# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.247 0.079 0.012 0.191 0.011 0.030 0.183 0.092 0.048 0.032 2 T 0.041 0.151 0.056 0.015 0.125 0.021 0.054 0.414 0.087 0.024 0.012 3 R 0.074 0.037 0.010 0.009 0.113 0.015 0.052 0.538 0.092 0.033 0.027 4 Y 0.122 0.082 0.009 0.005 0.257 0.005 0.017 0.411 0.055 0.018 0.020 5 A 0.208 0.022 0.002 0.004 0.308 0.006 0.016 0.358 0.035 0.012 0.029 6 L 0.148 0.073 0.006 0.005 0.321 0.008 0.024 0.361 0.027 0.011 0.016 7 L 0.256 0.046 0.008 0.005 0.219 0.010 0.051 0.301 0.028 0.020 0.056 8 V 0.144 0.078 0.023 0.026 0.179 0.065 0.113 0.217 0.047 0.062 0.045 9 R 0.084 0.166 0.045 0.042 0.118 0.040 0.059 0.156 0.090 0.145 0.056 10 G 0.181 0.087 0.051 0.028 0.167 0.024 0.029 0.085 0.095 0.167 0.085 11 I 0.152 0.207 0.029 0.014 0.309 0.030 0.054 0.092 0.054 0.022 0.038 12 N 0.246 0.124 0.070 0.014 0.327 0.010 0.027 0.064 0.022 0.030 0.065 13 V 0.062 0.063 0.046 0.111 0.067 0.156 0.165 0.127 0.078 0.085 0.039 14 G 0.013 0.093 0.198 0.439 0.028 0.078 0.031 0.037 0.028 0.040 0.014 15 G 0.017 0.046 0.074 0.140 0.026 0.071 0.040 0.122 0.144 0.286 0.034 16 K 0.024 0.129 0.045 0.052 0.092 0.053 0.182 0.201 0.127 0.077 0.018 17 N 0.084 0.046 0.019 0.012 0.089 0.008 0.017 0.079 0.104 0.366 0.177 18 K 0.056 0.276 0.171 0.016 0.212 0.014 0.044 0.117 0.043 0.032 0.018 19 V 0.061 0.533 0.105 0.002 0.252 0.001 0.004 0.025 0.004 0.003 0.011 20 V 0.088 0.446 0.139 0.004 0.183 0.003 0.008 0.058 0.017 0.022 0.031 21 M 0.024 0.069 0.033 0.004 0.049 0.002 0.003 0.568 0.194 0.040 0.016 22 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.011 0.024 0.855 0.097 0.003 0.001 23 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.920 0.041 0.024 0.004 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.080 0.023 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.020 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.019 0.002 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.004 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.843 0.143 0.002 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.768 0.140 0.045 0.001 31 L 0.003 0.546 0.377 0.004 0.062 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 32 G 0.059 0.013 0.012 0.012 0.009 0.004 0.003 0.022 0.019 0.426 0.420 33 L 0.289 0.074 0.022 0.008 0.215 0.014 0.015 0.045 0.067 0.094 0.158 34 E 0.001 0.003 0.002 0.028 0.003 0.142 0.231 0.495 0.089 0.004 0.001 35 K 0.207 0.071 0.022 0.002 0.179 0.002 0.010 0.126 0.104 0.196 0.080 36 V 0.297 0.044 0.004 0.003 0.314 0.004 0.008 0.123 0.077 0.058 0.069 37 E 0.107 0.062 0.010 0.014 0.314 0.013 0.032 0.282 0.098 0.031 0.038 38 S 0.251 0.135 0.013 0.007 0.419 0.008 0.022 0.092 0.016 0.010 0.029 39 Y 0.178 0.071 0.011 0.014 0.379 0.020 0.036 0.202 0.036 0.031 0.023 40 I 0.292 0.072 0.011 0.009 0.210 0.021 0.038 0.212 0.037 0.024 0.074 41 N 0.140 0.079 0.054 0.035 0.150 0.042 0.093 0.175 0.049 0.113 0.070 42 S 0.047 0.240 0.101 0.110 0.116 0.056 0.082 0.075 0.044 0.102 0.027 43 G 0.054 0.132 0.118 0.164 0.066 0.052 0.024 0.068 0.085 0.177 0.060 44 N 0.160 0.138 0.040 0.025 0.309 0.025 0.039 0.077 0.072 0.067 0.049 45 I 0.226 0.117 0.019 0.004 0.542 0.004 0.013 0.028 0.012 0.009 0.026 46 