# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.47333 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.036 0.004 0.002 0.043 0.040 0.052 0.086 0.002 0.001 0.004 0.731 2 L 0.062 0.005 0.010 0.069 0.048 0.083 0.088 0.001 0.001 0.011 0.622 3 S 0.039 0.004 0.002 0.106 0.087 0.081 0.261 0.001 0.001 0.005 0.415 4 L 0.037 0.002 0.004 0.034 0.010 0.018 0.048 0.001 0.001 0.005 0.842 5 A 0.060 0.003 0.002 0.186 0.065 0.138 0.250 0.001 0.001 0.007 0.286 6 P 0.017 0.001 0.002 0.019 0.004 0.008 0.024 0.001 0.001 0.002 0.924 7 T 0.042 0.003 0.001 0.127 0.041 0.103 0.195 0.001 0.001 0.004 0.483 8 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 9 A 0.032 0.006 0.001 0.041 0.016 0.033 0.321 0.001 0.001 0.007 0.543 10 V 0.232 0.015 0.002 0.017 0.010 0.024 0.205 0.001 0.001 0.012 0.483 11 G 0.262 0.156 0.002 0.038 0.008 0.019 0.108 0.003 0.001 0.006 0.397 12 D 0.174 0.144 0.010 0.016 0.005 0.015 0.102 0.001 0.001 0.009 0.525 13 S 0.052 0.158 0.002 0.008 0.005 0.004 0.112 0.002 0.001 0.001 0.656 14 V 0.027 0.548 0.003 0.008 0.005 0.009 0.062 0.003 0.001 0.002 0.334 15 A 0.010 0.840 0.001 0.003 0.004 0.010 0.027 0.002 0.001 0.001 0.101 16 R 0.010 0.852 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.002 0.001 0.002 0.067 17 V 0.018 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 18 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 19 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 20 E 0.057 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.015 21 M 0.106 0.759 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.001 0.001 0.017 22 G 0.483 0.218 0.038 0.002 0.002 0.001 0.004 0.146 0.001 0.002 0.105 23 L 0.008 0.011 0.857 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.113 24 E 0.004 0.007 0.004 0.067 0.020 0.021 0.040 0.004 0.001 0.001 0.834 25 T 0.182 0.009 0.006 0.072 0.008 0.012 0.055 0.002 0.001 0.004 0.650 26 V 0.105 0.041 0.006 0.167 0.022 0.039 0.106 0.003 0.001 0.005 0.506 27 G 0.061 0.022 0.004 0.178 0.031 0.048 0.160 0.002 0.001 0.007 0.488 28 T 0.080 0.017 0.003 0.062 0.009 0.018 0.135 0.001 0.001 0.006 0.670 29 H 0.029 0.014 0.003 0.031 0.006 0.012 0.072 0.001 0.001 0.004 0.829 30 G 0.095 0.024 0.005 0.032 0.015 0.023 0.278 0.002 0.001 0.021 0.504 31 T 0.137 0.066 0.006 0.011 0.006 0.010 0.310 0.002 0.001 0.010 0.442 32 T 0.022 0.264 0.002 0.011 0.006 0.008 0.083 0.002 0.001 0.003 0.598 33 A 0.019 0.489 0.002 0.003 0.004 0.008 0.119 0.001 0.001 0.006 0.348 34 A 0.012 0.772 0.001 0.003 0.009 0.022 0.106 0.005 0.001 0.005 0.066 35 L 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 36 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 37 L 0.018 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 38 L 0.030 0.943 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.007 39 N 0.005 0.961 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.013 40 D 0.012 0.834 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.140 41 Q 0.021 0.881 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 0.008 0.001 0.001 0.053 42 V 0.038 0.867 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.028 0.001 0.003 0.027 43 K 0.015 0.963 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 44 K 0.015 