# TARGET T0290 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1354 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.738 0.206 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 2 P 0.333 0.305 0.180 0.127 0.045 0.008 0.001 3 R 0.106 0.250 0.262 0.224 0.122 0.033 0.003 4 C 0.021 0.045 0.083 0.186 0.308 0.293 0.063 5 F 0.014 0.047 0.110 0.218 0.269 0.263 0.079 6 F 0.012 0.014 0.026 0.069 0.164 0.415 0.299 7 D 0.048 0.095 0.138 0.215 0.247 0.201 0.055 8 I 0.058 0.083 0.109 0.181 0.247 0.254 0.067 9 A 0.097 0.127 0.125 0.210 0.235 0.175 0.031 10 I 0.119 0.203 0.219 0.236 0.147 0.066 0.010 11 N 0.260 0.266 0.174 0.162 0.096 0.038 0.004 12 N 0.371 0.317 0.162 0.102 0.039 0.009 0.001 13 Q 0.367 0.294 0.172 0.109 0.043 0.014 0.001 14 P 0.428 0.337 0.143 0.066 0.021 0.004 0.001 15 A 0.153 0.326 0.253 0.177 0.067 0.022 0.002 16 G 0.042 0.131 0.210 0.284 0.246 0.080 0.008 17 R 0.016 0.143 0.319 0.320 0.158 0.041 0.003 18 V 0.001 0.003 0.012 0.058 0.278 0.557 0.091 19 V 0.001 0.033 0.219 0.452 0.232 0.059 0.004 20 F 0.001 0.003 0.009 0.043 0.221 0.631 0.092 21 E 0.002 0.055 0.291 0.423 0.187 0.041 0.002 22 L 0.002 0.014 0.041 0.180 0.429 0.325 0.009 23 F 0.026 0.216 0.326 0.289 0.124 0.018 0.001 24 S 0.197 0.438 0.236 0.107 0.020 0.002 0.001 25 D 0.427 0.426 0.114 0.028 0.005 0.001 0.001 26 V 0.153 0.371 0.257 0.160 0.050 0.008 0.001 27 C 0.026 0.077 0.162 0.310 0.315 0.106 0.003 28 P 0.031 0.237 0.349 0.275 0.094 0.013 0.001 29 K 0.024 0.141 0.279 0.361 0.166 0.027 0.001 30 T 0.003 0.016 0.029 0.083 0.292 0.505 0.072 31 C 0.001 0.013 0.052 0.215 0.442 0.254 0.023 32 E 0.003 0.114 0.354 0.382 0.115 0.029 0.002 33 N 0.001 0.002 0.016 0.114 0.405 0.402 0.060 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.335 0.645 35 R 0.001 0.005 0.046 0.269 0.370 0.283 0.027 36 C 0.001 0.038 0.213 0.394 0.232 0.113 0.009 37 L 0.001 0.001 0.004 0.027 0.155 0.626 0.187 38 C 0.001 0.001 0.006 0.050 0.369 0.550 0.024 39 T 0.002 0.093 0.380 0.380 0.133 0.012 0.001 40 G 0.046 0.220 0.327 0.317 0.079 0.011 0.001 41 E 0.259 0.506 0.164 0.052 0.017 0.003 0.001 42 K 0.199 0.331 0.272 0.156 0.037 0.004 0.001 43 G 0.353 0.307 0.192 0.108 0.034 0.006 0.001 44 T 0.434 0.248 0.165 0.102 0.044 0.007 0.001 45 G 0.585 0.225 0.103 0.063 0.020 0.003 0.001 46 K 0.722 0.190 0.058 0.023 0.006 0.001 0.001 47 S 0.549 0.250 0.107 0.070 0.020 0.004 0.001 48 T 0.595 0.238 0.099 0.048 0.016 0.003 0.001 49 Q 0.389 0.260 0.171 0.123 0.047 0.009 0.001 50 K 0.247 0.288 0.208 0.165 0.075 0.017 0.001 51 P 0.148 0.254 0.247 0.218 0.107 0.026 0.001 52 L 0.041 0.076 0.134 0.296 0.318 0.130 0.006 53 H 0.058 0.161 0.217 0.276 0.205 0.078 0.005 54 Y 0.014 0.019 0.050 0.170 0.398 0.312 0.037 55 K 0.099 0.299 0.290 0.204 0.082 0.023 0.003 56 S 0.097 0.221 0.236 0.227 0.145 0.063 0.010 57 C 0.010 0.039 0.086 0.198 0.324 