# TARGET T0295 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2062 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.005 0.001 0.004 0.012 0.002 0.004 0.972 2 L 0.051 0.034 0.101 0.113 0.010 0.122 0.568 3 L 0.046 0.030 0.097 0.086 0.088 0.183 0.470 4 K 0.030 0.033 0.081 0.086 0.167 0.213 0.389 5 N 0.007 0.004 0.004 0.042 0.208 0.011 0.724 6 P 0.001 0.001 0.031 0.763 0.016 0.173 0.016 7 G 0.001 0.001 0.025 0.856 0.010 0.101 0.008 8 I 0.001 0.001 0.014 0.957 0.002 0.016 0.010 9 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.003 10 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.026 0.001 15 A 0.001 0.001 0.008 0.846 0.005 0.133 0.007 16 A 0.002 0.002 0.013 0.411 0.074 0.425 0.072 17 K 0.010 0.010 0.007 0.040 0.083 0.367 0.482 18 I 0.012 0.022 0.002 0.004 0.070 0.004 0.886 19 K 0.019 0.002 0.002 0.003 0.028 0.005 0.940 20 S 0.006 0.002 0.059 0.047 0.221 0.592 0.072 21 S 0.018 0.001 0.030 0.008 0.134 0.730 0.080 22 D 0.146 0.002 0.009 0.003 0.300 0.069 0.470 23 I 0.938 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.050 24 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 25 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 26 E 0.951 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 27 I 0.753 0.006 0.004 0.001 0.026 0.007 0.203 28 G 0.278 0.011 0.009 0.003 0.138 0.045 0.517 29 C 0.058 0.020 0.037 0.017 0.371 0.146 0.352 30 G 0.048 0.024 0.026 0.028 0.449 0.196 0.230 31 T 0.034 0.021 0.097 0.255 0.175 0.188 0.229 32 G 0.023 0.006 0.082 0.602 0.130 0.072 0.085 33 N 0.008 0.003 0.053 0.847 0.018 0.047 0.024 34 L 0.011 0.004 0.081 0.819 0.011 0.052 0.021 35 T 0.012 0.002 0.070 0.862 0.007 0.030 0.017 36 V 0.010 0.001 0.093 0.856 0.011 0.021 0.008 37 K 0.008 0.001 0.112 0.801 0.005 0.064 0.008 38 L 0.009 0.002 0.116 0.755 0.006 0.105 0.008 39 L 0.020 0.007 0.199 0.610 0.063 0.065 0.036 40 P 0.018 0.002 0.293 0.379 0.025 0.250 0.032 41 L 0.013 0.002 0.257 0.204 0.037 0.461 0.026 42 A 0.098 0.010 0.101 0.037 0.188 0.157 0.409 43 K 0.070 0.001 0.047 0.007 0.412 0.259 0.203 44 K 0.751 0.002 0.008 0.002 0.078 0.057 0.101 45 V 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 46 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 I 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.048 49 D 0.625 0.007 0.003 0.001 0.040 0.010 0.316 50 I 0.085 0.019 0.005 0.001 0.204 0.039 0.647 51 D 0.010 0.004 0.001 0.002 0.132 0.007 0.844 52 S 0.001 0.001 0.116 0.676 0.018 0.177 0.013 53 R 0.001 0.001 0.084 0.774 0.004 0.134 0.004 54 M 0.001 0.001 0.045 0.926 0.001 0.023 0.004 55 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.002 62 C 0.001 0.001 0.002 0.976 0.003 0.013 0.006 63 L 0.001 0.001 0.010 0.926 0.006 0.048 0.008 64 Y 0.001 0.001 0.024 0.827 0.014 0.125 0.008 65 E 0.001 0.001 0.017 0.313 0.023 0.637 0.008 66 G 0.002 0.002 0.013 0.035 0.057 0.829 0.061 67 Y 0.022 0.010 0.015 0.006 0.118 0.021 0.807 68 N 0.055 0.007 0.040 0.004 0.305 0.241 0.347 69 N 0.222 0.005 0.024 0.003 0.111 0.456 0.179 70 L 0.649 0.003 0.002 0.003 0.010 0.003 0.330 71 E 0.966 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 72 V 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 73 Y 0.965 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.025 74 E 0.838 0.002 0.002 0.010 0.032 0.003 0.113 75 G 0.466 0.009 0.008 0.009 0.239 0.013 0.257 