# TARGET T0288 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.139 0.211 0.080 0.013 0.267 0.009 0.030 0.064 0.049 0.081 0.056 2 M 0.222 0.205 0.065 0.007 0.296 0.007 0.013 0.025 0.029 0.061 0.070 3 V 0.025 0.380 0.421 0.011 0.144 0.004 0.004 0.005 0.002 0.002 0.003 4 P 0.227 0.092 0.048 0.038 0.167 0.060 0.156 0.039 0.026 0.040 0.107 5 G 0.054 0.234 0.143 0.117 0.196 0.094 0.028 0.016 0.022 0.061 0.035 6 K 0.268 0.095 0.012 0.002 0.566 0.002 0.004 0.003 0.004 0.012 0.033 7 V 0.168 0.108 0.006 0.001 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 8 T 0.202 0.078 0.005 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 9 L 0.349 0.106 0.011 0.001 0.464 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 10 Q 0.197 0.200 0.060 0.003 0.498 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 11 K 0.138 0.243 0.057 0.024 0.304 0.033 0.043 0.041 0.028 0.036 0.053 12 D 0.064 0.201 0.353 0.083 0.136 0.016 0.011 0.031 0.036 0.040 0.028 13 A 0.029 0.043 0.045 0.083 0.036 0.072 0.095 0.292 0.236 0.053 0.015 14 Q 0.020 0.236 0.086 0.081 0.061 0.046 0.141 0.131 0.086 0.092 0.021 15 N 0.097 0.126 0.075 0.032 0.116 0.014 0.016 0.020 0.037 0.326 0.139 16 L 0.234 0.184 0.052 0.010 0.323 0.014 0.028 0.033 0.025 0.049 0.049 17 I 0.240 0.144 0.050 0.053 0.333 0.029 0.026 0.009 0.011 0.036 0.069 18 G 0.235 0.124 0.070 0.072 0.390 0.029 0.009 0.003 0.004 0.020 0.043 19 I 0.249 0.132 0.010 0.002 0.563 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.034 20 S 0.251 0.126 0.019 0.001 0.559 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.033 21 I 0.424 0.049 0.013 0.009 0.229 0.017 0.019 0.018 0.015 0.051 0.157 22 G 0.068 0.104 0.120 0.239 0.119 0.141 0.090 0.033 0.025 0.036 0.026 23 G 0.032 0.085 0.143 0.323 0.050 0.081 0.029 0.036 0.037 0.145 0.040 24 G 0.036 0.088 0.169 0.327 0.054 0.070 0.019 0.034 0.048 0.116 0.037 25 A 0.045 0.130 0.089 0.098 0.093 0.085 0.063 0.129 0.151 0.085 0.034 26 Q 0.067 0.097 0.048 0.060 0.086 0.072 0.134 0.118 0.095 0.153 0.070 27 Y 0.090 0.082 0.065 0.038 0.100 0.025 0.029 0.038 0.071 0.363 0.099 28 C 0.077 0.193 0.318 0.052 0.131 0.025 0.023 0.055 0.047 0.053 0.026 29 P 0.066 0.220 0.151 0.059 0.123 0.050 0.066 0.091 0.062 0.063 0.049 30 C 0.136 0.248 0.112 0.054 0.234 0.019 0.017 0.021 0.021 0.066 0.073 31 L 0.212 0.180 0.018 0.001 0.556 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.022 32 Y 0.061 0.438 0.033 0.001 0.457 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 33 I 0.716 0.005 0.001 0.001 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.107 34 V 0.018 0.030 0.010 0.069 0.067 0.387 0.328 0.053 0.027 0.006 0.005 35 Q 0.264 0.128 0.015 0.001 0.532 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.042 36 V 0.322 0.111 0.017 0.013 0.324 0.010 0.008 0.023 0.013 0.048 0.111 37 F 0.059 0.118 0.160 0.266 0.122 0.078 0.020 0.030 0.028 0.074 0.045 38 D 0.042 0.141 0.085 0.087 0.106 0.121 0.211 0.125 0.042 0.018 0.021 39 N 0.027 0.030 0.022 0.037 0.033 0.013 0.018 0.032 0.058 0.616 0.113 40 T 0.111 0.280 0.255 0.021 0.223 0.008 0.014 0.031 0.012 0.016 0.029 41 P 0.057 0.182 0.058 0.009 0.150 0.010 0.017 0.289 0.134 0.065 0.030 42 A 0.047 0.127 0.037 0.007 0.151 0.012 0.028 0.326 0.152 0.091 0.021 43 A 0.091 0.060 0.064 0.013 0.060 0.015 0.059 0.489 0.084 0.038 0.028 44 L 0.023 0.051 0.073 0.047 0.038 0.054 0.099 0.380 0.121 0.098 0.016 45 D 0.014 0.561 0.125 0.073 0.100 0.026 0.041 