# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.003 0.952 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.002 0.008 2 P 0.001 0.008 0.906 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.004 0.025 0.014 0.004 0.017 3 R 0.003 0.019 0.572 0.015 0.016 0.032 0.003 0.001 0.034 0.119 0.034 0.104 0.049 4 C 0.014 0.037 0.335 0.007 0.018 0.026 0.013 0.004 0.095 0.085 0.021 0.053 0.292 5 F 0.028 0.016 0.315 0.025 0.021 0.044 0.019 0.011 0.126 0.051 0.026 0.164 0.155 6 F 0.047 0.011 0.283 0.066 0.020 0.036 0.011 0.007 0.094 0.069 0.032 0.134 0.189 7 D 0.115 0.005 0.158 0.118 0.021 0.035 0.015 0.013 0.056 0.127 0.021 0.157 0.159 8 I 0.249 0.012 0.063 0.033 0.015 0.037 0.049 0.017 0.054 0.020 0.011 0.138 0.302 9 A 0.468 0.010 0.031 0.007 0.014 0.046 0.056 0.044 0.031 0.005 0.014 0.119 0.155 10 I 0.487 0.010 0.036 0.009 0.009 0.047 0.058 0.020 0.020 0.011 0.024 0.117 0.152 11 N 0.073 0.007 0.107 0.031 0.015 0.048 0.011 0.004 0.007 0.091 0.385 0.131 0.090 12 N 0.019 0.004 0.119 0.025 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.232 0.517 0.010 0.062 13 Q 0.004 0.020 0.398 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.321 0.021 0.185 0.040 14 P 0.004 0.021 0.426 0.036 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.168 0.141 0.015 0.172 15 A 0.031 0.010 0.377 0.073 0.014 0.001 0.009 0.001 0.006 0.139 0.193 0.068 0.079 16 G 0.107 0.006 0.212 0.005 0.004 0.001 0.028 0.001 0.017 0.135 0.021 0.279 0.184 17 R 0.281 0.001 0.156 0.019 0.001 0.001 0.078 0.002 0.015 0.030 0.002 0.055 0.360 18 V 0.478 0.001 0.026 0.004 0.001 0.001 0.116 0.004 0.013 0.003 0.001 0.233 0.122 19 V 0.660 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.139 0.009 0.007 0.001 0.001 0.063 0.101 20 F 0.631 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.221 0.010 0.010 0.001 0.001 0.044 0.070 21 E 0.577 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.196 0.015 0.031 0.002 0.001 0.092 0.062 22 L 0.248 0.008 0.122 0.009 0.001 0.001 0.091 0.015 0.097 0.016 0.002 0.082 0.309 23 F 0.022 0.010 0.551 0.030 0.007 0.003 0.006 0.003 0.061 0.069 0.015 0.099 0.126 24 S 0.003 0.006 0.187 0.018 0.154 0.018 0.001 0.001 0.010 0.217 0.343 0.007 0.037 25 D 0.001 0.007 0.107 0.002 0.158 0.026 0.001 0.001 0.004 0.280 0.391 0.013 0.010 26 V 0.001 0.027 0.223 0.001 0.156 0.063 0.001 0.001 0.006 0.242 0.259 0.003 0.018 27 C 0.001 0.014 0.400 0.001 0.037 0.112 0.001 0.001 0.004 0.348 0.063 0.008 0.013 28 P 0.001 0.005 0.200 0.001 0.038 0.589 0.001 0.001 0.001 0.062 0.092 0.002 0.009 29 K 0.002 0.013 0.082 0.001 0.030 0.788 0.001 0.001 0.002 0.029 0.040 0.008 0.005 30 T 0.003 0.008 0.077 0.001 0.012 0.831 0.001 0.001 0.003 0.022 0.015 0.002 0.025 31 C 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 37 L 0.002 0.001 0.009 0.001 0.038 0.860 0.001 0.001 0.001 0.006 0.077 0.001 0.002 38 C 0.004 0.013 0.107 0.002 0.019 0.581 0.001 0.005 0.006 0.074 0.173 0.005 0.010 39 T 0.003 0.029 