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.027 45 G 0.144 0.729 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.073 46 G 0.201 0.567 0.054 0.003 0.004 0.003 0.008 0.038 0.001 0.001 0.121 47 V 0.040 0.402 0.184 0.017 0.018 0.031 0.036 0.017 0.001 0.001 0.254 48 M 0.049 0.316 0.009 0.115 0.068 0.117 0.049 0.012 0.001 0.002 0.263 49 A 0.086 0.275 0.007 0.051 0.037 0.053 0.058 0.007 0.001 0.003 0.422 50 C 0.090 0.317 0.013 0.083 0.057 0.091 0.054 0.009 0.001 0.004 0.281 51 N 0.061 0.150 0.012 0.074 0.059 0.102 0.072 0.010 0.001 0.006 0.454 52 Q 0.083 0.088 0.008 0.068 0.101 0.112 0.100 0.010 0.001 0.010 0.420 53 V 0.118 0.075 0.021 0.050 0.069 0.099 0.091 0.007 0.001 0.009 0.460 54 G 0.051 0.062 0.013 0.096 0.110 0.132 0.093 0.006 0.001 0.005 0.432 55 G 0.056 0.036 0.008 0.056 0.094 0.125 0.115 0.003 0.001 0.008 0.499 56 L 0.047 0.039 0.011 0.060 0.112 0.184 0.092 0.002 0.001 0.007 0.446 57 S 0.027 0.024 0.002 0.100 0.109 0.148 0.118 0.002 0.001 0.004 0.465 58 G 0.086 0.014 0.005 0.062 0.066 0.092 0.081 0.003 0.001 0.014 0.577 59 A 0.113 0.028 0.016 0.139 0.126 0.215 0.128 0.003 0.001 0.015 0.216 60 F 0.037 0.030 0.014 0.145 0.118 0.256 0.076 0.004 0.001 0.008 0.312 61 I 0.023 0.019 0.006 0.195 0.193 0.309 0.046 0.002 0.001 0.003 0.203 62 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.963 63 V 0.016 0.008 0.003 0.137 0.068 0.201 0.145 0.001 0.001 0.006 0.416 64 S 0.066 0.029 0.002 0.061 0.024 0.070 0.187 0.001 0.001 0.007 0.552 65 E 0.030 0.159 0.001 0.066 0.043 0.054 0.163 0.003 0.001 0.005 0.476 66 D 0.095 0.179 0.004 0.008 0.005 0.012 0.274 0.002 0.001 0.013 0.410 67 E 0.048 0.286 0.002 0.004 0.003 0.005 0.348 0.005 0.001 0.010 0.291 68 G 0.036 0.575 0.007 0.001 0.001 0.002 0.148 0.003 0.001 0.012 0.215 69 M 0.008 0.917 0.007 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.033 70 I 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 71 A 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 72 A 0.015 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 73 V 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.007 74 Q 0.028 0.924 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.019 75 N 0.043 0.800 0.007 0.002 0.002 0.003 0.003 0.096 0.001 0.001 0.044 76 G 0.386 0.363 0.015 0.002 0.001 0.001 0.005 0.119 0.001 0.001 0.106 77 S 0.176 0.197 0.453 0.003 0.001 0.001 0.030 0.010 0.001 0.004 0.125 78 L 0.021 0.169 0.163 0.063 0.025 0.028 0.105 0.012 0.001 0.002 0.411 79 N 0.080 0.088 0.008 0.030 0.007 0.012 0.221 0.005 0.001 0.005 0.543 80 L 0.092 0.155 0.026 0.038 0.007 0.014 0.059 0.002 0.001 0.006 0.600 81 E 0.017 0.182 0.003 0.022 0.009 0.014 0.205 0.002 0.001 0.004 0.541 82 K 0.055 0.144 0.001 0.014 0.010 0.014 0.284 0.010 0.001 0.016 0.451 83 L 0.054 0.748 0.003 0.008 0.006 0.008 0.019 0.003 0.001 0.002 0.149 84 E 0.018 0.802 0.001 0.006 0.012 0.021 0.050 0.016 0.001 0.005 0.069 85 A 0.041 0.867 0.002 0.002 0.005 0.011 0.006 0.018 0.001 0.001 0.047 86 M 0.045 0.896 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 0.018 87 T 0.061 0.827 0.016 0.005 0.009 0.009 0.004 0.030 0.001 0.001 0.038 88 A 0.089 0.388 0.072 0.044 0.048 0.050 0.013 0.050 0.001 0.002 0.245 89 I 0.053 0.254 0.067 0.171 0.100 0.150 0.055 