76 D 0.426 0.016 0.014 0.010 0.103 0.015 0.416 77 A 0.115 0.009 0.421 0.107 0.053 0.217 0.077 78 I 0.068 0.007 0.435 0.110 0.060 0.253 0.067 79 K 0.073 0.013 0.446 0.087 0.086 0.174 0.120 80 T 0.088 0.025 0.032 0.015 0.488 0.036 0.316 81 V 0.085 0.068 0.014 0.004 0.156 0.059 0.613 82 F 0.033 0.041 0.020 0.005 0.134 0.027 0.740 83 P 0.058 0.006 0.032 0.009 0.197 0.158 0.541 84 K 0.051 0.015 0.060 0.007 0.216 0.209 0.442 85 F 0.136 0.007 0.008 0.001 0.059 0.009 0.779 86 D 0.156 0.001 0.002 0.001 0.535 0.015 0.289 87 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 88 C 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 89 T 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 90 A 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.050 91 N 0.362 0.002 0.002 0.002 0.145 0.009 0.479 92 I 0.096 0.002 0.011 0.019 0.484 0.013 0.374 93 P 0.073 0.018 0.157 0.119 0.136 0.095 0.403 94 Y 0.096 0.009 0.406 0.194 0.047 0.157 0.090 95 K 0.091 0.011 0.283 0.263 0.068 0.220 0.062 96 I 0.062 0.009 0.190 0.195 0.107 0.270 0.167 97 S 0.029 0.010 0.030 0.191 0.264 0.142 0.334 98 S 0.011 0.004 0.015 0.445 0.241 0.065 0.219 99 P 0.003 0.001 0.012 0.908 0.019 0.032 0.025 100 L 0.002 0.001 0.008 0.967 0.003 0.011 0.009 101 I 0.002 0.001 0.005 0.979 0.002 0.005 0.006 102 F 0.003 0.001 0.005 0.982 0.002 0.006 0.002 103 K 0.001 0.001 0.007 0.972 0.001 0.016 0.002 104 L 0.002 0.001 0.014 0.934 0.002 0.043 0.004 105 I 0.003 0.001 0.028 0.884 0.007 0.073 0.004 106 S 0.003 0.002 0.052 0.722 0.005 0.205 0.011 107 H 0.002 0.001 0.085 0.652 0.022 0.202 0.035 108 R 0.006 0.002 0.155 0.396 0.187 0.086 0.169 109 P 0.009 0.003 0.345 0.269 0.052 0.236 0.087 110 L 0.027 0.006 0.359 0.256 0.052 0.248 0.052 111 F 0.169 0.028 0.092 0.267 0.173 0.099 0.173 112 K 0.163 0.008 0.096 0.319 0.053 0.121 0.240 113 C 0.118 0.003 0.052 0.317 0.123 0.264 0.122 114 A 0.119 0.003 0.033 0.209 0.130 0.363 0.143 115 V 0.694 0.007 0.009 0.108 0.034 0.053 0.095 116 L 0.912 0.004 0.002 0.043 0.006 0.005 0.028 117 M 0.931 0.002 0.002 0.041 0.006 0.005 0.013 118 F 0.875 0.005 0.002 0.056 0.008 0.005 0.049 119 Q 0.560 0.003 0.011 0.166 0.027 0.006 0.228 120 K 0.116 0.001 0.055 0.656 0.053 0.023 0.096 121 E 0.030 0.002 0.031 0.862 0.018 0.022 0.035 122 F 0.014 0.001 0.034 0.904 0.004 0.025 0.017 123 A 0.020 0.002 0.026 0.887 0.011 0.034 0.021 124 E 0.035 0.001 0.033 0.858 0.016 0.037 0.020 125 R 0.036 0.002 0.041 0.814 0.020 0.063 0.025 126 M 0.049 0.006 0.023 0.732 0.028 0.109 0.053 127 L 0.077 0.022 0.027 0.476 0.066 0.184 0.148 128 A 0.092 0.020 0.016 0.265 0.165 0.099 0.342 129 N 0.056 0.016 0.009 0.080 0.115 0.066 0.658 130 V 0.008 0.007 0.031 0.113 0.113 0.506 0.221 131 G 0.010 0.012 0.026 0.054 0.221 0.453 0.225 132 D 0.010 0.009 0.031 0.036 0.241 0.043 0.632 133 S 0.007 0.007 0.135 0.193 0.119 0.405 0.134 134 N 0.019 0.011 0.162 0.198 0.106 0.413 0.091 135 Y 0.059 0.028 0.188 0.216 0.130 0.175 0.205 136 S 0.083 0.019 0.077 0.266 0.122 0.163 0.271 137 R 0.175 0.013 0.058 0.326 0.094 0.119 0.216 138 L 0.314 0.010 0.031 0.257 0.076 0.053 0.259 139 T 0.444 0.009 0.011 0.264 0.040 0.039 0.193 140 I 0.644 0.009 0.006 0.195 0.035 0.021 0.090 141 N 0.666 0.006 0.004 0.180 0.029 0.024 0.092 142 V 0.710 0.006 0.007 0.143 0.027 0.022 0.086 143 K 0.672 0.005 0.011 0.166 0.042 0.023 0.082 144 L 0.653 0.005 0.020 0.148 