# TARGET T0295 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2966 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.569 0.230 0.110 0.057 0.025 0.008 0.001 2 L 0.315 0.228 0.190 0.147 0.081 0.034 0.004 3 L 0.259 0.171 0.159 0.174 0.139 0.081 0.017 4 K 0.303 0.287 0.200 0.131 0.057 0.019 0.003 5 N 0.185 0.242 0.242 0.196 0.095 0.034 0.005 6 P 0.327 0.318 0.195 0.106 0.040 0.013 0.002 7 G 0.215 0.370 0.226 0.118 0.051 0.018 0.002 8 I 0.020 0.057 0.118 0.265 0.333 0.192 0.015 9 L 0.008 0.031 0.085 0.223 0.364 0.261 0.027 10 D 0.066 0.288 0.359 0.205 0.065 0.015 0.001 11 K 0.022 0.136 0.338 0.345 0.132 0.025 0.001 12 I 0.005 0.009 0.013 0.061 0.296 0.553 0.063 13 I 0.004 0.021 0.087 0.280 0.397 0.202 0.008 14 Y 0.089 0.324 0.293 0.197 0.073 0.022 0.002 15 A 0.035 0.134 0.264 0.331 0.182 0.052 0.003 16 A 0.006 0.028 0.122 0.320 0.358 0.156 0.009 17 K 0.185 0.469 0.229 0.081 0.027 0.008 0.001 18 I 0.040 0.091 0.191 0.366 0.256 0.054 0.001 19 K 0.271 0.391 0.208 0.098 0.028 0.004 0.001 20 S 0.445 0.368 0.132 0.045 0.008 0.001 0.001 21 S 0.374 0.395 0.156 0.060 0.013 0.002 0.001 22 D 0.023 0.182 0.304 0.332 0.138 0.020 0.001 23 I 0.001 0.008 0.054 0.225 0.422 0.269 0.021 24 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.090 0.579 0.314 25 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.269 0.698 26 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.149 0.826 27 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.127 0.857 28 G 0.002 0.005 0.010 0.032 0.086 0.307 0.560 29 C 0.002 0.009 0.022 0.057 0.133 0.370 0.409 30 G 0.005 0.011 0.026 0.082 0.203 0.419 0.254 31 T 0.011 0.038 0.074 0.115 0.195 0.351 0.215 32 G 0.008 0.022 0.046 0.111 0.242 0.348 0.223 33 N 0.015 0.056 0.140 0.227 0.262 0.202 0.099 34 L 0.003 0.005 0.011 0.037 0.121 0.489 0.334 35 T 0.006 0.013 0.022 0.048 0.134 0.432 0.346 36 V 0.019 0.072 0.138 0.212 0.252 0.254 0.053 37 K 0.008 0.038 0.175 0.403 0.283 0.084 0.009 38 L 0.003 0.005 0.007 0.040 0.229 0.596 0.120 39 L 0.004 0.024 0.081 0.266 0.392 0.223 0.011 40 P 0.077 0.394 0.304 0.166 0.049 0.010 0.001 41 L 0.027 0.141 0.301 0.366 0.142 0.022 0.001 42 A 0.012 0.057 0.146 0.319 0.335 0.125 0.005 43 K 0.184 0.435 0.247 0.106 0.025 0.004 0.001 44 K 0.090 0.314 0.342 0.192 0.052 0.009 0.001 45 V 0.001 0.007 0.028 0.116 0.329 0.476 0.042 46 I 0.001 0.007 0.034 0.116 0.288 0.461 0.094 47 T 0.001 0.002 0.004 0.011 0.058 0.417 0.508 48 I 0.001 0.005 0.013 0.053 0.174 0.427 0.327 49 D 0.001 0.012 0.041 0.108 0.239 0.386 0.213 50 I 0.002 0.019 0.077 0.227 0.345 0.275 0.055 51 D 0.016 0.110 0.204 0.276 0.231 0.142 0.020 52 S 0.163 0.317 0.250 0.159 0.078 0.029 0.004 53 R 0.149 0.453 0.256 0.102 