# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.991 2 P 0.025 0.013 0.014 0.463 0.006 0.029 0.451 3 K 0.031 0.006 0.033 0.700 0.035 0.052 0.143 4 A 0.027 0.004 0.041 0.739 0.019 0.037 0.132 5 K 0.021 0.002 0.031 0.835 0.015 0.029 0.067 6 A 0.045 0.002 0.040 0.725 0.056 0.073 0.059 7 K 0.052 0.004 0.041 0.660 0.039 0.123 0.082 8 T 0.103 0.031 0.040 0.445 0.094 0.087 0.201 9 K 0.160 0.014 0.051 0.282 0.129 0.155 0.208 10 N 0.161 0.021 0.043 0.147 0.135 0.230 0.263 11 T 0.051 0.008 0.207 0.175 0.094 0.130 0.335 12 E 0.058 0.003 0.167 0.098 0.268 0.179 0.226 13 I 0.167 0.018 0.131 0.084 0.153 0.146 0.300 14 I 0.195 0.106 0.007 0.023 0.159 0.009 0.501 15 S 0.053 0.010 0.002 0.003 0.019 0.004 0.911 16 P 0.008 0.002 0.091 0.044 0.079 0.734 0.041 17 H 0.011 0.002 0.091 0.027 0.075 0.759 0.036 18 H 0.080 0.017 0.144 0.027 0.170 0.109 0.454 19 Y 0.154 0.093 0.008 0.016 0.106 0.025 0.598 20 V 0.162 0.071 0.006 0.014 0.108 0.018 0.621 21 Y 0.060 0.025 0.073 0.365 0.125 0.076 0.275 22 P 0.015 0.003 0.091 0.583 0.051 0.155 0.103 23 N 0.025 0.011 0.103 0.551 0.030 0.129 0.150 24 T 0.017 0.004 0.046 0.823 0.009 0.027 0.074 25 T 0.022 0.001 0.043 0.838 0.022 0.032 0.042 26 T 0.027 0.002 0.023 0.903 0.009 0.020 0.017 27 L 0.031 0.006 0.019 0.897 0.008 0.023 0.016 28 K 0.029 0.006 0.029 0.833 0.016 0.058 0.029 29 N 0.011 0.001 0.029 0.703 0.019 0.213 0.025 30 K 0.006 0.002 0.039 0.514 0.048 0.345 0.047 31 Y 0.009 0.004 0.034 0.247 0.119 0.468 0.119 32 G 0.025 0.011 0.031 0.129 0.187 0.276 0.340 33 I 0.066 0.024 0.045 0.115 0.151 0.061 0.538 34 K 0.084 0.032 0.056 0.195 0.140 0.071 0.422 35 N 0.078 0.023 0.063 0.230 0.129 0.080 0.398 36 L 0.024 0.005 0.080 0.636 0.038 0.060 0.158 37 N 0.010 0.001 0.055 0.792 0.032 0.039 0.071 38 A 0.010 0.002 0.032 0.853 0.026 0.031 0.046 39 F 0.010 0.003 0.027 0.876 0.016 0.029 0.038 40 L 0.010 0.003 0.026 0.867 0.015 0.040 0.039 41 E 0.010 0.002 0.026 0.869 0.016 0.044 0.034 42 K 0.008 0.002 0.013 0.882 0.017 0.043 0.035 43 C 0.005 0.002 0.008 0.845 0.019 0.072 0.048 44 S 0.005 0.003 0.005 0.813 0.026 0.093 0.056 45 H 0.005 0.001 0.005 0.835 0.031 0.064 0.060 46 D 0.005 0.001 0.005 0.817 0.058 0.053 0.062 47 T 0.005 0.004 0.005 0.844 0.034 0.028 0.081 48 A 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.004 0.011 49 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 50 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 51 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.006 0.002 52 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.002 53 N 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.022 0.002 54 L 0.001 0.001 0.006 0.939 0.002 0.044 0.009 55 R 0.001 0.001 0.010 0.906 0.007 0.056 0.018 56 E 0.001 0.001 0.025 0.871 0.011 0.073 0.018 57 E 0.003 0.001 0.040 0.712 0.032 0.180 0.032 58 S 0.002 0.001 0.047 0.524 0.046 0.309 