0.280 0.063 58 L 0.014 0.057 0.122 0.225 0.282 0.239 0.061 59 F 0.003 0.006 0.014 0.046 0.136 0.428 0.367 60 H 0.008 0.020 0.039 0.102 0.191 0.366 0.275 61 R 0.015 0.038 0.069 0.115 0.202 0.310 0.251 62 V 0.009 0.022 0.047 0.122 0.249 0.355 0.196 63 V 0.020 0.048 0.084 0.188 0.290 0.273 0.096 64 K 0.104 0.257 0.247 0.189 0.107 0.069 0.027 65 D 0.044 0.176 0.219 0.246 0.189 0.097 0.029 66 F 0.005 0.020 0.051 0.143 0.303 0.363 0.115 67 M 0.002 0.007 0.015 0.053 0.147 0.431 0.345 68 V 0.003 0.005 0.011 0.027 0.065 0.289 0.600 69 Q 0.007 0.012 0.020 0.043 0.098 0.312 0.507 70 G 0.009 0.020 0.041 0.086 0.145 0.306 0.392 71 G 0.013 0.025 0.046 0.106 0.186 0.345 0.279 72 D 0.011 0.049 0.096 0.167 0.255 0.281 0.141 73 F 0.014 0.032 0.064 0.150 0.277 0.330 0.135 74 S 0.048 0.132 0.190 0.226 0.216 0.152 0.035 75 E 0.091 0.180 0.219 0.249 0.161 0.083 0.016 76 G 0.231 0.280 0.200 0.151 0.091 0.039 0.008 77 N 0.291 0.254 0.210 0.141 0.070 0.029 0.005 78 G 0.333 0.259 0.183 0.129 0.064 0.026 0.005 79 R 0.478 0.238 0.134 0.085 0.044 0.017 0.003 80 G 0.289 0.235 0.188 0.156 0.087 0.037 0.007 81 G 0.331 0.242 0.175 0.137 0.078 0.032 0.005 82 E 0.247 0.257 0.194 0.162 0.094 0.040 0.007 83 S 0.174 0.172 0.189 0.212 0.165 0.078 0.009 84 I 0.156 0.190 0.201 0.217 0.153 0.073 0.010 85 Y 0.129 0.155 0.187 0.223 0.191 0.101 0.012 86 G 0.200 0.246 0.217 0.184 0.106 0.042 0.006 87 G 0.263 0.239 0.189 0.163 0.099 0.042 0.006 88 F 0.228 0.272 0.203 0.160 0.096 0.037 0.004 89 F 0.183 0.220 0.217 0.212 0.123 0.040 0.004 90 E 0.363 0.302 0.164 0.105 0.045 0.017 0.003 91 D 0.399 0.272 0.159 0.101 0.047 0.019 0.003 92 E 0.263 0.215 0.176 0.176 0.120 0.046 0.005 93 S 0.234 0.251 0.212 0.172 0.095 0.032 0.004 94 F 0.210 0.216 0.200 0.201 0.121 0.045 0.006 95 A 0.312 0.311 0.182 0.114 0.054 0.023 0.004 96 V 0.094 0.129 0.167 0.247 0.229 0.115 0.019 97 K 0.161 0.264 0.232 0.200 0.101 0.037 0.005 98 H 0.075 0.093 0.127 0.230 0.300 0.158 0.017 99 N 0.137 0.243 0.252 0.212 0.116 0.037 0.003 100 A 0.093 0.237 0.254 0.233 0.132 0.046 0.004 101 A 0.024 0.112 0.208 0.309 0.235 0.103 0.010 102 F 0.003 0.016 0.045 0.151 0.339 0.383 0.063 103 L 0.002 0.004 0.012 0.045 0.142 0.454 0.342 104 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.054 0.291 0.632 105 S 0.002 0.004 0.009 0.023 0.063 0.282 0.618 106 M 0.004 0.007 0.016 0.041 0.108 0.351 0.472 107 A 0.012 0.036 0.063 0.137 0.225 0.309 0.217 108 N 0.029 0.073 0.119 0.195 0.257 0.222 0.106 109 R 0.064 0.141 0.180 0.207 0.219 0.142 0.047 110 G 0.115 0.181 0.188 0.221 0.155 0.099 0.042 111 K 0.150 0.201 0.197 0.184 0.141 0.088 0.038 112 D 0.146 0.175 0.154 0.164 0.172 0.136 0.053 113 T 0.063 0.092 0.111 0.176 0.225 0.229 0.105 114 N 0.065 0.107 0.126 0.179 0.206 0.216 0.102 115 G 0.026 0.062 0.096 0.167 0.210 0.264 0.175 116 S 0.010 0.034 0.065 0.136 0.207 