# TARGET T0288 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.779 0.161 0.040 0.015 0.005 0.001 0.001 2 M 0.630 0.215 0.096 0.044 0.012 0.002 0.001 3 V 0.627 0.238 0.092 0.035 0.007 0.001 0.001 4 P 0.610 0.258 0.092 0.032 0.007 0.001 0.001 5 G 0.221 0.364 0.271 0.110 0.029 0.005 0.001 6 K 0.078 0.350 0.360 0.171 0.037 0.004 0.001 7 V 0.011 0.030 0.090 0.270 0.416 0.177 0.007 8 T 0.011 0.174 0.394 0.311 0.095 0.014 0.001 9 L 0.006 0.015 0.042 0.213 0.470 0.243 0.010 10 Q 0.033 0.265 0.387 0.261 0.050 0.004 0.001 11 K 0.065 0.292 0.339 0.238 0.060 0.006 0.001 12 D 0.557 0.313 0.099 0.026 0.005 0.001 0.001 13 A 0.672 0.234 0.074 0.018 0.002 0.001 0.001 14 Q 0.705 0.222 0.057 0.014 0.002 0.001 0.001 15 N 0.260 0.399 0.226 0.092 0.020 0.002 0.001 16 L 0.063 0.310 0.341 0.208 0.067 0.010 0.001 17 I 0.004 0.031 0.083 0.201 0.360 0.288 0.033 18 G 0.002 0.038 0.180 0.362 0.292 0.105 0.020 19 I 0.001 0.002 0.008 0.039 0.178 0.557 0.214 20 S 0.001 0.023 0.127 0.361 0.341 0.123 0.023 21 I 0.001 0.004 0.013 0.068 0.239 0.539 0.136 22 G 0.004 0.053 0.181 0.341 0.282 0.123 0.016 23 G 0.034 0.132 0.210 0.289 0.224 0.100 0.011 24 G 0.159 0.341 0.277 0.150 0.053 0.018 0.002 25 A 0.278 0.282 0.227 0.150 0.053 0.009 0.001 26 Q 0.521 0.297 0.114 0.047 0.016 0.004 0.001 27 Y 0.296 0.279 0.214 0.145 0.055 0.010 0.001 28 C 0.128 0.241 0.264 0.215 0.114 0.032 0.004 29 P 0.056 0.171 0.234 0.260 0.186 0.079 0.014 30 C 0.009 0.039 0.126 0.256 0.310 0.214 0.047 31 L 0.001 0.005 0.014 0.044 0.175 0.533 0.227 32 Y 0.001 0.003 0.019 0.095 0.286 0.440 0.156 33 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.100 0.530 0.357 34 V 0.002 0.032 0.084 0.196 0.304 0.297 0.084 35 Q 0.002 0.056 0.211 0.336 0.244 0.135 0.016 36 V 0.001 0.007 0.033 0.152 0.408 0.363 0.036 37 F 0.031 0.127 0.259 0.330 0.200 0.049 0.004 38 D 0.424 0.344 0.150 0.057 0.018 0.006 0.001 39 N 0.322 0.318 0.213 0.102 0.033 0.011 0.001 40 T 0.223 0.190 0.186 0.202 0.139 0.055 0.005 41 P 0.348 0.268 0.156 0.120 0.071 0.032 0.004 42 A 0.249 0.167 0.175 0.201 0.148 0.054 0.005 43 A 0.304 0.310 0.217 0.118 0.040 0.011 0.001 44 L 0.402 0.319 0.170 0.082 0.023 0.004 0.001 45 D 0.397 0.278 0.178 0.098 0.039 0.009 0.001 46 G 0.376 0.282 0.182 0.104 0.043 0.010 0.001 47 T 0.145 0.291 0.279 0.185 0.076 0.022 0.003 48 V 0.022 0.032 0.076 0.229 0.373 0.242 0.026 49 A 0.109 0.242 0.261 0.193 0.120 0.062 0.013 50 A 0.072 0.136 0.183 0.235 0.201 0.142 0.031 51 G 0.052 0.088 0.130 0.213 0.244 0.207 0.066 52 D 0.013 0.034 0.075 0.175 0.296 0.321 0.086 53 E 0.019 0.047 0.107 0.205 0.241 0.270 0.110 54 I 0.015 0.023 0.031 0.067 0.156 0.427 0.281 55 T 0.029 0.063 0.088 0.142 0.206 0.292 0.179 56 G 0.028 0.097 0.176 0.245 0.220 0.183 0.051 57 V 0.019 0.027 0.046 0.127 0.297 0.372 0.112 58 N 0.053 0.121 0.204 0.268 0.221 0.119 0.014 59 G 0.182 0.240 0.217 0.181 0.122 0.052 0.007 60 R 0.209 0.297 0.243 0.166 0.064 0.018 0.002 61 S 0.174 0.265 0.256 0.185 0.090 0.028 0.002 62 I 0.108 0.103 0.148 0.263 0.261 0.109 0.008 63 K 0.317 0.355 0.211 0.087 0.024 0.005 0.001 64 G 0.624 0.265 0.078 0.025 0.007 0.001 0.001 65 K 0.318 0.308 0.219 0.113 0.036 0.007 0.001 66 T 0.159 0.358 0.241 0.156 0.067 0.018 0.001 67 K 0.024 0.072 0.165 0.352 0.295 0.086 0.006 68 V 0.233 0.421 0.230 0.085 0.026 0.005 0.001 69 E 0.054 0.282 0.389 0.211 0.054 0.009 0.001 70 V 0.003 0.006 0.017 0.109 0.403 0.433 0.030 71 A 0.008 0.065 0.245 0.416 0.221 0.043 0.002 72 K 0.152 0.569 0.208 0.059 0.010 0.002 0.001 73 M 0.005 0.045 0.223 0.449 0.236 0.042 0.001 74 I 0.008 0.010 0.029 0.152 0.490 0.300 0.011 75 Q 0.089 0.404 0.346 0.137 0.021 0.001 0.001 76 E 0.405 0.470 0.102 0.020 0.002 0.001 0.001 77 V 0.082 0.205 0.361 0.273 0.073 0.006 0.001 78 K 0.657 0.275 0.057 0.010 0.001 0.001 0.001 79 G 0.395 0.404 0.143 0.047 0.010 0.001 0.001 80 E 0.101 0.457 0.327 0.101 0.014 0.001 0.001 81 V 0.006 0.042 0.135 0.370 0.357 0.088 0.002 82 T 0.004 0.115 0.425 0.369 0.080 0.008 0.001 83 I 0.001 0.003 0.011 0.079 0.398 0.484 0.024 84 H 0.006 0.095 0.353 0.419 0.115 0.011 0.001 85 Y 0.013 0.049 0.101 0.286 0.375 0.169 0.006 86 N 0.062 0.264 0.387 0.220 0.057 0.009 0.001 87 K 0.197 0.333 0.261 0.156 0.045 0.006 0.001 88 L 0.398 0.297 0.192 0.087 0.023 0.003 0.001 89 Q 0.639 0.254 0.078 0.024 0.005 0.001 0.001 90 Y 0.672 0.204 0.084 0.031 0.008 0.001 0.001 91 Y 0.747 0.178 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 92 K 0.870 0.099 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 93 V 0.819 0.121 0.039 0.015 0.004 0.001 0.001