F 0.223 0.154 0.026 0.008 0.420 0.011 0.021 0.046 0.020 0.027 0.045 47 F 0.238 0.154 0.057 0.013 0.322 0.010 0.018 0.045 0.022 0.052 0.070 48 T 0.057 0.194 0.120 0.048 0.136 0.042 0.076 0.094 0.082 0.111 0.041 49 S 0.121 0.258 0.130 0.011 0.294 0.004 0.011 0.056 0.032 0.038 0.044 50 I 0.028 0.050 0.018 0.007 0.039 0.021 0.053 0.351 0.287 0.123 0.023 51 D 0.036 0.138 0.105 0.040 0.095 0.044 0.085 0.180 0.070 0.165 0.041 52 S 0.078 0.343 0.133 0.005 0.173 0.002 0.003 0.127 0.030 0.074 0.033 53 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.117 0.004 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.050 0.003 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.036 0.008 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.008 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.016 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.004 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.968 0.019 0.002 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.948 0.039 0.006 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.835 0.141 0.019 0.001 65 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.028 0.791 0.159 0.008 0.001 66 V 0.003 0.005 0.003 0.002 0.004 0.006 0.152 0.731 0.078 0.014 0.002 67 H 0.023 0.024 0.017 0.013 0.037 0.049 0.286 0.245 0.122 0.165 0.019 68 Y 0.213 0.208 0.033 0.005 0.336 0.002 0.008 0.041 0.033 0.051 0.071 69 P 0.057 0.066 0.025 0.013 0.080 0.025 0.039 0.188 0.269 0.195 0.044 70 F 0.084 0.172 0.064 0.011 0.211 0.009 0.042 0.121 0.119 0.133 0.036 71 I 0.178 0.177 0.070 0.015 0.271 0.016 0.029 0.048 0.051 0.080 0.064 72 Q 0.046 0.350 0.103 0.039 0.256 0.034 0.045 0.070 0.027 0.015 0.014 73 S 0.275 0.027 0.006 0.008 0.253 0.017 0.058 0.073 0.058 0.098 0.128 74 F 0.117 0.170 0.015 0.002 0.675 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.010 75 S 0.183 0.089 0.003 0.001 0.685 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.027 76 L 0.325 0.101 0.032 0.001 0.457 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.069 77 L 0.033 0.427 0.109 0.028 0.198 0.030 0.093 0.042 0.008 0.017 0.015 78 S 0.023 0.727 0.153 0.001 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.648 0.347 0.003 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.059 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.035 0.008 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.049 0.007 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.062 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.966 0.025 0.003 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.894 0.078 0.017 0.001 86 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.737 0.235 0.018 0.001 87 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.078 0.785 0.119 0.004 0.001 88 N 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.012 0.129 0.276 0.152 0.407 0.010 89 L 0.310 0.092 0.029 0.002 0.335 0.002 0.014 0.043 0.023 0.047 0.103 90 P 0.025 0.081 0.024 0.014 0.050 0.017 0.034 0.346 0.307 0.087 0.015 91 A 0.027 0.048 0.035 0.020 0.050 0.018 0.053 0.317 0.231 0.174 0.027 92 W 0.036 0.066 0.032 0.012 0.079 0.018 0.068 0.360 0.191 0.112 0.024 93 W 0.068 0.092 0.022 0.008 0.135 0.013 0.047 0.278 0.151 