# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.837 0.002 0.003 0.003 0.003 0.011 0.013 0.001 0.013 0.084 2 S 0.011 0.908 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.012 0.051 3 F 0.039 0.890 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.001 0.012 0.031 4 I 0.121 0.716 0.010 0.003 0.003 0.003 0.013 0.026 0.004 0.035 0.066 5 E 0.089 0.454 0.013 0.010 0.005 0.008 0.061 0.005 0.008 0.069 0.278 6 K 0.057 0.204 0.032 0.018 0.005 0.009 0.082 0.007 0.010 0.073 0.504 7 M 0.164 0.300 0.009 0.010 0.006 0.008 0.077 0.028 0.003 0.063 0.331 8 I 0.169 0.129 0.006 0.010 0.006 0.012 0.075 0.006 0.003 0.048 0.536 9 G 0.033 0.181 0.005 0.017 0.008 0.021 0.082 0.005 0.002 0.033 0.613 10 S 0.124 0.333 0.005 0.007 0.010 0.019 0.063 0.010 0.002 0.034 0.392 11 L 0.175 0.455 0.004 0.013 0.010 0.010 0.038 0.009 0.002 0.027 0.258 12 N 0.038 0.559 0.002 0.009 0.005 0.008 0.047 0.004 0.001 0.025 0.303 13 D 0.016 0.841 0.001 0.004 0.002 0.004 0.015 0.003 0.001 0.011 0.102 14 K 0.008 0.939 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.031 15 R 0.004 0.956 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.020 16 E 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 17 W 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 18 K 0.008 0.876 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.095 0.011 19 A 0.002 0.922 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.021 20 M 0.013 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.006 0.013 21 E 0.010 0.878 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.054 0.043 22 A 0.017 0.714 0.038 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.020 0.072 0.110 23 R 0.276 0.442 0.029 0.002 0.001 0.002 0.019 0.058 0.015 0.064 0.093 24 A 0.503 0.077 0.005 0.003 0.001 0.003 0.038 0.020 0.005 0.067 0.276 25 K 0.035 0.022 0.001 0.008 0.002 0.005 0.068 0.001 0.001 0.010 0.849 26 A 0.002 0.039 0.003 0.010 0.002 0.004 0.083 0.001 0.001 0.010 0.847 27 L 0.035 0.131 0.004 0.004 0.013 0.008 0.138 0.042 0.002 0.071 0.552 28 P 0.194 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.013 0.056 29 K 0.075 0.705 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.048 0.147 30 E 0.007 0.854 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.047 0.073 31 Y 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 32 H 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 33 H 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.009 34 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 35 Y 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 36 K 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 37 A 0.003 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.013 38 I 0.009 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.005 0.010 39 Q 0.035 0.847 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.051 0.046 40 K 0.028 0.167 0.005 0.006 0.002 0.004 0.036 0.002 0.001 0.600 0.150 41 Y 0.036 0.184 0.024 0.022 0.003 0.008 0.071 0.008 0.006 0.477 0.160 42 M 0.164 0.044 0.055 0.061 0.007 0.013 0.094 0.015 0.018 0.287 0.242 43 W 0.098 0.013 0.008 0.092 0.010 0.022 0.113 0.004 0.006 0.084 0.548 44 T 0.091 0.004 0.001 0.023 0.006 0.020 0.102 0.002 0.001 0.052 0.698 45 S 0.058 0.003 0.001 0.023 0.004 0.011 0.132 0.002 0.001 0.051 0.713 46 G 0.018 0.003 0.001 0.018 0.004 0.012 0.180 0.004 0.001 0.025 0.733 47 G 0.119 0.059 0.001 0.015 0.006 0.008 0.108 0.004 0.001 0.020 0.659 48 P 0.062 0.102 0.001 0.020 0.019 0.023 0.138 0.018 0.001 0.027 0.589 49 T 0.107 0.251 0.002 0.019 0.006 0.014 0.094 0.012 0.001 0.064 0.429 50 D 0.058 0.114 0.005 0.020 0.008 0.009 0.055 0.004 0.001 0.572 0.155 51 W 0.034 0.471 0.005 0.013 0.006 0.009 0.053 0.006 0.001 0.175 0.225 52 Q 0.059 0.591 0.006 0.009 0.005 0.010 0.031 0.008 0.001 0.082 0.198 53 D 0.019 0.552 0.005 0.011 0.006 0.008 0.034 0.007 0.001 0.154 0.203 54 T 0.033 0.791 0.002 0.002 0.002 0.005 0.017 0.013 0.001 0.032 0.102 55 K 0.073 0.551 0.010 0.006 0.003 0.005 0.018 0.016 0.003 0.181 0.135 56 R 0.062 0.351 0.031 0.006 0.003 0.004 0.053 0.007 0.013 0.271 0.200 57 I 0.040 0.684 0.005 0.002 