# TARGET T0295 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2966 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.011 0.005 0.020 0.135 0.160 0.670 2 L 0.046 0.017 0.029 0.186 0.264 0.457 3 L 0.034 0.030 0.024 0.113 0.269 0.530 4 K 0.023 0.036 0.023 0.094 0.319 0.506 5 N 0.007 0.003 0.005 0.042 0.276 0.666 6 P 0.001 0.001 0.045 0.880 0.053 0.022 7 G 0.001 0.001 0.054 0.885 0.047 0.013 8 I 0.001 0.001 0.026 0.962 0.009 0.002 9 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 10 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 11 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.002 12 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 13 I 0.003 0.001 0.010 0.978 0.008 0.001 14 Y 0.005 0.001 0.014 0.963 0.013 0.006 15 A 0.004 0.001 0.016 0.889 0.025 0.065 16 A 0.006 0.004 0.025 0.749 0.048 0.167 17 K 0.019 0.005 0.019 0.126 0.149 0.682 18 I 0.049 0.020 0.021 0.046 0.177 0.687 19 K 0.053 0.026 0.032 0.037 0.571 0.281 20 S 0.018 0.006 0.043 0.022 0.676 0.235 21 S 0.012 0.001 0.016 0.005 0.692 0.273 22 D 0.168 0.005 0.006 0.002 0.549 0.271 23 I 0.712 0.007 0.001 0.001 0.054 0.224 24 V 0.970 0.006 0.001 0.001 0.006 0.018 25 L 0.981 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 26 E 0.946 0.004 0.001 0.001 0.015 0.033 27 I 0.663 0.011 0.002 0.003 0.085 0.236 28 G 0.209 0.019 0.003 0.004 0.321 0.444 29 C 0.043 0.026 0.007 0.017 0.395 0.512 30 G 0.017 0.022 0.015 0.085 0.481 0.380 31 T 0.010 0.012 0.013 0.558 0.242 0.164 32 G 0.004 0.003 0.012 0.840 0.089 0.051 33 N 0.004 0.003 0.009 0.944 0.025 0.015 34 L 0.004 0.002 0.010 0.965 0.014 0.006 35 T 0.004 0.002 0.011 0.969 0.009 0.006 36 V 0.002 0.001 0.023 0.962 0.011 0.003 37 K 0.002 0.001 0.019 0.957 0.016 0.005 38 L 0.001 0.001 0.023 0.950 0.014 0.011 39 L 0.005 0.001 0.104 0.780 0.080 0.030 40 P 0.003 0.001 0.197 0.631 0.136 0.033 41 L 0.018 0.004 0.233 0.469 0.199 0.078 42 A 0.047 0.007 0.121 0.198 0.426 0.200 43 K 0.040 0.001 0.046 0.035 0.475 0.403 44 K 0.429 0.003 0.018 0.016 0.181 0.352 45 V 0.920 0.005 0.001 0.006 0.023 0.044 46 I 0.970 0.001 0.001 0.005 0.006 0.018 47 T 0.985 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 48 I 0.968 0.002 0.001 0.003 0.005 0.022 49 D 0.759 0.006 0.002 0.004 0.059 0.170 50 I 0.132 0.010 0.003 0.008 0.136 0.712 51 D 0.015 0.004 0.002 0.015 0.120 0.843 52 S 0.001 0.001 0.042 0.933 0.020 0.005 53 R 0.001 0.001 0.053 0.928 0.017 0.002 54 M 0.001 0.001 0.037 0.953 0.009 0.001 55 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 56 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 57 E 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 58 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 59 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 60 K 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 61 R 0.001 0.001 0.004 0.975 0.009 0.012 62 C 0.001 0.001 0.013 0.948 0.024 0.014 63 L 0.002 0.001 0.027 0.918 0.039 0.014 64 Y 0.001 0.001 0.027 0.912 0.047 0.012 65 E 0.001 0.001 0.051 0.817 0.055 0.075 66 