# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.086 0.013 0.013 0.054 0.062 0.092 0.056 0.623 2 P 0.022 0.015 0.023 0.041 0.091 0.107 0.036 0.665 3 R 0.011 0.013 0.068 0.090 0.187 0.105 0.048 0.478 4 C 0.015 0.021 0.081 0.137 0.157 0.094 0.057 0.438 5 F 0.040 0.058 0.128 0.106 0.130 0.077 0.107 0.354 6 F 0.041 0.053 0.104 0.110 0.145 0.086 0.123 0.338 7 D 0.020 0.021 0.106 0.106 0.187 0.060 0.244 0.258 8 I 0.010 0.010 0.146 0.144 0.278 0.053 0.182 0.177 9 A 0.031 0.006 0.107 0.187 0.348 0.054 0.058 0.209 10 I 0.043 0.002 0.063 0.242 0.236 0.064 0.050 0.300 11 N 0.009 0.001 0.039 0.079 0.181 0.109 0.037 0.545 12 N 0.013 0.001 0.026 0.039 0.121 0.148 0.036 0.617 13 Q 0.123 0.002 0.025 0.046 0.039 0.133 0.064 0.568 14 P 0.201 0.008 0.026 0.032 0.048 0.120 0.061 0.503 15 A 0.019 0.005 0.030 0.015 0.059 0.104 0.021 0.746 16 G 0.013 0.008 0.106 0.108 0.346 0.093 0.032 0.295 17 R 0.002 0.004 0.119 0.176 0.315 0.043 0.046 0.295 18 V 0.001 0.003 0.159 0.388 0.351 0.017 0.021 0.060 19 V 0.004 0.007 0.244 0.241 0.381 0.013 0.046 0.065 20 F 0.007 0.009 0.214 0.376 0.248 0.017 0.047 0.083 21 E 0.004 0.010 0.290 0.226 0.311 0.019 0.068 0.071 22 L 0.036 0.026 0.188 0.135 0.188 0.061 0.101 0.265 23 F 0.477 0.055 0.047 0.073 0.069 0.036 0.087 0.156 24 S 0.102 0.023 0.016 0.017 0.027 0.065 0.075 0.675 25 D 0.017 0.022 0.015 0.012 0.033 0.128 0.026 0.747 26 V 0.023 0.025 0.016 0.019 0.023 0.105 0.068 0.720 27 C 0.090 0.255 0.014 0.029 0.019 0.094 0.101 0.398 28 P 0.076 0.361 0.016 0.006 0.012 0.060 0.051 0.418 29 K 0.021 0.240 0.037 0.029 0.021 0.061 0.322 0.270 30 T 0.035 0.846 0.013 0.003 0.005 0.010 0.052 0.037 31 C 0.050 0.861 0.009 0.002 0.003 0.011 0.024 0.039 32 E 0.010 0.806 0.022 0.010 0.011 0.017 0.027 0.098 33 N 0.013 0.878 0.011 0.003 0.008 0.010 0.035 0.042 34 F 0.044 0.798 0.017 0.007 0.009 0.016 0.064 0.045 35 R 0.043 0.119 0.065 0.061 0.046 0.031 0.537 0.098 36 C 0.016 0.094 0.035 0.040 0.060 0.079 0.342 0.332 37 L 0.115 0.064 0.094 0.058 0.119 0.106 0.118 0.325 38 C 0.187 0.016 0.048 0.105 0.121 0.106 0.067 0.350 39 T 0.023 0.004 0.010 0.014 0.040 0.071 0.028 0.810 40 G 0.041 0.004 0.016 0.035 0.076 0.153 0.032 0.645 41 E 0.022 0.003 0.022 0.061 0.080 0.170 0.046 0.596 42 K 0.027 0.002 0.017 0.024 0.033 0.118 0.018 0.760 43 G 0.082 0.005 0.026 0.049 0.056 0.095 0.061 0.627 