0.070 59 L 0.007 0.010 0.037 0.249 0.231 0.121 0.346 60 P 0.009 0.007 0.176 0.107 0.095 0.135 0.471 61 E 0.016 0.005 0.161 0.088 0.224 0.189 0.317 62 Y 0.021 0.016 0.073 0.062 0.127 0.172 0.529 63 F 0.015 0.032 0.002 0.011 0.161 0.006 0.773 64 D 0.003 0.010 0.001 0.009 0.019 0.002 0.956 65 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.007 0.001 66 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 70 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 72 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.031 0.001 75 L 0.001 0.001 0.004 0.925 0.001 0.065 0.005 76 F 0.001 0.001 0.012 0.872 0.012 0.077 0.025 77 K 0.001 0.001 0.040 0.717 0.021 0.202 0.018 78 N 0.003 0.002 0.051 0.564 0.053 0.274 0.052 79 T 0.018 0.012 0.069 0.494 0.093 0.145 0.169 80 F 0.047 0.028 0.108 0.343 0.139 0.146 0.188 81 E 0.046 0.008 0.176 0.260 0.109 0.243 0.158 82 W 0.072 0.012 0.155 0.206 0.148 0.236 0.171 83 A 0.098 0.018 0.133 0.124 0.084 0.326 0.217 84 G 0.166 0.012 0.076 0.037 0.177 0.361 0.171 85 Y 0.506 0.036 0.044 0.028 0.114 0.070 0.202 86 L 0.642 0.044 0.016 0.011 0.063 0.038 0.184 87 R 0.551 0.027 0.012 0.007 0.085 0.078 0.240 88 H 0.372 0.011 0.009 0.007 0.260 0.055 0.285 89 I 0.341 0.007 0.009 0.008 0.328 0.033 0.272 90 P 0.477 0.012 0.010 0.015 0.092 0.058 0.336 91 F 0.613 0.033 0.010 0.011 0.059 0.024 0.250 92 T 0.721 0.020 0.009 0.013 0.033 0.027 0.177 93 F 0.578 0.017 0.028 0.017 0.066 0.087 0.207 94 A 0.380 0.019 0.033 0.017 0.118 0.272 0.162 95 D 0.185 0.009 0.030 0.012 0.291 0.272 0.202 96 G 0.244 0.011 0.024 0.012 0.284 0.184 0.241 97 T 0.370 0.024 0.029 0.025 0.105 0.116 0.330 98 T 0.603 0.028 0.021 0.017 0.057 0.030 0.245 99 A 0.734 0.025 0.019 0.018 0.034 0.019 0.151 100 A 0.722 0.032 0.020 0.024 0.039 0.027 0.137 101 M 0.334 0.013 0.034 0.024 0.086 0.040 0.469 102 P 0.136 0.008 0.106 0.050 0.119 0.329 0.252 103 E 0.143 0.016 0.124 0.052 0.150 0.369 0.147 104 M 0.226 0.043 0.107 0.057 0.158 0.115 0.294 105 K 0.212 0.029 0.076 0.058 0.085 0.123 0.416 106 R 0.167 0.023 0.101 0.074 0.134 0.231 0.270 107 T 0.086 0.011 0.068 0.034 0.202 0.382 0.217 108 G 0.073 0.007 0.042 0.016 0.326 0.295 0.241 109 W 0.205 0.015 0.024 0.026 0.198 0.118 0.413 110 K 0.478 0.026 0.021 0.026 0.078 0.045 0.326 111 N 0.716 0.026 0.013 0.020 0.040 0.013 0.171 112 A 0.746 0.015 0.016 0.027 0.033 0.029 0.135 113 F 0.666 0.026 0.019 0.026 0.058 0.056 0.149 114 A 0.348 0.037 0.022 0.023 0.103 0.055 0.412 115 I 0.143 0.032 0.025 0.020 0.136 0.097 0.546 116 G 0.022 0.009 0.156 0.132 0.073 0.090 0.518 117 D 0.003 0.002 0.240 0.462 0.074 0.153 0.066 118 E 0.001 0.002 0.268 0.518 0.031 0.138 0.042 119 I 0.002 0.003 0.046 0.829 0.041 0.027 0.053 120 Q 0.001 0.001 0.028 0.916 0.005 0.024 0.026 121 E 0.001 0.001 0.025 0.920 0.004 0.043 0.006 122 G 0.001 0.001 0.032 0.900 0.004 0.050 0.013 123 L 0.001 