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.074 0.917 67 Y 0.042 0.032 0.101 0.010 0.588 0.226 68 N 0.074 0.010 0.047 0.005 0.728 0.137 69 N 0.111 0.004 0.042 0.011 0.730 0.102 70 L 0.798 0.009 0.002 0.004 0.141 0.046 71 E 0.948 0.002 0.001 0.003 0.010 0.037 72 V 0.980 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 73 Y 0.960 0.002 0.001 0.005 0.010 0.023 74 E 0.844 0.004 0.002 0.015 0.034 0.102 75 G 0.491 0.006 0.012 0.027 0.153 0.311 76 D 0.253 0.014 0.057 0.041 0.305 0.330 77 A 0.102 0.008 0.394 0.119 0.286 0.091 78 I 0.127 0.009 0.320 0.181 0.257 0.106 79 K 0.120 0.013 0.314 0.177 0.226 0.150 80 T 0.078 0.023 0.031 0.059 0.216 0.594 81 V 0.046 0.023 0.009 0.020 0.166 0.736 82 F 0.032 0.024 0.017 0.010 0.385 0.532 83 P 0.028 0.004 0.051 0.015 0.466 0.435 84 K 0.035 0.012 0.079 0.011 0.486 0.378 85 F 0.076 0.007 0.015 0.004 0.488 0.409 86 D 0.139 0.002 0.004 0.002 0.211 0.642 87 V 0.903 0.006 0.001 0.001 0.022 0.068 88 C 0.984 0.003 0.001 0.001 0.004 0.008 89 T 0.986 0.004 0.001 0.002 0.003 0.006 90 A 0.890 0.006 0.001 0.009 0.025 0.069 91 N 0.288 0.007 0.006 0.018 0.186 0.496 92 I 0.077 0.016 0.023 0.036 0.400 0.447 93 P 0.032 0.021 0.079 0.085 0.477 0.306 94 Y 0.039 0.018 0.186 0.216 0.417 0.125 95 K 0.021 0.012 0.222 0.299 0.354 0.092 96 I 0.033 0.020 0.124 0.347 0.307 0.170 97 S 0.034 0.018 0.032 0.377 0.228 0.311 98 S 0.019 0.008 0.013 0.358 0.196 0.406 99 P 0.001 0.001 0.010 0.941 0.028 0.020 100 L 0.001 0.001 0.010 0.975 0.010 0.003 101 I 0.002 0.001 0.007 0.978 0.009 0.003 102 F 0.002 0.001 0.010 0.979 0.007 0.002 103 K 0.002 0.001 0.010 0.976 0.008 0.003 104 L 0.002 0.001 0.013 0.965 0.011 0.009 105 I 0.002 0.001 0.026 0.932 0.025 0.015 106 S 0.003 0.002 0.026 0.874 0.048 0.047 107 H 0.003 0.003 0.032 0.637 0.082 0.243 108 R 0.006 0.003 0.063 0.200 0.242 0.486 109 P 0.007 0.002 0.289 0.317 0.244 0.140 110 L 0.033 0.008 0.388 0.259 0.214 0.098 111 F 0.100 0.017 0.175 0.302 0.251 0.155 112 K 0.240 0.018 0.052 0.149 0.255 0.286 113 C 0.194 0.007 0.033 0.249 0.281 0.236 114 A 0.245 0.004 0.023 0.203 0.271 0.254 115 V 0.523 0.007 0.019 0.223 0.111 0.117 116 L 0.601 0.006 0.019 0.285 0.038 0.052 117 M 0.564 0.006 0.027 0.337 0.024 0.042 118 F 0.479 0.007 0.019 0.361 0.037 0.097 119 Q 0.380 0.004 0.017 0.265 0.085 0.249 120 K 0.247 0.004 0.027 0.347 0.140 0.234 121 E 0.184 0.007 0.035 0.461 0.158 0.154 122 F 0.189 0.007 0.041 0.588 0.123 0.052 123 A 0.210 0.004 0.047 0.552 0.129 0.058 124 E 0.249 0.002 0.073 0.533 0.095 0.049 125 R 0.277 0.003 0.042 0.592 0.048 0.038 126 M 0.304 0.006 0.021 0.569 0.037 0.065 127 L 0.332 0.008 0.017 0.437 0.055 0.150 128 A 0.328 0.013 0.015 0.195 0.081 0.368 129 N 0.242 0.015 0.010 0.049 0.283 0.401 130 V 0.106 0.016 0.022 0.074 0.362 0.419 131 G 0.036 0.013 0.015 0.034 0.422 0.480 132 D 0.016 0.010 0.061 0.058 0.659 0.197 133 S 0.007 0.004 0.153 0.136 0.509 0.190 134 N 0.010 0.004 0.143 0.146 0.549 0.147 135 Y 0.021 0.007 0.115 0.248 0.457 0.151 136 S 0.051 0.012 0.056 0.234 0.271 0.376 137 R 0.072 0.009 0.056 0.552 0.158 0.153 138 L 0.145 