# TARGET T0297 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1705 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.019 0.067 0.041 0.060 0.102 0.009 0.626 2 A 0.023 0.013 0.028 0.022 0.034 0.079 0.004 0.795 3 V 0.041 0.032 0.060 0.041 0.094 0.080 0.005 0.647 4 Q 0.024 0.057 0.033 0.031 0.048 0.122 0.004 0.681 5 L 0.074 0.128 0.034 0.029 0.056 0.144 0.009 0.526 6 L 0.101 0.419 0.034 0.031 0.054 0.082 0.011 0.268 7 E 0.071 0.479 0.036 0.024 0.054 0.063 0.016 0.257 8 N 0.073 0.508 0.018 0.016 0.020 0.044 0.022 0.299 9 W 0.320 0.360 0.026 0.016 0.021 0.046 0.041 0.170 10 L 0.190 0.493 0.029 0.027 0.028 0.047 0.028 0.158 11 L 0.080 0.446 0.088 0.042 0.076 0.039 0.019 0.211 12 K 0.050 0.279 0.028 0.030 0.046 0.080 0.018 0.469 13 E 0.080 0.202 0.022 0.013 0.021 0.093 0.022 0.547 14 Q 0.095 0.348 0.024 0.014 0.019 0.075 0.020 0.405 15 E 0.089 0.338 0.035 0.028 0.027 0.116 0.026 0.341 16 K 0.081 0.289 0.035 0.029 0.036 0.084 0.017 0.429 17 I 0.095 0.441 0.043 0.046 0.072 0.060 0.012 0.231 18 Q 0.046 0.462 0.046 0.054 0.072 0.050 0.011 0.257 19 T 0.045 0.427 0.036 0.056 0.066 0.051 0.015 0.303 20 K 0.083 0.342 0.041 0.044 0.070 0.071 0.020 0.330 21 Y 0.074 0.419 0.037 0.050 0.076 0.060 0.016 0.269 22 R 0.064 0.409 0.048 0.069 0.076 0.072 0.022 0.240 23 H 0.081 0.332 0.041 0.041 0.058 0.058 0.023 0.366 24 L 0.184 0.299 0.074 0.058 0.104 0.054 0.024 0.204 25 N 0.101 0.261 0.065 0.088 0.086 0.076 0.031 0.293 26 H 0.098 0.100 0.050 0.041 0.066 0.048 0.026 0.570 27 I 0.102 0.074 0.054 0.039 0.064 0.103 0.015 0.549 28 S 0.060 0.045 0.024 0.037 0.046 0.142 0.018 0.628 29 V 0.096 0.026 0.025 0.020 0.041 0.074 0.018 0.701 30 V 0.091 0.030 0.038 0.034 0.058 0.173 0.029 0.547 31 E 0.089 0.010 0.037 0.037 0.044 0.119 0.013 0.652 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 33 N 0.051 0.001 0.248 0.162 0.214 0.120 0.009 0.195 34 I 0.040 0.001 0.659 0.054 0.054 0.017 0.003 0.172 35 L 0.001 0.001 0.934 0.030 0.028 0.001 0.001 0.007 36 F 0.001 0.001 0.858 0.036 0.043 0.013 0.001 0.049 37 I 0.001 0.001 0.943 0.010 0.022 0.004 0.001 0.020 38 G 0.001 0.001 0.787 0.026 0.041 0.038 0.001 0.107 39 D 0.009 0.003 0.373 0.026 0.061 0.141 0.008 0.379 40 S 0.038 0.004 0.265 0.026 0.059 0.285 0.008 0.314 41 I 0.087 0.023 0.081 0.049 0.101 0.210 0.012 0.437 42 V 0.097 0.044 0.085 0.053 0.096 0.199 0.021 0.405 43 E 0.207 0.081 0.043 0.055 0.090 0.186 0.030 0.309 44 Y 0.237 0.143 0.053 0.048 0.082 0.045 0.032 0.360 45 Y 0.127 0.085 0.083 0.101 0.134 0.080 0.026 0.365 46 P 0.004 0.009 0.008 0.009 0.014 0.015 0.002 0.938 47 L 0.052 0.036 0.039 0.045 0.196 0.077 0.008 0.547 48 Q 0.069 0.054 0.029 0.037 0.065 0.126 0.013 0.607 49 E 0.159 0.083 0.022 0.025 0.040 0.109 0.024 0.538 50 L 0.322 0.147 0.045 0.029 0.035 0.078 0.021 0.322 51 F 0.243 0.100 0.045 0.043 0.048 0.084 0.036 0.402 52 G 0.126 0.050 0.072 0.041 0.050 0.071 0.036 0.554 53 T 0.118 0.028 0.060 0.027 0.044 0.117 0.018 0.588 54 S 0.027 