0.001 0.011 0.961 0.004 0.012 0.010 124 Q 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.016 0.001 125 R 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.022 0.001 126 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.014 0.005 127 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 128 Q 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.017 0.002 129 T 0.001 0.001 0.007 0.958 0.002 0.028 0.005 130 L 0.001 0.002 0.014 0.911 0.006 0.057 0.009 131 A 0.002 0.002 0.024 0.759 0.016 0.169 0.027 132 E 0.002 0.001 0.034 0.630 0.049 0.217 0.068 133 K 0.003 0.002 0.060 0.544 0.068 0.195 0.128 134 N 0.005 0.004 0.107 0.301 0.111 0.299 0.174 135 N 0.014 0.013 0.135 0.224 0.132 0.288 0.193 136 L 0.020 0.021 0.234 0.159 0.121 0.166 0.279 137 Q 0.011 0.007 0.179 0.122 0.086 0.437 0.157 138 G 0.010 0.006 0.116 0.074 0.137 0.511 0.147 139 L 0.021 0.022 0.037 0.065 0.295 0.091 0.470 140 T 0.027 0.040 0.020 0.065 0.105 0.065 0.677 141 R 0.011 0.008 0.065 0.500 0.054 0.082 0.280 142 E 0.004 0.001 0.058 0.794 0.032 0.037 0.074 143 E 0.002 0.001 0.044 0.878 0.015 0.023 0.036 144 F 0.001 0.001 0.015 0.952 0.002 0.013 0.016 145 N 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.005 0.005 146 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 151 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 152 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 153 N 0.002 0.001 0.002 0.975 0.002 0.017 0.002 154 S 0.002 0.001 0.003 0.955 0.002 0.034 0.004 155 L 0.006 0.001 0.009 0.924 0.004 0.046 0.010 156 N 0.015 0.001 0.019 0.906 0.013 0.037 0.009 157 Q 0.041 0.002 0.023 0.827 0.011 0.073 0.023 158 L 0.038 0.007 0.017 0.798 0.031 0.053 0.057 159 H 0.061 0.014 0.007 0.207 0.185 0.038 0.487 160 P 0.037 0.015 0.023 0.060 0.161 0.230 0.474 161 F 0.044 0.018 0.038 0.047 0.261 0.241 0.350 162 R 0.044 0.026 0.056 0.052 0.270 0.358 0.194 163 E 0.019 0.013 0.042 0.037 0.186 0.392 0.311 164 G 0.011 0.007 0.018 0.042 0.293 0.441 0.188 165 N 0.008 0.010 0.006 0.086 0.374 0.206 0.310 166 G 0.007 0.006 0.003 0.426 0.367 0.099 0.091 167 R 0.003 0.002 0.001 0.953 0.019 0.007 0.015 168 T 0.002 0.002 0.001 0.987 0.002 0.001 0.005 169 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.003 170 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 175 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 176 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.002 177 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 178 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 179 A 0.001 0.001 0.003 0.929 0.004 0.060 0.002 180 A 0.001 0.001 0.003 0.286 0.007 0.700 0.004 181 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.898 0.055 182 H 0.009 0.003 0.002 0.002 0.151 0.008 0.825 183 Q 0.151 0.037 0.008 0.004 0.054 0.012 0.734 184 L 0.303 0.025 0.007 0.005 0.072 0.008 0.579 185 N 