44 T 0.020 0.003 0.020 0.036 0.044 0.095 0.060 0.722 45 G 0.042 0.007 0.037 0.040 0.065 0.099 0.073 0.638 46 K 0.161 0.008 0.020 0.056 0.062 0.094 0.042 0.557 47 S 0.074 0.007 0.015 0.033 0.043 0.079 0.039 0.710 48 T 0.015 0.006 0.025 0.035 0.112 0.127 0.027 0.652 49 Q 0.013 0.004 0.027 0.045 0.093 0.110 0.033 0.675 50 K 0.063 0.017 0.036 0.149 0.103 0.096 0.060 0.476 51 P 0.050 0.017 0.046 0.049 0.082 0.100 0.057 0.598 52 L 0.018 0.012 0.086 0.096 0.168 0.110 0.079 0.431 53 H 0.049 0.018 0.093 0.055 0.116 0.085 0.094 0.490 54 Y 0.129 0.037 0.059 0.085 0.085 0.100 0.098 0.406 55 K 0.026 0.034 0.061 0.051 0.121 0.110 0.040 0.556 56 S 0.019 0.047 0.077 0.045 0.167 0.106 0.071 0.468 57 C 0.018 0.044 0.099 0.154 0.239 0.072 0.097 0.277 58 L 0.021 0.034 0.109 0.255 0.281 0.045 0.071 0.183 59 F 0.020 0.034 0.069 0.201 0.314 0.043 0.084 0.234 60 H 0.029 0.030 0.076 0.198 0.255 0.046 0.088 0.278 61 R 0.006 0.010 0.088 0.301 0.264 0.059 0.053 0.219 62 V 0.019 0.010 0.071 0.057 0.103 0.102 0.073 0.565 63 V 0.354 0.031 0.049 0.071 0.049 0.076 0.156 0.214 64 K 0.057 0.018 0.033 0.022 0.040 0.143 0.051 0.637 65 D 0.007 0.010 0.066 0.018 0.079 0.095 0.088 0.637 66 F 0.003 0.005 0.346 0.119 0.194 0.061 0.151 0.121 67 M 0.010 0.004 0.357 0.124 0.163 0.049 0.103 0.189 68 V 0.052 0.003 0.398 0.180 0.106 0.047 0.055 0.159 69 Q 0.037 0.004 0.222 0.044 0.101 0.128 0.059 0.405 70 G 0.016 0.003 0.075 0.027 0.085 0.144 0.039 0.611 71 G 0.018 0.003 0.073 0.040 0.069 0.176 0.057 0.565 72 D 0.055 0.007 0.064 0.080 0.091 0.176 0.112 0.415 73 F 0.063 0.004 0.041 0.050 0.069 0.156 0.075 0.541 74 S 0.048 0.004 0.034 0.038 0.061 0.145 0.074 0.597 75 E 0.062 0.003 0.029 0.025 0.046 0.173 0.045 0.617 76 G 0.053 0.003 0.025 0.026 0.042 0.167 0.052 0.631 77 N 0.034 0.004 0.035 0.029 0.059 0.178 0.036 0.625 78 G 0.083 0.006 0.032 0.022 0.048 0.153 0.045 0.611 79 R 0.072 0.010 0.032 0.055 0.070 0.170 0.058 0.532 80 G 0.037 0.012 0.030 0.022 0.048 0.139 0.037 0.675 81 G 0.090 0.030 0.029 0.056 0.088 0.154 0.073 0.480 82 E 0.034 0.023 0.040 0.052 0.088 0.138 0.060 0.565 83 S 0.107 0.034 0.031 0.052 0.097 0.122 0.070 0.487 84 I 0.235 0.033 0.030 0.081 0.084 0.099 0.068 0.370 85 Y 0.052 0.027 0.018 0.042 0.105 0.101 0.035 0.620 86 G 0.071 0.034 0.017 0.031 0.085 0.089 0.024 0.649 87 G 0.018 0.027 0.030 0.160 0.153 0.122 