0.001 0.001 0.035 0.007 0.002 0.047 0.176 58 F 0.026 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.015 0.048 59 G 0.014 0.884 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.021 0.055 60 G 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.023 61 I 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.011 62 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.008 63 D 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.009 64 L 0.007 0.890 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.062 0.018 65 F 0.011 0.928 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.016 0.023 66 E 0.030 0.886 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.015 0.051 67 E 0.012 0.767 0.007 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.005 0.062 0.125 68 G 0.048 0.175 0.278 0.001 0.001 0.002 0.035 0.009 0.194 0.121 0.135 69 A 0.707 0.055 0.015 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.011 0.039 0.126 70 A 0.319 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.004 0.001 0.030 0.596 71 E 0.010 0.007 0.001 0.006 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.007 0.911 72 G 0.008 0.006 0.002 0.007 0.003 0.006 0.071 0.001 0.001 0.020 0.875 73 K 0.020 0.013 0.001 0.016 0.067 0.031 0.131 0.008 0.001 0.062 0.650 74 K 0.088 0.060 0.001 0.054 0.009 0.019 0.098 0.005 0.001 0.050 0.615 75 V 0.071 0.092 0.003 0.106 0.022 0.024 0.101 0.010 0.001 0.075 0.495 76 T 0.059 0.074 0.002 0.174 0.031 0.045 0.136 0.007 0.001 0.065 0.406 77 D 0.042 0.036 0.002 0.208 0.037 0.057 0.095 0.004 0.001 0.074 0.444 78 L 0.023 0.082 0.003 0.240 0.040 0.049 0.118 0.004 0.001 0.056 0.383 79 T 0.048 0.418 0.003 0.040 0.022 0.026 0.072 0.009 0.001 0.049 0.312 80 G 0.054 0.692 0.002 0.014 0.005 0.009 0.027 0.006 0.001 0.039 0.151 81 E 0.020 0.485 0.003 0.019 0.006 0.009 0.047 0.003 0.001 0.231 0.177 82 D 0.007 0.848 0.003 0.003 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.085 0.037 83 V 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.021 0.021 84 A 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.014 85 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 86 F 0.001 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 87 C 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 88 D 0.019 0.720 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.159 0.082 89 E 0.031 0.386 0.046 0.002 0.001 0.001 0.049 0.005 0.018 0.320 0.143 90 L 0.188 0.066 0.139 0.007 0.001 0.002 0.053 0.030 0.051 0.317 0.147 91 M 0.314 0.029 0.018 0.009 0.001 0.003 0.068 0.009 0.018 0.075 0.455 92 K 0.056 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.011 0.872 93 D 0.027 0.032 0.001 0.003 0.001 0.003 0.074 0.003 0.001 0.017 0.840 94 T 0.059 0.065 0.001 0.002 0.002 0.004 0.093 0.012 0.001 0.018 0.744 95 K 0.053 0.220 0.001 0.013 0.007 0.015 0.066 0.009 0.001 0.023 0.592 96 T 0.034 0.721 0.001 0.010 0.006 0.011 0.030 0.003 0.001 0.014 0.170 97 W 0.021 0.854 0.003 0.010 0.007 0.007 0.013 0.003 0.001 0.010 0.071 98 M 0.019 0.915 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.003 0.001 0.008 0.036 99 D 0.023 0.366 0.002 0.017 0.008 0.007 0.023 0.003 0.001 0.449 0.103 100 K 0.005 0.777 0.015 0.009 0.003 0.004 0.016 0.004 0.003 0.100 0.064 101 Y 0.038 0.852 0.008 0.002 0.002 0.004 0.009 0.014 0.001 0.014 0.056 102 R 0.083 0.382 0.019 0.008 0.011 0.015 0.022 0.012 0.007 0.254 0.186 103 T 0.053 0.510 0.003 0.004 0.002 0.005 0.045 0.004 0.002 0.054 0.318 104 K 0.164 0.208 0.072 0.008 0.003 0.007 0.050 0.023 0.030 0.133 0.300 105 L 0.157 0.358 0.020 0.008 0.003 0.005 0.069 0.020 0.008 0.041 0.311 106 N 0.114 0.124 0.002 0.003 0.003 0.006 0.066 0.004 0.002 0.018 0.658 107 D 0.074 0.074 0.013 0.016 0.009 0.019 0.114 0.017 0.003 0.074 0.586 108 S 0.145 0.029 0.006 0.017 0.009 0.030 0.124 0.011 0.004 0.078 0.547 109 I 0.173 0.012 0.006 0.028 0.015 0.028 0.071 0.005 0.002 0.052 0.607 110 G 0.063 0.007 0.001 0.013 0.011 0.014 0.084 0.002 0.001 0.020 0.784 111 R 0.016 0.002 0.001 0.008 0.013 0.018 0.100 0.005 0.001 0.015 0.823 112 D 0.032 0.005 0.001 0.013 0.017 0.018 0.119 0.007 0.001 0.023 0.764