.140 0.023 0.005 0.494 0.005 0.005 0.008 0.003 0.009 0.056 106 T 0.238 0.167 0.055 0.013 0.346 0.007 0.008 0.022 0.013 0.035 0.095 107 E 0.082 0.163 0.093 0.094 0.144 0.066 0.078 0.093 0.068 0.077 0.042 108 G 0.047 0.258 0.252 0.061 0.114 0.016 0.019 0.051 0.061 0.087 0.033 109 L 0.030 0.367 0.314 0.031 0.096 0.017 0.019 0.062 0.035 0.016 0.013 110 D 0.111 0.305 0.142 0.011 0.188 0.010 0.021 0.083 0.035 0.050 0.042 111 V 0.041 0.321 0.181 0.022 0.091 0.018 0.020 0.149 0.066 0.067 0.024 112 D 0.038 0.245 0.088 0.015 0.100 0.010 0.009 0.346 0.092 0.038 0.020 113 Q 0.012 0.039 0.013 0.005 0.027 0.007 0.017 0.730 0.120 0.024 0.008 114 V 0.011 0.011 0.006 0.002 0.013 0.003 0.010 0.796 0.101 0.040 0.007 115 I 0.006 0.008 0.003 0.001 0.009 0.002 0.004 0.828 0.107 0.027 0.005 116 A 0.005 0.019 0.005 0.003 0.011 0.005 0.011 0.827 0.094 0.015 0.004 117 T 0.006 0.015 0.006 0.003 0.015 0.004 0.016 0.785 0.108 0.038 0.005 118 V 0.013 0.020 0.012 0.006 0.022 0.008 0.026 0.664 0.145 0.074 0.010 119 E 0.020 0.083 0.027 0.014 0.043 0.014 0.037 0.494 0.170 0.079 0.019 120 S 0.035 0.057 0.021 0.009 0.060 0.010 0.039 0.443 0.153 0.141 0.031 121 L 0.051 0.109 0.061 0.018 0.113 0.024 0.058 0.272 0.116 0.147 0.031 122 E 0.063 0.170 0.088 0.028 0.145 0.027 0.064 0.244 0.079 0.068 0.025 123 L 0.052 0.160 0.103 0.040 0.102 0.026 0.046 0.192 0.094 0.152 0.032 124 K 0.050 0.172 0.099 0.032 0.144 0.024 0.062 0.211 0.089 0.090 0.026 125 D 0.188 0.116 0.031 0.007 0.269 0.010 0.019 0.130 0.074 0.085 0.071 126 E 0.157 0.136 0.026 0.011 0.392 0.021 0.031 0.122 0.045 0.035 0.025 127 V 0.382 0.047 0.006 0.003 0.434 0.006 0.008 0.039 0.013 0.017 0.047 128 L 0.204 0.162 0.016 0.007 0.492 0.010 0.010 0.033 0.013 0.017 0.035 129 Y 0.233 0.173 0.033 0.004 0.447 0.005 0.008 0.023 0.008 0.019 0.047 130 F 0.272 0.114 0.079 0.047 0.210 0.031 0.027 0.054 0.025 0.043 0.097 131 G 0.017 0.074 0.165 0.473 0.039 0.095 0.042 0.042 0.021 0.022 0.009 132 K 0.009 0.084 0.092 0.301 0.022 0.125 0.172 0.097 0.051 0.040 0.007 133 L 0.073 0.093 0.048 0.033 0.123 0.032 0.070 0.082 0.085 0.262 0.098 134 G 0.159 0.173 0.012 0.002 0.626 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.014 135 I 0.276 0.030 0.002 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 136 F 0.291 0.059 0.004 0.001 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 137 W 0.283 0.072 0.005 0.001 0.574 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.051 138 G 0.295 0.129 0.020 0.005 0.382 0.004 0.004 0.003 0.003 0.036 0.119 139 K 0.064 0.426 0.268 0.027 0.170 0.004 0.003 0.006 0.005 0.008 0.019 140 F 0.064 0.113 0.103 0.059 0.083 0.080 0.107 0.201 0.107 0.047 0.034 141 S 0.028 0.146 0.122 0.137 0.067 0.079 0.109 0.129 0.086 0.078 0.019 142 E 0.029 0.083 0.131 0.135 0.045 0.061 0.042 0.104 0.086 0.228 0.058 143 