0.014 0.038 0.018 0.025 0.087 0.008 0.784 55 K 0.033 0.012 0.046 0.022 0.033 0.111 0.006 0.736 56 T 0.048 0.023 0.162 0.071 0.079 0.245 0.009 0.363 57 I 0.052 0.045 0.151 0.076 0.121 0.130 0.007 0.418 58 V 0.019 0.079 0.343 0.138 0.193 0.056 0.004 0.168 59 N 0.021 0.095 0.153 0.149 0.203 0.098 0.009 0.272 60 R 0.052 0.096 0.264 0.110 0.172 0.048 0.016 0.241 61 G 0.067 0.085 0.141 0.073 0.132 0.138 0.024 0.340 62 I 0.085 0.107 0.200 0.088 0.129 0.114 0.021 0.256 63 R 0.026 0.128 0.073 0.048 0.068 0.067 0.012 0.579 64 G 0.083 0.069 0.062 0.029 0.057 0.079 0.034 0.586 65 Y 0.233 0.070 0.084 0.029 0.029 0.096 0.025 0.434 66 Q 0.065 0.085 0.079 0.030 0.038 0.161 0.017 0.526 67 T 0.090 0.106 0.055 0.023 0.059 0.098 0.010 0.558 68 G 0.044 0.191 0.058 0.024 0.039 0.095 0.009 0.541 69 L 0.082 0.146 0.025 0.012 0.020 0.266 0.012 0.436 70 L 0.127 0.387 0.020 0.008 0.022 0.160 0.011 0.265 71 L 0.052 0.663 0.012 0.006 0.021 0.035 0.006 0.206 72 E 0.036 0.589 0.009 0.005 0.008 0.076 0.011 0.267 73 N 0.125 0.643 0.004 0.003 0.003 0.045 0.017 0.159 74 L 0.083 0.820 0.006 0.002 0.005 0.006 0.008 0.071 75 D 0.021 0.791 0.010 0.004 0.010 0.021 0.008 0.134 76 A 0.050 0.723 0.010 0.004 0.006 0.025 0.016 0.164 77 H 0.179 0.691 0.007 0.003 0.004 0.013 0.025 0.078 78 L 0.124 0.729 0.028 0.006 0.007 0.011 0.024 0.069 79 Y 0.093 0.539 0.057 0.017 0.018 0.037 0.037 0.202 80 G 0.167 0.223 0.046 0.016 0.019 0.033 0.048 0.448 81 G 0.214 0.087 0.051 0.018 0.020 0.050 0.057 0.503 82 A 0.144 0.034 0.096 0.032 0.036 0.124 0.029 0.506 83 V 0.005 0.003 0.030 0.011 0.010 0.034 0.004 0.905 84 D 0.038 0.005 0.208 0.145 0.111 0.147 0.011 0.335 85 K 0.057 0.002 0.452 0.074 0.092 0.088 0.006 0.230 86 I 0.004 0.001 0.813 0.073 0.078 0.012 0.001 0.019 87 F 0.001 0.001 0.908 0.049 0.035 0.002 0.001 0.006 88 L 0.001 0.001 0.894 0.042 0.052 0.002 0.001 0.009 89 L 0.001 0.001 0.932 0.018 0.037 0.002 0.001 0.010 90 I 0.001 0.001 0.766 0.048 0.077 0.021 0.001 0.087 91 G 0.003 0.002 0.492 0.037 0.111 0.113 0.004 0.239 92 T 0.016 0.004 0.242 0.030 0.075 0.133 0.005 0.495 93 N 0.022 0.020 0.112 0.048 0.067 0.170 0.015 0.545 94 D 0.240 0.018 0.031 0.024 0.044 0.221 0.028 0.393 95 I 0.175 0.145 0.110 0.055 0.059 0.130 0.022 0.304 96 G 0.154 0.122 0.044 0.045 0.072 0.201 0.039 0.323 97 K 0.273 0.106 0.064 0.028 0.040 0.088 0.040 0.359 98 D 0.132 0.078 0.031 0.017 0.026 0.069 0.041 0.606 99 V 0.128 0.021 0.030 0.021 0.023 0.087 0.010 0.681 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 V 0.007 0.006 0.009 0.008 0.051 0.052 0.001 0.865 102 N 0.029 0.020 0.008 0.004 0.010 0.080 0.002 0.847 103 E 0.062 0.080 0.003 0.003 0.006 0.181 0.002 0.663 104 A 0.065 0.634 0.003 0.002 0.004 0.050 0.002 0.240 105 L 0.011 0.915 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.062 106 N 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.050 107 N 0.075 0.830 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 0.074 108 L 0.029 