# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 S 0.177 0.040 0.002 0.059 0.003 0.007 0.713 3 L 0.139 0.038 0.031 0.282 0.076 0.045 0.388 4 N 0.128 0.021 0.051 0.277 0.072 0.119 0.332 5 F 0.048 0.010 0.139 0.298 0.070 0.199 0.236 6 K 0.020 0.008 0.119 0.251 0.232 0.157 0.214 7 D 0.010 0.006 0.109 0.189 0.220 0.114 0.353 8 P 0.003 0.003 0.327 0.272 0.070 0.244 0.082 9 E 0.002 0.003 0.217 0.324 0.044 0.358 0.052 10 A 0.002 0.003 0.105 0.432 0.084 0.255 0.119 11 V 0.006 0.009 0.009 0.430 0.202 0.036 0.308 12 R 0.017 0.007 0.007 0.533 0.067 0.040 0.329 13 A 0.011 0.004 0.007 0.885 0.013 0.022 0.058 14 L 0.011 0.002 0.007 0.925 0.015 0.011 0.030 15 T 0.008 0.001 0.006 0.954 0.011 0.007 0.014 16 C 0.006 0.001 0.003 0.967 0.006 0.009 0.010 17 T 0.005 0.001 0.005 0.935 0.006 0.037 0.011 18 L 0.007 0.001 0.005 0.816 0.013 0.135 0.022 19 L 0.016 0.004 0.012 0.726 0.029 0.134 0.079 20 R 0.030 0.006 0.029 0.644 0.064 0.077 0.150 21 E 0.025 0.007 0.058 0.611 0.050 0.154 0.095 22 D 0.033 0.010 0.087 0.382 0.108 0.217 0.161 23 F 0.022 0.008 0.066 0.176 0.116 0.535 0.077 24 G 0.031 0.004 0.027 0.034 0.132 0.639 0.134 25 L 0.127 0.014 0.012 0.023 0.154 0.047 0.623 26 S 0.437 0.025 0.007 0.007 0.076 0.024 0.424 27 I 0.594 0.010 0.007 0.005 0.046 0.014 0.324 28 D 0.622 0.027 0.008 0.004 0.033 0.017 0.289 29 I 0.320 0.084 0.005 0.007 0.072 0.008 0.505 30 P 0.046 0.006 0.008 0.001 0.039 0.010 0.891 31 L 0.001 0.001 0.083 0.008 0.056 0.841 0.010 32 E 0.002 0.001 0.108 0.006 0.041 0.832 0.011 33 R 0.063 0.044 0.132 0.019 0.160 0.103 0.479 34 L 0.173 0.112 0.017 0.010 0.090 0.058 0.538 35 I 0.157 0.061 0.010 0.006 0.192 0.042 0.534 36 P 0.091 0.056 0.008 0.006 0.152 0.030 0.657 37 T 0.032 0.015 0.009 0.011 0.190 0.049 0.694 38 V 0.013 0.009 0.039 0.050 0.240 0.106 0.542 39 P 0.005 0.006 0.109 0.183 0.141 0.349 0.206 40 L 0.006 0.008 0.104 0.296 0.133 0.240 0.214 41 R 0.005 0.004 0.050 0.751 0.061 0.040 0.090 42 L 0.009 0.005 0.019 0.844 0.021 0.038 0.065 43 N 0.008 0.003 0.013 0.899 0.014 0.036 0.027 44 Y 0.008 0.001 0.006 0.949 0.009 0.013 0.015 45 I 0.004 0.001 0.002 0.978 0.004 0.005 0.005 46 H 0.003 0.001 0.002 0.978 0.003 0.009 0.005 47 W 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.012 0.003 48 V 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.009 0.004 49 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.011 0.004 50 D 0.001 0.001 0.003 0.965 0.005 0.019 0.007 51 L 0.001 0.001 0.006 0.945 0.008 0.028 0.012 52 I 0.001 0.002 0.013 0.849 0.017 0.089 0.028 53 G 0.002 0.001 0.019 0.661 0.027 0.253 0.036 54 H 0.002 0.002 0.033 0.475 0.056 0.311 0.121 55 Q 0.007 0.012 0.071 0.294 0.122 0.243 0.252 56 D 0.017 0.014 0.143 0.222 0.135 0.206 0.261 57 S 0.023 0.014 0.153 0.205 0.188 0.150 0.268 58 D 0.025 0.009 0.090 0.211 0.160 0.219 0.286 59 K 0.026 0.013 0.086 0.131 0.148 0.234 0.363 60 S 0.029 0.007 0.085 0.063 0.182 0.214 0.419 61 T 0.046 0.017 0.093 0.037 0.286 0.268 0.253 62 L 0.110 0.009 0.058 0.012 0.190 0.225 0.395 63 R 0.233 0.006 