0.031 0.459 88 F 0.036 0.049 0.017 0.026 0.037 0.114 0.021 0.700 89 F 0.215 0.117 0.034 0.060 0.051 0.074 0.178 0.271 90 E 0.103 0.115 0.015 0.019 0.022 0.091 0.076 0.560 91 D 0.264 0.269 0.012 0.010 0.015 0.040 0.085 0.306 92 E 0.067 0.217 0.014 0.027 0.033 0.096 0.036 0.510 93 S 0.077 0.125 0.017 0.020 0.046 0.081 0.059 0.574 94 F 0.125 0.103 0.014 0.037 0.047 0.101 0.098 0.477 95 A 0.043 0.037 0.028 0.038 0.060 0.122 0.192 0.480 96 V 0.097 0.044 0.021 0.033 0.046 0.116 0.099 0.545 97 K 0.093 0.047 0.023 0.031 0.046 0.105 0.055 0.600 98 H 0.023 0.028 0.017 0.014 0.027 0.102 0.023 0.766 99 N 0.096 0.146 0.028 0.022 0.039 0.114 0.063 0.492 100 A 0.059 0.258 0.024 0.034 0.042 0.088 0.071 0.423 101 A 0.010 0.118 0.072 0.035 0.091 0.114 0.194 0.366 102 F 0.006 0.218 0.129 0.096 0.177 0.033 0.252 0.089 103 L 0.041 0.322 0.132 0.116 0.170 0.042 0.076 0.101 104 L 0.019 0.050 0.376 0.155 0.146 0.030 0.148 0.077 105 S 0.034 0.085 0.204 0.102 0.205 0.054 0.144 0.172 106 M 0.133 0.038 0.150 0.089 0.141 0.081 0.127 0.241 107 A 0.083 0.016 0.039 0.042 0.066 0.189 0.058 0.507 108 N 0.050 0.008 0.019 0.026 0.055 0.121 0.048 0.672 109 R 0.020 0.003 0.008 0.011 0.019 0.135 0.026 0.777 110 G 0.089 0.010 0.021 0.036 0.045 0.181 0.192 0.426 111 K 0.036 0.005 0.013 0.020 0.031 0.161 0.038 0.697 112 D 0.199 0.004 0.014 0.010 0.018 0.112 0.040 0.603 113 T 0.305 0.012 0.014 0.012 0.012 0.105 0.084 0.456 114 N 0.051 0.011 0.017 0.007 0.029 0.190 0.018 0.677 115 G 0.028 0.009 0.028 0.012 0.065 0.136 0.030 0.692 116 S 0.016 0.014 0.082 0.151 0.245 0.131 0.073 0.289 117 Q 0.004 0.003 0.125 0.144 0.320 0.059 0.106 0.238 118 F 0.001 0.002 0.142 0.289 0.388 0.020 0.096 0.062 119 F 0.003 0.001 0.187 0.253 0.444 0.016 0.042 0.054 120 I 0.011 0.001 0.134 0.366 0.370 0.019 0.024 0.075 121 T 0.007 0.001 0.112 0.209 0.455 0.031 0.044 0.141 122 T 0.023 0.003 0.053 0.084 0.215 0.132 0.046 0.445 123 K 0.017 0.002 0.034 0.102 0.127 0.207 0.036 0.475 124 P 0.026 0.003 0.007 0.012 0.015 0.097 0.022 0.819 125 T 0.386 0.022 0.011 0.024 0.025 0.101 0.107 0.325 126 P 0.050 0.007 0.016 0.020 0.029 0.156 0.050 0.671 127 H 0.090 0.004 0.015 0.012 0.027 0.122 0.044 0.686 128 L 0.281 0.006 0.016 0.018 0.021 0.114 0.071 0.473 129 D 0.099 0.009 0.011 0.011 0.035 0.144 0.031 0.659 130 G 0.021 0.006 0.023 0.017 0.083 0.125 0.023 0.701 