0.919 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.040 109 E 0.003 0.936 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.044 110 A 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.034 111 I 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 112 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 Q 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 114 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 115 V 0.020 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 116 A 0.020 0.941 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.025 117 R 0.070 0.811 0.004 0.002 0.002 0.005 0.027 0.079 118 D 0.185 0.538 0.016 0.003 0.002 0.005 0.128 0.123 119 Y 0.245 0.385 0.051 0.012 0.011 0.017 0.056 0.222 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 121 L 0.025 0.008 0.046 0.042 0.054 0.113 0.019 0.694 122 T 0.542 0.003 0.123 0.021 0.017 0.050 0.020 0.224 123 E 0.017 0.001 0.726 0.077 0.039 0.026 0.003 0.111 124 I 0.003 0.001 0.576 0.060 0.071 0.020 0.001 0.268 125 K 0.001 0.001 0.934 0.031 0.027 0.001 0.001 0.006 126 L 0.001 0.001 0.814 0.044 0.053 0.010 0.001 0.077 127 L 0.001 0.001 0.939 0.018 0.029 0.003 0.001 0.010 128 S 0.001 0.001 0.639 0.051 0.083 0.046 0.001 0.179 129 I 0.006 0.001 0.419 0.024 0.096 0.050 0.005 0.400 130 L 0.019 0.001 0.214 0.045 0.079 0.193 0.003 0.446 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 132 V 0.011 0.002 0.028 0.020 0.066 0.093 0.002 0.777 133 N 0.119 0.009 0.024 0.019 0.022 0.141 0.011 0.656 134 E 0.218 0.018 0.020 0.014 0.023 0.120 0.010 0.576 135 R 0.129 0.049 0.032 0.016 0.036 0.187 0.005 0.545 136 E 0.032 0.038 0.012 0.007 0.015 0.090 0.005 0.802 137 E 0.047 0.127 0.009 0.009 0.017 0.216 0.008 0.568 138 Y 0.173 0.296 0.010 0.008 0.019 0.099 0.015 0.379 139 Q 0.107 0.427 0.011 0.010 0.015 0.080 0.018 0.333 140 Q 0.121 0.429 0.021 0.011 0.017 0.068 0.021 0.312 141 A 0.117 0.399 0.014 0.009 0.011 0.055 0.019 0.375 142 V 0.194 0.396 0.029 0.014 0.022 0.057 0.019 0.270 143 Y 0.087 0.556 0.046 0.019 0.032 0.054 0.010 0.194 144 I 0.049 0.563 0.040 0.021 0.035 0.048 0.011 0.233 145 R 0.048 0.590 0.033 0.022 0.023 0.047 0.011 0.226 146 S 0.095 0.534 0.027 0.011 0.018 0.072 0.018 0.225 147 N 0.143 0.417 0.029 0.009 0.017 0.065 0.024 0.295 148 E 0.068 0.358 0.021 0.005 0.010 0.133 0.012 0.393 149 K 0.057 0.348 0.005 0.002 0.004 0.253 0.009 0.321 150 I 0.046 0.802 0.004 0.001 0.003 0.035 0.004 0.104 151 Q 0.008 0.944 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.038 152 N 0.017 0.922 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.048 153 W 0.033 0.916 0.005 0.001 0.001 0.004 0.006 0.035 154 N 0.039 0.901 0.003 0.001 0.001 0.009 0.007 0.039 155 Q 0.016 0.922 0.006 0.001 0.001 0.012 0.004 0.038 156 A 0.021 0.887 0.002 0.001 0.001 0.020 0.004 0.064 157 Y 0.026 0.886 0.005 0.001 0.001 0.019 0.005 0.057 158 Q 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 159 E 