# TARGET T0289 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 118 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.002 0.002 0.004 0.068 0.909 2 T 0.134 0.050 0.007 0.015 0.094 0.700 3 S 0.172 0.032 0.008 0.014 0.117 0.657 4 C 0.137 0.024 0.019 0.022 0.223 0.576 5 V 0.113 0.031 0.020 0.017 0.384 0.436 6 A 0.064 0.018 0.024 0.016 0.533 0.345 7 E 0.040 0.014 0.023 0.009 0.585 0.329 8 E 0.051 0.020 0.015 0.007 0.486 0.421 9 P 0.066 0.041 0.014 0.007 0.289 0.583 10 I 0.081 0.020 0.005 0.003 0.248 0.643 11 K 0.161 0.006 0.003 0.001 0.153 0.676 12 K 0.805 0.006 0.001 0.001 0.037 0.150 13 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 14 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 F 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 17 G 0.729 0.002 0.002 0.001 0.053 0.213 18 G 0.418 0.011 0.008 0.002 0.271 0.290 19 T 0.176 0.018 0.022 0.006 0.413 0.365 20 H 0.117 0.036 0.025 0.008 0.413 0.402 21 G 0.058 0.032 0.022 0.010 0.418 0.461 22 N 0.025 0.018 0.011 0.023 0.273 0.650 23 E 0.005 0.003 0.034 0.668 0.180 0.110 24 L 0.001 0.001 0.013 0.871 0.078 0.036 25 T 0.001 0.002 0.004 0.959 0.022 0.011 26 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 27 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 33 W 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 34 L 0.001 0.001 0.008 0.970 0.014 0.007 35 K 0.001 0.001 0.011 0.883 0.059 0.046 36 N 0.001 0.001 0.012 0.745 0.091 0.150 37 G 0.003 0.004 0.031 0.632 0.162 0.168 38 A 0.006 0.005 0.054 0.585 0.214 0.136 39 E 0.006 0.002 0.085 0.610 0.212 0.085 40 V 0.008 0.003 0.101 0.514 0.258 0.116 41 H 0.014 0.004 0.070 0.479 0.259 0.173 42 R 0.031 0.012 0.051 0.338 0.387 0.181 43 A 0.030 0.009 0.042 0.165 0.481 0.272 44 G 0.035 0.005 0.025 0.033 0.504 0.397 45 L 0.177 0.006 0.020 0.020 0.374 0.402 46 E 0.540 0.009 0.008 0.013 0.114 0.316 47 V 0.867 0.012 0.002 0.009 0.022 0.088 48 K 0.916 0.005 0.002 0.007 0.018 0.052 49 P 0.889 0.008 0.003 0.007 0.023 0.069 50 F 0.696 0.005 0.010 0.008 0.086 0.196 51 I 0.392 0.012 0.011 0.015 0.188 0.382 52 T 0.159 0.031 0.009 0.014 0.198 0.589 53 N 0.023 0.015 0.002 0.011 0.135 0.813 54 P 0.001 0.001 0.041 0.901 0.040 0.018 55 R 0.001 0.001 0.036 0.914 0.045 0.004 56 A 0.001 0.001 0.035 0.903 0.058 0.002 57 V 0.003 0.001 0.026 0.885 0.075 0.009 58 E 0.008 0.001 0.017 0.909 0.054 0.012 59 K 0.019 0.004 0.021 0.831 0.089 0.036 60 C 0.034 0.002 0.016 0.677 0.116 0.155 61 T 0.112 0.015 0.019 0.540 0.106 0.207 62 R 0.191 0.012 0.017 0.496 0.089 0.194 63 Y 0.243 0.023 0.020 0.310 0.164 0.239 64 I 0.330 0.022 0.010 0.135 0.200 0.302 65 D 0.153 