0.007 0.044 0.577 0.120 0.108 139 T 0.222 0.009 0.025 0.541 0.094 0.109 140 I 0.197 0.004 0.019 0.655 0.057 0.068 141 N 0.220 0.005 0.026 0.598 0.067 0.083 142 V 0.253 0.003 0.026 0.569 0.077 0.071 143 K 0.221 0.003 0.030 0.568 0.086 0.092 144 L 0.251 0.005 0.032 0.573 0.075 0.065 145 F 0.320 0.007 0.026 0.428 0.089 0.130 146 C 0.258 0.006 0.031 0.412 0.100 0.194 147 K 0.281 0.009 0.037 0.314 0.119 0.241 148 V 0.295 0.007 0.048 0.295 0.124 0.230 149 T 0.365 0.005 0.055 0.276 0.120 0.179 150 K 0.529 0.006 0.057 0.223 0.082 0.104 151 V 0.637 0.009 0.050 0.152 0.070 0.083 152 C 0.658 0.008 0.029 0.101 0.080 0.124 153 N 0.437 0.018 0.018 0.074 0.138 0.314 154 V 0.189 0.039 0.008 0.031 0.144 0.589 155 N 0.083 0.018 0.012 0.021 0.405 0.461 156 R 0.007 0.002 0.559 0.062 0.306 0.064 157 S 0.009 0.001 0.623 0.054 0.266 0.047 158 S 0.018 0.009 0.618 0.052 0.263 0.041 159 F 0.044 0.041 0.059 0.036 0.343 0.478 160 N 0.036 0.048 0.008 0.008 0.243 0.657 161 P 0.021 0.024 0.006 0.006 0.281 0.662 162 P 0.025 0.012 0.011 0.004 0.435 0.513 163 P 0.032 0.009 0.037 0.014 0.428 0.480 164 K 0.090 0.025 0.042 0.020 0.380 0.442 165 V 0.306 0.023 0.018 0.020 0.290 0.344 166 D 0.491 0.010 0.008 0.011 0.157 0.324 167 S 0.834 0.004 0.002 0.006 0.050 0.104 168 V 0.945 0.002 0.001 0.004 0.019 0.029 169 I 0.972 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 170 V 0.958 0.001 0.001 0.012 0.008 0.020 171 K 0.919 0.001 0.001 0.017 0.016 0.047 172 L 0.826 0.004 0.003 0.023 0.027 0.118 173 I 0.542 0.010 0.005 0.019 0.076 0.348 174 P 0.389 0.009 0.008 0.020 0.162 0.412 175 K 0.153 0.016 0.030 0.041 0.284 0.475 176 E 0.060 0.012 0.036 0.034 0.323 0.536 177 S 0.037 0.009 0.050 0.042 0.376 0.487 178 S 0.040 0.009 0.087 0.053 0.362 0.449 179 F 0.073 0.015 0.082 0.038 0.300 0.492 180 L 0.124 0.027 0.056 0.033 0.251 0.509 181 T 0.112 0.029 0.015 0.021 0.182 0.642 182 N 0.049 0.012 0.003 0.010 0.098 0.828 183 F 0.002 0.001 0.066 0.863 0.039 0.030 184 D 0.002 0.001 0.056 0.908 0.026 0.008 185 E 0.001 0.001 0.055 0.917 0.022 0.004 186 W 0.001 0.001 0.014 0.969 0.010 0.006 187 D 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.004 188 N 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 189 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 190 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 191 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 192 I 0.002 0.001 0.004 0.982 0.007 0.005 193 C 0.003 0.001 0.004 0.969 0.011 0.012 194 F 0.004 0.001 0.006 0.953 0.018 0.018 195 S 0.005 0.001 0.008 0.940 0.026 0.021 196 R 0.004 0.001 0.013 0.924 0.035 0.023 197 K 0.003 0.001 0.010 0.915 0.035 0.036 198 R 0.002 0.001 0.005 0.941 0.023 0.028 199 K 0.001 0.001 0.004 0.965 0.015 0.015 200 T 0.001 0.001 0.004 0.968 0.012 0.014 201 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 202 H 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.004 203 A 0.001 0.001 0.007 0.975 0.012 0.005 204 I 0.002 0.001 0.009 0.958 0.019 0.013 205 F 0.002 0.001 0.011 0.954 0.020 0.013 206 K 0.004 0.001 0.028 