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 160 L 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 161 A 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 162 S 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 163 A 0.264 0.597 0.004 0.001 0.001 0.002 0.073 0.058 164 Y 0.146 0.715 0.029 0.003 0.003 0.003 0.050 0.053 165 M 0.073 0.340 0.085 0.026 0.015 0.027 0.074 0.360 166 Q 0.114 0.043 0.124 0.015 0.013 0.049 0.063 0.579 167 V 0.218 0.014 0.230 0.014 0.014 0.047 0.018 0.447 168 E 0.010 0.005 0.777 0.053 0.023 0.019 0.004 0.110 169 F 0.001 0.001 0.040 0.003 0.006 0.006 0.001 0.944 170 V 0.003 0.001 0.843 0.051 0.044 0.009 0.001 0.048 171 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 172 V 0.005 0.003 0.282 0.020 0.117 0.068 0.002 0.502 173 F 0.052 0.014 0.130 0.021 0.036 0.187 0.005 0.555 174 D 0.106 0.031 0.040 0.017 0.025 0.154 0.014 0.613 175 C 0.155 0.132 0.076 0.014 0.027 0.122 0.009 0.466 176 L 0.171 0.304 0.049 0.017 0.036 0.187 0.018 0.219 177 T 0.195 0.387 0.032 0.017 0.027 0.091 0.027 0.224 178 D 0.101 0.536 0.025 0.010 0.018 0.029 0.017 0.262 179 Q 0.147 0.411 0.031 0.009 0.017 0.092 0.030 0.265 180 A 0.133 0.414 0.024 0.009 0.017 0.127 0.033 0.244 181 G 0.168 0.417 0.025 0.011 0.014 0.070 0.033 0.262 182 Q 0.175 0.341 0.038 0.011 0.014 0.128 0.024 0.270 183 L 0.169 0.302 0.031 0.011 0.024 0.066 0.020 0.376 184 K 0.093 0.295 0.033 0.016 0.036 0.098 0.020 0.410 185 K 0.071 0.192 0.029 0.013 0.020 0.091 0.022 0.562 186 E 0.215 0.208 0.031 0.019 0.022 0.085 0.030 0.388 187 Y 0.273 0.152 0.052 0.031 0.038 0.068 0.031 0.356 188 T 0.090 0.109 0.228 0.079 0.097 0.082 0.022 0.292 189 T 0.035 0.053 0.111 0.041 0.066 0.096 0.013 0.586 190 D 0.077 0.053 0.139 0.045 0.069 0.166 0.026 0.424 191 G 0.163 0.041 0.154 0.039 0.040 0.144 0.031 0.389 192 L 0.114 0.021 0.247 0.024 0.037 0.240 0.014 0.302 193 H 0.045 0.019 0.170 0.052 0.055 0.210 0.010 0.439 194 L 0.038 0.029 0.110 0.031 0.059 0.106 0.003 0.624 195 S 0.013 0.035 0.045 0.019 0.065 0.267 0.004 0.552 196 I 0.033 0.045 0.014 0.005 0.023 0.112 0.004 0.765 197 A 0.024 0.118 0.004 0.003 0.006 0.417 0.004 0.423 198 G 0.112 0.207 0.002 0.002 0.003 0.428 0.011 0.235 199 Y 0.023 0.929 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 200 Q 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 201 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 202 L 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 203 S 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 204 K 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 205 S 0.029 0.922 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.033 206 L 0.053 0.849 0.005 0.001 0.002 0.004 0.012 0.073 207 K 0.031 0.822 0.007 0.002 0.005 0.010 0.008 0.116 208 D 0.056 0.719 0.007 0.002 0.002 0.008 0.020 0.186 209 Y 0.277 0.457 0.018 0.002 0.002 0.012 0.060 0.173 210 L 0.116 0.618 0.056 0.007 0.006 0.016 0.031 0.150 211 Y 0.042 0.407 0.123 0.020 0.030 0.054 0.023 0.302