0.038 0.046 0.090 145 F 0.620 0.006 0.019 0.102 0.049 0.090 0.114 146 C 0.596 0.009 0.011 0.074 0.057 0.069 0.184 147 K 0.607 0.008 0.007 0.025 0.051 0.085 0.217 148 V 0.561 0.008 0.005 0.018 0.032 0.014 0.362 149 T 0.769 0.011 0.006 0.018 0.036 0.013 0.147 150 K 0.821 0.008 0.008 0.018 0.032 0.012 0.100 151 V 0.716 0.006 0.010 0.021 0.030 0.015 0.203 152 C 0.716 0.009 0.013 0.025 0.044 0.026 0.168 153 N 0.654 0.015 0.008 0.012 0.064 0.031 0.216 154 V 0.441 0.037 0.007 0.010 0.140 0.021 0.343 155 N 0.174 0.020 0.007 0.005 0.053 0.020 0.720 156 R 0.018 0.004 0.420 0.079 0.037 0.338 0.104 157 S 0.010 0.002 0.484 0.069 0.052 0.321 0.063 158 S 0.021 0.009 0.476 0.066 0.075 0.241 0.113 159 F 0.055 0.063 0.046 0.030 0.310 0.114 0.383 160 N 0.037 0.021 0.005 0.003 0.281 0.066 0.587 161 P 0.020 0.016 0.001 0.001 0.184 0.031 0.746 162 P 0.012 0.014 0.001 0.001 0.054 0.005 0.914 163 P 0.031 0.007 0.002 0.001 0.073 0.009 0.877 164 K 0.140 0.044 0.006 0.002 0.123 0.030 0.655 165 V 0.333 0.033 0.008 0.002 0.081 0.011 0.532 166 D 0.489 0.004 0.005 0.002 0.176 0.010 0.314 167 S 0.868 0.003 0.004 0.002 0.025 0.005 0.093 168 V 0.952 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.035 169 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 170 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 171 K 0.922 0.002 0.001 0.002 0.008 0.006 0.059 172 L 0.895 0.003 0.001 0.003 0.008 0.005 0.085 173 I 0.796 0.013 0.001 0.003 0.027 0.004 0.156 174 P 0.526 0.019 0.002 0.003 0.045 0.008 0.397 175 K 0.170 0.012 0.008 0.008 0.185 0.051 0.566 176 E 0.068 0.010 0.036 0.018 0.272 0.111 0.485 177 S 0.033 0.006 0.097 0.037 0.202 0.147 0.478 178 S 0.046 0.014 0.111 0.041 0.217 0.127 0.443 179 F 0.121 0.026 0.089 0.037 0.171 0.107 0.448 180 L 0.128 0.040 0.058 0.034 0.086 0.066 0.588 181 T 0.106 0.074 0.054 0.058 0.185 0.093 0.430 182 N 0.049 0.031 0.021 0.051 0.152 0.036 0.660 183 F 0.001 0.001 0.093 0.845 0.005 0.037 0.018 184 D 0.001 0.001 0.082 0.868 0.004 0.042 0.005 185 E 0.001 0.001 0.069 0.901 0.003 0.022 0.004 186 W 0.001 0.001 0.007 0.978 0.002 0.007 0.004 187 D 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.015 0.003 188 N 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.019 0.001 189 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.011 0.005 190 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.004 0.004 191 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.007 0.002 192 I 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.015 0.001 193 C 0.001 0.001 0.003 0.961 0.001 0.030 0.004 194 F 0.001 0.001 0.004 0.920 0.007 0.056 0.011 195 S 0.001 0.001 0.005 0.904 0.018 0.056 0.015 196 R 0.002 0.001 0.005 0.913 0.021 0.036 0.022 197 K 0.002 0.001 0.007 0.905 0.012 0.028 0.045 198 R 0.001 0.001 0.006 0.940 0.007 0.017 0.028 199 K 0.001 0.001 0.006 0.960 0.011 0.013 0.008 200 T 0.002 0.001 0.003 0.979 0.003 0.008 0.005 201 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.002 202 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 203 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 204 I 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.013 0.003 205 F 0.001 0.001 0.007 0.967 0.004 0.016 0.005 206 K 0.001 0.001 0.021 0.920 0.006 0.045 0.006 207 R 0.001 0.001 0.014 0.825 0.006 0.149 0.005 208 N 0.001 0.001 0.010 0.711 0.021 0.239 0.017 