0.288 0.012 0.030 0.280 0.001 0.002 0.008 0.111 0.206 0.016 0.014 40 G 0.002 0.009 0.380 0.007 0.024 0.075 0.001 0.001 0.006 0.320 0.148 0.013 0.015 41 E 0.003 0.035 0.394 0.004 0.061 0.058 0.001 0.001 0.007 0.225 0.167 0.011 0.034 42 K 0.003 0.024 0.190 0.005 0.088 0.088 0.001 0.002 0.007 0.191 0.365 0.017 0.020 43 G 0.005 0.015 0.228 0.005 0.064 0.061 0.001 0.001 0.007 0.203 0.356 0.028 0.026 44 T 0.010 0.041 0.377 0.018 0.029 0.058 0.002 0.001 0.006 0.216 0.168 0.018 0.056 45 G 0.012 0.067 0.372 0.005 0.028 0.059 0.001 0.001 0.004 0.215 0.124 0.066 0.047 46 K 0.011 0.025 0.248 0.004 0.058 0.117 0.002 0.001 0.005 0.200 0.248 0.025 0.055 47 S 0.017 0.029 0.230 0.003 0.066 0.076 0.003 0.001 0.004 0.157 0.325 0.023 0.066 48 T 0.011 0.018 0.234 0.007 0.062 0.068 0.002 0.001 0.003 0.166 0.360 0.042 0.027 49 Q 0.007 0.015 0.335 0.006 0.037 0.030 0.001 0.001 0.003 0.268 0.240 0.017 0.041 50 K 0.005 0.029 0.498 0.008 0.013 0.017 0.001 0.001 0.005 0.289 0.035 0.063 0.039 51 P 0.003 0.039 0.639 0.016 0.026 0.020 0.001 0.001 0.009 0.084 0.034 0.012 0.117 52 L 0.016 0.050 0.326 0.031 0.115 0.059 0.005 0.009 0.032 0.083 0.134 0.069 0.071 53 H 0.049 0.046 0.210 0.043 0.104 0.055 0.014 0.030 0.041 0.101 0.138 0.051 0.116 54 Y 0.064 0.035 0.234 0.014 0.088 0.074 0.013 0.018 0.040 0.086 0.086 0.125 0.124 55 K 0.017 0.014 0.092 0.033 0.043 0.091 0.003 0.007 0.008 0.150 0.468 0.033 0.041 56 S 0.013 0.004 0.107 0.060 0.016 0.014 0.002 0.001 0.004 0.185 0.549 0.020 0.024 57 C 0.063 0.022 0.455 0.014 0.013 0.020 0.017 0.007 0.028 0.101 0.041 0.066 0.153 58 L 0.147 0.059 0.178 0.022 0.023 0.041 0.054 0.021 0.075 0.053 0.041 0.152 0.133 59 F 0.175 0.014 0.130 0.035 0.039 0.061 0.066 0.036 0.088 0.041 0.042 0.087 0.186 60 H 0.155 0.006 0.110 0.138 0.042 0.050 0.061 0.039 0.089 0.068 0.058 0.085 0.100 61 R 0.119 0.010 0.119 0.014 0.017 0.026 0.049 0.063 0.154 0.056 0.035 0.197 0.141 62 V 0.099 0.036 0.153 0.026 0.010 0.024 0.038 0.048 0.135 0.049 0.018 0.064 0.303 63 V 0.034 0.031 0.328 0.099 0.016 0.037 0.012 0.013 0.085 0.064 0.025 0.150 0.105 64 K 0.009 0.007 0.143 0.145 0.084 0.090 0.003 0.003 0.018 0.137 0.292 0.014 0.055 65 D 0.005 0.003 0.082 0.141 0.089 0.038 0.002 0.003 0.012 0.127 0.467 0.019 0.013 66 F 0.044 0.015 0.224 0.034 0.079 0.040 0.025 0.036 0.091 0.102 0.112 0.042 0.157 67 M 0.124 0.024 0.077 0.008 0.009 0.014 0.084 0.233 0.198 0.020 0.014 0.103 0.090 68 V 0.229 0.016 0.047 0.011 0.003 0.006 0.099 0.208 0.110 0.013 0.007 0.143 0.108 69 Q 0.178 0.014 0.157 0.025 0.004 0.008 0.065 0.071 0.111 0.039 0.016 0.120 0.192 70 G 0.048 0.012 0.311 0.040 0.014 0.020 0.017 0.014 0.067 0.141 0.096 0.100 0.120 71 G 0.015 0.012 0.276 0.039 0.015 0.014 0.004 0.002 0.015 0.320 0.213 0.031 0.045 72 D 0.015 0.071 0.404 0.022 0.018 0.012 0.003 0.001 0.012 0.210 0.117 0.044 0.070 73 F 0.009 0.039 0.512 0.007 0.031 0.013 0.002 0.001 0.008 0.164 0.115 0.038 0.064 74 S 0.007 0.029 0.353 0.004 