0.006 0.004 0.116 0.014 0.621 64 R 0.745 0.008 0.002 0.003 0.104 0.003 0.135 65 G 0.959 0.007 0.001 0.002 0.002 0.002 0.027 66 I 0.959 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.027 67 D 0.940 0.003 0.001 0.006 0.005 0.002 0.042 68 I 0.646 0.005 0.009 0.029 0.033 0.024 0.253 69 G 0.271 0.011 0.016 0.070 0.134 0.069 0.428 70 T 0.096 0.014 0.053 0.272 0.171 0.184 0.211 71 G 0.040 0.021 0.040 0.349 0.121 0.225 0.204 72 A 0.015 0.006 0.024 0.648 0.031 0.221 0.054 73 S 0.015 0.003 0.009 0.774 0.047 0.092 0.060 74 C 0.004 0.001 0.002 0.980 0.004 0.005 0.005 75 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.001 76 Y 0.003 0.001 0.004 0.988 0.001 0.003 0.001 77 P 0.006 0.001 0.010 0.975 0.001 0.007 0.001 78 L 0.006 0.001 0.024 0.947 0.002 0.019 0.002 79 L 0.017 0.001 0.042 0.892 0.006 0.034 0.008 80 G 0.016 0.001 0.082 0.815 0.011 0.057 0.017 81 A 0.037 0.001 0.112 0.638 0.030 0.147 0.034 82 T 0.033 0.005 0.135 0.470 0.045 0.238 0.074 83 L 0.046 0.010 0.087 0.125 0.226 0.118 0.388 84 N 0.010 0.005 0.072 0.023 0.095 0.722 0.073 85 G 0.017 0.001 0.032 0.004 0.073 0.825 0.049 86 W 0.262 0.005 0.008 0.003 0.225 0.039 0.459 87 Y 0.787 0.009 0.001 0.001 0.034 0.004 0.164 88 F 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 89 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 90 A 0.948 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.040 91 T 0.890 0.002 0.003 0.002 0.016 0.012 0.075 92 E 0.542 0.019 0.012 0.006 0.106 0.034 0.282 93 V 0.073 0.017 0.005 0.006 0.280 0.012 0.607 94 D 0.010 0.002 0.001 0.009 0.112 0.004 0.862 95 D 0.001 0.001 0.034 0.917 0.012 0.034 0.003 96 M 0.001 0.001 0.010 0.971 0.004 0.013 0.001 97 C 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 98 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 100 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 106 E 0.001 0.001 0.012 0.945 0.003 0.036 0.005 107 Q 0.001 0.001 0.017 0.779 0.010 0.188 0.006 108 N 0.001 0.001 0.015 0.398 0.042 0.515 0.027 109 N 0.001 0.002 0.023 0.158 0.077 0.591 0.149 110 L 0.007 0.008 0.097 0.122 0.079 0.129 0.559 111 S 0.017 0.004 0.218 0.143 0.117 0.347 0.154 112 D 0.033 0.005 0.221 0.160 0.132 0.355 0.095 113 L 0.206 0.019 0.080 0.158 0.154 0.117 0.266 114 I 0.666 0.013 0.008 0.083 0.020 0.019 0.191 115 K 0.806 0.005 0.007 0.091 0.019 0.010 0.061 116 V 0.810 0.015 0.010 0.103 0.009 0.012 0.042 117 V 0.704 0.010 0.018 0.138 0.016 0.025 0.089 118 K 0.425 0.012 0.033 0.185 0.078 0.067 0.200 119 V 0.116 0.005 0.062 0.217 0.197 0.117 0.285 120 P 0.071 0.006 0.085 0.175 0.192 0.155 0.316 121 Q 0.040 0.010 0.149 0.376 0.101 0.167 0.157 122 A 0.027 0.009 0.133 0.354 0.082 0.200 0.196 123 T 0.025 0.005 0.102 0.412 0.095 0.165 0.196 124 L 0.041 0.007 0.067 0.487 0.091 0.107 0.201 125 L 0.070 0.016 0.059 0.472 0.079 0.069 0.236 126 M 0.075 0.014 0.054 0.534 0.060 0.081 0.183 127 D 0.066 0.011 0.073 0.509 0.056 0.132 0.153 128 A 0.046 0.007 0.099 0.439 0.062 0.235 0.112 129 L 0.045 0.007 0.100 0.336 0.091 0.295 0.126 130 