# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.010 0.074 0.872 2 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.013 0.077 0.864 3 V 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.087 0.012 0.008 0.006 0.006 0.005 0.005 0.119 0.046 0.097 0.531 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.014 0.090 0.855 5 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.044 0.106 0.053 0.033 0.479 0.046 0.026 0.203 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.194 0.032 0.067 0.696 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.869 0.031 0.009 0.069 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.360 0.085 0.051 0.471 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.028 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.054 0.031 0.216 10 Q 0.019 0.003 0.001 0.003 0.085 0.190 0.240 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.047 0.045 0.242 11 K 0.031 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.025 0.076 0.750 12 D 0.437 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.093 0.045 0.407 13 A 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.029 0.081 0.766 14 Q 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.088 0.852 15 N 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.062 0.135 0.632 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.162 0.009 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.141 0.085 0.098 0.469 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.069 0.012 0.118 0.059 0.024 0.007 0.263 0.079 0.059 0.307 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.281 0.021 0.025 0.505 0.071 0.009 0.046 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.063 0.006 0.709 0.054 0.025 0.121 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.843 0.054 0.010 0.042 21 I 0.015 0.002 0.001 0.007 0.003 0.004 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.050 0.067 0.322 22 G 0.071 0.005 0.003 0.004 0.005 0.013 0.059 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.297 0.107 0.099 0.307 23 G 0.030 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.046 0.122 0.684 24 G 0.132 0.007 0.002 0.002 0.008 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.127 0.088 0.576 25 A 0.086 0.001 0.001 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.039 0.090 0.641 26 Q 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.022 0.086 0.825 27 Y 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.011 0.005 0.055 0.008 0.005 0.001 0.032 0.035 0.111 0.684 28 C 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.002 0.008 0.003 0.009 0.002 0.004 0.061 0.032 0.156 0.692 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.003 0.009 0.009 0.008 0.002 0.220 0.043 0.106 0.566 30 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.015 0.004 0.060 0.004 0.034 0.006 0.008 0.334 0.060 0.069 0.369 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 0.043 0.006 0.714 0.038 0.029 0.146 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.050 0.041 0.082 0.632 0.058 0.011 0.070 33 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.654 0.053 0.036 0.242 34 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.028 0.031 0.180 35 Q 0.005 0.005 0.002 0.001 0.013 0.010 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.384 0.111 0.090 0.367 36 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.056 0.097 0.518 37 F 0.351 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.079 0.060 0.299 38 D 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.011 0.116 0.808 39 N 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.009 0.095 0.822 40 T 0.150 0.555 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.134 0.030 0.100 41 P 0.157 0.518 0.016 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.120 0.026 0.143 42 A 0.063 0.122 0.097 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.253 0.044 0.374 43 A 0.530 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 0.074 0.051 0.304 44 L 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.044 0.111 0.672 45 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.092 0.882 46 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.041 0.144 0.677 47 T 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.036 0.137 0.574 48 V 0.019 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.450 0.028 0.094 0.383 49 A 0.585 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.001 0.097 0.090 0.037 0.166 50 A 0.116 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.183 0.068 0.120 0.491 51 G 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.058 0.160 0.589 52 D 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.567 0.083 0.082 0.238 53 E 0.011 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.616 0.085 0.041 0.203 54 I 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.755 0.074 0.016 0.114 55 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.300 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.527 0.048 0.015 0.091 56 G 0.020 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.743 0.013 0.028 0.176 57 V 0.549 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.035 0.046 0.217 58 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.018 0.126 0.791 59 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.029 0.066 0.811 60 R 0.011 0.003 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 0.002 0.569 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.017 0.028 0.287 61 S 0.241 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.036 0.053 0.538 62 I 0.281 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.002 0.001 0.020 0.049 0.065 0.505 63 K 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.002 0.006 0.043 0.028 0.095 0.784 64 G 0.008 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.092 0.801 65 K 0.004 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.031 0.095 0.590 66 T 0.008 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.006 0.047 67 K 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.011 68 V 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.017 69 E 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 70 V 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.017 71 A 0.007 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.026 72 K 0.018 0.853 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.009 0.067 73 M 0.136 0.576 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.028 0.154 74 I 0.325 0.047 0.080 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.033 0.171 75 Q 0.099 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.108 0.751 76 E 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.057 0.912 77 V 0.194 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.055 0.155 0.566 78 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.160 0.801 79 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.042 0.073 0.618 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.044 0.064 0.526 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.847 0.026 0.016 0.100 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.720 0.043 0.019 0.208 83 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.671 0.038 0.036 0.244 84 H 0.014 0.018 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.047 0.090 0.484 85 Y 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.016 0.101 0.760 86 N 0.116 0.117 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.092 0.082 0.454 87 K 0.104 0.138 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.058 0.070 0.573 88 L 0.054 0.098 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.108 0.053 0.057 0.613 89 Q 0.072 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.005 0.004 0.005 0.003 0.004 0.134 0.038 0.051 0.630 90 Y 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.107 0.030 0.053 0.744 91 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.004 0.005 0.004 0.106 0.021 0.056 0.775 92 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.064 0.013 0.058 0.850 93 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.016 0.075 0.847