0.054 0.015 0.001 0.001 0.006 0.187 0.279 0.017 0.047 75 E 0.006 0.026 0.121 0.003 0.067 0.015 0.001 0.001 0.002 0.158 0.569 0.012 0.020 76 G 0.005 0.020 0.167 0.002 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.258 0.470 0.022 0.017 77 N 0.003 0.027 0.521 0.005 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.210 0.168 0.015 0.034 78 G 0.008 0.023 0.275 0.005 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.313 0.300 0.021 0.034 79 R 0.020 0.040 0.243 0.002 0.019 0.013 0.003 0.001 0.005 0.275 0.194 0.109 0.075 80 G 0.020 0.038 0.244 0.007 0.028 0.019 0.003 0.001 0.005 0.292 0.197 0.038 0.107 81 G 0.025 0.022 0.390 0.013 0.016 0.021 0.003 0.001 0.005 0.278 0.080 0.088 0.060 82 E 0.038 0.071 0.392 0.014 0.015 0.027 0.007 0.001 0.007 0.117 0.038 0.052 0.221 83 S 0.037 0.048 0.461 0.019 0.028 0.033 0.007 0.001 0.010 0.066 0.067 0.073 0.149 84 I 0.053 0.044 0.263 0.020 0.055 0.050 0.011 0.002 0.009 0.137 0.159 0.090 0.107 85 Y 0.016 0.027 0.172 0.009 0.051 0.056 0.004 0.002 0.005 0.128 0.456 0.033 0.043 86 G 0.004 0.005 0.254 0.015 0.016 0.013 0.001 0.001 0.002 0.281 0.380 0.011 0.018 87 G 0.009 0.019 0.584 0.003 0.006 0.009 0.002 0.001 0.005 0.199 0.055 0.069 0.039 88 F 0.015 0.119 0.510 0.002 0.005 0.014 0.005 0.001 0.009 0.067 0.019 0.018 0.213 89 F 0.004 0.027 0.720 0.009 0.011 0.022 0.001 0.001 0.005 0.063 0.016 0.098 0.023 90 E 0.005 0.019 0.357 0.013 0.066 0.075 0.002 0.001 0.005 0.144 0.230 0.012 0.073 91 D 0.005 0.011 0.267 0.010 0.106 0.068 0.001 0.001 0.003 0.158 0.319 0.025 0.027 92 E 0.008 0.016 0.229 0.009 0.126 0.113 0.002 0.001 0.006 0.197 0.221 0.033 0.040 93 S 0.012 0.020 0.297 0.014 0.087 0.101 0.003 0.001 0.010 0.149 0.208 0.027 0.073 94 F 0.019 0.022 0.338 0.015 0.043 0.086 0.004 0.001 0.013 0.204 0.106 0.085 0.065 95 A 0.019 0.038 0.431 0.007 0.028 0.067 0.006 0.001 0.018 0.112 0.067 0.030 0.178 96 V 0.017 0.022 0.475 0.006 0.025 0.065 0.004 0.001 0.024 0.106 0.039 0.143 0.073 97 K 0.012 0.031 0.559 0.007 0.023 0.049 0.004 0.001 0.019 0.050 0.052 0.030 0.163 98 H 0.016 0.036 0.397 0.013 0.038 0.066 0.005 0.002 0.013 0.106 0.136 0.079 0.092 99 N 0.008 0.015 0.456 0.016 0.021 0.037 0.002 0.001 0.010 0.242 0.080 0.024 0.089 100 A 0.005 0.005 0.207 0.008 0.044 0.137 0.002 0.001 0.010 0.344 0.150 0.062 0.025 101 A 0.016 0.014 0.269 0.016 0.027 0.146 0.006 0.004 0.022 0.158 0.162 0.010 0.152 102 F 0.061 0.015 0.207 0.011 0.015 0.229 0.017 0.012 0.066 0.078 0.030 0.218 0.040 103 L 0.126 0.024 0.078 0.006 0.010 0.305 0.042 0.036 0.117 0.013 0.010 0.026 0.206 104 L 0.225 0.010 0.046 0.071 0.013 0.291 0.067 0.049 0.067 0.009 0.013 0.072 0.067 105 S 0.256 0.010 0.035 0.026 0.032 0.271 0.058 0.041 0.043 0.015 0.034 0.071 0.108 106 M 0.232 0.006 0.077 0.015 0.051 0.180 0.042 0.032 0.039 0.039 0.042 0.136 0.108 107 A 0.104 0.028 0.142 0.012 0.098 0.211 0.015 0.015 0.032 0.064 0.084 0.053 0.143 108 N 0.047 0.024 0.134 0.018 0.129 0.206 0.005 0.005 