0.368 0.025 0.009 0.006 0.028 0.010 0.554 186 F 0.355 0.018 0.041 0.019 0.060 0.020 0.488 187 S 0.346 0.013 0.064 0.030 0.065 0.057 0.424 188 L 0.327 0.021 0.097 0.050 0.128 0.094 0.283 189 I 0.182 0.026 0.017 0.041 0.200 0.028 0.505 190 T 0.075 0.032 0.005 0.032 0.056 0.010 0.791 191 K 0.001 0.001 0.016 0.960 0.002 0.013 0.008 192 E 0.001 0.001 0.009 0.982 0.001 0.006 0.002 193 R 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.003 0.002 194 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 195 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 196 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 198 S 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.015 0.006 199 V 0.001 0.001 0.004 0.951 0.004 0.033 0.006 200 A 0.003 0.001 0.007 0.931 0.005 0.040 0.015 201 V 0.008 0.004 0.010 0.884 0.012 0.046 0.037 202 A 0.008 0.005 0.020 0.690 0.047 0.094 0.136 203 E 0.009 0.005 0.027 0.458 0.121 0.290 0.090 204 N 0.003 0.002 0.019 0.140 0.124 0.599 0.113 205 G 0.004 0.002 0.012 0.043 0.320 0.324 0.294 206 D 0.010 0.020 0.007 0.045 0.173 0.047 0.697 207 L 0.010 0.017 0.016 0.635 0.063 0.041 0.217 208 E 0.002 0.001 0.011 0.945 0.011 0.009 0.021 209 P 0.002 0.001 0.010 0.968 0.003 0.006 0.010 210 M 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.004 0.004 211 Q 0.002 0.001 0.005 0.984 0.002 0.005 0.003 212 H 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.010 0.002 213 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.013 0.004 214 F 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.011 0.003 215 E 0.001 0.001 0.014 0.950 0.004 0.029 0.003 216 D 0.001 0.001 0.021 0.871 0.004 0.098 0.005 217 I 0.001 0.001 0.018 0.725 0.012 0.223 0.020 218 S 0.001 0.002 0.008 0.579 0.074 0.201 0.136 219 N 0.001 0.001 0.009 0.384 0.163 0.063 0.380 220 P 0.001 0.001 0.019 0.883 0.019 0.053 0.025 221 E 0.001 0.001 0.021 0.927 0.007 0.029 0.015 222 K 0.001 0.001 0.005 0.978 0.002 0.007 0.006 223 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 224 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 225 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.003 226 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 227 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 229 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 230 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 231 H 0.001 0.001 0.002 0.956 0.001 0.039 0.001 232 T 0.001 0.001 0.004 0.935 0.002 0.051 0.007 233 M 0.003 0.003 0.009 0.917 0.010 0.037 0.021 234 K 0.006 0.002 0.025 0.799 0.019 0.117 0.032 235 N 0.009 0.002 0.037 0.693 0.030 0.194 0.035 236 T 0.014 0.004 0.036 0.463 0.052 0.354 0.076 237 G 0.025 0.006 0.041 0.137 0.133 0.470 0.189 238 R 0.057 0.012 0.075 0.102 0.219 0.167 0.368 239 N 0.117 0.034 0.078 0.128 0.106 0.132 0.406 240 V 0.101 0.034 0.106 0.150 0.115 0.155 0.339 241 N 