0.013 0.029 0.143 0.453 0.208 66 C 0.082 0.012 0.067 0.175 0.489 0.175 67 D 0.087 0.016 0.080 0.142 0.503 0.173 68 L 0.036 0.010 0.170 0.180 0.467 0.137 69 N 0.062 0.010 0.098 0.180 0.378 0.272 70 R 0.129 0.025 0.139 0.201 0.294 0.212 71 V 0.219 0.042 0.052 0.141 0.258 0.289 72 F 0.207 0.088 0.040 0.126 0.258 0.282 73 D 0.074 0.018 0.019 0.044 0.326 0.518 74 L 0.017 0.006 0.315 0.077 0.371 0.213 75 E 0.008 0.009 0.578 0.074 0.250 0.080 76 N 0.008 0.006 0.554 0.093 0.287 0.052 77 L 0.009 0.020 0.238 0.116 0.476 0.141 78 S 0.007 0.012 0.070 0.133 0.469 0.310 79 K 0.006 0.016 0.053 0.117 0.507 0.300 80 E 0.004 0.015 0.075 0.218 0.494 0.195 81 M 0.005 0.014 0.066 0.170 0.544 0.201 82 S 0.008 0.009 0.067 0.223 0.484 0.208 83 E 0.008 0.010 0.040 0.293 0.327 0.321 84 D 0.006 0.009 0.020 0.345 0.208 0.411 85 L 0.003 0.004 0.017 0.817 0.072 0.087 86 P 0.001 0.001 0.010 0.930 0.033 0.025 87 Y 0.001 0.001 0.009 0.939 0.031 0.019 88 E 0.001 0.001 0.006 0.936 0.033 0.023 89 V 0.001 0.001 0.003 0.937 0.028 0.029 90 R 0.001 0.001 0.003 0.950 0.022 0.023 91 R 0.001 0.001 0.003 0.947 0.016 0.032 92 A 0.001 0.001 0.002 0.946 0.015 0.035 93 Q 0.001 0.001 0.002 0.946 0.016 0.035 94 E 0.001 0.001 0.002 0.941 0.024 0.031 95 I 0.001 0.001 0.003 0.932 0.034 0.030 96 N 0.002 0.001 0.005 0.902 0.047 0.044 97 H 0.001 0.001 0.011 0.881 0.056 0.050 98 L 0.002 0.001 0.013 0.839 0.069 0.077 99 F 0.003 0.003 0.016 0.717 0.090 0.171 100 G 0.006 0.008 0.018 0.178 0.198 0.592 101 P 0.008 0.005 0.038 0.104 0.330 0.515 102 K 0.008 0.006 0.100 0.091 0.481 0.315 103 N 0.006 0.005 0.107 0.072 0.554 0.256 104 S 0.013 0.011 0.095 0.075 0.531 0.275 105 D 0.022 0.009 0.038 0.053 0.448 0.430 106 D 0.042 0.017 0.022 0.043 0.346 0.530 107 A 0.120 0.028 0.051 0.063 0.324 0.414 108 Y 0.337 0.009 0.046 0.055 0.231 0.322 109 D 0.675 0.006 0.041 0.042 0.091 0.145 110 V 0.908 0.008 0.009 0.021 0.017 0.037 111 V 0.941 0.002 0.004 0.020 0.011 0.022 112 F 0.932 0.003 0.002 0.022 0.011 0.030 113 D 0.804 0.011 0.005 0.034 0.048 0.098 114 L 0.386 0.012 0.028 0.072 0.266 0.236 115 H 0.113 0.006 0.069 0.078 0.522 0.213 116 N 0.081 0.027 0.069 0.061 0.592 0.169 117 T 0.086 0.047 0.079 0.112 0.463 0.213 118 T 0.062 0.033 0.091 0.114 0.523 0.177 119 S 0.026 0.006 0.148 0.120 0.574 0.126 120 N 0.019 0.008 0.114 0.094 0.628 0.137 121 M 0.038 0.021 0.114 0.085 0.572 0.170 122 G 0.085 0.011 0.034 0.025 0.414 0.431 123 C 0.300 0.014 0.037 0.019 0.246 0.385 124 T 0.656 0.022 0.017 0.014 0.105 0.186 125 L 0.804 0.015 0.009 0.014 0.050 0.107 126 I 0.777 0.012 0.008 0.018 0.054 0.131 127 L 0.664 0.012 0.009 0.021 0.086 