0.127 0.060 94 S 0.107 0.072 0.039 0.015 0.144 0.018 0.047 0.184 0.116 0.194 0.064 95 R 0.044 0.211 0.119 0.034 0.125 0.030 0.050 0.163 0.096 0.099 0.029 96 D 0.259 0.109 0.041 0.005 0.256 0.004 0.017 0.059 0.039 0.082 0.129 97 L 0.050 0.073 0.024 0.009 0.067 0.009 0.022 0.274 0.340 0.106 0.026 98 A 0.033 0.087 0.032 0.014 0.067 0.027 0.086 0.285 0.192 0.154 0.022 99 R 0.145 0.107 0.035 0.016 0.199 0.016 0.037 0.148 0.128 0.114 0.055 100 K 0.117 0.213 0.048 0.016 0.318 0.019 0.033 0.105 0.048 0.045 0.037 101 D 0.305 0.071 0.011 0.006 0.414 0.005 0.011 0.035 0.019 0.056 0.067 102 F 0.314 0.077 0.006 0.002 0.556 0.002 0.002 0.009 0.003 0.006 0.024 103 L 0.220 0.098 0.013 0.005 0.554 0.006 0.010 0.023 0.006 0.016 0.049 104 F 0.238 0.173 0.048 0.008 0.422 0.005 0.008 0.020 0.006 0.024 0.049 105 Y 0.192 0.196 0.071 0.013 0.315 0.009 0.024 0.052 0.024 0.039 0.066 106 T 0.082 0.180 0.120 0.050 0.136 0.041 0.058 0.115 0.094 0.083 0.039 107 E 0.014 0.164 0.193 0.076 0.047 0.054 0.114 0.167 0.099 0.060 0.013 108 G 0.081 0.085 0.083 0.041 0.062 0.031 0.030 0.068 0.051 0.344 0.124 109 L 0.032 0.530 0.188 0.007 0.202 0.005 0.005 0.007 0.004 0.011 0.010 110 D 0.029 0.624 0.207 0.001 0.127 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.005 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.732 0.257 0.005 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.075 0.003 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.056 0.011 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.054 0.009 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.868 0.119 0.008 0.001 116 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.892 0.081 0.008 0.001 117 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.015 0.821 0.098 0.051 0.001 118 V 0.017 0.014 0.003 0.001 0.017 0.001 0.006 0.719 0.171 0.043 0.007 119 E 0.003 0.016 0.007 0.005 0.007 0.016 0.049 0.680 0.197 0.019 0.002 120 S 0.022 0.018 0.008 0.003 0.028 0.004 0.039 0.510 0.185 0.164 0.020 121 L 0.050 0.128 0.044 0.007 0.103 0.010 0.036 0.306 0.185 0.103 0.027 122 E 0.086 0.107 0.045 0.015 0.116 0.019 0.071 0.256 0.115 0.127 0.045 123 L 0.092 0.154 0.077 0.030 0.124 0.021 0.040 0.173 0.108 0.128 0.054 124 K 0.040 0.160 0.102 0.066 0.106 0.064 0.086 0.147 0.098 0.100 0.032 125 D 0.168 0.109 0.036 0.017 0.159 0.014 0.031 0.089 0.092 0.176 0.109 126 E 0.192 0.158 0.034 0.006 0.349 0.008 0.014 0.046 0.052 0.084 0.057 127 V 0.300 0.098 0.017 0.003 0.451 0.007 0.017 0.028 0.019 0.021 0.039 128 L 0.323 0.113 0.007 0.003 0.487 0.005 0.004 0.008 0.004 0.007 0.038 129 Y 0.318 0.124 0.045 0.005 0.426 0.003 0.005 0.012 0.005 0.017 0.040 130 F 0.246 0.044 0.016 0.170 0.098 0.125 0.065 0.049 0.025 0.047 0.115 131 G 0.004 0.032 0.120 0.676 0.012 0.100 0.013 0.011 0.012 0.017 0.003 132 K 0.039 0.105 0.068 0.129 0.079 0.084 0.116 0.201 0.081 0.078 0.020 133 L 0.146 0.053 0.019 0.045 0.154 0.033 0.056 0.072 0.081 0.214 0.127 134 G 0.156 0.189 0.057 0.017 0.532 0.007 0.005 0.006 0.004 0.008 0.018 135 I 0.284 0.075 0.005 0.001 0.598 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.027 136 F 0.401 0.053 0.015 0.003 0.440 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 0.074 