K 0.076 0.011 0.092 0.235 0.130 0.140 0.316 131 E 0.082 0.022 0.104 0.204 0.138 0.119 0.331 132 E 0.058 0.010 0.083 0.143 0.172 0.167 0.366 133 S 0.027 0.014 0.146 0.095 0.121 0.331 0.267 134 E 0.033 0.004 0.144 0.030 0.158 0.359 0.272 135 I 0.090 0.018 0.088 0.018 0.359 0.188 0.239 136 I 0.320 0.027 0.023 0.006 0.085 0.058 0.483 137 Y 0.402 0.002 0.001 0.001 0.030 0.002 0.562 138 D 0.788 0.001 0.001 0.001 0.165 0.001 0.045 139 F 0.988 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 140 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 141 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 142 C 0.639 0.002 0.001 0.001 0.046 0.004 0.308 143 N 0.116 0.004 0.002 0.002 0.404 0.017 0.455 144 P 0.043 0.010 0.014 0.015 0.317 0.049 0.552 145 P 0.039 0.032 0.087 0.062 0.194 0.150 0.436 146 F 0.067 0.029 0.086 0.095 0.174 0.155 0.393 147 F 0.045 0.021 0.081 0.134 0.173 0.114 0.431 148 A 0.028 0.016 0.062 0.194 0.180 0.151 0.368 149 N 0.015 0.009 0.068 0.317 0.160 0.146 0.284 150 Q 0.012 0.008 0.084 0.399 0.118 0.131 0.248 151 L 0.011 0.007 0.089 0.492 0.083 0.120 0.198 152 E 0.010 0.007 0.091 0.572 0.061 0.128 0.131 153 A 0.012 0.005 0.068 0.577 0.073 0.127 0.137 154 K 0.016 0.007 0.049 0.557 0.061 0.168 0.142 155 G 0.020 0.009 0.029 0.454 0.119 0.104 0.264 156 V 0.021 0.008 0.037 0.417 0.086 0.105 0.326 157 N 0.024 0.005 0.066 0.508 0.070 0.148 0.179 158 S 0.037 0.007 0.077 0.565 0.054 0.115 0.146 159 R 0.043 0.010 0.061 0.579 0.070 0.084 0.152 160 N 0.058 0.022 0.041 0.580 0.056 0.088 0.155 161 P 0.036 0.009 0.056 0.580 0.069 0.100 0.151 162 R 0.033 0.006 0.063 0.519 0.081 0.177 0.121 163 R 0.019 0.007 0.048 0.431 0.126 0.192 0.176 164 P 0.019 0.012 0.036 0.292 0.185 0.126 0.330 165 P 0.015 0.008 0.069 0.280 0.134 0.155 0.338 166 P 0.020 0.010 0.119 0.316 0.110 0.179 0.246 167 S 0.021 0.013 0.157 0.299 0.119 0.180 0.212 168 S 0.020 0.016 0.112 0.266 0.155 0.176 0.255 169 V 0.015 0.011 0.095 0.247 0.117 0.206 0.308 170 N 0.012 0.006 0.056 0.232 0.178 0.314 0.203 171 T 0.016 0.007 0.025 0.239 0.188 0.290 0.234 172 G 0.027 0.013 0.009 0.201 0.189 0.042 0.518 173 G 0.069 0.021 0.024 0.407 0.066 0.038 0.375 174 I 0.095 0.010 0.067 0.650 0.035 0.042 0.102 175 T 0.111 0.006 0.128 0.625 0.026 0.028 0.075 176 E 0.132 0.005 0.151 0.603 0.022 0.024 0.063 177 I 0.166 0.009 0.103 0.590 0.026 0.051 0.054 178 M 0.102 0.018 0.062 0.570 0.064 0.117 0.066 179 A 0.031 0.006 0.029 0.456 0.151 0.160 0.166 180 E 0.007 0.004 0.021 0.281 0.162 0.259 0.267 181 G 0.003 0.003 0.025 0.250 0.212 0.377 0.132 182 G 0.006 0.005 0.022 0.240 0.207 0.319 0.201 183 E 0.007 0.005 0.023 0.573 0.099 0.097 0.196 184 L 0.010 0.006 0.014 0.837 0.033 0.027 0.073 185 E 0.011 0.003 0.011 0.904 0.017 0.017 0.036 186 F 0.004 0.001 0.007 0.942 0.009 0.013 0.022 187 V 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.004 0.005 188 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 189 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 191 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 