0.031 0.008 0.001 54 M 0.006 0.024 0.072 0.258 0.418 0.211 0.010 55 I 0.005 0.045 0.166 0.340 0.317 0.121 0.005 56 S 0.128 0.521 0.273 0.066 0.011 0.002 0.001 57 E 0.013 0.125 0.405 0.355 0.092 0.010 0.001 58 V 0.002 0.003 0.007 0.060 0.393 0.515 0.021 59 K 0.013 0.110 0.320 0.373 0.160 0.024 0.001 60 K 0.269 0.574 0.131 0.023 0.002 0.001 0.001 61 R 0.015 0.112 0.339 0.394 0.123 0.018 0.001 62 C 0.020 0.054 0.161 0.385 0.319 0.060 0.001 63 L 0.304 0.471 0.174 0.045 0.007 0.001 0.001 64 Y 0.664 0.259 0.059 0.016 0.002 0.001 0.001 65 E 0.391 0.359 0.170 0.064 0.014 0.002 0.001 66 G 0.509 0.359 0.100 0.028 0.004 0.001 0.001 67 Y 0.025 0.082 0.239 0.417 0.213 0.024 0.001 68 N 0.254 0.469 0.201 0.063 0.012 0.001 0.001 69 N 0.048 0.178 0.319 0.294 0.135 0.025 0.001 70 L 0.008 0.028 0.069 0.178 0.362 0.336 0.020 71 E 0.014 0.101 0.248 0.328 0.221 0.078 0.009 72 V 0.007 0.021 0.047 0.132 0.287 0.405 0.102 73 Y 0.007 0.043 0.098 0.233 0.328 0.264 0.027 74 E 0.021 0.107 0.205 0.258 0.225 0.153 0.032 75 G 0.033 0.127 0.208 0.258 0.222 0.130 0.022 76 D 0.023 0.111 0.231 0.306 0.219 0.099 0.012 77 A 0.028 0.034 0.052 0.141 0.313 0.366 0.066 78 I 0.046 0.138 0.227 0.303 0.207 0.074 0.005 79 K 0.117 0.335 0.274 0.170 0.072 0.027 0.004 80 T 0.028 0.077 0.174 0.315 0.274 0.122 0.011 81 V 0.099 0.324 0.296 0.189 0.071 0.021 0.002 82 F 0.032 0.091 0.197 0.337 0.264 0.076 0.002 83 P 0.408 0.375 0.132 0.058 0.022 0.005 0.001 84 K 0.228 0.447 0.234 0.077 0.012 0.001 0.001 85 F 0.002 0.024 0.091 0.266 0.392 0.216 0.008 86 D 0.002 0.026 0.106 0.302 0.382 0.164 0.018 87 V 0.001 0.002 0.010 0.038 0.154 0.533 0.263 88 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.282 0.691 89 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.174 0.793 90 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.144 0.838 91 N 0.001 0.001 0.003 0.013 0.053 0.224 0.706 92 I 0.001 0.003 0.009 0.026 0.077 0.309 0.576 93 P 0.002 0.007 0.013 0.033 0.098 0.320 0.526 94 Y 0.010 0.024 0.041 0.101 0.183 0.347 0.295 95 K 0.014 0.046 0.090 0.145 0.205 0.288 0.211 96 I 0.011 0.017 0.033 0.085 0.185 0.368 0.300 97 S 0.022 0.035 0.041 0.067 0.134 0.349 0.351 98 S 0.056 0.095 0.149 0.224 0.228 0.180 0.069 99 P 0.100 0.196 0.205 0.197 0.152 0.105 0.045 100 L 0.037 0.055 0.072 0.134 0.223 0.339 0.141 101 I 0.023 0.036 0.060 0.139 0.255 0.375 0.112 102 F 0.058 0.183 0.241 0.242 0.165 0.091 0.021 103 K 0.031 0.080 0.169 0.272 0.261 0.158 0.029 104 L 0.010 0.017 0.024 0.072 0.227 0.487 0.162 105 I 0.032 0.094 0.198 0.293 0.237 0.127 0.019 106 S 0.139 0.301 0.258 0.174 0.084 0.036 0.008 107 H 0.044 0.091 0.134 0.234 0.261 0.201 0.034 108 R 0.051 0.107 0.175 0.261 0.236 0.146 0.024 