0.912 0.040 0.015 207 R 0.004 0.001 0.022 0.882 0.047 0.044 208 N 0.005 0.002 0.023 0.794 0.066 0.110 209 A 0.013 0.008 0.022 0.559 0.125 0.273 210 V 0.016 0.006 0.022 0.573 0.116 0.267 211 L 0.005 0.001 0.041 0.845 0.052 0.056 212 N 0.004 0.001 0.040 0.852 0.057 0.047 213 M 0.002 0.001 0.048 0.901 0.031 0.018 214 L 0.003 0.001 0.021 0.927 0.025 0.023 215 E 0.004 0.001 0.026 0.916 0.033 0.021 216 H 0.003 0.001 0.019 0.911 0.043 0.023 217 N 0.002 0.001 0.019 0.912 0.040 0.025 218 Y 0.003 0.001 0.029 0.912 0.039 0.016 219 K 0.004 0.001 0.056 0.880 0.039 0.020 220 N 0.006 0.002 0.056 0.830 0.060 0.046 221 W 0.023 0.006 0.055 0.633 0.114 0.169 222 C 0.038 0.008 0.019 0.093 0.219 0.623 223 T 0.060 0.036 0.015 0.055 0.197 0.637 224 L 0.063 0.023 0.017 0.021 0.645 0.231 225 N 0.007 0.002 0.209 0.045 0.642 0.095 226 K 0.009 0.003 0.183 0.028 0.648 0.129 227 Q 0.047 0.026 0.170 0.023 0.601 0.132 228 V 0.055 0.031 0.021 0.014 0.239 0.640 229 P 0.152 0.053 0.093 0.013 0.349 0.341 230 V 0.197 0.024 0.083 0.016 0.335 0.345 231 N 0.191 0.031 0.050 0.014 0.317 0.396 232 F 0.125 0.058 0.003 0.006 0.194 0.615 233 P 0.036 0.010 0.001 0.005 0.039 0.910 234 F 0.001 0.001 0.018 0.969 0.006 0.005 235 K 0.001 0.001 0.018 0.975 0.005 0.002 236 K 0.001 0.001 0.027 0.967 0.005 0.001 237 Y 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 238 C 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 239 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 240 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 241 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 242 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.008 0.002 243 E 0.002 0.001 0.008 0.968 0.015 0.008 244 H 0.002 0.001 0.011 0.932 0.019 0.035 245 L 0.003 0.001 0.018 0.912 0.030 0.036 246 D 0.004 0.001 0.020 0.866 0.051 0.057 247 M 0.006 0.001 0.024 0.854 0.050 0.065 248 C 0.019 0.004 0.036 0.703 0.109 0.129 249 E 0.024 0.005 0.039 0.651 0.136 0.145 250 K 0.042 0.005 0.051 0.598 0.133 0.171 251 R 0.038 0.006 0.042 0.499 0.160 0.255 252 S 0.053 0.007 0.082 0.312 0.249 0.297 253 I 0.067 0.006 0.075 0.284 0.228 0.341 254 N 0.096 0.022 0.068 0.216 0.209 0.389 255 L 0.067 0.021 0.031 0.122 0.205 0.554 256 D 0.062 0.012 0.018 0.086 0.305 0.517 257 E 0.015 0.002 0.045 0.576 0.232 0.130 258 N 0.013 0.001 0.025 0.714 0.150 0.096 259 D 0.014 0.001 0.009 0.912 0.050 0.014 260 F 0.019 0.002 0.004 0.945 0.013 0.017 261 L 0.014 0.001 0.004 0.967 0.007 0.008 262 K 0.014 0.001 0.007 0.966 0.005 0.007 263 L 0.007 0.001 0.004 0.979 0.003 0.006 264 L 0.007 0.001 0.004 0.973 0.005 0.011 265 L 0.005 0.001 0.010 0.937 0.014 0.033 266 E 0.009 0.003 0.017 0.885 0.037 0.049 267 F 0.007 0.006 0.024 0.800 0.064 0.100 268 N 0.008 0.005 0.045 0.460 0.214 0.269 269 K 0.007 0.003 0.054 0.247 0.340 0.348 270 K 0.014 0.011 0.063 0.247 0.263 0.402 271 G 0.015 0.003 0.017 0.014 0.250 0.700 272 I 0.054 0.006 0.031 0.017 0.203 0.689 273 H 0.182 0.033 0.035 0.018 0.127 0.604 274 F 0.227 0.059 0.025 0.027 0.090 0.572 275 F 0.033 0.003 0.001 0.004 0.041 0.918