0.010 0.092 0.222 0.055 0.055 109 R 0.020 0.037 0.187 0.015 0.077 0.133 0.003 0.001 0.005 0.140 0.322 0.009 0.051 110 G 0.001 0.013 0.671 0.006 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.240 0.023 0.018 0.007 111 K 0.001 0.008 0.086 0.003 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.154 0.697 0.001 0.004 112 D 0.001 0.006 0.089 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.107 0.759 0.003 0.003 113 T 0.001 0.035 0.388 0.002 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.365 0.138 0.013 0.014 114 N 0.001 0.017 0.224 0.003 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.216 0.483 0.007 0.017 115 G 0.008 0.010 0.186 0.014 0.023 0.003 0.001 0.001 0.002 0.351 0.366 0.015 0.021 116 S 0.073 0.016 0.468 0.006 0.013 0.002 0.011 0.001 0.009 0.153 0.057 0.065 0.127 117 Q 0.348 0.011 0.114 0.014 0.007 0.003 0.054 0.006 0.022 0.060 0.007 0.114 0.239 118 F 0.677 0.001 0.023 0.010 0.002 0.002 0.067 0.009 0.014 0.008 0.001 0.106 0.079 119 F 0.750 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.119 0.008 0.011 0.001 0.001 0.040 0.058 120 I 0.674 0.001 0.012 0.006 0.001 0.002 0.131 0.009 0.014 0.001 0.001 0.063 0.085 121 T 0.476 0.002 0.064 0.009 0.001 0.001 0.065 0.006 0.025 0.006 0.003 0.183 0.159 122 T 0.117 0.012 0.208 0.028 0.002 0.001 0.022 0.002 0.037 0.061 0.010 0.025 0.475 123 K 0.008 0.005 0.296 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.201 0.019 0.415 0.026 124 P 0.001 0.037 0.647 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.101 0.027 0.002 0.162 125 T 0.001 0.034 0.771 0.008 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.086 0.025 0.035 0.012 126 P 0.001 0.020 0.236 0.006 0.082 0.014 0.001 0.001 0.001 0.151 0.463 0.003 0.022 127 H 0.002 0.013 0.176 0.001 0.088 0.010 0.001 0.001 0.001 0.132 0.563 0.003 0.009 128 L 0.007 0.061 0.252 0.002 0.063 0.023 0.001 0.002 0.002 0.267 0.254 0.045 0.020 129 D 0.001 0.007 0.321 0.003 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.110 0.501 0.005 0.010 130 G 0.001 0.003 0.106 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.305 0.562 0.004 0.004 131 H 0.017 0.023 0.346 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.263 0.231 0.060 0.043 132 H 0.078 0.096 0.288 0.003 0.002 0.001 0.016 0.002 0.022 0.081 0.016 0.071 0.324 133 V 0.241 0.028 0.194 0.034 0.005 0.003 0.080 0.016 0.036 0.029 0.013 0.165 0.155 134 V 0.345 0.016 0.055 0.016 0.008 0.005 0.121 0.026 0.040 0.016 0.008 0.146 0.199 135 F 0.173 0.006 0.135 0.187 0.024 0.024 0.046 0.012 0.036 0.041 0.051 0.105 0.160 136 G 0.190 0.003 0.139 0.137 0.019 0.028 0.042 0.020 0.048 0.090 0.078 0.078 0.128 137 Q 0.312 0.013 0.132 0.008 0.009 0.025 0.052 0.020 0.046 0.017 0.014 0.202 0.150 138 V 0.159 0.013 0.073 0.004 0.010 0.023 0.039 0.010 0.036 0.007 0.005 0.025 0.595 139 I 0.133 0.010 0.120 0.282 0.022 0.059 0.030 0.009 0.026 0.032 0.021 0.180 0.076 140 S 0.030 0.020 0.139 0.012 0.030 0.136 0.007 