137 W 0.186 0.117 0.052 0.034 0.177 0.017 0.024 0.024 0.031 0.189 0.149 138 G 0.024 0.167 0.255 0.223 0.083 0.092 0.037 0.028 0.031 0.045 0.015 139 K 0.099 0.207 0.100 0.015 0.184 0.012 0.033 0.105 0.091 0.104 0.051 140 F 0.084 0.261 0.121 0.031 0.188 0.029 0.056 0.068 0.043 0.071 0.049 141 S 0.045 0.349 0.353 0.029 0.150 0.006 0.006 0.020 0.012 0.013 0.018 142 E 0.019 0.040 0.027 0.021 0.029 0.043 0.075 0.443 0.256 0.036 0.011 143 E 0.022 0.161 0.116 0.050 0.059 0.040 0.081 0.205 0.123 0.115 0.028 144 S 0.105 0.053 0.024 0.020 0.080 0.018 0.044 0.171 0.079 0.273 0.133 145 Y 0.071 0.119 0.039 0.016 0.120 0.023 0.038 0.263 0.145 0.111 0.056 146 S 0.060 0.089 0.049 0.037 0.094 0.042 0.047 0.279 0.118 0.128 0.057 147 K 0.117 0.052 0.025 0.011 0.120 0.010 0.023 0.191 0.111 0.270 0.071 148 T 0.032 0.307 0.161 0.019 0.113 0.006 0.013 0.259 0.048 0.028 0.014 149 A 0.020 0.034 0.016 0.004 0.033 0.005 0.018 0.644 0.161 0.050 0.014 150 Y 0.014 0.037 0.018 0.005 0.020 0.004 0.014 0.730 0.119 0.032 0.007 151 H 0.009 0.014 0.004 0.002 0.014 0.003 0.009 0.695 0.199 0.045 0.006 152 K 0.007 0.014 0.006 0.004 0.013 0.011 0.040 0.723 0.165 0.015 0.003 153 Y 0.012 0.013 0.005 0.003 0.019 0.005 0.048 0.661 0.149 0.078 0.007 154 L 0.023 0.020 0.008 0.005 0.028 0.018 0.062 0.525 0.189 0.107 0.015 155 L 0.058 0.138 0.025 0.007 0.157 0.009 0.037 0.326 0.120 0.090 0.033 156 K 0.114 0.057 0.027 0.008 0.129 0.013 0.045 0.139 0.116 0.275 0.076 157 V 0.024 0.531 0.245 0.004 0.158 0.001 0.005 0.024 0.005 0.001 0.003 158 P 0.106 0.336 0.069 0.007 0.265 0.010 0.032 0.093 0.037 0.020 0.025 159 F 0.086 0.113 0.028 0.031 0.155 0.059 0.125 0.190 0.124 0.054 0.034 160 Y 0.110 0.078 0.039 0.033 0.142 0.030 0.031 0.093 0.084 0.245 0.116 161 R 0.061 0.378 0.119 0.023 0.262 0.013 0.021 0.064 0.022 0.022 0.014 162 H 0.222 0.122 0.038 0.010 0.279 0.012 0.037 0.087 0.044 0.075 0.076 163 I 0.128 0.164 0.056 0.025 0.226 0.021 0.039 0.130 0.083 0.072 0.056 164 T 0.146 0.186 0.032 0.012 0.284 0.012 0.023 0.160 0.052 0.044 0.049 165 I 0.087 0.092 0.040 0.020 0.147 0.029 0.032 0.235 0.135 0.137 0.046 166 R 0.055 0.112 0.046 0.022 0.113 0.025 0.066 0.418 0.086 0.036 0.021 167 N 0.066 0.109 0.045 0.018 0.105 0.010 0.018 0.334 0.086 0.162 0.048 168 A 0.020 0.035 0.009 0.005 0.038 0.009 0.022 0.606 0.198 0.042 0.015 169 K 0.011 0.043 0.022 0.005 0.027 0.008 0.041 0.720 0.091 0.024 0.009 170 T 0.011 0.021 0.008 0.002 0.014 0.001 0.006 0.813 0.077 0.040 0.006 171 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.895 0.093 0.005 0.001 172 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.033 0.001 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.025 0.004 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.062 0.005 0.001 175 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.079 0.001 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.937 0.047 0.002 0.001 177 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.850 0.094 0.030 0.001 178 L 0.008 0.015 0.004 0.002 0.011 0.002 0.014 0.688 0.188 0.062 0.006 179 K 0.005 0.024 0.012 0.010 0.010 0.022 0.082 0.549 0.195 0.085 0.006 180 K 0.020 0.102 0.071 0.017 0.057 0.017 0.105 0.370 0.118 0.103 0.019