0.208 128 E 0.405 0.014 0.015 0.027 0.202 0.336 129 D 0.109 0.012 0.026 0.036 0.345 0.471 130 S 0.026 0.010 0.036 0.046 0.437 0.445 131 R 0.008 0.006 0.046 0.080 0.470 0.389 132 N 0.004 0.005 0.072 0.235 0.419 0.263 133 D 0.004 0.005 0.079 0.488 0.283 0.141 134 F 0.005 0.004 0.082 0.617 0.204 0.089 135 L 0.009 0.005 0.068 0.655 0.175 0.088 136 I 0.013 0.005 0.056 0.716 0.132 0.078 137 Q 0.014 0.004 0.049 0.790 0.090 0.053 138 M 0.017 0.004 0.042 0.818 0.068 0.050 139 F 0.013 0.002 0.029 0.860 0.047 0.049 140 H 0.014 0.002 0.016 0.839 0.054 0.076 141 Y 0.015 0.002 0.014 0.827 0.056 0.085 142 I 0.020 0.004 0.016 0.806 0.063 0.090 143 K 0.023 0.003 0.033 0.783 0.074 0.084 144 T 0.024 0.003 0.052 0.757 0.075 0.089 145 C 0.026 0.003 0.041 0.738 0.084 0.108 146 M 0.023 0.004 0.030 0.679 0.092 0.171 147 A 0.036 0.006 0.028 0.408 0.145 0.377 148 P 0.045 0.005 0.091 0.430 0.192 0.237 149 L 0.067 0.009 0.103 0.396 0.197 0.228 150 P 0.126 0.009 0.098 0.345 0.207 0.215 151 C 0.185 0.011 0.054 0.282 0.181 0.287 152 S 0.252 0.015 0.072 0.236 0.187 0.237 153 V 0.306 0.010 0.082 0.257 0.164 0.180 154 Y 0.342 0.011 0.059 0.216 0.167 0.205 155 L 0.328 0.018 0.028 0.116 0.213 0.297 156 I 0.266 0.018 0.019 0.091 0.286 0.321 157 E 0.154 0.017 0.021 0.090 0.310 0.409 158 H 0.069 0.012 0.023 0.088 0.416 0.391 159 P 0.060 0.009 0.032 0.086 0.424 0.389 160 S 0.075 0.015 0.056 0.167 0.371 0.316 161 L 0.105 0.019 0.089 0.201 0.346 0.240 162 K 0.143 0.012 0.089 0.230 0.278 0.247 163 Y 0.223 0.018 0.067 0.248 0.222 0.222 164 A 0.289 0.028 0.043 0.269 0.169 0.203 165 T 0.266 0.021 0.033 0.246 0.166 0.267 166 T 0.184 0.009 0.103 0.405 0.174 0.125 167 R 0.123 0.007 0.169 0.428 0.184 0.089 168 S 0.140 0.006 0.167 0.375 0.224 0.089 169 I 0.123 0.016 0.161 0.307 0.272 0.123 170 A 0.126 0.021 0.065 0.154 0.363 0.271 171 K 0.158 0.007 0.074 0.065 0.403 0.293 172 Y 0.260 0.015 0.027 0.019 0.338 0.342 173 P 0.512 0.008 0.009 0.005 0.182 0.284 174 V 0.896 0.003 0.001 0.002 0.021 0.076 175 G 0.976 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 176 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 177 E 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 178 V 0.851 0.003 0.001 0.001 0.027 0.116 179 G 0.592 0.005 0.002 0.002 0.105 0.294 180 P 0.368 0.022 0.008 0.004 0.162 0.436 181 Q 0.267 0.059 0.015 0.008 0.278 0.373 182 P 0.130 0.016 0.052 0.012 0.511 0.280 183 H 0.038 0.006 0.043 0.016 0.602 0.296 184 G 0.039 0.014 0.046 0.031 0.588 0.283 185 V 0.068 0.031 0.042 0.099 0.469 0.291 186 L 0.048 0.021 0.041 0.129 0.364 0.397 187 R 0.040 0.016 0.037 0.205 0.281 0.422 188 A 