0.003 0.018 0.188 0.195 0.098 0.126 141 G 0.003 0.002 0.243 0.002 0.026 0.235 0.001 0.001 0.004 0.138 0.299 0.006 0.039 142 Q 0.001 0.001 0.043 0.001 0.010 0.875 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.003 0.002 143 E 0.003 0.002 0.010 0.001 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.004 0.005 144 V 0.004 0.001 0.006 0.001 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 145 V 0.004 0.001 0.007 0.004 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 146 R 0.003 0.001 0.005 0.002 0.023 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.003 0.005 147 E 0.004 0.001 0.008 0.001 0.025 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.004 0.006 148 I 0.004 0.003 0.028 0.001 0.053 0.807 0.001 0.001 0.001 0.016 0.074 0.003 0.011 149 E 0.003 0.009 0.046 0.003 0.049 0.594 0.001 0.001 0.003 0.037 0.241 0.005 0.008 150 N 0.004 0.004 0.081 0.003 0.056 0.393 0.001 0.001 0.002 0.082 0.354 0.007 0.012 151 Q 0.001 0.005 0.347 0.002 0.023 0.155 0.001 0.001 0.006 0.307 0.130 0.009 0.013 152 K 0.001 0.031 0.565 0.004 0.019 0.067 0.001 0.001 0.005 0.143 0.130 0.009 0.025 153 T 0.003 0.140 0.506 0.003 0.019 0.051 0.001 0.001 0.013 0.129 0.070 0.020 0.045 154 D 0.001 0.023 0.709 0.002 0.031 0.027 0.001 0.001 0.010 0.087 0.081 0.007 0.023 155 A 0.002 0.006 0.083 0.001 0.205 0.078 0.001 0.001 0.001 0.077 0.534 0.005 0.009 156 A 0.001 0.002 0.073 0.002 0.113 0.040 0.001 0.001 0.001 0.087 0.674 0.006 0.002 157 S 0.001 0.003 0.300 0.004 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.384 0.247 0.004 0.010 158 K 0.001 0.026 0.679 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.206 0.007 0.045 0.027 159 P 0.002 0.095 0.665 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.037 0.012 0.011 0.160 160 F 0.011 0.027 0.544 0.087 0.046 0.006 0.004 0.001 0.016 0.078 0.032 0.036 0.111 161 A 0.011 0.007 0.233 0.066 0.068 0.006 0.005 0.001 0.043 0.169 0.016 0.296 0.080 162 E 0.007 0.004 0.340 0.055 0.029 0.007 0.006 0.001 0.063 0.052 0.012 0.025 0.399 163 V 0.024 0.008 0.307 0.061 0.004 0.005 0.020 0.007 0.174 0.017 0.003 0.163 0.205 164 R 0.084 0.020 0.110 0.007 0.001 0.004 0.053 0.027 0.270 0.006 0.001 0.274 0.143 165 I 0.061 0.012 0.100 0.007 0.002 0.006 0.039 0.036 0.185 0.004 0.001 0.026 0.520 166 L 0.024 0.002 0.055 0.736 0.006 0.004 0.010 0.007 0.035 0.011 0.012 0.073 0.025 167 S 0.056 0.006 0.141 0.047 0.014 0.004 0.015 0.002 0.067 0.090 0.061 0.247 0.250 168 C 0.038 0.009 0.198 0.040 0.015 0.005 0.019 0.002 0.058 0.070 0.048 0.055 0.443 169 G 0.065 0.007 0.095 0.028 0.015 0.006 0.022 0.002 0.057 0.073 0.106 0.477 0.048 170 E 0.062 0.016 0.148 0.004 0.007 0.006 0.043 0.005 0.096 0.087 0.015 0.039 0.472 171 L 0.034 0.044 0.380 0.008 0.005 0.007 0.023 0.001 0.083 0.114 0.009 0.148 0.144 172 I 0.002 0.021 0.794 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.055 0.002 0.029 0.064 173 P 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008