209 A 0.003 0.007 0.008 0.483 0.169 0.130 0.199 210 V 0.006 0.007 0.016 0.352 0.050 0.059 0.509 211 L 0.003 0.001 0.043 0.858 0.016 0.024 0.054 212 N 0.002 0.001 0.033 0.920 0.011 0.017 0.017 213 M 0.003 0.001 0.042 0.924 0.004 0.017 0.009 214 L 0.003 0.001 0.015 0.956 0.003 0.013 0.009 215 E 0.001 0.001 0.014 0.961 0.002 0.018 0.003 216 H 0.001 0.001 0.011 0.937 0.003 0.044 0.004 217 N 0.002 0.001 0.016 0.899 0.004 0.063 0.015 218 Y 0.005 0.002 0.034 0.885 0.011 0.045 0.018 219 K 0.009 0.001 0.076 0.796 0.016 0.082 0.020 220 N 0.010 0.001 0.073 0.756 0.017 0.125 0.018 221 W 0.025 0.007 0.048 0.569 0.037 0.242 0.073 222 C 0.074 0.025 0.030 0.234 0.087 0.301 0.249 223 T 0.125 0.030 0.037 0.111 0.142 0.120 0.435 224 L 0.121 0.017 0.025 0.052 0.147 0.109 0.530 225 N 0.054 0.011 0.047 0.038 0.227 0.224 0.398 226 K 0.069 0.013 0.029 0.012 0.338 0.124 0.415 227 Q 0.075 0.016 0.022 0.009 0.256 0.069 0.553 228 V 0.138 0.085 0.008 0.007 0.111 0.021 0.629 229 P 0.144 0.044 0.045 0.006 0.055 0.041 0.665 230 V 0.157 0.013 0.096 0.006 0.163 0.262 0.302 231 N 0.108 0.027 0.090 0.006 0.239 0.277 0.252 232 F 0.040 0.014 0.001 0.001 0.653 0.002 0.288 233 P 0.020 0.031 0.001 0.002 0.025 0.002 0.919 234 F 0.001 0.001 0.027 0.957 0.001 0.010 0.004 235 K 0.001 0.001 0.015 0.981 0.001 0.003 0.001 236 K 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.002 0.001 237 Y 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 238 C 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 239 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 240 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 241 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.012 0.002 242 L 0.001 0.001 0.004 0.974 0.001 0.018 0.002 243 E 0.001 0.001 0.016 0.931 0.003 0.042 0.008 244 H 0.001 0.001 0.036 0.887 0.005 0.060 0.010 245 L 0.004 0.002 0.035 0.810 0.026 0.091 0.033 246 D 0.009 0.003 0.059 0.621 0.048 0.189 0.072 247 M 0.010 0.002 0.044 0.707 0.043 0.110 0.083 248 C 0.026 0.006 0.035 0.674 0.068 0.076 0.114 249 E 0.030 0.006 0.053 0.651 0.041 0.116 0.103 250 K 0.038 0.004 0.065 0.613 0.058 0.116 0.105 251 R 0.068 0.010 0.045 0.389 0.126 0.111 0.251 252 S 0.045 0.011 0.082 0.339 0.072 0.218 0.233 253 I 0.079 0.007 0.069 0.223 0.131 0.250 0.242 254 N 0.140 0.020 0.041 0.217 0.089 0.132 0.360 255 L 0.104 0.018 0.015 0.252 0.091 0.043 0.476 256 D 0.068 0.012 0.011 0.416 0.048 0.053 0.392 257 E 0.013 0.002 0.010 0.785 0.029 0.109 0.052 258 N 0.011 0.001 0.009 0.765 0.055 0.119 0.041 259 D 0.025 0.003 0.008 0.851 0.032 0.024 0.058 260 F 0.021 0.002 0.005 0.943 0.004 0.008 0.016 261 L 0.018 0.001 0.006 0.952 0.003 0.009 0.011 262 K 0.016 0.001 0.008 0.954 0.003 0.012 0.007 263 L 0.009 0.001 0.016 0.935 0.006 0.021 0.012 264 L 0.010 0.001 0.017 0.915 0.006 0.040 0.012 265 L 0.008 0.002 0.034 0.870 0.009 0.065 0.013 266 E 0.006 0.001 0.062 0.742 0.011 0.164 0.014 267 F 0.005 0.002 0.046 0.538 0.022 0.368 0.020 268 N 0.020 0.014 0.025 0.146 0.264 0.204 0.327 269 K 0.029 0.012 0.120 0.129 0.102 0.383 0.226 270 K 0.038 0.005 0.117 0.060 0.140 0.533 0.107 271 G 0.105 0.018 0.091 0.026 0.136 0.313 0.311 272 I 0.265 0.027 0.014 0.008 0.063 0.017 0.606 273 H 0.509 0.061 0.009 0.003 0.024 0.013 0.381 274 F 0.328 0.045 0.012 0.004 0.008 0.006 0.596 275 F 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.971