131 H 0.006 0.003 0.069 0.172 0.309 0.118 0.033 0.290 132 H 0.003 0.003 0.156 0.205 0.385 0.040 0.039 0.170 133 V 0.005 0.003 0.152 0.294 0.340 0.029 0.032 0.145 134 V 0.011 0.005 0.194 0.337 0.297 0.026 0.031 0.098 135 F 0.013 0.012 0.117 0.176 0.340 0.045 0.046 0.251 136 G 0.014 0.013 0.125 0.179 0.337 0.041 0.081 0.210 137 Q 0.010 0.021 0.145 0.289 0.283 0.043 0.071 0.138 138 V 0.049 0.048 0.105 0.102 0.165 0.071 0.064 0.398 139 I 0.125 0.050 0.096 0.182 0.133 0.063 0.086 0.264 140 S 0.038 0.152 0.021 0.034 0.068 0.079 0.050 0.557 141 G 0.027 0.608 0.007 0.006 0.017 0.031 0.045 0.260 142 Q 0.014 0.744 0.015 0.034 0.018 0.022 0.053 0.099 143 E 0.009 0.899 0.011 0.016 0.009 0.008 0.012 0.035 144 V 0.036 0.927 0.007 0.002 0.004 0.003 0.009 0.012 145 V 0.110 0.766 0.033 0.006 0.006 0.007 0.048 0.024 146 R 0.051 0.394 0.049 0.023 0.014 0.022 0.201 0.246 147 E 0.089 0.317 0.038 0.007 0.009 0.045 0.133 0.361 148 I 0.367 0.130 0.043 0.013 0.011 0.057 0.135 0.243 149 E 0.107 0.023 0.011 0.009 0.009 0.069 0.047 0.724 150 N 0.017 0.010 0.004 0.002 0.005 0.063 0.031 0.868 151 Q 0.041 0.028 0.013 0.013 0.012 0.175 0.030 0.687 152 K 0.086 0.018 0.016 0.013 0.018 0.164 0.039 0.645 153 T 0.059 0.010 0.016 0.007 0.007 0.101 0.067 0.732 154 D 0.472 0.023 0.014 0.009 0.011 0.068 0.066 0.338 155 A 0.260 0.006 0.009 0.007 0.008 0.077 0.041 0.592 156 A 0.013 0.002 0.011 0.009 0.022 0.108 0.016 0.820 157 S 0.015 0.001 0.012 0.009 0.032 0.096 0.022 0.812 158 K 0.029 0.002 0.029 0.077 0.052 0.184 0.045 0.582 159 P 0.029 0.004 0.036 0.021 0.040 0.097 0.034 0.739 160 F 0.078 0.009 0.043 0.031 0.053 0.133 0.074 0.580 161 A 0.018 0.009 0.115 0.080 0.136 0.103 0.054 0.485 162 E 0.007 0.006 0.160 0.073 0.205 0.072 0.057 0.420 163 V 0.003 0.004 0.266 0.198 0.260 0.044 0.052 0.174 164 R 0.005 0.005 0.330 0.224 0.277 0.025 0.051 0.083 165 I 0.011 0.006 0.319 0.176 0.199 0.042 0.066 0.181 166 L 0.033 0.005 0.299 0.149 0.177 0.065 0.049 0.223 167 S 0.124 0.008 0.088 0.087 0.157 0.076 0.102 0.358 168 C 0.036 0.004 0.046 0.042 0.107 0.110 0.040 0.614 169 G 0.026 0.002 0.049 0.130 0.253 0.096 0.034 0.410 170 E 0.007 0.001 0.024 0.105 0.203 0.086 0.033 0.541 171 L 0.010 0.001 0.033 0.102 0.143 0.091 0.026 0.593 172 I 0.047 0.002 0.026 0.147 0.140 0.122 0.043 0.473 173 P 0.030 0.002 0.010 0.019 0.027 0.069 0.024 0.819