0.049 0.009 0.056 0.138 0.146 0.296 0.305 242 D 0.027 0.005 0.030 0.120 0.272 0.253 0.292 243 R 0.024 0.005 0.008 0.215 0.199 0.030 0.519 244 P 0.031 0.004 0.010 0.572 0.046 0.036 0.300 245 V 0.066 0.008 0.010 0.757 0.034 0.017 0.107 246 M 0.097 0.007 0.008 0.819 0.011 0.008 0.050 247 V 0.160 0.005 0.008 0.781 0.010 0.009 0.026 248 A 0.144 0.004 0.012 0.775 0.013 0.025 0.027 249 K 0.133 0.003 0.027 0.621 0.031 0.085 0.099 250 E 0.107 0.008 0.043 0.583 0.032 0.131 0.096 251 G 0.096 0.005 0.090 0.371 0.073 0.251 0.113 252 E 0.096 0.003 0.098 0.254 0.135 0.292 0.122 253 T 0.178 0.014 0.071 0.401 0.077 0.126 0.132 254 Y 0.262 0.052 0.034 0.306 0.071 0.096 0.179 255 T 0.138 0.006 0.030 0.198 0.144 0.271 0.214 256 G 0.159 0.006 0.030 0.144 0.216 0.237 0.208 257 T 0.203 0.021 0.035 0.148 0.120 0.113 0.360 258 Y 0.190 0.033 0.038 0.116 0.154 0.156 0.312 259 R 0.124 0.014 0.042 0.088 0.198 0.187 0.347 260 G 0.075 0.010 0.044 0.101 0.298 0.135 0.337 261 A 0.056 0.008 0.062 0.171 0.157 0.280 0.266 262 G 0.117 0.019 0.063 0.139 0.152 0.269 0.242 263 L 0.252 0.022 0.057 0.193 0.097 0.089 0.290 264 E 0.365 0.014 0.045 0.232 0.083 0.069 0.191 265 G 0.482 0.012 0.044 0.194 0.075 0.070 0.123 266 F 0.544 0.016 0.026 0.178 0.047 0.050 0.139 267 A 0.454 0.020 0.030 0.221 0.050 0.046 0.179 268 L 0.348 0.010 0.042 0.228 0.066 0.117 0.189 269 N 0.166 0.011 0.044 0.223 0.089 0.213 0.255 270 V 0.089 0.017 0.023 0.178 0.115 0.089 0.489 271 K 0.033 0.011 0.013 0.215 0.108 0.099 0.521 272 G 0.009 0.002 0.013 0.627 0.123 0.132 0.094 273 A 0.008 0.001 0.009 0.841 0.037 0.050 0.053 274 Y 0.032 0.007 0.011 0.877 0.013 0.020 0.039 275 I 0.041 0.007 0.008 0.888 0.009 0.019 0.026 276 I 0.082 0.007 0.019 0.775 0.035 0.048 0.034 277 G 0.058 0.008 0.040 0.652 0.053 0.143 0.045 278 N 0.058 0.018 0.091 0.450 0.067 0.150 0.165 279 I 0.008 0.004 0.510 0.372 0.014 0.059 0.033 280 D 0.003 0.001 0.567 0.175 0.026 0.211 0.017 281 H 0.003 0.002 0.474 0.121 0.032 0.347 0.021 282 L 0.025 0.022 0.023 0.019 0.590 0.015 0.306 283 P 0.021 0.023 0.026 0.006 0.041 0.022 0.861 284 P 0.017 0.006 0.547 0.070 0.051 0.218 0.091 285 E 0.039 0.005 0.462 0.043 0.073 0.324 0.055 286 Q 0.137 0.005 0.349 0.024 0.067 0.322 0.097 287 L 0.543 0.013 0.045 0.034 0.025 0.036 0.304 288 K 0.860 0.009 0.009 0.025 0.014 0.005 0.078 289 I 0.920 0.005 0.004 0.024 0.008 0.004 0.036 290 L 0.808 0.024 0.003 0.026 0.021 0.006 0.112 291 K 0.364 0.013 0.002 0.007 0.052 0.014 0.548 292 P 0.053 0.004 0.008 0.004 0.166 0.462 0.304 293 G 0.018 0.005 0.013 0.003 0.211 0.636 0.114 294 D 0.070 0.006 0.024 0.007 0.425 0.209 0.260 295 K 0.256 0.033 0.025 0.014 0.116 0.050 0.505 296 I 0.555 0.035 0.017 0.011 0.052 0.017 0.314 297 T 0.707 0.026 0.012 0.013 0.037 0.018 0.186 298 F 0.496 0.021 0.012 0.013 0.019 0.022 0.417 299 T 0.061 0.002 0.002 0.001 0.007 0.003 0.925