E 0.052 0.160 0.067 0.033 0.107 0.058 0.085 0.207 0.121 0.083 0.027 144 S 0.074 0.097 0.082 0.053 0.110 0.030 0.029 0.112 0.096 0.216 0.101 145 Y 0.132 0.135 0.058 0.023 0.184 0.018 0.026 0.141 0.111 0.109 0.063 146 S 0.109 0.156 0.078 0.016 0.207 0.012 0.023 0.211 0.096 0.048 0.044 147 K 0.058 0.109 0.052 0.018 0.095 0.013 0.037 0.353 0.154 0.081 0.030 148 T 0.057 0.111 0.063 0.022 0.113 0.018 0.028 0.388 0.116 0.062 0.020 149 A 0.032 0.063 0.028 0.016 0.046 0.023 0.043 0.546 0.134 0.048 0.023 150 Y 0.054 0.054 0.031 0.011 0.073 0.008 0.023 0.527 0.117 0.074 0.029 151 H 0.016 0.033 0.013 0.007 0.025 0.007 0.013 0.652 0.169 0.055 0.010 152 K 0.018 0.051 0.018 0.008 0.040 0.011 0.027 0.640 0.139 0.040 0.008 153 Y 0.025 0.036 0.014 0.007 0.037 0.008 0.038 0.652 0.109 0.058 0.014 154 L 0.046 0.039 0.016 0.009 0.056 0.013 0.038 0.547 0.116 0.098 0.024 155 L 0.045 0.103 0.030 0.012 0.095 0.013 0.024 0.471 0.140 0.050 0.017 156 K 0.052 0.064 0.033 0.019 0.079 0.017 0.037 0.389 0.146 0.130 0.034 157 V 0.058 0.165 0.093 0.021 0.137 0.013 0.042 0.315 0.090 0.045 0.022 158 P 0.102 0.120 0.069 0.027 0.146 0.035 0.065 0.247 0.090 0.068 0.030 159 F 0.042 0.207 0.049 0.031 0.153 0.052 0.120 0.210 0.094 0.028 0.014 160 Y 0.110 0.025 0.017 0.026 0.058 0.018 0.014 0.035 0.054 0.519 0.123 161 R 0.072 0.391 0.147 0.028 0.261 0.008 0.011 0.030 0.016 0.020 0.017 162 H 0.208 0.058 0.024 0.027 0.195 0.030 0.044 0.105 0.061 0.093 0.153 163 I 0.058 0.182 0.112 0.140 0.178 0.044 0.043 0.117 0.059 0.048 0.020 164 T 0.195 0.110 0.024 0.013 0.309 0.018 0.030 0.161 0.039 0.056 0.045 165 I 0.143 0.081 0.025 0.022 0.211 0.027 0.034 0.233 0.071 0.063 0.089 166 R 0.068 0.186 0.084 0.045 0.159 0.031 0.029 0.173 0.047 0.089 0.088 167 N 0.198 0.151 0.074 0.011 0.306 0.003 0.004 0.129 0.034 0.026 0.064 168 A 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.006 0.017 0.655 0.291 0.016 0.002 169 K 0.004 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.023 0.843 0.084 0.019 0.005 170 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.873 0.098 0.019 0.001 171 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.002 0.001 172 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.030 0.001 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.027 0.001 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.002 0.001 175 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.905 0.091 0.001 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.920 0.058 0.002 0.001 177 M 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.008 0.074 0.653 0.164 0.087 0.001 178 L 0.043 0.336 0.037 0.004 0.113 0.004 0.018 0.211 0.113 0.092 0.029 179 K 0.025 0.048 0.025 0.024 0.027 0.032 0.044 0.309 0.213 0.219 0.033 180 K 0.024 0.084 0.103 0.044 0.065 0.042 0.084 0.223 0.105 0.185 0.041