0.007 0.002 0.050 0.759 0.099 0.084 189 D 0.010 0.005 0.035 0.789 0.074 0.087 190 I 0.003 0.001 0.012 0.951 0.015 0.018 191 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 192 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 194 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 195 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 199 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.003 200 H 0.001 0.001 0.001 0.985 0.008 0.007 201 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.010 0.009 202 L 0.001 0.001 0.005 0.951 0.024 0.019 203 D 0.001 0.001 0.012 0.899 0.047 0.040 204 F 0.001 0.001 0.012 0.863 0.056 0.066 205 I 0.002 0.001 0.010 0.792 0.070 0.125 206 Q 0.005 0.005 0.019 0.346 0.174 0.452 207 R 0.012 0.006 0.048 0.320 0.297 0.317 208 F 0.017 0.007 0.074 0.327 0.324 0.251 209 N 0.018 0.008 0.075 0.245 0.383 0.273 210 E 0.022 0.006 0.076 0.181 0.389 0.327 211 G 0.024 0.008 0.069 0.124 0.363 0.411 212 K 0.035 0.021 0.079 0.140 0.345 0.379 213 E 0.034 0.018 0.048 0.149 0.323 0.428 214 F 0.028 0.012 0.036 0.146 0.287 0.491 215 P 0.036 0.009 0.044 0.228 0.270 0.414 216 P 0.048 0.008 0.068 0.301 0.255 0.320 217 C 0.115 0.016 0.063 0.343 0.208 0.255 218 A 0.277 0.012 0.042 0.340 0.119 0.209 219 I 0.376 0.008 0.020 0.422 0.061 0.112 220 D 0.448 0.007 0.016 0.406 0.047 0.076 221 V 0.486 0.005 0.017 0.374 0.045 0.074 222 Y 0.570 0.003 0.024 0.277 0.064 0.062 223 K 0.600 0.004 0.034 0.209 0.091 0.060 224 I 0.588 0.008 0.028 0.161 0.126 0.089 225 M 0.469 0.006 0.036 0.147 0.193 0.150 226 E 0.508 0.008 0.022 0.085 0.176 0.201 227 K 0.549 0.012 0.015 0.068 0.153 0.203 228 V 0.533 0.017 0.007 0.048 0.139 0.257 229 D 0.407 0.016 0.004 0.021 0.132 0.421 230 Y 0.224 0.018 0.004 0.023 0.170 0.562 231 P 0.141 0.010 0.009 0.027 0.182 0.631 232 R 0.239 0.022 0.026 0.048 0.217 0.448 233 N 0.194 0.016 0.056 0.062 0.283 0.389 234 E 0.170 0.026 0.068 0.078 0.317 0.340 235 S 0.116 0.017 0.050 0.080 0.386 0.350 236 G 0.075 0.018 0.028 0.067 0.377 0.435 237 D 0.069 0.016 0.029 0.053 0.397 0.436 238 V 0.081 0.013 0.074 0.097 0.438 0.297 239 A 0.130 0.013 0.145 0.123 0.369 0.219 240 A 0.256 0.010 0.150 0.136 0.279 0.169 241 V 0.533 0.016 0.054 0.107 0.146 0.144 242 I 0.584 0.038 0.023 0.085 0.100 0.170 243 H 0.388 0.019 0.019 0.078 0.182 0.315 244 P 0.116 0.013 0.135 0.158 0.288 0.289 245 N 0.051 0.016 0.235 0.136 0.406 0.156 246 L 0.037 0.010 0.349 0.081 0.444 0.079 247 Q 0.069 0.015 0.154 0.074 0.502 0.187 248 D 0.079 0.033 0.067 0.048 0.651 0.121 249 Q 0.053 0.010 0.062 0.065 0.627 0.183 250 D 0.098 0.004 0.043 0.039 0.572 0.244 251 W 0.298 