192 H 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.016 0.001 193 D 0.001 0.001 0.002 0.952 0.003 0.040 0.003 194 S 0.001 0.001 0.008 0.946 0.005 0.029 0.011 195 L 0.001 0.001 0.034 0.920 0.004 0.039 0.003 196 Q 0.001 0.001 0.072 0.818 0.005 0.098 0.006 197 L 0.002 0.003 0.098 0.662 0.017 0.202 0.017 198 G 0.021 0.016 0.051 0.398 0.113 0.283 0.118 199 K 0.042 0.007 0.103 0.154 0.164 0.175 0.354 200 R 0.038 0.008 0.074 0.073 0.235 0.452 0.120 201 L 0.071 0.002 0.017 0.015 0.180 0.539 0.177 202 R 0.353 0.004 0.003 0.004 0.265 0.061 0.310 203 W 0.857 0.010 0.001 0.001 0.015 0.002 0.115 204 Y 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 205 S 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 206 C 0.936 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.052 207 M 0.864 0.007 0.001 0.001 0.016 0.003 0.109 208 L 0.535 0.026 0.002 0.003 0.078 0.008 0.348 209 G 0.103 0.009 0.014 0.012 0.188 0.045 0.629 210 K 0.008 0.002 0.222 0.123 0.170 0.383 0.092 211 A 0.003 0.003 0.290 0.179 0.142 0.302 0.081 212 C 0.004 0.004 0.212 0.307 0.099 0.210 0.164 213 S 0.006 0.004 0.050 0.468 0.059 0.140 0.273 214 L 0.007 0.003 0.022 0.717 0.031 0.056 0.165 215 A 0.008 0.003 0.009 0.876 0.017 0.024 0.062 216 P 0.005 0.001 0.004 0.945 0.010 0.009 0.027 217 L 0.003 0.001 0.001 0.978 0.005 0.004 0.008 218 K 0.002 0.001 0.001 0.985 0.003 0.005 0.004 219 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.003 220 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.003 221 L 0.001 0.001 0.002 0.970 0.004 0.020 0.003 222 R 0.001 0.001 0.005 0.893 0.008 0.084 0.009 223 I 0.001 0.001 0.014 0.591 0.021 0.337 0.035 224 Q 0.003 0.003 0.014 0.159 0.090 0.598 0.134 225 G 0.010 0.009 0.023 0.034 0.165 0.297 0.462 226 V 0.036 0.012 0.019 0.010 0.167 0.029 0.728 227 P 0.158 0.009 0.020 0.007 0.175 0.038 0.594 228 K 0.644 0.007 0.014 0.008 0.107 0.022 0.198 229 V 0.927 0.004 0.002 0.003 0.008 0.003 0.054 230 T 0.960 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.030 231 Y 0.961 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.030 232 T 0.927 0.003 0.001 0.004 0.006 0.001 0.058 233 E 0.843 0.007 0.002 0.006 0.017 0.004 0.120 234 F 0.516 0.011 0.014 0.019 0.082 0.060 0.299 235 C 0.192 0.009 0.022 0.023 0.243 0.217 0.293 236 Q 0.057 0.004 0.027 0.019 0.330 0.381 0.182 237 G 0.046 0.003 0.015 0.013 0.404 0.342 0.177 238 R 0.208 0.010 0.007 0.013 0.217 0.084 0.459 239 T 0.552 0.037 0.015 0.062 0.072 0.023 0.239 240 M 0.717 0.016 0.014 0.053 0.020 0.010 0.170 241 R 0.751 0.005 0.021 0.063 0.040 0.007 0.113 242 W 0.876 0.003 0.011 0.055 0.018 0.004 0.034 243 A 0.940 0.002 0.004 0.033 0.003 0.003 0.015 244 L 0.919 0.001 0.008 0.051 0.003 0.004 0.015 245 A 0.873 0.002 0.018 0.064 0.009 0.010 0.024 246 W 0.704 0.006 0.073 0.085 0.022 0.030 0.079 247 S 0.524 0.008 0.092 0.084 0.087 0.049 0.154 248 F 0.363 0.022 0.054 0.065 0.142 0.086 0.269 249 Y 0.171 0.023 0.014 0.021 0.123 0.055 0.593 250 D 0.014 0.003 0.004 0.008 0.033 0.008 0.931