109 P 0.164 0.291 0.237 0.169 0.089 0.040 0.010 110 L 0.058 0.110 0.175 0.252 0.237 0.145 0.023 111 F 0.026 0.037 0.055 0.135 0.276 0.372 0.099 112 K 0.083 0.186 0.236 0.228 0.153 0.089 0.026 113 C 0.108 0.171 0.196 0.204 0.160 0.117 0.044 114 A 0.046 0.060 0.081 0.140 0.227 0.317 0.128 115 V 0.031 0.053 0.096 0.165 0.229 0.303 0.124 116 L 0.044 0.081 0.114 0.171 0.213 0.263 0.113 117 M 0.019 0.031 0.045 0.099 0.202 0.383 0.221 118 F 0.009 0.017 0.035 0.101 0.238 0.425 0.176 119 Q 0.025 0.088 0.167 0.235 0.242 0.191 0.052 120 K 0.103 0.221 0.259 0.230 0.130 0.047 0.011 121 E 0.144 0.302 0.232 0.164 0.096 0.050 0.012 122 F 0.037 0.087 0.140 0.226 0.263 0.204 0.043 123 A 0.016 0.025 0.043 0.132 0.311 0.389 0.083 124 E 0.037 0.144 0.223 0.261 0.199 0.111 0.025 125 R 0.028 0.072 0.137 0.209 0.235 0.242 0.077 126 M 0.010 0.023 0.047 0.098 0.210 0.413 0.199 127 L 0.025 0.047 0.097 0.171 0.230 0.282 0.147 128 A 0.051 0.086 0.110 0.165 0.224 0.262 0.101 129 N 0.080 0.149 0.208 0.251 0.193 0.101 0.019 130 V 0.122 0.142 0.174 0.239 0.201 0.103 0.020 131 G 0.352 0.274 0.160 0.113 0.062 0.032 0.008 132 D 0.394 0.267 0.158 0.107 0.050 0.019 0.004 133 S 0.401 0.259 0.153 0.101 0.054 0.025 0.006 134 N 0.266 0.229 0.179 0.154 0.103 0.058 0.011 135 Y 0.098 0.130 0.166 0.212 0.203 0.155 0.036 136 S 0.181 0.200 0.183 0.181 0.138 0.091 0.027 137 R 0.109 0.157 0.178 0.196 0.170 0.140 0.050 138 L 0.044 0.055 0.075 0.149 0.242 0.318 0.117 139 T 0.044 0.092 0.135 0.187 0.212 0.231 0.098 140 I 0.052 0.073 0.096 0.156 0.216 0.283 0.124 141 N 0.041 0.072 0.114 0.184 0.224 0.259 0.107 142 V 0.032 0.040 0.056 0.115 0.214 0.374 0.170 143 K 0.054 0.102 0.159 0.223 0.208 0.187 0.067 144 L 0.034 0.059 0.080 0.142 0.230 0.339 0.116 145 F 0.038 0.068 0.114 0.193 0.235 0.260 0.092 146 C 0.033 0.052 0.091 0.174 0.267 0.299 0.084 147 K 0.123 0.239 0.266 0.215 0.107 0.043 0.008 148 V 0.046 0.065 0.099 0.212 0.306 0.230 0.041 149 T 0.210 0.302 0.228 0.152 0.070 0.032 0.007 150 K 0.106 0.185 0.210 0.235 0.168 0.084 0.011 151 V 0.069 0.110 0.160 0.257 0.250 0.138 0.016 152 C 0.070 0.140 0.204 0.264 0.209 0.101 0.012 153 N 0.217 0.307 0.248 0.149 0.058 0.018 0.002 154 V 0.076 0.087 0.138 0.262 0.284 0.139 0.014 155 N 0.401 0.300 0.158 0.089 0.037 0.014 0.002 156 R 0.299 0.308 0.206 0.124 0.047 0.014 0.002 157 S 0.393 0.259 0.158 0.116 0.054 0.018 0.002 158 S 0.184 0.254 0.240 0.189 0.094 0.035 0.004 159 F 0.094 0.084 0.128 0.223 0.253 0.186 0.032 160 N 0.191 0.283 0.243 0.172 0.076 0.029 0.005 161 P 0.206 0.198 0.189 0.203 0.135 0.060 0.010 162 P 0.248 0.297 0.209 0.150 0.068 0.024 0.004 163 P 0.297 0.232 0.176 0.152 0.089 0.043 0.010 164 K 0.222 0.288 0.235 0.158 