0.033 0.071 0.049 0.347 0.203 252 K 0.594 0.065 0.016 0.027 0.077 0.222 253 P 0.655 0.045 0.008 0.015 0.057 0.219 254 L 0.207 0.035 0.004 0.018 0.122 0.613 255 H 0.136 0.057 0.008 0.011 0.509 0.280 256 P 0.089 0.010 0.009 0.004 0.711 0.177 257 G 0.066 0.002 0.009 0.001 0.799 0.122 258 D 0.575 0.017 0.005 0.001 0.335 0.068 259 P 0.816 0.018 0.003 0.001 0.057 0.105 260 V 0.880 0.011 0.004 0.001 0.037 0.067 261 F 0.912 0.008 0.004 0.001 0.034 0.041 262 V 0.930 0.012 0.001 0.001 0.022 0.034 263 S 0.625 0.014 0.004 0.001 0.325 0.030 264 L 0.073 0.003 0.019 0.004 0.870 0.031 265 D 0.036 0.004 0.014 0.001 0.925 0.021 266 G 0.069 0.010 0.015 0.002 0.861 0.042 267 K 0.451 0.009 0.004 0.003 0.147 0.386 268 V 0.894 0.033 0.001 0.001 0.019 0.051 269 I 0.911 0.009 0.002 0.001 0.023 0.054 270 P 0.866 0.015 0.002 0.002 0.051 0.063 271 L 0.569 0.018 0.012 0.005 0.223 0.173 272 G 0.192 0.011 0.024 0.006 0.566 0.201 273 G 0.058 0.003 0.020 0.005 0.735 0.179 274 D 0.107 0.006 0.023 0.006 0.597 0.260 275 C 0.494 0.038 0.010 0.006 0.214 0.239 276 T 0.715 0.009 0.005 0.005 0.070 0.197 277 V 0.847 0.011 0.002 0.003 0.033 0.104 278 Y 0.758 0.021 0.002 0.004 0.046 0.170 279 P 0.444 0.029 0.004 0.011 0.155 0.358 280 V 0.116 0.014 0.007 0.021 0.252 0.590 281 F 0.021 0.012 0.007 0.025 0.490 0.445 282 V 0.005 0.005 0.039 0.348 0.462 0.140 283 N 0.005 0.005 0.031 0.438 0.361 0.160 284 E 0.007 0.010 0.048 0.686 0.201 0.048 285 A 0.005 0.003 0.021 0.870 0.068 0.034 286 A 0.008 0.004 0.027 0.884 0.059 0.019 287 Y 0.018 0.005 0.029 0.857 0.066 0.025 288 Y 0.020 0.004 0.019 0.890 0.044 0.022 289 E 0.038 0.004 0.023 0.844 0.063 0.027 290 K 0.024 0.001 0.010 0.894 0.039 0.033 291 K 0.087 0.004 0.014 0.633 0.098 0.165 292 E 0.293 0.007 0.012 0.446 0.088 0.154 293 A 0.498 0.011 0.017 0.242 0.072 0.160 294 F 0.692 0.011 0.011 0.122 0.048 0.115 295 A 0.745 0.008 0.014 0.062 0.076 0.095 296 K 0.570 0.005 0.029 0.072 0.149 0.175 297 T 0.509 0.012 0.016 0.042 0.177 0.243 298 T 0.571 0.009 0.010 0.017 0.133 0.259 299 K 0.565 0.006 0.011 0.013 0.111 0.294 300 L 0.762 0.009 0.008 0.009 0.064 0.149 301 T 0.903 0.009 0.003 0.003 0.027 0.056 302 L 0.815 0.013 0.002 0.004 0.039 0.128 303 N 0.620 0.016 0.004 0.014 0.087 0.258 304 A 0.219 0.011 0.205 0.112 0.303 0.151 305 K 0.068 0.001 0.338 0.140 0.341 0.113 306 S 0.158 0.005 0.375 0.163 0.238 0.061 307 I 0.556 0.025 0.056 0.108 0.134 0.120 308 R 0.690 0.012 0.019 0.087 0.055 0.138 309 S 0.721 0.010 0.026 0.064 0.041 0.137 310 T 0.565 0.010 0.016 0.063 0.057 0.289 311 L 0.320 0.014 0.007 0.051 0.061 0.547 312 H 0.004 0.001 0.001 0.002 0.013 0.980