# TARGET T0293 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2149 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.039 0.004 0.003 0.011 0.007 0.006 0.931 2 S 0.099 0.025 0.024 0.075 0.012 0.036 0.730 3 L 0.148 0.020 0.069 0.141 0.118 0.099 0.406 4 N 0.117 0.010 0.106 0.150 0.103 0.150 0.364 5 F 0.096 0.023 0.080 0.111 0.146 0.158 0.385 6 K 0.062 0.025 0.022 0.065 0.371 0.097 0.359 7 D 0.016 0.007 0.002 0.003 0.319 0.004 0.651 8 P 0.001 0.001 0.316 0.379 0.014 0.266 0.024 9 E 0.002 0.001 0.328 0.383 0.017 0.261 0.009 10 A 0.009 0.004 0.329 0.494 0.015 0.079 0.070 11 V 0.056 0.009 0.046 0.671 0.023 0.035 0.162 12 R 0.182 0.013 0.014 0.565 0.074 0.023 0.129 13 A 0.132 0.009 0.007 0.728 0.032 0.021 0.071 14 L 0.048 0.003 0.004 0.887 0.012 0.015 0.031 15 T 0.100 0.003 0.009 0.804 0.019 0.025 0.041 16 C 0.110 0.002 0.022 0.792 0.010 0.028 0.035 17 T 0.080 0.003 0.026 0.797 0.016 0.050 0.027 18 L 0.088 0.008 0.037 0.588 0.034 0.165 0.080 19 L 0.158 0.020 0.026 0.279 0.094 0.194 0.227 20 R 0.119 0.013 0.092 0.223 0.086 0.080 0.386 21 E 0.036 0.004 0.230 0.213 0.087 0.325 0.104 22 D 0.024 0.004 0.214 0.166 0.063 0.455 0.074 23 F 0.052 0.021 0.115 0.094 0.135 0.486 0.096 24 G 0.065 0.008 0.038 0.022 0.127 0.534 0.205 25 L 0.183 0.018 0.015 0.014 0.150 0.064 0.557 26 S 0.338 0.046 0.016 0.013 0.060 0.038 0.489 27 I 0.430 0.021 0.007 0.007 0.084 0.027 0.424 28 D 0.374 0.029 0.003 0.003 0.045 0.021 0.526 29 I 0.201 0.059 0.002 0.003 0.086 0.009 0.640 30 P 0.053 0.007 0.002 0.001 0.015 0.008 0.915 31 L 0.010 0.002 0.179 0.042 0.079 0.644 0.044 32 E 0.017 0.001 0.170 0.043 0.067 0.659 0.043 33 R 0.148 0.032 0.223 0.054 0.115 0.110 0.318 34 L 0.314 0.128 0.016 0.026 0.075 0.034 0.408 35 I 0.268 0.057 0.016 0.014 0.087 0.042 0.516 36 P 0.175 0.034 0.016 0.009 0.116 0.119 0.531 37 T 0.114 0.022 0.024 0.013 0.251 0.118 0.458 38 V 0.129 0.026 0.032 0.027 0.304 0.049 0.432 39 P 0.086 0.022 0.060 0.051 0.106 0.133 0.542 40 L 0.089 0.050 0.071 0.063 0.156 0.197 0.374 41 R 0.063 0.017 0.039 0.052 0.203 0.094 0.532 42 L 0.026 0.006 0.090 0.237 0.115 0.315 0.211 43 N 0.034 0.009 0.069 0.335 0.085 0.321 0.147 44 Y 0.060 0.012 0.030 0.550 0.080 0.051 0.217 45 I 0.059 0.009 0.009 0.766 0.030 0.018 0.110 46 H 0.037 0.005 0.007 0.880 0.018 0.018 0.035 47 W 0.016 0.004 0.004 0.928 0.008 0.012 0.027 48 V 0.003 0.001 0.004 0.980 0.002 0.003 0.007 49 E 0.003 0.001 0.009 0.975 0.003 0.006 0.004 50 D 0.003 0.001 0.013 0.964 0.002 0.015 0.003 51 L 0.003 0.002 0.022 0.909 0.004 0.053 0.008 52 I 0.003 0.004 0.027 0.742 0.013 0.188 0.022 53 G 0.003 0.003 0.034 0.396 0.028 0.425 0.112 54 H 0.002 0.003 0.061 0.238 0.072 0.224 0.399 55 Q 0.002 0.005 0.071 0.166 0.153 0.208 0.395 56 D 0.003 0.005 0.096 0.122 0.141 0.223 0.410 57 S 0.003 0.004 0.115 0.103 0.203 0.243 0.329 58 D 0.005 0.005 0.089 0.090 0.169 0.254 0.388 59 K 0.009 0.009 0.141 0.105 0.226 0.139 0.371 60 S 0.016 0.006 0.127 0.098 0.216 0.123 0.416 61 T 0.027 0.009 0.153 0.056 0.167 0.270 0.318 62 L 0.087 0.011 0.044 0.009 0.166 0.085 0.599 63 R 