0.067 0.025 0.004 165 V 0.044 0.056 0.089 0.197 0.298 0.262 0.054 166 D 0.071 0.150 0.197 0.227 0.183 0.134 0.038 167 S 0.040 0.101 0.137 0.178 0.197 0.242 0.105 168 V 0.013 0.033 0.062 0.135 0.229 0.356 0.172 169 I 0.009 0.041 0.096 0.178 0.241 0.294 0.140 170 V 0.008 0.022 0.037 0.083 0.195 0.417 0.238 171 K 0.010 0.062 0.166 0.286 0.263 0.176 0.037 172 L 0.004 0.010 0.024 0.096 0.284 0.453 0.130 173 I 0.037 0.165 0.265 0.288 0.169 0.071 0.006 174 P 0.081 0.203 0.253 0.272 0.147 0.041 0.003 175 K 0.270 0.326 0.243 0.123 0.033 0.005 0.001 176 E 0.573 0.273 0.102 0.040 0.010 0.002 0.001 177 S 0.473 0.310 0.140 0.058 0.016 0.003 0.001 178 S 0.253 0.255 0.229 0.172 0.074 0.016 0.001 179 F 0.157 0.189 0.224 0.238 0.145 0.045 0.002 180 L 0.132 0.205 0.226 0.230 0.146 0.058 0.004 181 T 0.201 0.190 0.221 0.215 0.128 0.040 0.004 182 N 0.371 0.382 0.162 0.064 0.017 0.004 0.001 183 F 0.091 0.188 0.295 0.281 0.117 0.026 0.001 184 D 0.584 0.300 0.080 0.025 0.008 0.002 0.001 185 E 0.140 0.336 0.298 0.169 0.048 0.008 0.001 186 W 0.019 0.027 0.074 0.279 0.415 0.178 0.008 187 D 0.101 0.306 0.328 0.200 0.057 0.008 0.001 188 N 0.211 0.380 0.261 0.111 0.029 0.007 0.001 189 L 0.047 0.053 0.090 0.212 0.335 0.245 0.018 190 L 0.030 0.044 0.089 0.196 0.299 0.302 0.040 191 R 0.142 0.290 0.261 0.177 0.084 0.040 0.006 192 I 0.112 0.151 0.184 0.247 0.188 0.104 0.015 193 C 0.039 0.060 0.100 0.189 0.262 0.289 0.062 194 F 0.043 0.064 0.113 0.209 0.276 0.253 0.043 195 S 0.204 0.312 0.244 0.161 0.060 0.017 0.002 196 R 0.189 0.313 0.226 0.160 0.076 0.030 0.007 197 K 0.099 0.192 0.200 0.229 0.169 0.098 0.013 198 R 0.050 0.104 0.171 0.258 0.247 0.148 0.021 199 K 0.247 0.321 0.231 0.129 0.051 0.018 0.003 200 T 0.144 0.296 0.276 0.178 0.077 0.025 0.003 201 L 0.027 0.040 0.065 0.175 0.336 0.319 0.037 202 H 0.033 0.110 0.204 0.273 0.231 0.133 0.016 203 A 0.183 0.315 0.228 0.151 0.076 0.040 0.006 204 I 0.055 0.101 0.210 0.298 0.221 0.103 0.013 205 F 0.056 0.052 0.074 0.172 0.301 0.296 0.048 206 K 0.122 0.244 0.253 0.198 0.119 0.055 0.008 207 R 0.289 0.314 0.192 0.125 0.056 0.021 0.004 208 N 0.171 0.203 0.218 0.214 0.128 0.058 0.009 209 A 0.089 0.101 0.166 0.248 0.236 0.141 0.020 210 V 0.228 0.294 0.213 0.138 0.080 0.039 0.007 211 L 0.137 0.201 0.213 0.219 0.151 0.068 0.011 212 N 0.449 0.289 0.126 0.071 0.040 0.021 0.005 213 M 0.127 0.241 0.260 0.216 0.108 0.041 0.007 214 L 0.034 0.046 0.090 0.232 0.334 0.233 0.030 215 E 0.118 0.268 0.294 0.215 0.083 0.020 0.002 216 H 0.277 0.437 0.197 0.068 0.017 0.004 0.001 217 N 0.047 0.130 0.217 0.301 0.219 0.082 0.005 218 Y 0.021 0.035 0.083 0.246 0.382 0.218 0.014 219 K 0.231 0.393 0.239 0.102 0.029 0.006 0.001 220 N 0.271 0.353 