0.015 0.001 0.002 0.133 90 C 0.026 0.153 0.014 0.302 0.136 0.199 0.042 0.008 0.001 0.003 0.117 91 S 0.035 0.151 0.011 0.205 0.125 0.190 0.057 0.005 0.001 0.003 0.218 92 V 0.024 0.072 0.006 0.196 0.121 0.187 0.070 0.006 0.001 0.005 0.314 93 G 0.056 0.028 0.006 0.118 0.112 0.170 0.102 0.006 0.001 0.015 0.386 94 L 0.043 0.025 0.031 0.163 0.163 0.231 0.087 0.003 0.001 0.014 0.239 95 D 0.017 0.015 0.003 0.198 0.213 0.245 0.080 0.003 0.001 0.004 0.221 96 M 0.039 0.009 0.006 0.187 0.188 0.252 0.042 0.002 0.001 0.006 0.268 97 I 0.018 0.008 0.003 0.202 0.232 0.349 0.064 0.002 0.001 0.003 0.119 98 A 0.018 0.006 0.011 0.224 0.148 0.236 0.052 0.002 0.001 0.005 0.298 99 I 0.009 0.003 0.003 0.238 0.193 0.204 0.107 0.001 0.001 0.002 0.241 100 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.968 101 E 0.006 0.001 0.001 0.085 0.021 0.075 0.301 0.001 0.001 0.006 0.504 102 D 0.217 0.002 0.001 0.020 0.004 0.010 0.147 0.001 0.001 0.026 0.572 103 T 0.233 0.016 0.002 0.029 0.006 0.008 0.155 0.001 0.001 0.007 0.544 104 P 0.037 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.002 0.883 105 A 0.039 0.029 0.002 0.008 0.002 0.008 0.157 0.001 0.001 0.005 0.747 106 E 0.028 0.095 0.001 0.005 0.004 0.009 0.208 0.001 0.001 0.003 0.647 107 T 0.055 0.451 0.001 0.002 0.003 0.003 0.079 0.003 0.001 0.001 0.403 108 I 0.012 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.042 109 A 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 110 A 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 111 M 0.010 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 112 I 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 113 A 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 114 D 0.009 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 115 E 0.018 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.025 116 A 0.014 0.939 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.022 117 A 0.010 0.955 0.010 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.012 118 I 0.007 0.970 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 119 G 0.040 0.892 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.042 120 V 0.063 0.793 0.056 0.004 0.008 0.008 0.005 0.017 0.001 0.001 0.047 121 I 0.061 0.574 0.019 0.034 0.038 0.061 0.016 0.070 0.001 0.002 0.126 122 N 0.098 0.262 0.037 0.042 0.049 0.057 0.037 0.060 0.001 0.004 0.353 123 M 0.125 0.095 0.031 0.038 0.045 0.052 0.055 0.027 0.001 0.009 0.523 124 K 0.119 0.038 0.035 0.055 0.050 0.061 0.152 0.013 0.001 0.012 0.465 125 T 0.058 0.009 0.020 0.043 0.026 0.038 0.072 0.003 0.001 0.008 0.724 126 T 0.042 0.008 0.010 0.155 0.213 0.178 0.110 0.001 0.001 0.009 0.275 127 A 0.045 0.006 0.006 0.193 0.131 0.181 0.106 0.001 0.001 0.007 0.325 128 V 0.008 0.002 0.003 0.231 0.251 0.352 0.028 0.001 0.001 0.002 0.123 129 R 0.001 0.001 0.001 0.255 0.268 0.404 0.022 0.001 0.001 0.001 0.047 130 I 0.004 0.002 0.001 0.188 0.196 0.363 0.027 0.001 0.001 0.002 0.217 131 I 0.002 0.001 0.001 0.182 0.386 0.341 0.020 0.001 0.001 0.001 0.066 132 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.932 133 K 0.002 0.001 0.001 0.087 0.129 0.333 0.116 0.001 0.001 0.004 0.329 134 G 0.037 0.001 0.001 0.021 0.021 0.046 0.077 0.001 0.001 0.013 0.785 135 K 