0.219 0.008 0.013 0.004 0.233 0.045 0.477 64 R 0.895 0.004 0.003 0.002 0.014 0.007 0.075 65 G 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 66 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 67 D 0.930 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.056 68 I 0.707 0.004 0.011 0.007 0.037 0.028 0.206 69 G 0.239 0.012 0.022 0.016 0.182 0.134 0.395 70 T 0.071 0.030 0.043 0.052 0.224 0.194 0.386 71 G 0.043 0.018 0.043 0.091 0.257 0.251 0.297 72 A 0.016 0.007 0.104 0.450 0.108 0.182 0.133 73 S 0.005 0.002 0.052 0.835 0.031 0.057 0.017 74 C 0.002 0.002 0.020 0.937 0.006 0.027 0.006 75 I 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.010 0.003 76 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 77 P 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 79 L 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 80 G 0.001 0.001 0.019 0.945 0.002 0.031 0.001 81 A 0.002 0.001 0.030 0.799 0.002 0.163 0.004 82 T 0.002 0.002 0.058 0.607 0.018 0.291 0.021 83 L 0.013 0.004 0.017 0.049 0.416 0.064 0.436 84 N 0.005 0.001 0.044 0.009 0.222 0.618 0.100 85 G 0.080 0.002 0.040 0.003 0.126 0.668 0.081 86 W 0.547 0.005 0.008 0.001 0.052 0.018 0.369 87 Y 0.968 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 88 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 89 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 90 A 0.934 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.052 91 T 0.839 0.004 0.003 0.001 0.033 0.006 0.114 92 E 0.644 0.016 0.004 0.003 0.041 0.016 0.276 93 V 0.103 0.022 0.007 0.004 0.257 0.044 0.563 94 D 0.009 0.006 0.001 0.003 0.212 0.004 0.766 95 D 0.001 0.001 0.033 0.898 0.007 0.056 0.006 96 M 0.001 0.001 0.032 0.917 0.002 0.046 0.002 97 C 0.001 0.001 0.011 0.981 0.001 0.006 0.002 98 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 100 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.003 105 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 106 E 0.001 0.001 0.005 0.972 0.002 0.018 0.002 107 Q 0.001 0.001 0.010 0.832 0.007 0.148 0.003 108 N 0.001 0.001 0.005 0.244 0.011 0.733 0.007 109 N 0.001 0.001 0.005 0.021 0.048 0.763 0.160 110 L 0.005 0.009 0.058 0.012 0.138 0.035 0.743 111 S 0.017 0.006 0.439 0.015 0.086 0.112 0.324 112 D 0.050 0.004 0.415 0.012 0.224 0.211 0.084 113 L 0.308 0.020 0.225 0.011 0.101 0.098 0.236 114 I 0.681 0.006 0.019 0.005 0.035 0.032 0.222 115 K 0.959 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.027 116 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 117 V 0.963 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.025 118 K 0.821 0.006 0.001 0.003 0.022 0.003 0.144 119 V 0.201 0.009 0.003 0.003 0.274 0.025 0.485 120 P 0.066 0.024 0.004 0.006 0.244 0.050 0.606 121 Q 0.019 0.006 0.071 0.183 0.154 0.171 0.396 122 A 0.006 0.001 0.108 0.651 0.046 0.094 0.093 123 T 0.006 0.001 0.080 0.808 0.028 0.046 0.030 124 L 0.015 0.007 0.075 0.835 0.010 0.036 0.021 125 L 0.016 0.004 0.045 0.866 0.007 0.042 0.021 126 M 0.018 0.002 0.074 0.821 0.008 0.057 0.019 127 D 0.016 0.002 0.086 0.748 0.019 0.099 