# TARGET T0283 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 2 S 0.018 0.025 0.010 0.290 0.003 0.042 0.612 3 F 0.005 0.004 0.028 0.696 0.051 0.063 0.153 4 I 0.005 0.003 0.017 0.819 0.033 0.036 0.088 5 E 0.006 0.001 0.020 0.868 0.024 0.033 0.048 6 K 0.005 0.001 0.021 0.883 0.022 0.039 0.029 7 M 0.007 0.004 0.020 0.886 0.018 0.039 0.028 8 I 0.006 0.002 0.016 0.874 0.021 0.056 0.025 9 G 0.003 0.002 0.017 0.829 0.025 0.086 0.039 10 S 0.001 0.002 0.016 0.818 0.029 0.058 0.075 11 L 0.001 0.003 0.014 0.802 0.024 0.100 0.056 12 N 0.001 0.001 0.014 0.739 0.023 0.195 0.028 13 D 0.001 0.001 0.008 0.798 0.054 0.078 0.061 14 K 0.002 0.002 0.004 0.867 0.046 0.028 0.052 15 R 0.002 0.001 0.004 0.936 0.012 0.020 0.026 16 E 0.001 0.001 0.004 0.949 0.007 0.021 0.018 17 W 0.001 0.001 0.001 0.972 0.009 0.008 0.009 18 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 19 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 20 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 24 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.001 0.007 0.001 25 K 0.001 0.001 0.025 0.937 0.001 0.036 0.001 26 A 0.001 0.001 0.025 0.849 0.002 0.122 0.001 27 L 0.001 0.001 0.009 0.784 0.107 0.065 0.034 28 P 0.001 0.001 0.018 0.787 0.029 0.071 0.094 29 K 0.001 0.001 0.035 0.872 0.009 0.078 0.006 30 E 0.001 0.001 0.074 0.769 0.010 0.137 0.009 31 Y 0.001 0.001 0.019 0.945 0.009 0.016 0.010 32 H 0.001 0.001 0.003 0.978 0.005 0.009 0.005 33 H 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.014 0.005 34 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.013 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 39 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 40 K 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.012 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.020 0.001 42 M 0.002 0.001 0.003 0.958 0.006 0.024 0.006 43 W 0.005 0.001 0.014 0.911 0.010 0.047 0.012 44 T 0.011 0.003 0.018 0.781 0.039 0.124 0.025 45 S 0.015 0.005 0.015 0.477 0.119 0.251 0.117 46 G 0.009 0.024 0.015 0.126 0.187 0.213 0.427 47 G 0.005 0.014 0.026 0.053 0.228 0.100 0.573 48 P 0.005 0.008 0.073 0.076 0.230 0.174 0.435 49 T 0.002 0.006 0.138 0.152 0.186 0.402 0.113 50 D 0.002 0.008 0.109 0.230 0.140 0.328 0.183 51 W 0.001 0.005 0.133 0.649 0.051 0.067 0.094 52 Q 0.001 0.002 0.077 0.756 0.027 0.108 0.028 53 D 0.001 0.002 0.079 0.671 0.022 0.194 0.031 54 T 0.001 0.004 0.033 0.836 0.018 0.065 0.044 55 K 0.001 0.002 0.010 0.928 0.011 0.031 0.017 56 R 0.001 0.001 0.011 0.914 0.010 0.050 0.013 57 I 0.001 0.001 0.009 0.945 0.005 0.032 0.008 58 F 0.001 0.001 0.005 0.974 0.003 0.013 0.004 59 G 0.001 0.001 0.006 0.977 0.003 0.011 0.002 60 G 0.001 0.001 0.004 0.979 0.002 0.013 0.002 61 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.007 0.002 62 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.002 63 D 0.001 0.001 0.002 0.971 0.002 0.023 0.002 64 L 0.001 0.001 0.002 0.970 0.003 0.021 0.004 65 F 0.001 0.001 0.002 0.970 0.004 0.015 0.007 66 E 0.002 0.001 0.004 0.942 0.009 0.032 0.010 67 E 0.004 0.001 0.006 0.916 0.014 0.039 0.020 68 G 0.007 0.002 0.010 0.908 0.012 0.031 0.030 69 A 0.009 0.005 0.015 0.857 0.014 0.069 0.031 70 A 0.009 0.002 0.028 0.677 0.042 0.172 0.069 71 E 0.001 0.001 0.013 0.131 0.023 0.826 0.006 72 G 0.001 0.001 0.004 0.008 0.056 0.903 0.027 73 K 0.058 0.020 0.004 0.016 0.180 0.028 0.694 74 K 0.180 0.078 0.002 0.014 0.051 0.010 0.665 75 V 0.060 0.007 0.175 0.506 0.053 0.074 0.126 76 T 0.061 0.005 0.245 0.456 0.068 0.110 0.055 77 D 0.110 0.007 0.281 0.406 0.040 0.096 0.061 78 L 0.108 0.016 0.117 0.374 0.062 0.201 0.123 79 T 0.125 0.027 0.026 0.235 0.129 0.263 0.195 80 G 0.043 0.005 0.056 0.241 0.217 0.251 0.187 81 E 0.020 0.009 0.091 0.393 0.257 0.142 0.087 82 D 0.055 0.068 0.118 0.404 0.090 0.086 0.179 83 V 0.004 0.001 0.085 0.875 0.005 0.018 0.012 84 A 0.001 0.001 0.025 0.954 0.002 0.014 0.003 85 A 0.001 0.001 0.021 0.944 0.003 0.028 0.002 86 F 0.001 0.001 0.008 0.959 0.006 0.023 0.004 87 C 0.001 0.001 0.007 0.966 0.004 0.015 0.007 88 D 0.001 0.001 0.012 0.954 0.004 0.026 0.004 89 E 0.001 0.001 0.015 0.951 0.003 0.028 0.003 90 L 0.001 0.003 0.015 0.936 0.007 0.032 0.006 91 M 0.001 0.003 0.016 0.903 0.012 0.048 0.018 92 K 0.001 0.001 0.021 0.832 0.011 0.120 0.014 93 D 0.001 0.001 0.018 0.717 0.048 0.179 0.037 94 T 0.001 0.004 0.021 0.479 0.111 0.218 0.165 95 K 0.002 0.003 0.030 0.290 0.136 0.352 0.188 96 T 0.006 0.007 0.062 0.397 0.156 0.181 0.192 97 W 0.008 0.005 0.052 0.523 0.109 0.102 0.201 98 M 0.012 0.006 0.026 0.684 0.050 0.056 0.167 99 D 0.015 0.003 0.016 0.792 0.034 0.040 0.099 100 K 0.024 0.004 0.017 0.846 0.024 0.029 0.055 101 Y 0.020 0.002 0.017 0.870 0.018 0.028 0.046 102 R 0.021 0.002 0.018 0.881 0.017 0.029 0.032 103 T 0.019 0.002 0.020 0.880 0.016 0.034 0.029 104 K 0.013 0.003 0.019 0.841 0.023 0.065 0.037 105 L 0.011 0.004 0.016 0.792 0.027 0.090 0.060 106 N 0.009 0.002 0.032 0.665 0.054 0.123 0.113 107 D 0.010 0.003 0.056 0.610 0.067 0.162 0.092 108 S 0.013 0.004 0.062 0.591 0.072 0.136 0.122 109 I 0.027 0.011 0.058 0.519 0.095 0.155 0.135 110 G 0.043 0.013 0.034 0.298 0.116 0.214 0.280 111 R 0.035 0.020 0.022 0.186 0.021 0.206 0.510 112 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.988