0.069 0.004 0.001 0.020 0.028 0.034 0.189 0.001 0.001 0.013 0.642 136 E 0.099 0.003 0.002 0.011 0.008 0.013 0.147 0.001 0.001 0.013 0.702 137 G 0.119 0.009 0.003 0.016 0.016 0.021 0.134 0.001 0.001 0.013 0.668 138 D 0.092 0.012 0.006 0.011 0.037 0.046 0.265 0.001 0.001 0.013 0.518 139 M 0.027 0.022 0.004 0.015 0.044 0.079 0.133 0.001 0.001 0.004 0.671 140 I 0.021 0.052 0.001 0.069 0.213 0.294 0.099 0.001 0.001 0.004 0.246 141 E 0.026 0.107 0.001 0.027 0.098 0.180 0.154 0.001 0.001 0.008 0.398 142 F 0.054 0.250 0.003 0.040 0.113 0.193 0.085 0.005 0.001 0.007 0.251 143 G 0.090 0.244 0.005 0.053 0.097 0.157 0.073 0.011 0.001 0.007 0.262 144 G 0.107 0.144 0.008 0.044 0.123 0.102 0.093 0.023 0.001 0.014 0.344 145 L 0.171 0.116 0.069 0.034 0.045 0.070 0.073 0.009 0.001 0.010 0.403 146 L 0.041 0.058 0.012 0.082 0.107 0.118 0.080 0.017 0.001 0.004 0.480 147 G 0.095 0.022 0.007 0.054 0.058 0.084 0.101 0.008 0.001 0.012 0.557 148 T 0.082 0.010 0.041 0.043 0.027 0.053 0.052 0.003 0.001 0.009 0.681 149 A 0.032 0.003 0.012 0.159 0.098 0.144 0.083 0.001 0.001 0.005 0.463 150 P 0.004 0.001 0.002 0.041 0.021 0.026 0.016 0.001 0.001 0.001 0.888 151 V 0.008 0.001 0.001 0.203 0.114 0.225 0.063 0.001 0.001 0.003 0.384 152 M 0.019 0.002 0.001 0.333 0.156 0.277 0.041 0.001 0.001 0.003 0.168 153 K 0.012 0.006 0.001 0.233 0.116 0.153 0.051 0.001 0.001 0.002 0.424 154 V 0.015 0.006 0.001 0.218 0.153 0.298 0.054 0.001 0.001 0.004 0.251 155 N 0.018 0.007 0.001 0.131 0.101 0.235 0.175 0.001 0.001 0.006 0.324 156 G 0.047 0.004 0.002 0.026 0.020 0.030 0.095 0.002 0.001 0.011 0.761 157 A 0.146 0.008 0.023 0.037 0.025 0.039 0.185 0.002 0.001 0.025 0.510 158 S 0.038 0.005 0.004 0.017 0.021 0.020 0.275 0.001 0.001 0.007 0.611 159 S 0.026 0.007 0.004 0.012 0.009 0.017 0.073 0.001 0.001 0.006 0.845 160 V 0.027 0.029 0.002 0.028 0.043 0.079 0.206 0.001 0.001 0.010 0.576 161 D 0.067 0.044 0.001 0.014 0.037 0.051 0.291 0.001 0.001 0.015 0.478 162 F 0.135 0.260 0.003 0.036 0.069 0.117 0.086 0.003 0.001 0.006 0.284 163 I 0.058 0.407 0.002 0.054 0.122 0.195 0.041 0.004 0.001 0.004 0.112 164 S 0.046 0.456 0.002 0.022 0.071 0.106 0.048 0.008 0.001 0.003 0.239 165 R 0.154 0.348 0.004 0.020 0.044 0.063 0.030 0.027 0.001 0.003 0.306 166 G 0.266 0.162 0.018 0.019 0.039 0.036 0.074 0.039 0.001 0.012 0.334 167 G 0.235 0.048 0.081 0.027 0.030 0.030 0.160 0.010 0.001 0.018 0.362 168 Q 0.094 0.023 0.119 0.045 0.036 0.065 0.114 0.005 0.001 0.008 0.491 169 I 0.030 0.011 0.010 0.220 0.115 0.191 0.065 0.001 0.001 0.002 0.355 170 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.968 171 A 0.019 0.003 0.002 0.192 0.114 0.337 0.041 0.001 0.001 0.002 0.290 172 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.007 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.957 173 I 0.031 0.007 0.001 0.094 0.121 0.296 0.051 0.001 0.001 0.004 0.395 174 H 0.060 0.012 0.001 0.062 0.093 0.244 0.075 0.001 0.001 0.005 0.447 175 S 0.099 0.040 0.001 0.045 0.078 0.085 0.067 0.002 0.001 0.003 0.580 176 F 0.114 0.058 0.005 0.042 0.098 0.143 0.102 0.003 0.001 0.008 0.428 177 K 0.051 0.055 0.004 0.028 0.066 0.092 0.241 0.003 0.001 0.011 0.450 178 N 0.122 0.045 0.005 0.011 0.020 0.030 0.317 0.005 0.001 0.022 0.424