# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0665 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 2 P 0.045 0.012 0.008 0.003 0.007 0.005 0.919 3 C 0.119 0.005 0.047 0.010 0.391 0.053 0.375 4 A 0.726 0.004 0.037 0.005 0.046 0.041 0.141 5 I 0.883 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 0.102 6 D 0.979 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.013 7 V 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 8 Y 0.964 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.026 9 K 0.950 0.001 0.001 0.002 0.016 0.003 0.028 10 I 0.865 0.004 0.005 0.007 0.026 0.010 0.084 11 M 0.809 0.004 0.008 0.009 0.053 0.016 0.101 12 E 0.670 0.005 0.014 0.011 0.121 0.050 0.130 13 K 0.727 0.014 0.011 0.009 0.053 0.047 0.139 14 V 0.677 0.017 0.002 0.004 0.026 0.011 0.263 15 D 0.584 0.011 0.003 0.003 0.041 0.015 0.344 16 Y 0.545 0.026 0.003 0.003 0.083 0.008 0.332 17 P 0.580 0.016 0.002 0.002 0.048 0.017 0.336 18 R 0.389 0.189 0.007 0.003 0.106 0.037 0.268 19 N 0.087 0.013 0.010 0.002 0.088 0.041 0.760 20 E 0.021 0.005 0.035 0.004 0.159 0.676 0.099 21 S 0.007 0.004 0.018 0.002 0.104 0.835 0.030 22 G 0.031 0.004 0.011 0.001 0.580 0.193 0.180 23 D 0.157 0.032 0.002 0.001 0.088 0.011 0.709 24 V 0.775 0.045 0.003 0.002 0.033 0.005 0.138 25 A 0.922 0.007 0.004 0.002 0.008 0.003 0.055 26 A 0.962 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.024 27 V 0.963 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.021 28 I 0.913 0.021 0.002 0.006 0.006 0.003 0.049 29 H 0.314 0.010 0.004 0.005 0.083 0.006 0.578 30 P 0.025 0.002 0.200 0.071 0.096 0.551 0.055 31 N 0.010 0.004 0.235 0.059 0.070 0.574 0.047 32 L 0.018 0.017 0.448 0.105 0.066 0.186 0.161 33 Q 0.060 0.039 0.161 0.120 0.164 0.205 0.251 34 D 0.062 0.020 0.188 0.134 0.118 0.233 0.245 35 Q 0.113 0.023 0.154 0.075 0.149 0.277 0.209 36 D 0.114 0.030 0.055 0.039 0.139 0.247 0.375 37 W 0.218 0.014 0.054 0.020 0.151 0.187 0.355 38 K 0.488 0.019 0.010 0.018 0.155 0.015 0.294 39 P 0.540 0.101 0.004 0.009 0.062 0.010 0.274 40 L 0.163 0.219 0.002 0.005 0.088 0.017 0.506 41 H 0.037 0.018 0.001 0.001 0.077 0.013 0.854 42 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.959 0.007 43 G 0.003 0.003 0.006 0.002 0.122 0.842 0.024 44 D 0.026 0.012 0.002 0.001 0.286 0.003 0.670 45 P 0.109 0.048 0.010 0.003 0.060 0.033 0.737 46 V 0.601 0.081 0.030 0.007 0.081 0.037 0.162 47 F 0.831 0.021 0.013 0.006 0.024 0.013 0.092 48 V 0.864 0.043 0.006 0.008 0.013 0.006 0.059 49 S 0.733 0.021 0.006 0.004 0.009 0.012 0.216 50 L 0.405 0.018 0.024 0.005 0.085 0.293 0.170 51 D 0.047 0.002 0.009 0.001 0.103 0.788 0.049 52 G 0.092 0.002 0.011 0.001 0.446 0.350 0.099 53 K 0.438 0.024 0.004 0.001 0.079 0.019 0.435 54 V 0.897 0.022 0.001 0.001 0.015 0.003 0.061 55 I 0.888 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.085 56 P 0.788 0.014 0.002 0.001 0.010 0.003 0.182 57 L 0.525 0.019 0.017 0.002 0.070 0.060 0.308 58 G 0.131 0.014 0.027 0.002 0.182 0.279 0.364 59 G 0.055 0.006 0.045 0.004 0.361 0.303 0.227 60 D 0.063 0.023 0.049 0.010 0.287 0.234 0.336 61 C 0.115 0.029 0.054 0.011 0.281 0.169 0.342 62 T 0.282 0.028 0.015 0.007 0.130 0.069 0.468 63 V 0.359 0.075 0.007 0.013 0.137 0.029 0.381 64 Y 0.417 0.011 0.002 0.011 0.207 0.009 0.344 65 P 0.340 0.006 0.010 0.057 0.105 0.036 0.445 66 V 0.627 0.011 0.012 0.105 0.113 0.033 0.099 67 F 0.524 0.011 0.013 0.287 0.035 0.011 0.120 68 V 0.138 0.003 0.012 0.789 0.009 0.009 0.040 69 N 0.037 0.001 0.012 0.900 0.008 0.013 0.029 70 E 0.012 0.001 0.009 0.945 0.005 0.010 0.019 71 A 0.004 0.001 0.010 0.965 0.003 0.009 0.009 72 A 0.002 0.001 0.013 0.943 0.003 0.031 0.006 73 Y 0.002 0.001 0.007 0.944 0.003 0.039 0.005 74 Y 0.002 0.001 0.006 0.945 0.006 0.034 0.006 75 E 0.002 0.001 0.004 0.931 0.005 0.047 0.011 76 K 0.001 0.001 0.006 0.919 0.006 0.053 0.015 77 K 0.002 0.001 0.010 0.907 0.020 0.041 0.019 78 E 0.005 0.001 0.012 0.932 0.011 0.024 0.014 79 A 0.015 0.002 0.014 0.914 0.009 0.031 0.014 80 F 0.026 0.003 0.015 0.898 0.008 0.031 0.020 81 A 0.037 0.002 0.018 0.859 0.022 0.033 0.028 82 K 0.048 0.001 0.021 0.813 0.019 0.069 0.029 83 T 0.132 0.005 0.013 0.647 0.039 0.075 0.089 84 T 0.284 0.010 0.010 0.458 0.049 0.058 0.130 85 K 0.401 0.006 0.016 0.384 0.051 0.043 0.099 86 L 0.428 0.004 0.015 0.361 0.038 0.055 0.098 87 T 0.604 0.014 0.010 0.203 0.028 0.057 0.084 88 L 0.530 0.048 0.005 0.117 0.062 0.034 0.204 89 N 0.241 0.015 0.006 0.051 0.033 0.040 0.613 90 A 0.025 0.003 0.090 0.544 0.025 0.107 0.206 91 K 0.014 0.002 0.187 0.521 0.051 0.150 0.076 92 S 0.014 0.006 0.299 0.430 0.044 0.122 0.086 93 I 0.026 0.007 0.136 0.608 0.024 0.098 0.100 94 R 0.041 0.009 0.084 0.682 0.026 0.072 0.086 95 S 0.042 0.004 0.098 0.587 0.055 0.082 0.132 96 T 0.031 0.006 0.081 0.486 0.063 0.181 0.153 97 L 0.030 0.016 0.031 0.332 0.077 0.132 0.382 98 H 0.013 0.003 0.013 0.064 0.035 0.039 0.834