0.315 0.232 117 Q 0.003 0.011 0.030 0.090 0.199 0.351 0.316 118 F 0.001 0.001 0.004 0.016 0.061 0.311 0.606 119 F 0.001 0.001 0.003 0.013 0.053 0.306 0.623 120 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.040 0.287 0.660 121 T 0.003 0.013 0.037 0.111 0.237 0.413 0.186 122 T 0.005 0.023 0.077 0.218 0.372 0.269 0.036 123 K 0.047 0.176 0.246 0.299 0.169 0.055 0.008 124 P 0.283 0.431 0.182 0.073 0.023 0.006 0.001 125 T 0.089 0.180 0.243 0.251 0.168 0.064 0.006 126 P 0.206 0.366 0.220 0.141 0.051 0.015 0.001 127 H 0.067 0.172 0.242 0.274 0.180 0.062 0.003 128 L 0.016 0.038 0.111 0.292 0.390 0.147 0.005 129 D 0.174 0.344 0.269 0.151 0.054 0.009 0.001 130 G 0.204 0.407 0.255 0.111 0.021 0.003 0.001 131 H 0.111 0.379 0.263 0.167 0.065 0.014 0.001 132 H 0.003 0.040 0.126 0.317 0.386 0.123 0.006 133 V 0.002 0.011 0.038 0.112 0.215 0.510 0.112 134 V 0.001 0.003 0.009 0.039 0.131 0.533 0.283 135 F 0.002 0.006 0.019 0.062 0.186 0.467 0.260 136 G 0.002 0.011 0.031 0.093 0.265 0.441 0.156 137 Q 0.006 0.064 0.185 0.305 0.254 0.146 0.040 138 V 0.003 0.022 0.072 0.213 0.370 0.287 0.032 139 I 0.014 0.087 0.219 0.329 0.254 0.090 0.005 140 S 0.133 0.337 0.273 0.171 0.067 0.017 0.001 141 G 0.105 0.205 0.187 0.224 0.182 0.091 0.006 142 Q 0.040 0.162 0.271 0.294 0.186 0.044 0.002 143 E 0.137 0.461 0.280 0.096 0.021 0.004 0.001 144 V 0.015 0.061 0.149 0.281 0.333 0.152 0.009 145 V 0.005 0.014 0.036 0.155 0.385 0.375 0.030 146 R 0.033 0.271 0.382 0.229 0.070 0.013 0.001 147 E 0.060 0.234 0.370 0.254 0.069 0.012 0.001 148 I 0.011 0.021 0.050 0.192 0.453 0.257 0.015 149 E 0.049 0.123 0.276 0.325 0.180 0.044 0.002 150 N 0.283 0.447 0.197 0.056 0.015 0.002 0.001 151 Q 0.078 0.195 0.307 0.298 0.107 0.014 0.001 152 K 0.217 0.310 0.255 0.158 0.051 0.008 0.001 153 T 0.245 0.246 0.251 0.179 0.071 0.009 0.001 154 D 0.733 0.203 0.047 0.015 0.002 0.001 0.001 155 A 0.816 0.133 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 156 A 0.889 0.091 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 157 S 0.683 0.238 0.058 0.018 0.003 0.001 0.001 158 K 0.322 0.328 0.205 0.115 0.027 0.003 0.001 159 P 0.270 0.282 0.227 0.161 0.053 0.006 0.001 160 F 0.339 0.337 0.179 0.109 0.033 0.003 0.001 161 A 0.173 0.369 0.277 0.150 0.029 0.003 0.001 162 E 0.118 0.421 0.272 0.147 0.036 0.005 0.001 163 V 0.009 0.045 0.104 0.277 0.394 0.161 0.009 164 R 0.020 0.151 0.332 0.323 0.142 0.031 0.001 165 I 0.004 0.008 0.030 0.143 0.389 0.400 0.025 166 L 0.036 0.185 0.276 0.296 0.167 0.038 0.002 167 S 0.079 0.243 0.294 0.224 0.116 0.042 0.003 168 C 0.020 0.061 0.183 0.359 0.286 0.087 0.004 169 G 0.214 0.370 0.214 0.139 0.052 0.011 0.001 170 E 0.215 0.319 0.237 0.147 0.067 0.015 0.001 171 L 0.115 0.102 0.179 0.301 0.220 0.079 0.004 172 I 0.646 0.258 0.069 0.022 0.005 0.001 0.001 173 P 0.614 0.222 0.097 0.046 0.017 0.003 0.001