0.038 0.009 0.007 0.007 46 G 0.014 0.011 0.010 0.013 0.008 0.005 0.003 0.017 0.042 0.663 0.216 47 T 0.040 0.375 0.117 0.006 0.184 0.009 0.030 0.095 0.071 0.062 0.011 48 V 0.272 0.219 0.026 0.002 0.309 0.002 0.003 0.017 0.017 0.038 0.096 49 A 0.014 0.199 0.644 0.049 0.063 0.006 0.002 0.005 0.006 0.006 0.004 50 A 0.002 0.006 0.013 0.026 0.003 0.142 0.424 0.309 0.071 0.003 0.002 51 G 0.030 0.049 0.044 0.066 0.022 0.012 0.011 0.032 0.057 0.493 0.183 52 D 0.211 0.192 0.026 0.002 0.329 0.001 0.002 0.006 0.020 0.129 0.081 53 E 0.056 0.328 0.057 0.001 0.516 0.002 0.005 0.013 0.010 0.007 0.004 54 I 0.695 0.009 0.001 0.001 0.218 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 55 T 0.111 0.142 0.017 0.035 0.427 0.146 0.056 0.020 0.008 0.016 0.022 56 G 0.358 0.088 0.023 0.001 0.477 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.044 57 V 0.187 0.033 0.019 0.194 0.097 0.263 0.037 0.039 0.017 0.037 0.077 58 N 0.003 0.071 0.094 0.641 0.021 0.078 0.055 0.023 0.006 0.005 0.002 59 G 0.025 0.016 0.032 0.039 0.017 0.011 0.004 0.014 0.033 0.678 0.130 60 R 0.006 0.662 0.174 0.003 0.140 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 61 S 0.330 0.131 0.045 0.002 0.375 0.002 0.008 0.016 0.005 0.007 0.079 62 I 0.209 0.059 0.042 0.066 0.148 0.080 0.065 0.064 0.068 0.079 0.120 63 K 0.002 0.040 0.047 0.263 0.010 0.254 0.243 0.098 0.028 0.013 0.003 64 G 0.016 0.013 0.040 0.031 0.005 0.008 0.002 0.006 0.014 0.730 0.135 65 K 0.024 0.579 0.151 0.007 0.211 0.002 0.003 0.007 0.003 0.009 0.005 66 T 0.005 0.754 0.195 0.001 0.032 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 67 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.887 0.103 0.002 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.003 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.002 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.023 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.034 0.003 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.813 0.170 0.014 0.001 75 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.829 0.150 0.003 0.001 76 E 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.137 0.511 0.137 0.194 0.006 77 V 0.103 0.250 0.198 0.027 0.262 0.019 0.035 0.033 0.012 0.023 0.038 78 K 0.007 0.019 0.017 0.131 0.006 0.129 0.335 0.191 0.081 0.066 0.017 79 G 0.015 0.099 0.219 0.141 0.031 0.026 0.006 0.018 0.041 0.373 0.033 80 E 0.220 0.107 0.011 0.004 0.517 0.008 0.019 0.014 0.021 0.031 0.048 81 V 0.166 0.104 0.005 0.001 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 82 T 0.181 0.069 0.003 0.001 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 83 I 0.380 0.030 0.002 0.001 0.568 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 84 H 0.244 0.078 0.005 0.001 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 85 Y 0.310 0.122 0.028 0.004 0.439 0.003 0.003 0.002 0.001 0.009 0.078 86 N 0.106 0.295 0.091 0.030 0.303 0.023 0.034 0.016 0.014 0.039 0.048 87 K 0.121 0.322 0.161 0.017 0.260 0.007 0.007 0.015 0.018 0.028 0.042 88 L 0.067 0.147 0.063 0.040 0.123 0.043 0.050 0.150 0.202 0.079 0.036 89 Q 0.039 0.168 0.112 0.069 0.101 0.045 0.085 0.168 0.133 0.062 0.018 90 Y 0.085 0.100 0.038 0.022 0.117 0.022 0.062 0.159 0.126 0.200 0.070 91 Y 0.097 0.183 0.078 0.026 0.177 0.023 0.048 0.101 0.085 0.118 0.065 92 K 0.113 0.238 0.138 0.019 0.225 0.015 0.027 0.081 0.050 0.050 0.046 93 V 0.105 0.244 0.095 0.013 0.212 0.011 0.034 0.127 0.075 0.051 0.033