0.228 0.108 0.031 0.008 0.001 221 W 0.062 0.100 0.152 0.260 0.269 0.146 0.012 222 C 0.110 0.201 0.241 0.225 0.140 0.072 0.012 223 T 0.222 0.179 0.172 0.193 0.144 0.078 0.013 224 L 0.204 0.231 0.217 0.187 0.108 0.048 0.006 225 N 0.280 0.230 0.196 0.158 0.089 0.040 0.006 226 K 0.443 0.292 0.142 0.075 0.032 0.013 0.003 227 Q 0.326 0.276 0.180 0.127 0.063 0.024 0.004 228 V 0.156 0.186 0.200 0.229 0.155 0.068 0.007 229 P 0.163 0.194 0.212 0.223 0.144 0.057 0.007 230 V 0.348 0.261 0.176 0.131 0.059 0.021 0.003 231 N 0.287 0.345 0.199 0.111 0.041 0.015 0.002 232 F 0.052 0.083 0.158 0.281 0.273 0.138 0.015 233 P 0.170 0.425 0.235 0.112 0.042 0.015 0.002 234 F 0.019 0.059 0.171 0.359 0.284 0.100 0.008 235 K 0.239 0.374 0.235 0.102 0.036 0.011 0.001 236 K 0.075 0.251 0.312 0.242 0.098 0.022 0.002 237 Y 0.012 0.022 0.043 0.155 0.377 0.359 0.031 238 C 0.019 0.080 0.183 0.331 0.282 0.100 0.005 239 L 0.100 0.355 0.306 0.163 0.056 0.019 0.002 240 D 0.016 0.049 0.149 0.324 0.307 0.144 0.010 241 V 0.005 0.008 0.018 0.072 0.273 0.516 0.107 242 L 0.050 0.178 0.279 0.279 0.160 0.051 0.004 243 E 0.107 0.256 0.277 0.223 0.101 0.034 0.003 244 H 0.054 0.088 0.143 0.263 0.279 0.158 0.014 245 L 0.130 0.231 0.280 0.224 0.099 0.033 0.004 246 D 0.492 0.325 0.119 0.045 0.014 0.004 0.001 247 M 0.247 0.243 0.208 0.184 0.091 0.025 0.002 248 C 0.155 0.185 0.239 0.249 0.136 0.034 0.002 249 E 0.608 0.275 0.083 0.027 0.006 0.001 0.001 250 K 0.489 0.291 0.144 0.061 0.013 0.002 0.001 251 R 0.614 0.232 0.100 0.040 0.011 0.002 0.001 252 S 0.627 0.208 0.091 0.051 0.019 0.004 0.001 253 I 0.439 0.237 0.169 0.109 0.038 0.007 0.001 254 N 0.626 0.273 0.073 0.022 0.004 0.001 0.001 255 L 0.277 0.238 0.234 0.172 0.065 0.014 0.001 256 D 0.456 0.242 0.160 0.096 0.037 0.009 0.001 257 E 0.519 0.263 0.138 0.059 0.017 0.003 0.001 258 N 0.657 0.206 0.083 0.038 0.013 0.003 0.001 259 D 0.438 0.298 0.158 0.076 0.024 0.005 0.001 260 F 0.155 0.160 0.195 0.248 0.174 0.064 0.004 261 L 0.161 0.251 0.247 0.213 0.100 0.025 0.002 262 K 0.278 0.323 0.204 0.124 0.052 0.017 0.002 263 L 0.130 0.197 0.259 0.247 0.123 0.040 0.004 264 L 0.063 0.110 0.193 0.282 0.238 0.107 0.007 265 L 0.237 0.276 0.247 0.162 0.062 0.014 0.001 266 E 0.600 0.302 0.072 0.021 0.004 0.001 0.001 267 F 0.228 0.218 0.224 0.213 0.095 0.021 0.001 268 N 0.339 0.264 0.188 0.143 0.056 0.011 0.001 269 K 0.598 0.275 0.092 0.029 0.005 0.001 0.001 270 K 0.645 0.212 0.090 0.041 0.010 0.002 0.001 271 G 0.388 0.337 0.178 0.074 0.019 0.004 0.001 272 I 0.145 0.112 0.183 0.290 0.204 0.064 0.003 273 H 0.309 0.320 0.218 0.113 0.033 0.007 0.001 274 F 0.289 0.184 0.166 0.173 0.122 0.060 0.006 275 F 0.579 0.216 0.108 0.063 0.024 0.008 0.001