0.030 128 A 0.016 0.004 0.108 0.651 0.026 0.152 0.044 129 L 0.042 0.015 0.053 0.492 0.134 0.106 0.158 130 K 0.051 0.014 0.076 0.308 0.059 0.240 0.253 131 E 0.033 0.011 0.082 0.226 0.125 0.266 0.257 132 E 0.027 0.007 0.073 0.091 0.200 0.207 0.394 133 S 0.021 0.006 0.124 0.051 0.194 0.403 0.202 134 E 0.033 0.007 0.075 0.012 0.240 0.452 0.180 135 I 0.156 0.003 0.016 0.002 0.261 0.079 0.483 136 I 0.384 0.045 0.003 0.001 0.052 0.015 0.500 137 Y 0.724 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.266 138 D 0.784 0.001 0.001 0.001 0.125 0.002 0.088 139 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 140 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 141 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 142 C 0.901 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.085 143 N 0.209 0.002 0.004 0.001 0.160 0.012 0.614 144 P 0.058 0.004 0.199 0.014 0.291 0.065 0.370 145 P 0.024 0.013 0.428 0.034 0.088 0.209 0.205 146 F 0.046 0.017 0.470 0.058 0.051 0.225 0.133 147 F 0.079 0.043 0.201 0.144 0.113 0.122 0.298 148 A 0.041 0.008 0.133 0.134 0.104 0.314 0.266 149 N 0.041 0.013 0.078 0.171 0.143 0.295 0.260 150 Q 0.055 0.017 0.067 0.251 0.142 0.129 0.339 151 L 0.043 0.013 0.082 0.330 0.124 0.130 0.277 152 E 0.041 0.015 0.103 0.326 0.095 0.116 0.304 153 A 0.024 0.009 0.166 0.436 0.053 0.074 0.238 154 K 0.022 0.010 0.225 0.358 0.053 0.193 0.138 155 G 0.012 0.005 0.217 0.248 0.067 0.336 0.115 156 V 0.025 0.014 0.152 0.281 0.084 0.230 0.215 157 N 0.031 0.021 0.140 0.176 0.130 0.194 0.308 158 S 0.027 0.007 0.124 0.093 0.128 0.347 0.275 159 R 0.030 0.015 0.154 0.090 0.194 0.276 0.241 160 N 0.024 0.014 0.023 0.013 0.300 0.023 0.602 161 P 0.027 0.016 0.062 0.024 0.099 0.242 0.530 162 R 0.061 0.033 0.049 0.021 0.219 0.243 0.374 163 R 0.102 0.047 0.017 0.011 0.253 0.062 0.508 164 P 0.048 0.022 0.003 0.004 0.178 0.014 0.732 165 P 0.025 0.013 0.003 0.002 0.084 0.010 0.863 166 P 0.020 0.014 0.074 0.038 0.124 0.428 0.302 167 S 0.034 0.016 0.143 0.062 0.159 0.395 0.191 168 S 0.084 0.028 0.225 0.085 0.145 0.127 0.305 169 V 0.131 0.041 0.139 0.134 0.079 0.174 0.302 170 N 0.184 0.037 0.116 0.136 0.108 0.172 0.247 171 T 0.137 0.019 0.078 0.135 0.149 0.153 0.329 172 G 0.055 0.006 0.054 0.153 0.298 0.283 0.151 173 G 0.142 0.029 0.046 0.183 0.163 0.204 0.234 174 I 0.161 0.023 0.064 0.480 0.030 0.060 0.181 175 T 0.115 0.006 0.103 0.526 0.030 0.049 0.171 176 E 0.130 0.003 0.080 0.651 0.034 0.037 0.066 177 I 0.193 0.004 0.083 0.627 0.021 0.035 0.037 178 M 0.264 0.031 0.034 0.538 0.032 0.048 0.053 179 A 0.168 0.006 0.030 0.526 0.042 0.105 0.122 180 E 0.013 0.001 0.013 0.204 0.038 0.716 0.015 181 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.023 0.954 0.008 182 G 0.034 0.005 0.003 0.027 0.190 0.074 0.667 183 E 0.313 0.072 0.004 0.061 0.027 0.010 0.513 184 L 0.487 0.029 0.005 0.192 0.037 0.008 0.242 185 E 0.258 0.006 0.007 0.568 0.043 0.010 0.109 186 F 0.182 0.007 0.011 0.728 0.019 0.012 0.040 187 V 0.050 0.001 0.010 0.899 0.005 0.009 0.026 188 K 0.022 0.001 0.015 0.939 0.005 0.008 0.011 189 R 0.015 0.001 0.019 0.937 0.005 0.015 0.009 190 I 0.009 0.001 0.029 0.914 0.004 0.031 0.012 191 I 0.006 0.001 0.017 0.923 0.007 0.030 0.015 192 H 0.002 0.001 0.017 0.920 0.006 0.048 0.007 193 D 0.001 0.001 0.014 0.907 0.005 0.061 0.011 194 S 0.001 0.001 0.020 0.925 0.004 0.035 0.014 195 L 0.001 0.001 0.029 0.930 0.005 0.029 0.006 196 Q 0.001 0.001 0.052 0.858 0.004 0.078 0.007 197 L 0.001 0.001 0.045 0.782 0.005 0.158 0.008 198 G 0.007 0.004 0.046 0.645 0.031 0.208 0.059 199 K 0.016 0.003 0.098 0.486 0.057 0.254 0.087 200 R 0.029 0.003 0.106 0.485 0.049 0.238 0.090 201 L 0.089 0.008 0.065 0.341 0.095 0.210 0.193 202 R 0.219 0.011 0.023 0.151 0.174 0.190 0.232 203 W 0.561 0.013 0.011 0.145 0.062 0.069 0.138 204 Y 0.717 0.009 0.005 0.146 0.019 0.016 0.088 205 S 0.762 0.004 0.004 0.122 0.016 0.010 0.082 206 C 0.792 0.003 0.006 0.103 0.019 0.011 0.066 207 M 0.757 0.009 0.009 0.124 0.020 0.017 0.064 208 L 0.547 0.013 0.022 0.145 0.045 0.083 0.146 209 G 0.202 0.010 0.044 0.084 0.209 0.214 0.238 210 K 0.137 0.017 0.087 0.115 0.209 0.193 0.242 211 A 0.075 0.016 0.168 0.151 0.147 0.222 0.220 212 C 0.031 0.009 0.149 0.126 0.139 0.316 0.230 213 S 0.016 0.011 0.062 0.121 0.144 0.298 0.348 214 L 0.010 0.005 0.027 0.474 0.116 0.053 0.315 215 A 0.004 0.001 0.006 0.903 0.039 0.006 0.042 216 P 0.003 0.001 0.004 0.977 0.002 0.004 0.010 217 L 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.003 0.005 218 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 219 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.002 221 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 222 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 223 I 0.001 0.001 0.003 0.905 0.003 0.087 0.001 224 Q 0.001 0.001 0.002 0.282 0.008 0.704 0.004 225 G 0.001 0.001 0.002 0.014 0.042 0.881 0.060 226 V 0.005 0.002 0.004 0.002 0.064 0.006 0.917 227 P 0.066 0.011 0.035 0.006 0.090 0.021 0.772 228 K 0.464 0.016 0.039 0.012 0.079 0.054 0.335 229 V 0.734 0.007 0.008 0.009 0.019 0.005 0.219 230 T 0.900 0.005 0.002 0.008 0.009 0.003 0.073 231 Y 0.861 0.005 0.003 0.025 0.016 0.004 0.086 232 T 0.740 0.005 0.004 0.038 0.044 0.007 0.161 233 E 0.590 0.004 0.014 0.067 0.060 0.033 0.232 234 F 0.307 0.019 0.057 0.135 0.075 0.129 0.278 235 C 0.163 0.019 0.086 0.153 0.094 0.219 0.267 236 Q 0.048 0.007 0.038 0.071 0.121 0.629 0.085 237 G 0.034 0.002 0.014 0.018 0.182 0.630 0.121 238 R 0.143 0.006 0.009 0.012 0.310 0.092 0.428 239 T 0.379 0.013 0.006 0.021 0.179 0.039 0.363 240 M 0.767 0.008 0.002 0.025 0.040 0.008 0.149 241 R 0.916 0.004 0.001 0.023 0.005 0.002 0.049 242 W 0.958 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.013 243 A 0.943 0.001 0.001 0.029 0.004 0.003 0.019 244 L 0.906 0.002 0.002 0.024 0.008 0.007 0.051 245 A 0.814 0.005 0.006 0.039 0.017 0.022 0.098 246 W 0.561 0.006 0.030 0.077 0.058 0.039 0.228 247 S 0.386 0.006 0.055 0.093 0.133 0.127 0.199 248 F 0.218 0.017 0.060 0.092 0.163 0.200 0.250 249 Y 0.118 0.023 0.015 0.039 0.055 0.044 0.707 250 D 0.009 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.978